Ensayo de cromatina accesible a transposasa con secuenciación de alto rendimiento (ATAC-seq)
Características del servicio
● El servicio requiere muestras de tejido, en lugar de ácidos nucleicos extraídos, para conservar las interacciones ADN-proteína.
● El método ATAC incluye la disociación de tejido, seguida del aislamiento de núcleos, tratamiento y purificación de Tn5, amplificación por PCR, selección de tamaño y secuenciación.
● Secuenciación en Illumina NovaSeq
Ventajas del servicio
●Alta sensibilidad:Una cantidad baja de células iniciales es suficiente para la preparación y secuenciación de la biblioteca.
●Técnica altamente informativa:revela simultáneamente las ubicaciones genómicas de la cromatina abierta y los elementos reguladores activos, como los sitios de unión de factores de transcripción.
●Buena reproducibilidad experimental:Las réplicas técnicas muestran una excelente repetibilidad.
●Amplia experienciaCon cientos de proyectos de secuenciación ATAC completados con éxito, BMKGENE aporta más de una década de experiencia, un equipo de análisis altamente calificado, contenido integral y un excelente soporte posventa.
●Posibilidad de unirse al análisis transcriptómico:permitiendo el análisis integrado de la secuencia ATAC con otros datos ómicos como la secuencia de ARN.
● Análisis bioinformático integral:permitiendo no sólo la identificación de las regiones abiertas de la cromatina y su funcionalidad correspondiente (promotores, UT, exones, intrones) sino también el análisis de las diferencias entre las regiones abiertas de la cromatina entre muestras.
Especificaciones del servicio
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Salida de datos recomendada | Control de calidad |
| Secuencia ATAC | Illumina PE150 | > 20 millones de lecturas Dependiendo del tamaño del genoma (humano: 50 millones de lecturas) | Q30≥85% |
Requisitos de muestra
Tipo de muestras: Tejidos, células vivas o congeladas, sangre.
● Número de celdas: ≥ 106células
● Peso del tejido: ≥ 200 mg de tejido fresco
● Sangre: ≥ 4 mL
Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
Extracción de ADN
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de datos brutos;
● Llamada de pico basada en mapeo al genoma de referencia;
● Anotación de genes en la ubicación del pico;
● Análisis de motivos: identificación de sitios de unión de factores de transcripción (TFBS);
● Análisis y anotación de picos diferenciales.
1. Mapa de calor de la distribución de lecturas ATAC en TSS y regiones adyacentes (±3 kb)
2. Distribución de la región de cromatina abierta en diferentes componentes del genoma.
3. Llamadas pico diferencial entre grupos
Explore los avances de investigación facilitados por los servicios de secuenciación ATAC de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Fu, A.y otros.(2023) 'El ensamblaje del genoma telómero a telómero del melón amargo (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) revela características genéticas del desarrollo, la composición y la maduración del fruto',Investigación en horticultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.y otros.(2023) 'Activación epigenética y transcripcional de la quinasa secretora FAM20C como oncogén en glioma',Revista de Genética y Genómica, 50 (6), págs. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ey.y otros.(2023) 'El butirato revierte la resistencia a la ferroptosis en el cáncer colorrectal al inducir la supresión de xCT dependiente de c-Fos',Biología redox, 65, pág. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
