De novo ბაქტერიული გენომის ასამბლეა
ჩვენ გთავაზობთ ბაქტერიული გენომის აწყობის სრულ სერვისს, რომელიც გარანტიას იძლევა 0 ხარვეზისგან. ეს შესაძლებელია ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირების ტექნოლოგიების, როგორიცაა Nanopore და PacBio აწყობისთვის და მოკლე წაკითხვის სეკვენირების Illumina-სთან ინტეგრირებით აწყობის ვალიდაციისთვის და ONT წაკითხვის შეცდომების გასწორებისთვის. ჩვენი სერვისი უზრუნველყოფს ბიოინფორმატიკული სამუშაო პროცესის სრულ პროცესს აწყობიდან დაწყებული, ფუნქციური ანოტაციით და მოწინავე ბიოინფორმატიული ანალიზით დამთავრებული, კონკრეტული კვლევითი მიზნების მისაღწევად. ეს სერვისი საშუალებას იძლევა შეიქმნას ზუსტი საცნობარო გენომები სხვადასხვა გენეტიკური და გენომიური კვლევებისთვის. გარდა ამისა, ის ქმნის საფუძველს ისეთი აპლიკაციებისთვის, როგორიცაა შტამების ოპტიმიზაცია, გენეტიკური ინჟინერია და მიკრობული ტექნოლოგიების შემუშავება, რაც უზრუნველყოფს საიმედო და ხარვეზებისგან თავისუფალ გენომურ მონაცემებს, რომლებიც აუცილებელია სამეცნიერო მიგნებებისა და ბიოტექნოლოგიური ინოვაციების წინსვლისთვის.
სერვისის მახასიათებლები
● გენომის სისრულის სასურველი ხარისხის მიხედვით, არჩევანის გაკეთების ორი შესაძლო ვარიანტით.
● გენომის დრაფტის ვარიანტი: მოკლე წაკითხვის სეკვენირება Illumina NovaSeq PE150-ით.
● 0 უფსკრულიანი გენომის სრული ვერსია.
● გენომის აწყობისთვის ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირება Nanopore PromethION 48-ზე ან PacBio Revio-ზე.
● Illumina NovaSeq-ზე მოკლე წაკითხვის სეკვენირება გენომის ვალიდაციისა და შეცდომების გასწორებისთვის (Nanopore) ან გენომის ვერსიის გენერირებისთვის.
მომსახურების უპირატესობები
●ნულოვანი ხარვეზის გენომი გარანტირებულიეს განპირობებულია Illumina-ს სეკვენირებისა და ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირების (Nanopore ან PacBio) ინტეგრაციით.
●ბიოინფორმატიკის სრული სამუშაო პროცესი:ეს მოიცავს გენომის აწყობას და მრავალი გენომური ელემენტის პროგნოზირებას, ფუნქციურ გენის ანოტაციას და გენომის ვიზუალიზაციას, როგორიცაა Circos დიაგრამა.
●ფართო ექსპერტიზა20 000-ზე მეტი აწყობილი მიკრობული გენომით, BMKGENE გთავაზობთ ათწლეულზე მეტ გამოცდილებას, მაღალკვალიფიციურ ანალიტიკურ გუნდს, ყოვლისმომცველ კონტენტს და შესანიშნავ გაყიდვის შემდგომ მხარდაჭერას.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
●ხელმისაწვდომია სეკვენირების მრავალი სტრატეგია:გენომის სისრულის სხვადასხვა კვლევითი მიზნებისა და მოთხოვნებისთვის.
სერვისის სპეციფიკაციები
| სერვისი | სეკვენირების სტრატეგია |
| გენომის პროექტი | ილუმინა PE150 100x |
| 0 Gap გენომი | ნანოფორი 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (არასავალდებულო) |
ნიმუშის მოთხოვნები:
| კონცენტრაცია (ნგ/µლ) | საერთო რაოდენობა (მკგ) | მოცულობა (µლ) | OD260/280 | OD260/230 | |
| პაკბიო | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| ნანოფორი | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ილუმინა | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· ბაქტერიები: ≥3.5x1010 უჯრედები
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● მონაცემთა ხარისხის კონტროლი თანმიმდევრობით
● გენომის ასამბლეა
● გენომის კომპონენტების ანალიზი: CDS-ის და მრავალი გენომური ელემენტის პროგნოზირება
● ფუნქციური ანოტაცია მრავალი ზოგადი მონაცემთა ბაზით (GO, KEGG და ა.შ.) და გაფართოებული მონაცემთა ბაზებით (CARD, CAZy და ა.შ.)
● გენომის ვიზუალიზაცია
ჩვენ გენომს ადვილად ხელმისაწვდომ fasta ფორმატში და გენომის ანოტაციის ფაილში (gff) გთავაზობთ.
გენის ანოტაცია – GO
გენის ანოტაცია – CAZY ნახშირწყლები
გენომის ვიზუალიზაცია – Circos plot
გაეცანით BMKGene-ის ბაქტერიული გენომის აწყობის სერვისების მიერ ხელშეწყობულ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
დაი, ვ. და სხვ. (2023) „Bacteroides uniformis F18-22-ის, როგორც უსაფრთხო და ახალი პრობიოტიკური ბაქტერიის აღმოჩენა ჯანმრთელი ადამიანის მსხვილი ნაწლავის წყლულოვანი კოლიტის სამკურნალოდ“,მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 24(19), გვ. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
კანგი, ქ. და სხვ. (2021) „მრავალწამლისმიერი რეზისტენტული Proteus mirabilis-ის იზოლატები, რომლებიც ატარებენ blaOXA-1-ს და blaNDM-1-ს ჩინეთში არსებული ველური ბუნებიდან: საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის რისკის ზრდა“,ინტეგრაციული ზოოლოგია, 16(6), გვ.798–809. დოი: 10.1111/1749-4877.12510.
ვანგი, ტ.ტ. და სხვ. (2017) „ენდოფიტ Bacillus flexus KLBMP 4941-ის სრული გენომის თანმიმდევრობა ავლენს მცენარის ზრდის ხელშეწყობის მექანიზმს და მარილისადმი ტოლერანტობის გენეტიკურ საფუძველს“.ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 260, გვ.38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
ვანგი, X. და სხვ. (2021) „კლებსიელას მრავალჯერადი რეპლიკაციისადმი რეზისტენტობის პლაზმიდები ანტიმიკრობული გენების ფართო გავრცელებას უწყობენ ხელს“,მიკრობიოლოგიის საზღვრები, 12, გვ. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
