page_head_bg

Produkti

Gara nekodēta secība-Illumina

Garās nekodējošās RNS (lncRNS) ir RNS molekulu veids, kuru garums pārsniedz 200 nt un kurām ir raksturīgs ārkārtīgi zems kodēšanas potenciāls.LncRNS kā galvenais loceklis nekodējošās RNS galvenokārt atrodams kodolā un plazmā.Sekvencēšanas tehnoloģiju un bioinformtikas attīstība ļauj identificēt daudzas jaunas lncRNS un saistīt tās ar bioloģiskām funkcijām.Uzkrājošie pierādījumi liecina, ka lncRNS ir plaši iesaistīta epiģenētiskajā regulēšanā, transkripcijas regulēšanā un pēctranskripcijas regulēšanā.


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Bioinformātika

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

ØPakalpojuma priekšrocības
ØŠūnu un audu specifisks
ØKonkrēts posms izsaka un uzrāda dinamiskas izteiksmes izmaiņas
ØPrecīzi laika un telpas izteiksmes modeļi
ØKopīga analīze ar mRNS datiem.
ØUz BMKCloud balstīta rezultātu piegāde: platformā pieejama pielāgota datu ieguve.
ØPēcpārdošanas pakalpojumi spēkā 3 mēnešus pēc projekta pabeigšanas

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Nukleotīdi:

Audi: svars (sauss): ≥1 g
*Audiem, kas ir mazāki par 5 mg, mēs iesakām nosūtīt ātri sasaldētu (šķidrā slāpeklī) audu paraugu.

Šūnu suspensija: Šūnu skaits = 3 × 107
* Mēs iesakām nosūtīt saldētu šūnu lizātu.Gadījumā, ja šūnu skaits ir mazāks par 5 × 105, ieteicams ātri sasaldēt šķidrā slāpeklī.

Asins paraugi:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzola un 2 ml asiņu (TRIzol: Blood = 3: 1)

Ieteicamā paraugu piegāde
Tvertne: 2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
3.RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_03

RNS ekstrakcija

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • Bioinformātika

    CircRNA-sequencing-analysis-workflow
    CircRNA-sequencing-analysis-workflow

    1.LncRNS klasifikācija

    LncRNS, ko paredzēja četras iepriekš minētās programmatūras, tika klasificētas 4 kategorijās: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sajūta-LncRNS.LncRNS klasifikācija tika parādīta zemāk esošajā histogrammā.

    LncRNA-classification

    LncRNS klasifikācija

    2. DE-lncRNS bagātināšanas analīzes cis-mērķētie gēni

    ClusterProfiler tika izmantots GO bagātināšanas analīzē ar cis-mērķētu diferenciāli ekspresētas lncRNS (DE-lncRNS) gēniem bioloģisko procesu, molekulāro funkciju un šūnu komponentu ziņā.GO bagātināšanas analīze ir process, lai identificētu uz DEG vērstus ievērojami bagātinātus GO terminus, salīdzinot ar visu genomu.Bagātinātie termini tika parādīti histogrammā, burbuļu diagrammā utt., kā parādīts tālāk.

    Cis-targeted-genes-of-DE-lncRNA-enrichment-analysis--Bubble-chartDE-lncRNS bagātināšanas analīzes cis-mērķēti gēni - burbuļu diagramma

    BMK lieta

    Deregulēts lncRNS ekspresijas profils peles plaušu adenokarcinomās ar KRAS-G12D mutāciju un P53 nokautu

    Publicēts:Šūnu un molekulārās medicīnas žurnāls,2019. gads

    Sekvences stratēģija

    Illumina

    Paraugu kolekcija

    NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) šūnas un negatīvās kontroles (sh-Scr) šūnas tika iegūtas konkrētas vīrusu infekcijas 6. dienā.

    Galvenie rezultāti

    Šis pētījums pēta aberranti ekspresētās lncRNS peles plaušu adenokarcinomā ar P53 nokautu un KrasG12D mutāciju.
    1,6424 lncRNS tika izteikti atšķirīgi (≥ 2 reizes lielākas izmaiņas, P < 0,05).
    2. No visām 210 lncRNS (FC≥8) 11 lncRNS ekspresiju regulēja attiecīgi P53, 33 lncRNS ar KRAS un 13 lncRNS ar hipoksiju primārajās KP šūnās.
    3.NONMMUT015812, kas tika ievērojami paaugstināts peles plaušu adenokarcinomas gadījumā un negatīvi regulēts ar P53 atkārtotu ekspresiju, tika atklāts, lai analizētu tā šūnu funkciju.
    4. NONMMUT015812 notriekšana ar shRNS samazināja KP šūnu proliferācijas un migrācijas spējas.NONMMUT015812 bija potenciāls onkogēns.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    KEGG ceļa analīze diferencēti izteiktiem gēniem NONMMUT015812-knockdown KP šūnās

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Gēnu ontoloģijas analīze diferencēti izteiktiem gēniem NONMMUT015812-knockdown KP šūnās

    Atsauce

    Deregulēts lncRNS ekspresijas profils peles plaušu adenokarcinomās ar KRAS-G12D mutāciju un P53 nokautu [J].Žurnāls Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: