სპეციფიკური ლოკუსის ამპლიფიცირებული ფრაგმენტის სეკვენირება (SLAF-Seq)
სამუშაო პროცესი
სერვისს აქვს გარკვეული წინასწარი დიზაინი in silico, რათა უზრუნველყოფილი იყოს ბიბლიოთეკის მომზადებისას ფერმენტების ოპტიმალური შერჩევა.
ტექნიკური სქემა
სერვისის მახასიათებლები
● სეკვენირება NovaSeq-ზე PE150-ით.
● ბიბლიოთეკის მომზადება ორმაგი შტრიხკოდით, რაც 1000-ზე მეტი ნიმუშის გაერთიანების საშუალებას იძლევა.
● საცნობარო გენომისგან დამოუკიდებელი:
საცნობარო გენომით: SNP და InDel აღმოჩენა
საცნობარო გენომის გარეშე: ნიმუშის კლასტერიზაცია და SNP აღმოჩენა
● -შიინ-სილიკოდიზაინის წინა ეტაპზე სკრინინგდება მრავალი შემზღუდველი ფერმენტის კომბინაცია, რათა გამოვლინდეს ის კომბინაციები, რომლებიც გენომის გასწვრივ SLAF ტეგების ერთგვაროვან განაწილებას წარმოქმნიან.
● ექსპერიმენტამდელი პერიოდის განმავლობაში, 3 ნიმუშში სამი ფერმენტის კომბინაცია იტესტება 9 SLAF ბიბლიოთეკის გენერირებისთვის და ეს ინფორმაცია გამოიყენება პროექტისთვის ოპტიმალური შემზღუდველი ფერმენტის კომბინაციის შესარჩევად.
მომსახურების უპირატესობები
●მაღალი გენეტიკური მარკერების აღმოჩენაჩვენ ვაერთიანებთ მაღალი გამტარუნარიანობის ორმაგი შტრიხკოდის სისტემას, რომელიც საშუალებას იძლევა დიდი პოპულაციების ერთდროული სეკვენირებისა და ლოკუს-სპეციფიკური ამპლიფიკაციის ეფექტურობის გაზრდისა, რაც უზრუნველყოფს, რომ ტეგების ნომრები აკმაყოფილებდეს სხვადასხვა კვლევითი კითხვების მრავალფეროვან მოთხოვნებს.
● გენომზე დაბალი დამოკიდებულებამისი გამოყენება შესაძლებელია როგორც საცნობარო გენომით, ასევე მის გარეშე არსებულ სახეობებზე.
●მოქნილი სქემის დიზაინიერთფერმენტიანი, ორფერმენტიანი, მრავალფერმენტიანი მონელების და სხვადასხვა ტიპის ფერმენტების შერჩევა შესაძლებელია სხვადასხვა კვლევითი მიზნების ან სახეობების დასაკმაყოფილებლად.
● მაღალი ეფექტურობა ფერმენტულ მონელებაში: ჩატარებაინ-სილიკოწინასწარი დიზაინი და წინასწარი ექსპერიმენტი უზრუნველყოფს ოპტიმალურ დიზაინს SLAF ტეგების თანაბარი განაწილებით ქრომოსომაზე (1 SLAF ტეგი/4 კბ) და შემცირებული განმეორებადი თანმიმდევრობით (<5%).
●ფართო ექსპერტიზაჩვენ ყველა პროექტში დიდ გამოცდილებას ვიყენებთ, 5000-ზე მეტი SLAF-Seq პროექტის დასრულების ისტორია გვაქვს ასობით სახეობაზე, მათ შორის მცენარეებზე, ძუძუმწოვრებზე, ფრინველებზე, მწერებსა და წყლის ორგანიზმებზე.
● თვითშემუშავებული ბიოინფორმატიული სამუშაო პროცესისაბოლოო შედეგის სანდოობისა და სიზუსტის უზრუნველსაყოფად, ჩვენ შევიმუშავეთ SLAF-Seq-ისთვის ინტეგრირებული ბიოინფორმატიული სამუშაო პროცესი.
