ការវិភាគសម្រាប់ក្រូម៉ាទីនដែលអាចចូលប្រើបានដោយ Transposase ជាមួយនឹងលំដាប់លំដោយខ្ពស់ (ATAC-seq)
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
● សេវាកម្មតម្រូវឱ្យមានសំណាកជាលិកា ជំនួសឱ្យអាស៊ីតនុយក្លេអ៊ីកដែលបានស្រង់ចេញ ដើម្បីរក្សាអន្តរកម្ម DNA-ប្រូតេអ៊ីន។
● វិធីសាស្ត្រ ATAC រួមមានការបំបែកជាលិកា បន្ទាប់មកដោយការញែកស្នូល ការព្យាបាល និងការបន្សុទ្ធ Tn5 ការពង្រីក PCR ការជ្រើសរើសទំហំ និងការធ្វើលំដាប់។
● ការធ្វើលំដាប់លំដោយនៅក្នុង Illumina NovaSeq
គុណសម្បត្តិសេវាកម្ម
●ភាពរសើបខ្ពស់៖បរិមាណកោសិកាចាប់ផ្តើមទាបគឺគ្រប់គ្រាន់សម្រាប់ការរៀបចំបណ្ណាល័យ និងការរៀបចំលំដាប់។
●បច្ចេកទេសផ្តល់ព័ត៌មានខ្ពស់ក្នុងពេលដំណាលគ្នាបង្ហាញទីតាំងហ្សែននៃក្រូម៉ាទីនបើកចំហ និងធាតុនិយតកម្មសកម្មដូចជាកន្លែងភ្ជាប់កត្តាចម្លង។
●សមត្ថភាពផលិតឡើងវិញបានល្អ: ការចម្លងតាមបច្ចេកទេសបង្ហាញពីភាពអាចធ្វើម្តងទៀតបានយ៉ាងល្អឥតខ្ចោះ។
●ជំនាញទូលំទូលាយដោយមានគម្រោង ATAC sequencing រាប់រយដែលបានបញ្ចប់ដោយជោគជ័យ BMKGENE នាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាងមួយទសវត្សរ៍ ក្រុមវិភាគដែលមានជំនាញខ្ពស់ ខ្លឹមសារដ៏ទូលំទូលាយ និងការគាំទ្រក្រោយពេលលក់ដ៏ល្អឥតខ្ចោះ។
●លទ្ធភាពក្នុងការចូលរួមជាមួយការវិភាគ Transcriptomicsអនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគរួមបញ្ចូលគ្នានៃ ATAC seq ជាមួយទិន្នន័យ omics ផ្សេងទៀតដូចជា RNA-seq។
● ការវិភាគជីវព័ត៌មានដ៏ទូលំទូលាយ៖ អាចឱ្យមិនត្រឹមតែកំណត់អត្តសញ្ញាណតំបន់បើកចំហនៃក្រូម៉ាទីន និងមុខងារដែលត្រូវគ្នារបស់វា (ប្រូម៉ូទ័រ UT អ៊ិចសុង អ៊ីនត្រុង) ប៉ុណ្ណោះទេ ប៉ុន្តែថែមទាំងអាចវិភាគភាពខុសគ្នារវាងតំបន់បើកចំហនៃក្រូម៉ាទីនក្នុងចំណោមគំរូផងដែរ។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសសេវាកម្ម
| បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្ររៀបលំដាប់ | លទ្ធផលទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការគ្រប់គ្រងគុណភាព |
| ATAC-seq | អ៊ីលមូណា PE150 | អានច្រើនជាង 20 លានដង អាស្រ័យលើទំហំហ្សែន (មនុស្ស៖ អានបាន 50 លានដង) | Q30≥85% |
តម្រូវការគំរូ
ប្រភេទសំណាក៖ ជាលិកា កោសិការស់ ឬកោសិកាកក ឈាម
● ចំនួនទូរស័ព្ទដៃ៖ ≥ 106កោសិកា
● ទម្ងន់ជាលិកា៖ ≥ 200mg ជាលិកាស្រស់
● ឈាម៖ ≥ 4 មីលីលីត្រ
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការដឹកជញ្ជូនគំរូ
ការស្រង់ចេញ DNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
ការរៀបចំលំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោម៖
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ;
● ការហៅកំពូលដោយផ្អែកលើការគូសផែនទីទៅកាន់ហ្សែនយោង;
● ចំណារពន្យល់ហ្សែននៅលើទីតាំងកំពូល;
● ការវិភាគលំនាំ៖ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណកន្លែងភ្ជាប់កត្តាចម្លង (TFBS);
● ការវិភាគ និងចំណារពន្យល់អំពីកំពូលឌីផេរ៉ង់ស្យែល។
1. ផែនទីកំដៅនៅលើ ATAC អានការចែកចាយនៅ TSS និងតំបន់ជាប់គ្នា (±3 kb)
2. ការចែកចាយតំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហនៅក្នុងសមាសធាតុហ្សែនផ្សេងៗគ្នា
៣. ការហៅកំពូលឌីផេរ៉ង់ស្យែលរវាងក្រុម
ស្វែងយល់ពីវឌ្ឍនភាពស្រាវជ្រាវដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មលំដាប់ ATAC របស់ BMKGene តាមរយៈការប្រមូលផ្ដុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយដែលបានរៀបចំយ៉ាងល្អ។
ហ្វូ, អេ។និងអ្នកដទៃទៀត។(2023) 'ការផ្គុំហ្សែន Telomere-to-telomere នៃផ្លែឪឡឹកជូរចត់ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) បង្ហាញពីការអភិវឌ្ឍផ្លែឈើ សមាសភាព និងលក្ខណៈហ្សែនទុំ',ការស្រាវជ្រាវផ្នែកសួនច្បារ, ១០(១). doi: 10.1093/HR/UHAC228។
ហ្គុង, ប៊ី។និងអ្នកដទៃទៀត។(2023) 'ការធ្វើឱ្យសកម្មនៃអេពីហ្សែន និងការចម្លងនៃគីណាសសម្ងាត់ FAM20C ជាអុនកូហ្សែននៅក្នុង glioma',ទិនានុប្បវត្តិពន្ធុវិទ្យា និងហ្សែន, 50(6), ទំព័រ 422–433 ។ doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008 ។
គាត់, យ.និងអ្នកដទៃទៀត។(2023) 'ប៊ូទីរ៉ាតបញ្ច្រាស់ភាពធន់នឹង ferroptosis ក្នុងជំងឺមហារីកពោះវៀនធំដោយបង្កើតការបង្ក្រាប xCT ដែលពឹងផ្អែកលើ c-Fos',ជីវវិទ្យារីដុកស៊ី, ៦៥, ទំព័រ ១០២៨២២។ doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822។
