-
גאַנץ-לענג מרנאַ סיקוואַנסינג-נאַנאָפּאָרע
רנאַ סיקוואַנסינג איז געווען אַן ינוואַליאַבאַל געצייַג פֿאַר פולשטענדיק טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס.סאָפעק, טראדיציאנעלן קורץ-לייענען סיקוואַנסינג אַטשיווד פילע וויכטיק אַנטוויקלונג אין דאָ.פונדעסטוועגן, עס אָפט ינקאַונטערז לימיטיישאַנז אין פול-לענג יסאָפאָרם לעגיטימאַציע, קוואַנטאַפאַקיישאַן, פּקר פאָרורטייל.
נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג דיסטינגגווישיז זיך פון אנדערע סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס, אין אַז די נוקלעאָטידעס זענען לייענען גלייַך אָן דנאַ סינטעז און דזשענערייץ לאַנג לייענען אין טענס פון קילאָבאַסעס.דאָס ימפּאַוערז דירעקט לייענען-אויס אַריבער פול-לענג טראַנסקריפּץ און טאַקלינג די טשאַלאַנדזשיז אין יסאָפאָרם-מדרגה שטודיום.
פּלאַטפאָרמע:נאַנאָפּאָרע פּראָמעטיאָן
ביבליאָטעק:cDNA-PCR
-
די נייַ גאַנץ-לענג טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג - PacBio
די נייַפול-לענג טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג, אויך באקאנט ווידי נייַIso-Seq נעמט די אַדוואַנטידזשיז פון PacBio סעקווענסער אין לייענען לענג, וואָס ינייבאַלז סיקוואַנסינג פון פול-לענג cDNA מאַלאַקיולז אָן קיין ברייקס.דאָס גאָר אַוווידז קיין ערראָרס דזשענערייטאַד אין טראַנסקריפּט פֿאַרזאַמלונג סטעפּס און קאַנסטראַקט ונידזשינע סעץ מיט יסאָפאָרם-מדרגה האַכלאָטע.די ונידזשינע שטעלט גיט שטאַרק גענעטיק אינפֿאָרמאַציע ווי "רעפֿערענץ גענאָמע" אויף טראַנסקריפּטאָמע-מדרגה.אין אַדישאַן, קאַמביינינג מיט ווייַטער דור סיקוואַנסינג דאַטן, דעם דינסט ימפּאַוערז אַ פּינטלעך קוואַנטאַפאַקיישאַן פון יסאָפאָרם מדרגה אויסדרוק.
פּלאַטפאָרמע: PacBio Sequel IIביבליאָטעק: SMRT גלאָק ביבליאָטעק -
עוקאַריאָטיק מרנאַ סיקוואַנסינג-יללומינאַ
mRNA סיקוואַנסינג ינייבאַלז פּראָפילינג פון אַלע מרנאַ טראַנסקריפּציע פון סעלז אונטער ספּעציפיש טנאָים.עס איז אַ שטאַרק טעכנאָלאָגיע פֿאַר ריווילינג דזשין אויסדרוק פּראָפיל, דזשין סטראַקטשערז און מאָלעקולאַר מעקאַניזאַמז פון זיכער בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז.ביז איצט, mRNA סיקוואַנסינג איז וויידלי געוויינט אין פונדאַמענטאַל פאָרשונג, קליניש דיאַגנאָסטיקס, מעדיצין אַנטוויקלונג, עטק.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq 6000
-
ניט-רעפערענץ באזירט מרנאַ סיקוואַנסינג-יללומינאַ
mRNA סיקוואַנסינג אַדאַפּץ ווייַטער-דור סיקוואַנסינג טעכניק (NGS) צו כאַפּן די שליח רנאַ (מרנאַ) פאָרעם עוקאַריאָטע אין אַ ספּעציפיש צייט וואָס עטלעכע ספּעציעל פאַנגקשאַנז אַקטאַווייט.די לאָנגעסט טראַנסקריפּט ספּלייסט איז גערופן 'וניגענע' און געוויינט ווי דער רעפֿערענץ סיקוואַנס פֿאַר סאַבסאַקוואַנט אַנאַליסיס, וואָס איז אַ עפעקטיוו מיטל צו לערנען די מאָלעקולאַר מעקאַניזאַם און רעגולאַטאָרי נעץ פון די מינים אָן רעפֿערענץ.
נאָך טראַנסקריפּטאָמע דאַטן פֿאַרזאַמלונג און ונידזשינע פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן
(1) SNP אַנאַליסיס, SSR אַנאַליסיס, CDS פּראָגנאָז און דזשין סטרוקטור וועט זיין פּריפאָרמד.
(2) קוואַנטיפיקאַטיאָן פון ונידזשינע אויסדרוק אין יעדער מוסטער וועט זיין דורכגעקאָכט.
(3) דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט ונידזשינעס צווישן סאַמפּאַלז (אָדער גרופּעס) וועט זיין דיסקאַווערד באזירט אויף ונידזשינע אויסדרוק
(4) קלאַסטערינג, פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן און ענריטשמענט אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט ונידזשינעס וועט זיין דורכגעקאָכט
-
לאנג ניט-קאָודינג סיקוואַנסינג-יללומינאַ
לאנג ניט-קאָודינג רנאַ (לנקרנאַ) זענען אַ טיפּ פון רנאַ מאַלאַקיולז מיט אַ לענג פון מער ווי 200 נט, וואָס זענען קעראַקטערייזד דורך גאָר נידעריק קאָדירונג פּאָטענציעל.LncRNA, ווי אַ שליסל מיטגליד אין ניט-קאָדינג רנאַ, איז דער הויפּט געפֿונען אין קערן און פּלאַזמע.די אַנטוויקלונג אין סיקוואַנסינג טעכנאָלאָגיע און ביאָינפאָרמטיק ינייבאַלז לעגיטימאַציע פון פילע ראָמאַן ינקרנאַס און מיטאַרבעטער יענע מיט בייאַלאַדזשיקאַל פאַנגקשאַנז.אַקיומיאַלאַטיוו עווידענסעס פֿאָרשלאָגן אַז lncRNA איז וויידלי ינוואַלווד אין עפּיגענעטיק רעגולירן, טראַנסקריפּציע רעגולירן און פּאָסטן-טראַנסקריפּשאַן רעגולירן.
-
קליין רנאַ סיקוואַנסינג-יללומינאַ
קליין רנאַ רעפערס צו אַ קלאַס פון ניט-קאָדינג רנאַ מאַלאַקיולז וואָס זענען יוזשאַוואַלי ווייניקער ווי 200נט אין לענג, אַרייַנגערעכנט מיקראָ רנאַ (מירנאַ), קליין ינטערפיראַנס רנאַ (סירנאַ), און פּיווי-ינטעראַקטינג רנאַ (פּירנאַ).
מיקראָרנאַ (מירנאַ) איז אַ קלאַס פון ענדאָגענאָוס קליין רנאַ מיט אַ לענג פון וועגן 20-24נט, וואָס פיעסעס אַ פאַרשיידנקייַט פון וויכטיק רעגולאַטאָרי ראָלעס אין סעלז.מירנאַ ינוואַלווד אין פילע לעבן פּראַסעסאַז וואָס אַנטדעקן געוועב - ספּעציפיש און בינע - ספּעציפיש אויסדרוק און העכסט קאַנסערווד אין פאַרשידענע מינים.
