Gara nekodēšanas sekvencēšana-Illumina
Pakalpojuma priekšrocības
●mRNS un lncRNS kopīga analīze: apvienojot mRNS transkriptu kvantitatīvo noteikšanu ar lncRNS un to mērķu izpēti, ir iespējams iegūt padziļinātu pārskatu par regulējošo mehānismu, kas ir šūnu reakcijas pamatā.
●Plaša ekspertīze: Mūsu komanda sniedz bagātīgu pieredzi katrā projektā, un BMK ir apstrādājuši vairāk nekā 23 000 paraugus, kas aptver dažādus paraugu veidus un lncRNA projektus.
●Stingra kvalitātes kontrole: Mēs ieviešam galvenos kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu un bibliotēkas sagatavošanas līdz sekvencēšanai un bioinformātikai. Šī rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu piegādi.
●Pēcpārdošanas atbalsts: Mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu ar 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
Prasību paraugs un piegāde
| Bibliotēka | Platforma | Ieteicamie dati | Datu kvalitātes kontrole |
| rRNS izsmelta virziena bibliotēka | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotīdi:
| Konc. (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Integritāte |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Uz gēla parādīts ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai tā nav. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma |
● Augi:
Sakne, stublājs vai ziedlapa: 450 mg
Lapa vai sēklas: 300 mg
Augļi: 1,2 g
● Dzīvnieks:
Sirds vai zarnas: 450 mg
Iekšējie orgāni vai smadzenes: 240 mg
Muskuļi: 600 mg
Kauli, mati vai āda: 1,5 g
● Posmkāji:
Kukaiņi: 9g
Vēžveidīgie: 450 mg
● Pilnas asinis:2 caurules
● Šūnas: 106 šūnas
● Serums un plazma: 6 ml
Ieteicamā paraugu piegāde
Tvertne: 2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
2. RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.
Pakalpojuma darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
Diferenciālās gēnu ekspresijas (DEG) analīze
LncRNS ekspresijas kvantitatīva noteikšana – klasterizācija
LncRNS mērķa gēnu bagātināšana
Apvienotās mRNS un lncRNS pozīcijas analīze — Circos diagramma (vidējais aplis ir mRNS un iekšējais cikls ir lncRNS)
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGene lncRNS izlīdzināšanas pakalpojumi, izmantojot apkopotu publikāciju kolekciju.
Ji, H. et al. (2020) “Ar aukstu stresu saistītu lncRNS identificēšana, funkcionālā prognozēšana un galvenā lncRNS pārbaude žurku aknās”, Zinātniskie ziņojumi 2020, 10:1, 10(1), 1.–14. lpp. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) “Integratīva transkriptomiskā analīze atklāj imūnmehānismu pret CyHV-3 rezistentam parastajam karpas celmam”, Frontiers in Immunology, 12, 12. lpp. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) “Uz vairāku omiku integrāciju balstīta prioritāšu noteikšana konkurējošiem endogēnās RNS regulēšanas tīkliem sīkšūnu plaušu vēža gadījumā: molekulārās īpašības un zāļu kandidāti”, Frontiers in Oncology, 12. lpp. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) “Gēnu koekspresijas tīkla ģenētiskā sadalīšana, kas ir fotosintēzes pamatā Populusā”, Plant Biotechnology Journal, 18(4), 1015.–1026. lpp. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) “Globālais regulējošais tīkls disregulētai gēnu ekspresijai un patoloģiskai vielmaiņas signalizācijai imūnās šūnās Greivsa slimības un Hašimoto tireoidīta mikrovidē”, Frontiers in Immunology, 13. lpp. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
