Garā nekodējošā sekvencēšana — Illumina
Pakalpojuma priekšrocības
●mRNS un lncRNS kopīga analīzeApvienojot mRNS transkriptu kvantitatīvo noteikšanu ar lncRNS un to mērķu izpēti, ir iespējams iegūt padziļinātu pārskatu par šūnu atbildes reakcijas pamatā esošo regulēšanas mehānismu.
●Plaša pieredzeEsam apstrādājuši vairāk nekā 230 000 paraugu, aptverot dažādus paraugus un projektu mērķus. Katrā projektā mēs izmantojam savu pieredzi.
●mRNS un lncRNS kopīga analīzeMēs apvienojam mRNS transkriptu kvantitatīvo noteikšanu ar lncRNS un to mērķu izpēti, ļaujot iegūt padziļinātu pārskatu par šūnu atbildes reakcijas pamatā esošo regulēšanas mehānismu.
●Stingra kvalitātes kontroleMēs ieviešam pamata kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu sagatavošanas līdz bibliotēkas sagatavošanai, sekvencēšanai un bioinformātikai. Mūsu rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
●Visaptveroša anotācijaMēs izmantojam vairākas datubāzes, lai funkcionāli anotētu diferenciāli ekspresētos gēnus (DEG) un veiktu atbilstošas bagātināšanas analīzes. Šī visaptverošā pieeja sniedz ieskatu šūnu un molekulārajos procesos, kas ir transkriptomas atbildes pamatā, nodrošinot, ka jūs iegūstat visu iespējamo informāciju par sava eksperimenta datiem.
●Pēcpārdošanas atbalstsMēs saprotam, cik svarīgi ir būt klātesošam, tāpēc mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Platforma | Ieteicamie dati | Datu kvalitātes kontrole |
| rRNS noplicinātā virziena bibliotēka | Illumina PE150 | 10–16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotīdi:
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
● Augi:
Sakne, stublājs vai ziedlapa: 450 mg
Lapa vai sēkla: 300 mg
Augļi: 1,2 g
● Dzīvnieks:
Sirds vai zarnas: 450 mg
Iekšējie orgāni vai smadzenes: 240 mg
Muskuļi: 600 mg
Kauli, mati vai āda: 1,5 g
● Posmkāji:
Kukaiņi: 9 g
Vēžveidīgie: 450 mg
● Pilnas asinis:2 tūbiņas
● Šūnas: 106 šūnas
● Serums un plazma6 ml
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
- Neapstrādāti dati
- Datu kvalitātes kontrole
- Genoma saskaņošana
- Gēnu struktūra (alternatīva splicēšana, gēnu struktūras optimizācija un jaunu gēnu prognozēšana)
- Gēnu ekspresijas kvantifikācija
- Diferenciālās izteiksmes analīze
- DEG anotācija un bagātināšana + Diferenciāli ekspresēti lncRNS mērķa gēni
- Transkripta identifikācija
- lncRNS identifikācija (lncRNS saglabāšana un zināmā lncRNS)
- lncRNS mērķa gēnu prognozēšana
- lncRNS ekspresijas kvantifikācija
- Kopīga analīze ar mRNS datiem
Diferenciālās gēnu ekspresijas (DEG) analīze
lncRNS ekspresijas kvantitatīva noteikšana – klasterizācija
lncRNS mērķa gēnu bagātināšana
Apvienota mRNS un lncRNS pozīciju analīze – apļa diagramma (vidējais aplis ir mRNS, bet iekšējais aplis ir lncRNS)
Iepazīstieties ar BMKGene lncRNS sekvencēšanas pakalpojumu sniegtajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Ji, H. et al. (2020) “Ar aukstumu saistītu lncRNS identifikācija, funkcionālā prognozēšana un galvenās lncRNS verifikācija žurku aknās”,Zinātniskie ziņojumi2020 10:1, 10(1), 1.–14. lpp. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) “Integratīvā transkriptomiskā analīze atklāj CyHV-3 rezistentas parastās karpas šķirnes imūnmehānismu”,Imunoloģijas robežas, 12, lpp. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Vangs, SJ u.c. (2022) "Uz multi-omikas integrāciju balstīta konkurējošu endogēno RNS regulēšanas tīklu prioritāšu noteikšana sīkšūnu plaušu vēža gadījumā: molekulārās īpašības un zāļu kandidāti",Onkoloģijas robežas, 12, lpp. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Sjao, L. u.c. (2020) “Populus fotosintēzes pamatā esošā gēnu koekspresijas tīkla ģenētiskā analīze”,Augu biotehnoloģijas žurnāls, 18(4), 1015.–1026. lpp. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) “Globāls regulējošais tīkls disregulētai gēnu ekspresijai un patoloģiskai vielmaiņas signalizācijai imūnās šūnās Greivsa slimības un Hašimoto tireoidīta mikrovidē”,Imunoloģijas robežas, 13. lpp. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
