BMKCloud Log in
ბანერი-03

პროდუქტები

Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)

მაღალი გამტარუნარიანობის გენოტიპირება, განსაკუთრებით ფართომასშტაბიან პოპულაციაში, არის ფუნდამენტური ნაბიჯი გენეტიკური ასოციაციის კვლევებში, რომელიც უზრუნველყოფს გენეტიკურ საფუძველს ფუნქციური გენის აღმოჩენისთვის, ევოლუციური ანალიზისთვის და ა.შ. ღრმა მთლიანი გენომის ხელახალი თანმიმდევრობის ნაცვლად, შემცირებული წარმოდგენის გენომის თანმიმდევრობა (RRGS). ) დაინერგება თითო ნიმუშის თანმიმდევრობის დანახარჯების შესამცირებლად, გენეტიკური მარკერის აღმოჩენის გონივრული ეფექტურობის შესანარჩუნებლად.ეს ჩვეულებრივ მიიღწევა შეზღუდვის ფრაგმენტის მოპოვებით მოცემულ ზომის დიაპაზონში, რომელსაც ეწოდება შემცირებული წარმოდგენის ბიბლიოთეკა (RRL).სპეციფიური ლოკუსით გაძლიერებული ფრაგმენტების თანმიმდევრობა (SLAF-Seq) არის SNP გენოტიპირების თვითგანვითარებული სტრატეგია საცნობარო გენომით ან მის გარეშე.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა


სერვისის დეტალები

დემო შედეგები

გამორჩეული პუბლიკაციები

სერვისის დეტალები

ტექნიკური სქემა

111

სამუშაო ნაკადი

流程图

სერვისის უპირატესობები

მარკერის აღმოჩენის მაღალი ეფექტურობა- მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის ტექნოლოგია ეხმარება SLAF-Seq-ს მთელ გენომში ასობით ათასი ტეგის აღმოჩენაში.

დაბალი დამოკიდებულება გენომზე- ის შეიძლება გამოყენებულ იქნას სახეობებზე, როგორც საცნობარო გენომით, ასევე მის გარეშე.

მოქნილი სქემის დიზაინი- ერთფერმენტიანი, ორმაგი ფერმენტი, მრავალფერმენტული მონელება და სხვადასხვა ტიპის ფერმენტები, ყველა შეიძლება შეირჩეს სხვადასხვა კვლევის მიზნის ან სახეობის დასაკმაყოფილებლად.სილიკოში წინასწარი შეფასება გამოიყენება ფერმენტის ოპტიმალური დიზაინის უზრუნველსაყოფად.

ეფექტური ფერმენტული მონელება- პირობების ოპტიმიზაციის მიზნით ჩატარდა წინასწარი ექსპერიმენტი, რაც ფორმალურ ექსპერიმენტს სტაბილურს და საიმედოს ხდის.ფრაგმენტების შეგროვების ეფექტურობამ შეიძლება მიაღწიოს 95% -ს.

თანაბრად განაწილებული SLAF ტეგები- SLAF ტეგები თანაბრად ნაწილდება ყველა ქრომოსომაში ყველაზე დიდი ზომით, რაც საშუალოდ აღწევს 1 SLAF 4 კბ-ზე.

გამეორებების ეფექტური თავიდან აცილება- SLAF-Seq მონაცემებში განმეორებითი თანმიმდევრობა მცირდება 5%-ზე დაბალზე, განსაკუთრებით გამეორებების მაღალი დონის მქონე სახეობებში, როგორიცაა ხორბალი, სიმინდი და ა.შ.

Დიდი გამოცდილება-2000-ზე მეტი დახურული SLAF-Seq პროექტი ასობით სახეობაზე, რომელიც მოიცავს მცენარეებს, ძუძუმწოვრებს, ფრინველებს, მწერებს, აკვა-ორგანიზმებს და ა.შ.

თვითგანვითარებული ბიოინფორმაციული სამუშაო პროცესი- SLAF-Seq-ისთვის ინტეგრირებული ბიოინფორმატიული სამუშაო პროცესი შეიქმნა BMKGENE-ის მიერ, რათა უზრუნველყოს საბოლოო გამომავალი სანდოობა და სიზუსტე.

 

სერვისის სპეციფიკაციები

 

Პლატფორმა

კონს.(ნგ/გლ)

სულ (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(ტომი>15μl)

1.6-2.5

შენიშვნა: სამი ნიმუში, თითოეული სამი ფერმენტის სქემით, ჩატარდება წინასწარი ექსპერიმენტისთვის.