სერვისის სპეციფიკაციები
| ანალიზის ტიპი | რეკომენდებული პოპულაციის მასშტაბი | სეკვენირების სტრატეგია | |
| ტეგების თანმიმდევრობის სიღრმე | ტეგის ნომერი | ||
| გენეტიკური რუკები | 2 მშობელი და 150-ზე მეტი შთამომავალი | მშობლები: 20x WGS შთამომავლობა: 10x | გენომის ზომა: <400 მბ: რეკომენდებულია WGS <1 გბ: 100 ათასი თეგი 1-2 გბ:: 200 ათასი თეგი >2 გბ: 300 ათასი თეგი მაქს. 500 ათასი თეგი |
| გენომის მასშტაბით ასოციაციის კვლევები (GWAS) | ≥200 ნიმუში | 10x | |
| გენეტიკური ევოლუცია | ≥30 ნიმუში, თითოეული ქვეჯგუფიდან >10 ნიმუშით | 10x | |
მომსახურების მოთხოვნები
კონცენტრაცია ≥ 5 ნგ/მკლ
საერთო რაოდენობა ≥ 80 ნგ
ნანოწვეთი OD260/280=1.6-2.5
აგაროზის გელი: დეგრადაცია ან დაბინძურება არ არის ან შეზღუდულია
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი
(ნიმუშების უმეტესობისთვის რეკომენდებულია ეთანოლში შენახვა.)
ნიმუშის ეტიკეტირება: ნიმუშები უნდა იყოს მკაფიოდ ეტიკეტირებული და იდენტური იყოს წარდგენილი ნიმუშის საინფორმაციო ფორმისა.
ტრანსპორტირება: მშრალი ყინული: ნიმუშები ჯერ პარკებში უნდა შეიფუთოს და მშრალ ყინულში ჩამარხოს.
სერვისის სამუშაო პროცესი
ნიმუშის ხარისხის კონტროლი
პილოტური ექსპერიმენტი
SLAF-ექსპერიმენტი
ბიბლიოთეკის მომზადება
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ჩვენი ბიოინფორმატიული ანალიზი მოიცავს:
მონაცემთა ხარისხის კონტროლი და მონაცემთა შემცირება აზოტით მდიდარი წაკითხვის, ადაპტერის წაკითხვის ან დაბალი ხარისხის წაკითხვის მოსაშორებლად.
სუფთა წაკითხვის მეორე ხარისხის კონტროლი ბაზის განაწილების, თანმიმდევრობის ხარისხისა და მონაცემთა შეფასების შესამოწმებლად, ასევე მონელების ეფექტურობისა და მიღებული ჩანართების შესამოწმებლად.
წაკითხვის შემოწმების შემდეგ, არსებობს ორი ვარიანტი:
- საცნობარო გენომთან შესაბამისობა
- საცნობარო გენომის გარეშე: კლასტერიზაცია
ამის შემდეგ, SLAF ტეგების ანალიზი გამოიყენება მარკერების აღმოჩენის დასახმარებლად რამდენიმე ვარიანტის გამოძახებისთვის: SNP, InDel, SNV, CV გამოძახება და ანოტაცია.
