-
გენომის მასშტაბური ასოციაციის ანალიზი
გენომის მასშტაბური ასოციაციის კვლევა (GWAS) მიზნად ისახავს გენეტიკური ვარიანტების (გენოტიპის) იდენტიფიცირებას, რომლებიც დაკავშირებულია სპეციფიკურ მახასიათებლებთან (ფენოტიპთან).GWAS კვლევა იკვლევს გენეტიკურ მარკერებს, რომლებიც კვეთენ მთლიან გენომს დიდი რაოდენობის ინდივიდებში და პროგნოზირებს გენოტიპ-ფენოტიპის ასოციაციებს სტატისტიკური ანალიზით პოპულაციის დონეზე.იგი ფართოდ გამოიყენებოდა ადამიანის დაავადებებზე და ფუნქციური გენების მოპოვებაში ცხოველების ან მცენარეების კომპლექსურ მახასიათებლებზე.
-
ერთბირთვიანი რნმ-ის თანმიმდევრობა
ერთი უჯრედის დაჭერისა და ინდივიდუალური ბიბლიოთეკის აგების ტექნიკის წინსვლა მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობასთან ერთად იძლევა გენის ექსპრესიის შესწავლას უჯრედ-უჯრედზე.ის იძლევა უფრო ღრმა და სრულ სისტემურ ანალიზს უჯრედების კომპლექსურ პოპულაციებზე, რომლებშიც ის დიდწილად თავიდან აიცილებს მათი ჰეტეროგენურობის ნიღბვას ყველა უჯრედის საშუალო აღებით.
თუმცა, ზოგიერთი უჯრედი არ არის შესაფერისი ერთუჯრედიანი სუსპენზიის დასამზადებლად, ამიტომ ნიმუშის მომზადების სხვა მეთოდებია საჭირო - ბირთვის ამოღება ქსოვილებიდან, ანუ ბირთვი პირდაპირ ამოღებულია ქსოვილებიდან ან უჯრედიდან და მზადდება ერთბირთვიან სუსპენზიაში. უჯრედების თანმიმდევრობა.
BMK უზრუნველყოფს 10× Genomics ChromiumTM-ზე დაფუძნებული ერთუჯრედიანი რნმ-ის თანმიმდევრობის სერვისს.ეს სერვისი ფართოდ გამოიყენებოდა დაავადებებთან დაკავშირებული კვლევების კვლევებში, როგორიცაა იმუნური უჯრედების დიფერენციაცია, სიმსივნის ჰეტეროგენულობა, ქსოვილის განვითარება და ა.შ.
სივრცითი ტრანსკრიპტომის ჩიპი: 10× გენომიკა
პლატფორმა: Illumina NovaSeq 6000
-
მცენარეთა/ცხოველთა მთელი გენომის თანმიმდევრობა
მთლიანი გენომის ხელახალი თანმიმდევრობა, რომელიც ასევე ცნობილია როგორც WGS, საშუალებას იძლევა გამოავლინოს როგორც საერთო, ისე იშვიათი მუტაციები მთელ გენომზე, მათ შორის ერთნუკლეოტიდის პოლიმორფიზმი (SNP), ჩასმის წაშლა (InDel), სტრუქტურის ცვალებადობა (SV) და ასლის ნომრის ვარიაცია (CNV). ).SV-ები ქმნიან ვარიაციის ბაზის უფრო დიდ ნაწილს, ვიდრე SNP-ები და უფრო დიდ გავლენას ახდენენ გენომზე, რაც მნიშვნელოვან გავლენას ახდენს ცოცხალ ორგანიზმებზე.ხანგრძლივად წაკითხული თანმიმდევრობა იძლევა დიდი ფრაგმენტების და რთული ვარიაციების უფრო ზუსტი იდენტიფიკაციის საშუალებას, რადგან ხანგრძლივი წაკითხვა აადვილებს ქრომოსომების გადაკვეთას რთულ რეგიონებზე, როგორიცაა ტანდემი გამეორებები, GC/AT მდიდარი რეგიონები და ჰიპერცვლადი რეგიონები.
პლატფორმა: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 სივრცითი ტრანსკრიპტომა
უჯრედების სივრცითი ორგანიზაცია სასიცოცხლო როლს ასრულებს სხვადასხვა ბიოლოგიურ პროცესებში, როგორიცაა იმუნური ინფილტრაცია, ემბრიონის განვითარება და ა.შ. სივრცითი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა, რომელიც მიუთითებს გენის ექსპრესიის პროფილირებაზე სივრცითი პოზიციის შესახებ ინფორმაციის შენარჩუნებისას, უზრუნველყოფს ტრანსკრიპტომის დონის ქსოვილის არქიტექტურას.ტექნოლოგიის განვითარებასთან ერთად, ულტრა წმინდა ქსოვილის მორფოლოგია და სივრცითი მოლეკულური ექსპრესიის რეალური სტრუქტურული განსხვავება საჭიროებს უფრო მაღალი გარჩევადობით შესწავლას.BMKGENE გთავაზობთ ყოვლისმომცველ, ერთჯერად სივრცითი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობის სერვისს ნიმუშებიდან ბიოლოგიურ ანალიზებამდე.
სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის ტექნოლოგიებმა გააძლიერა ახალი პერსპექტივები მრავალფეროვან კვლევით ასპარეზზე გენის ექსპრესიის პროფილის სივრცითი შინაარსით ჰეტეროგენულ ნიმუშებში გადაჭრით.
სივრცითი ტრანსკრიპტომის ჩიპი: BMKMANU S1000
პლატფორმა: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium სივრცითი ტრანსკრიპტომა
Visium Spatial Gene Expression არის ძირითადი სივრცითი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობის ტექნოლოგია ქსოვილის კლასიფიკაციისთვის მთლიანი mRNA-ზე დაფუძნებული.შეადგინეთ მთლიანი ტრანსკრიპტომი მორფოლოგიური კონტექსტით, რათა აღმოაჩინოთ ახალი შეხედულებები ნორმალური განვითარების, დაავადების პათოლოგიისა და კლინიკური ტრანსლაციის კვლევის შესახებ.BMKGENE გთავაზობთ ყოვლისმომცველ, ერთჯერად სივრცითი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობის სერვისს ნიმუშებიდან ბიოლოგიურ ანალიზებამდე.
სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის ტექნოლოგიებმა გააძლიერა ახალი პერსპექტივები მრავალფეროვან კვლევის ასპარეზზე გენის ექსპრესიის პროფილის სივრცითი შინაარსით ჰეტეროგენულ ნიმუშებში გადაჭრით.
სივრცითი ტრანსკრიპტომის ჩიპი: 10x Genomics Visium
Პლატფორმა:Illumina NovaSeq 6000
-
სრული სიგრძის mRNA თანმიმდევრობა-ნანოპური
რნმ-ის თანმიმდევრობა იყო ფასდაუდებელი ინსტრუმენტი ტრანსკრიპტომის ყოვლისმომცველი ანალიზისთვის.ეჭვგარეშეა, ტრადიციული მოკლე წაკითხვის თანმიმდევრობა მიაღწია მრავალ მნიშვნელოვან განვითარებას აქ.მიუხედავად ამისა, ის ხშირად აწყდება შეზღუდვებს სრულმეტრაჟიანი იზოფორმების იდენტიფიკაციაში, რაოდენობებში, PCR მიკერძოებულობაში.
ნანოპორების თანმიმდევრობა განასხვავებს თავს სხვა თანმიმდევრობის პლატფორმებისგან, რადგან ნუკლეოტიდები იკითხება უშუალოდ დნმ-ის სინთეზის გარეშე და წარმოქმნის ხანგრძლივ კითხვას ათობით კილობაზზე.ეს საშუალებას აძლევს პირდაპირ წასაკითხად გადაკვეთოს სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტები და გაუმკლავდეს გამოწვევებს იზოფორმის დონის კვლევებში.
Პლატფორმა:Nanopore PromethION
ბიბლიოთეკა:cDNA-PCR
-
სრულმეტრაჟიანი mRNA თანმიმდევრობა - PacBio
ახალისრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა, ასევე ცნობილი როგორცახალიIso-Seq იყენებს PacBio sequencer-ის უპირატესობებს წაკითხვის სიგრძეში, რაც საშუალებას იძლევა სრულმეტრაჟიანი cDNA მოლეკულების თანმიმდევრობა ყოველგვარი შესვენების გარეშე.ეს მთლიანად თავიდან აიცილებს ტრანსკრიპტის შეკრების საფეხურებში წარმოქმნილ შეცდომებს და აყალიბებს უნიგენურ კომპლექტს იზოფორმის დონის გარჩევადობით.ეს უნიგენური ნაკრები იძლევა ძლიერ გენეტიკურ ინფორმაციას, როგორც „საცნობარო გენომს“ ტრანსკრიპტომის დონეზე.გარდა ამისა, შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის მონაცემებთან შერწყმით, ეს სერვისი იძლევა იზოფორმის დონის გამოხატვის ზუსტი რაოდენობრივი განსაზღვრის უფლებას.
