Metagenomika (NGS)

Illumina piedāvātā bise-metagenomika ir populārs rīks mikrobiomu pētīšanai, tieši sekvencējot DNS no sarežģītiem paraugiem, kas ļauj pētīt gan taksonomisko, gan funkcionālo daudzveidību. BMKCloud metagenomikas (NGS) process sākas ar kvalitātes kontroli un metagenoma montāžu, no kuras tiek prognozēti gēni un grupēti nedublētos datu kopās, kas tiek anotētas pēc funkcijas un taksonomijas, izmantojot vairākas datubāzes. Šī informācija tiek izmantota, lai analizētu taksonomisko daudzveidību viena parauga ietvaros (alfa daudzveidība) un daudzveidību starp paraugiem (beta daudzveidība). Diferenciālā analīze starp grupām atrod OTU un bioloģiskās funkcijas, kas atšķiras starp abām grupām, izmantojot gan parametriskus, gan neparametriskus testus, savukārt korelācijas analīze saista šīs atšķirības ar vides faktoriem.