-
סיררנאַ סיקוואַנסינג-יללומינאַ
גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג איז דיזיינד צו פּראָפיל אַלע טייפּס פון רנאַ מאַלאַקיולז, אַרייַנגערעכנט קאָודינג (מרנאַ) און ניט-קאָדינג רנאַ (אַרייַנגערעכנט lncRNA, circRNA און מירנאַ) וואָס זענען טראַנסקריבעד דורך ספּעציפיש סעלז אין אַ זיכער צייט.גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג, אויך באקאנט ווי "גאַנץ רנאַ סיקוואַנסינג" יימז צו אַנטדעקן פולשטענדיק רעגולאַטאָרי נעטוואָרקס אויף טראַנסקריפּטאָמע מדרגה.ניצן NGS טעכנאָלאָגיע, סיקוואַנסיז פון גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע פּראָדוקטן זענען בארעכטיגט פֿאַר סערנאַ אַנאַליסיס און שלאָס רנאַ אַנאַליסיס, וואָס גיט דער ערשטער שריט צו פאַנגקשאַנאַל קעראַקטעריסטיקס.ריווילינג רעגולאַטאָרי נעץ פון סערנאַ-מירנאַ-מרנאַ באזירט סערנאַ.
-
גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג - Illumina
גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג איז דיזיינד צו פּראָפיל אַלע טייפּס פון רנאַ מאַלאַקיולז, אַרייַנגערעכנט קאָודינג (מרנאַ) און ניט-קאָדינג רנאַ (אַרייַנגערעכנט lncRNA, circRNA און מירנאַ) וואָס זענען טראַנסקריבעד דורך ספּעציפיש סעלז אין אַ זיכער צייט.גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג, אויך באקאנט ווי "גאַנץ רנאַ סיקוואַנסינג" יימז צו אַנטדעקן פולשטענדיק רעגולאַטאָרי נעטוואָרקס אויף טראַנסקריפּטאָמע מדרגה.ניצן NGS טעכנאָלאָגיע, סיקוואַנסיז פון גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע פּראָדוקטן זענען בארעכטיגט פֿאַר סערנאַ אַנאַליסיס און שלאָס רנאַ אַנאַליסיס, וואָס גיט דער ערשטער שריט צו פאַנגקשאַנאַל קעראַקטעריסטיקס.ריווילינג רעגולאַטאָרי נעץ פון סערנאַ-מירנאַ-מרנאַ באזירט סערנאַ.
-
פּראָקאַריאָטיק רנאַ סיקוואַנסינג
פּראָקאַריאָטיק רנאַ סיקוואַנסינג ניצט ווייַטער דור סיקוואַנסינג (NGS) צו אַנטדעקן דעם בייַזייַן און קוואַנטיטי פון רנאַ אין אַ געגעבן מאָמענט, דורך אַנאַלייזינג די טשאַנגינג סעליאַלער טראַנסקריפּטאָמע.אונדזער פירמע 'ס פּראָקאַריאָטיק רנאַ סיקוואַנסינג, ספּאַסיפיקלי יימז צו פּראָקאַריאָטעס מיט רעפֿערענץ גענאָמעס, פּראַוויידינג איר טראַנסקריפּטאָמע פּראָפילינג, דזשין סטרוקטור אַנאַליסיס, אאז"ו ו. עס איז וויידלי געווענדט צו יקערדיק וויסנשאַפֿט פאָרשונג, מעדיצין פאָרשונג און אַנטוויקלונג, און מער.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq 6000
-
מעטאַטראַנסקריפּטאָם סיקוואַנסינג
מעטאַטראַנסקריפּטאָם סיקוואַנסינג ינדענטאַפייז די דזשין אויסדרוק פון מייקראָובז (ביידע עוקאַריאָטעס און פּראָקאַריאָטעס) אין נאַטירלעך ינווייראַנמאַנץ (ד"ה באָדן, וואַסער, ים, פעסעס, און קישקע.). ספּאַסיפיקלי, די סערוויס אַלאַוז איר צו באַקומען גאַנץ דזשין אויסדרוק פּראָפילינג פון קאָמפּלעקס מייקראָוביאַל קהילות, טאַקסאָנאָמיק אַנאַליסיס. פון מינים, פאַנגקשאַנאַל ענריטשמענט אַנאַליסיס פון דיפערענטלי אויסגעדריקט גענעס, און מער.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq 6000