პლატფორმა: PacBio Sequel IIბიბლიოთეკა: SMRT ზარის ბიბლიოთეკა -
ევკარიოტული mRNA Sequencing-Illumina
mRNA თანმიმდევრობა საშუალებას აძლევს ყველა mRNA-ის პროფილირებას, რომელიც ტრანსკრიპტირებულია უჯრედებიდან სპეციფიკურ პირობებში.ეს არის ძლიერი ტექნოლოგია გენის ექსპრესიის პროფილის, გენის სტრუქტურისა და გარკვეული ბიოლოგიური პროცესების მოლეკულური მექანიზმების გამოსავლენად.დღემდე, mRNA თანმიმდევრობა ფართოდ გამოიყენება ფუნდამენტურ კვლევებში, კლინიკურ დიაგნოსტიკაში, წამლების შემუშავებაში და ა.შ.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq 6000
-
არარეფერენცირებული mRNA Sequencing-Illumina
mRNA თანმიმდევრობა იყენებს შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის მეთოდს (NGS), რათა დაიჭიროს ევკარიოტის მაცნე რნმ (მრნმ) კონკრეტული პერიოდის განმავლობაში, როდესაც აქტიურდება ზოგიერთი სპეციალური ფუნქცია.ყველაზე გრძელ ჩანაწერს ეწოდა "Unigene" და გამოიყენებოდა, როგორც საცნობარო თანმიმდევრობა შემდგომი ანალიზისთვის, რაც ეფექტური საშუალებაა სახეობების მოლეკულური მექანიზმისა და მარეგულირებელი ქსელის შესასწავლად მითითების გარეშე.
ტრანსკრიპტომის მონაცემების შეკრებისა და უნიგენის ფუნქციური ანოტაციის შემდეგ
(1) SSR ანალიზი, CDS პროგნოზირება და გენის სტრუქტურა წინასწარ იქნება შემუშავებული.
(2) განხორციელდება უნიგენის ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა თითოეულ ნიმუშში.
(3) დიფერენციალურად გამოხატული უნიგენები ნიმუშებს (ან ჯგუფებს) შორის აღმოჩენილი იქნება უნიგენური ექსპრესიის საფუძველზე
(4) განხორციელდება დიფერენციალურად გამოხატული უნიგენების კლასტერირება, ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრების ანალიზი
-
გრძელი არაკოდირების თანმიმდევრობა-Illumina
გრძელი არაკოდიციური რნმ (lncRNAs) არის რნმ-ის მოლეკულების ტიპი, რომლის სიგრძე აღემატება 200 ნტ-ს, რომლებიც ხასიათდება კოდირების უკიდურესად დაბალი პოტენციალით.LncRNA, როგორც ძირითადი წევრი არაკოდირების რნმ-ებში, ძირითადად გვხვდება ბირთვსა და პლაზმაში.თანმიმდევრობის ტექნოლოგიისა და ბიოინფორმტიკის განვითარება იძლევა მრავალი ახალი lncRNA-ის იდენტიფიკაციის საშუალებას და მათ ბიოლოგიურ ფუნქციებთან დაკავშირებას.აკუმულაციური მტკიცებულებები ვარაუდობენ, რომ lncRNA ფართოდ არის ჩართული ეპიგენეტიკურ რეგულაციაში, ტრანსკრიპციის რეგულაციასა და პოსტტრანსკრიპციის რეგულაციაში.
-
მცირე რნმ-ის თანმიმდევრობა-Illumina
მცირე რნმ ეხება რნმ-ის არაკოდირებადი მოლეკულების კლასს, რომლებიც, როგორც წესი, 200 ნტ-ზე ნაკლებია სიგრძით, მათ შორის მიკრო რნმ (მირნმ), მცირე ინტერფერენციული რნმ (სირნმ) და პივი-ინტერაქციული რნმ (piRNA).
მიკრორნმ (მირნმ) არის ენდოგენური მცირე რნმ-ის კლასი, რომლის სიგრძეა დაახლოებით 20-24 ნტ, რომელიც ასრულებს სხვადასხვა მნიშვნელოვან მარეგულირებელ როლს უჯრედებში.miRNA ჩართულია მრავალ სასიცოცხლო პროცესებში, რომლებიც ავლენს ქსოვილს - სპეციფიკურ და სტადიას - სპეციფიკურ გამოხატულებას და ძალზედ დაცული სხვადასხვა სახეობებში.
-
circRNA თანმიმდევრობა-Illumina
მთლიანი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა შექმნილია რნმ-ის ყველა ტიპის მოლეკულის პროფილისთვის, მათ შორის კოდირებადი (mRNA) და არაკოდიციური რნმ (მათ შორის lncRNA, circRNA და miRNA), რომლებიც ტრანსკრიბირებულია კონკრეტული უჯრედების მიერ გარკვეულ დროს.მთლიანი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა, რომელიც ასევე ცნობილია როგორც "ტოტალური რნმ-ის თანმიმდევრობა", მიზნად ისახავს ტრანსკრიპტომის დონეზე ყოვლისმომცველი მარეგულირებელი ქსელების გამოვლენას.NGS ტექნოლოგიის გამოყენებით, მთელი ტრანსკრიპტომის პროდუქტების თანმიმდევრობები ხელმისაწვდომია ceRNA ანალიზისთვის და ერთობლივი რნმ ანალიზისთვის, რაც უზრუნველყოფს პირველ ნაბიჯს ფუნქციური დახასიათებისკენ.ცირკნმ-მირნმ-მრნმ-ზე დაფუძნებული ცერნმ-ის მარეგულირებელი ქსელის გამოვლენა.
