การทดสอบหาโครมาตินที่เข้าถึงได้ด้วยทรานสโพเนสด้วยการจัดลำดับจีโนมความเร็วสูง (ATAC-seq)
คุณสมบัติของบริการ
● บริการนี้ต้องการตัวอย่างเนื้อเยื่อแทนการสกัดกรดนิวคลีอิก เพื่อรักษาปฏิสัมพันธ์ระหว่าง DNA กับโปรตีน
● วิธีการ ATAC ประกอบด้วยการแยกเนื้อเยื่อ ตามด้วยการแยกนิวเคลียส การบำบัดและการทำให้บริสุทธิ์ด้วย Tn5 การขยายสัญญาณ PCR การคัดเลือกขนาด และการจัดลำดับดีเอ็นเอ
● การจัดลำดับดีเอ็นเอด้วยเครื่อง Illumina NovaSeq
ข้อดีของการบริการ
●ความไวสูง:ปริมาณเซลล์เริ่มต้นเพียงเล็กน้อยก็เพียงพอสำหรับการเตรียมไลบรารีและการจัดลำดับดีเอ็นเอ
●เทคนิคที่ให้ข้อมูลอย่างมาก: พร้อมกันนี้ยังแสดงตำแหน่งทางจีโนมของโครมาตินแบบเปิดและองค์ประกอบควบคุมที่ทำงานอยู่ เช่น ตำแหน่งการจับของปัจจัยถอดรหัส
●ความสามารถในการทำซ้ำการทดลองที่ดีผลการทดสอบซ้ำทางเทคนิคแสดงให้เห็นถึงความสามารถในการทำซ้ำที่ดีเยี่ยม
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางด้วยโครงการวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอ ATAC ที่ประสบความสำเร็จหลายร้อยโครงการ BMKGENE จึงมีประสบการณ์มากกว่าสิบปี พร้อมด้วยทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูง เนื้อหาที่ครอบคลุม และการสนับสนุนหลังการขายที่เป็นเลิศ
●ความเป็นไปได้ในการผสานรวมกับการวิเคราะห์ทรานสคริปโตมิกส์: ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ข้อมูล ATAC seq ร่วมกับข้อมูลโอไมซ์อื่นๆ เช่น RNA-seq ได้แบบบูรณาการ
● การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุม: ช่วยให้สามารถระบุบริเวณเปิดของโครมาตินและหน้าที่การทำงานที่เกี่ยวข้อง (โปรโมเตอร์, UT, เอ็กซอน, อินทรอน) ได้ ไม่เพียงเท่านั้น แต่ยังช่วยวิเคราะห์ความแตกต่างระหว่างบริเวณเปิดของโครมาตินในตัวอย่างต่างๆ ได้อีกด้วย
ข้อกำหนดบริการ
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำสำหรับการส่งออก | การควบคุมคุณภาพ |
| ลำดับ ATAC | อิลลูมินา พีอี150 | ยอดอ่านมากกว่า 20 ล้านครั้ง ขึ้นอยู่กับขนาดของจีโนม (มนุษย์: 50 ล้านอ่าน) | Q30≥85% |
ตัวอย่างข้อกำหนด
ประเภทตัวอย่าง: เนื้อเยื่อ, เซลล์มีชีวิตหรือเซลล์แช่แข็ง, เลือด
● จำนวนเซลล์: ≥ 106เซลล์
● น้ำหนักเนื้อเยื่อ: เนื้อเยื่อสด ≥ 200 มิลลิกรัม
● เลือด: ≥ 4 มล.
ขั้นตอนการให้บริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัดดีเอ็นเอ
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
● การตรวจสอบคุณภาพข้อมูลดิบ;
● การระบุตำแหน่งจุดสูงสุดโดยอิงจากการจับคู่กับจีโนมอ้างอิง;
● การระบุตำแหน่งยีนบนตำแหน่งสูงสุด;
● การวิเคราะห์ลวดลาย: การระบุตำแหน่งการจับของปัจจัยถอดรหัส (TFBS);
● การวิเคราะห์และระบุความแตกต่างของจุดสูงสุด (Differential Peak Analysis and notation)
1. แผนภูมิแสดงการกระจายตัวของข้อมูล ATAC ที่ TSS และบริเวณใกล้เคียง (±3 kb)
2. การกระจายตัวของบริเวณโครมาตินแบบเปิดในส่วนประกอบต่างๆ ของจีโนม
3. ความแตกต่างของการเรียกหาจุดสูงสุดระหว่างกลุ่ม
สำรวจความก้าวหน้าทางการวิจัยที่เกิดขึ้นจากบริการจัดลำดับดีเอ็นเอ ATAC ของ BMKGene ผ่านชุดบทความตีพิมพ์ที่คัดสรรมาอย่างดี
ฟู, เอ.และคณะ(2023) 'การประกอบจีโนมจากเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์ของมะระ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) เผยให้เห็นลักษณะทางพันธุกรรมของการพัฒนาผล องค์ประกอบ และการสุกงอม'การวิจัยด้านพืชสวน, 10(1). ดอย: 10.1093/HR/UHAC228.
กง บี.และคณะ(2023) 'การกระตุ้นทางเอพิเจเนติกและการถอดรหัสของไคเนสที่หลั่ง FAM20C ในฐานะยีนก่อมะเร็งในเนื้องอกสมอง'วารสารพันธุศาสตร์และจีโนมิกส์, 50(6), หน้า 422–433. ดอย: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
เฮ้.และคณะ(2023) 'บิวทิเรตย้อนกลับภาวะดื้อต่อเฟอร์โรพโทซิสในมะเร็งลำไส้ใหญ่โดยการเหนี่ยวนำให้เกิดการยับยั้ง xCT ที่ขึ้นอยู่กับ c-Fos'ชีววิทยาของปฏิกิริยารีดอกซ์, 65, หน้า 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