SLAF ტეგების განაწილება ქრომოსომებზე:
SNP-ების განაწილება ქრომოსომებზე:
SNP ანოტაცია
ჯიანგ ს., ლი ს., ლუო ჯ., ვანგ ს. და ში ს. (2023) ნაყოფის დამწიფების დროს შაქრის შემცველობის QTL რუკების შედგენა და ტრანსკრიპტომული ანალიზი.პირუს პირიფოლია.ფრონტი. მცენარეთა მეცნიერება.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
ლი, ჯ., ჟანგი, ი., მა, რ., ჰუანგი, ვ., ჰოუ, ჯ., ფანგი, ს. და სან, ლ. (2022). st1-ის იდენტიფიკაცია ავლენს შერჩევას, რომელიც მოიცავს თესლის მორფოლოგიისა და ზეთის შემცველობის ავტოსტოპით ცვლილებას სოიოს მოშინაურების დროს.მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.და სხვ.ჩვეულებრივი კობრის გენომის თანმიმდევრობა და გენეტიკური მრავალფეროვნება,კვიპრინუს კარპიო.ნატ გენეტი 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
ჟუანგი, ვ., ჩენი, ჰ., იანგი, მ.და სხვ.კულტივირებული არაქისის გენომი იძლევა წარმოდგენას პარკოსანი მცენარეების კარიოტიპების, პოლიპლოიდური ევოლუციისა და კულტურების მოშინაურების შესახებ.ნატ გენეტი 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| წელი | ჟურნალი | IF | სათაური | აპლიკაციები |
| 2022 წელი | ბუნების კომუნიკაციები | 17.694 | ხის პეონის გიგა-ქრომოსომებისა და გიგა-გენომის გენომური საფუძვლები პეონია ოსტიი | SLAF-GWAS |
| 2015 წელი | ახალი ფიტოლოგი | 7.433 | დომესტიკაციის კვალი აგრონომიული მნიშვნელობის გენომურ რეგიონებს განსაზღვრავს სოიო | SLAF-GWAS |
| 2022 წელი | მოწინავე კვლევის ჟურნალი | 12.822 | Gossypium barbadense-ის გენომის მასშტაბით ხელოვნური ინტროგრესიები G. hirsutum-ში ბამბის ბოჭკოების ხარისხისა და მოსავლიანობის ერთდროული გაუმჯობესების მიზნით, გამოავლინოს უმაღლესი ლოკუსები თვისებები | SLAF - ევოლუციური გენეტიკა |
| 2019 წელი | მოლეკულური ქარხანა | 10.81 | პოპულაციის გენომური ანალიზი და დე ნოვო ასამბლეა ავლენს გრეიდის წარმოშობას ბრინჯი, როგორც ევოლუციური თამაში | SLAF - ევოლუციური გენეტიკა |
| 2019 წელი | ბუნების გენეტიკა | 31.616 | ჩვეულებრივი კობრის, Cyprinus carpio-ს გენომის თანმიმდევრობა და გენეტიკური მრავალფეროვნება | SLAF-კავშირის რუკა |
| 2014 წელი | ბუნების გენეტიკა | 25.455 | კულტივირებული არაქისის გენომი იძლევა წარმოდგენას პარკოსანი მცენარეების კარიოტიპებისა და პოლიპლოიდების შესახებ. ევოლუცია და კულტურების მოშინაურება. | SLAF-კავშირის რუკა |
| 2022 წელი | მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი | 9.803 | ST1-ის იდენტიფიცირება ავლენს თესლის მორფოლოგიის ავტოსტოპით შერჩევას. და ზეთის შემცველობა სოიოს მოშინაურების დროს | SLAF-მარკერის შემუშავება |
| 2022 წელი | მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი | 6.208 | ხორბლის Leymus mollis 2Ns-ის იდენტიფიკაცია და დნმ მარკერის შემუშავება (2D) დისომიური ქრომოსომის ჩანაცვლება | SLAF-მარკერის შემუშავება |
| წელი | ჟურნალი | IF | სათაური | აპლიკაციები |
| 2023 წელი | მცენარეთა მეცნიერების საზღვრები | 6.735 | Pyrus pyrifolia-ს ნაყოფის დამწიფების დროს შაქრის შემცველობის QTL რუკების შედგენა და ტრანსკრიპტომული ანალიზი. | გენეტიკური რუკა |
| 2022 წელი | მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი | 8.154 | ST1-ის იდენტიფიცირება ავლენს შერჩევას, რომელიც მოიცავს თესლის მორფოლოგიისა და ზეთის შემცველობის ცვლილებას სოიოს მოშინაურების დროს.
| შოტლანდიის ეროვნული პარტიის მოწოდება |
| 2022 წელი | მცენარეთა მეცნიერების საზღვრები | 6.623 | გვალვის გარემოში უქერქო ძლივს შექმნილ ფენოტიპებში გენომის მასშტაბით ასოციაციური რუკების შედგენა.
| GWAS |