რეკომენდებული თანმიმდევრობის სტრატეგია

თანმიმდევრობის სიღრმე: 10X/Tag

გენომის ზომა

რეკომენდებული SLAF ტეგები

< 500 Mb

100K ან WGS

500 მბ-1 გბ

100 კ

1 გბ -2 გბ

200 კ

გიგანტური ან რთული გენომები

300 - 400 ათასი

 

აპლიკაციები

 

რეკომენდირებულია

მოსახლეობის მასშტაბი

 

თანმიმდევრობის სტრატეგია და სიღრმე

 

სიღრმე

 

Მონიშნე ნომერი

 

GWAS

 

ნიმუშის ნომერი ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Მიხედვით

გენომის ზომა

 

გენეტიკური ევოლუცია

 

თითოეულის ინდივიდები

ქვეჯგუფი ≥ 10;

სულ ნიმუშები ≥ 30

 

10X

 

რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება

კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგა ტუბი

ნიმუშების უმეტესობისთვის ჩვენ გირჩევთ არ შეინახოთ ეთანოლში.

ნიმუშის მარკირება: ნიმუშები უნდა იყოს მკაფიოდ დატანილი და იდენტური იყოს წარმოდგენილი ნიმუშის ინფორმაციის ფორმისა.

გადაზიდვა: მშრალი ყინული: ნიმუშები ჯერ უნდა შეიფუთოს ჩანთებში და დამარხონ მშრალ ყინულში.

სერვისის სამუშაო პროცესი

ნიმუში QC
საპილოტე ექსპერიმენტი
SLAF ექსპერიმენტი
ბიბლიოთეკის მომზადება
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება

ნიმუში QC

საპილოტე ექსპერიმენტი

SLAF- ექსპერიმენტი

ბიბლიოთეკის მომზადება

თანმიმდევრობა

Მონაცემთა ანალიზი

გაყიდვის შემდგომი მომსახურება


  • წინა:
  • შემდეგი:

  • 1. რუკის შედეგის სტატისტიკა

    სურათი 1

    A1

    2. SLAF მარკერის განვითარება

    A2

    3. ვარიაციის ანოტაცია

    A3

    წელიწადი

    ჟურნალი

    IF

    სათაური

    აპლიკაციები

    2022 წელი

    ბუნების კომუნიკაციები

    17.694

    ხის პეონის გიგა-ქრომოსომებისა და გიგა-გენომის გენომიური საფუძველი

    პაეონია ოსტიი

    SLAF-GWAS

    2015 წელი

    ახალი ფიტოლოგი

    7.433

    მოშინაურების კვალი ამაგრებს აგრონომიული მნიშვნელობის გენომიურ რეგიონებს

    სოიო

    SLAF-GWAS

    2022 წელი

    ჟურნალი Advanced Research

    12.822

    Gossypium barbadense-ის გენომის ფართო ხელოვნური ინტროგრესიები G. hirsutum-ში

    გამოავლენს უმაღლეს ლოკებს ბამბის ბოჭკოს ხარისხისა და მოსავლიანობის ერთდროული გასაუმჯობესებლად

    თვისებები

    SLAF-ევოლუციური გენეტიკა

    2019 წელი

    მოლეკულური მცენარე

    10.81

    პოპულაციის გენომიური ანალიზი და De Novo ასამბლეა ავლენს Weedy-ის წარმოშობას

    რაისი, როგორც ევოლუციური თამაში

    SLAF-ევოლუციური გენეტიკა

    2019 წელი

    ბუნების გენეტიკა

    31.616

    ჩვეულებრივი კობრის, Cyprinus carpio-ს გენომის თანმიმდევრობა და გენეტიკური მრავალფეროვნება

    SLAF-Linkage რუკა

    2014 წელი

    ბუნების გენეტიკა

    25.455

    კულტივირებული არაქისის გენომი იძლევა გარკვევას პარკოსნების კარიოტიპების, პოლიპლოიდების შესახებ

    ევოლუცია და მოსავლის მოშინაურება.

    SLAF-Linkage რუკა

    2022 წელი

    მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი

    9.803

    ST1-ის იდენტიფიკაცია ავლენს შერჩევას, რომელიც მოიცავს თესლის მორფოლოგიის ავტოსტოპს

    და ზეთის შემცველობა სოიოს მოშინაურების დროს

    SLAF-მარკერის განვითარება

    2022 წელი

    მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი

    6.208

    იდენტიფიკაცია და დნმ მარკერის განვითარება ხორბლის-Leymus mollis 2Ns-ისთვის (2D)

    დიზომური ქრომოსომის ჩანაცვლება

    SLAF-მარკერის განვითარება

    მიიღეთ ციტატა

    დაწერეთ თქვენი მესიჯი აქ და გამოგვიგზავნეთ

    გამოგვიგზავნეთ თქვენი შეტყობინება: