პროდუქტები

Hi-C დაფუძნებული გენომის ასამბლეა

Hi-C დაფუძნებული გენომის ასამბლეის გამორჩეული სურათი

Hi-C არის მეთოდი, რომელიც შექმნილია ქრომოსომის კონფიგურაციის დასაფიქსირებლად სიახლოვეზე დაფუძნებული ურთიერთქმედებებისა და მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის კომბინაციით.ითვლება, რომ ამ ურთიერთქმედების ინტენსივობა უარყოფითად არის დაკავშირებული ქრომოსომების ფიზიკურ მანძილთან.აქედან გამომდინარე, Hi-C მონაცემებს შეუძლია ხელმძღვანელობდეს აწყობილი თანმიმდევრობების დაჯგუფებას, მოწესრიგებასა და ორიენტირებას გენომში მონახაზში და ქრომოსომების გარკვეულ რაოდენობაზე.ეს ტექნოლოგია აძლიერებს ქრომოსომის დონის გენომის შეკრებას პოპულაციაზე დაფუძნებული გენეტიკური რუქის არარსებობის შემთხვევაში.თითოეულ გენომს სჭირდება Hi-C.

პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა / DNBSEQ

Დაგვიკავშირდით

სერვისის დეტალები

დემო შედეგები

საქმის შესწავლა

სერვისის უპირატესობები

Hi-C-ის მიმოხილვა
(ლიბერმან-აიდენ ე და სხვ.,მეცნიერება, 2009)

● არ არის საჭირო გენეტიკური პოპულაციის კონსტრუირება კონტიგ-ანკორინგისთვის;
● მარკერის უფრო მაღალი სიმკვრივე, რაც იწვევს კონტიგების დამაგრების მაღალ კოეფიციენტს 90%-ზე მეტი;
● იძლევა გენომის არსებული შეკრებების შეფასებასა და კორექტირებას;
● შემობრუნების მოკლე დრო გენომის აწყობის უფრო მაღალი სიზუსტით;
● 500-ზე მეტი სახეობისთვის აშენებული 1000-ზე მეტი Hi-C ბიბლიოთეკის უხვი გამოცდილება;
● 100-ზე მეტი წარმატებული შემთხვევა 760-ზე მეტი აკუმულაციური გამოქვეყნებული ზემოქმედების ფაქტორით;
● Hi-C-ზე დაფუძნებული გენომის აწყობა პოლიპლოიდური გენომისთვის, წინა პროექტში მიღწეული იყო 100% დამაგრების სიჩქარე;
● შიდა პატენტები და პროგრამული უზრუნველყოფის საავტორო უფლებები Hi-C ექსპერიმენტებისა და მონაცემთა ანალიზისთვის;
● დამოუკიდებლად შემუშავებული ვიზუალიზებული მონაცემთა დარეგულირების პროგრამული უზრუნველყოფა, რომელიც საშუალებას აძლევს ბლოკის ხელით გადატანას, შებრუნებას, გაუქმებას და ხელახლა გაკეთებას.

სერვისის სპეციფიკაციები

ბიბლიოთეკის ტიპი

Პლატფორმა

წაკითხვის სიგრძე

რეკომენდაცია სტრატეგია

Hi-C

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 100X

ბიოინფორმატიკის ანალიზები

● ნედლი მონაცემთა ხარისხის კონტროლი

● Hi-C ბიბლიოთეკის ხარისხის კონტროლი

● Hi-C-ზე დაფუძნებული გენომის შეკრება

● შეკრების შემდგომი შეფასება

ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება

ნიმუშის მოთხოვნები:

ცხოველი	სოკო	მცენარეები
გაყინული ქსოვილი: 1-2გრ ბიბლიოთეკაში უჯრედები: 1x 10^7 უჯრედი ბიბლიოთეკაში	გაყინული ქსოვილი: 1გრ ბიბლიოთეკაში	გაყინული ქსოვილი: 1-2გრ ბიბლიოთეკაში
*ჩვენ კატეგორიულად გირჩევთ გაგზავნოთ მინიმუმ 2 ალიკვოტი (თითოეული 1 გ) Hi-C ექსპერიმენტისთვის.

რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება

კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშების უმეტესობისთვის ჩვენ გირჩევთ არ შეინახოთ ეთანოლში.
ნიმუშის მარკირება: ნიმუშები უნდა იყოს მკაფიოდ დატანილი და იდენტური იყოს წარმოდგენილი ნიმუშის ინფორმაციის ფორმისა.
გადაზიდვა: მშრალი ყინული: ნიმუშები ჯერ უნდა შეიფუთოს ჩანთებში და დამარხონ მშრალ ყინულში.

სერვისის სამუშაო ნაკადი

ექსპერიმენტის დიზაინი

ნიმუშის მიწოდება

დნმ-ის ექსტრაქცია

ბიბლიოთეკის მშენებლობა

თანმიმდევრობა

Მონაცემთა ანალიზი

გაყიდვის შემდგომი მომსახურება

წინა: მცენარეთა/ცხოველთა დე ნოვო გენომის თანმიმდევრობა

შემდეგი: ევოლუციური გენეტიკა

*აქ ნაჩვენები დემო შედეგები არის Biomarker Technologies-ით გამოქვეყნებული გენომებიდან

1.Hi-C ურთიერთქმედების სითბოს რუკაCamptotheca acuminataგენომი.როგორც რუკაზეა ნაჩვენები, ურთიერთქმედების ინტენსივობა უარყოფითად არის დაკავშირებული ხაზოვან მანძილთან, რაც მიუთითებს ქრომოსომის დონის უაღრესად ზუსტ შეკრებაზე.(დამაგრების კოეფიციენტი: 96.03%)

3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-genome-assembly

კანგ მ და სხვ.ბუნების კომუნიკაციები2021 წელი

2.Hi-C-მ ხელი შეუწყო ინვერსიების დადასტურებას შორისGossypium hirsutumL. TM-1 A06 დაგ.არბორეუმიChr06

4Hi-C-heatmap-facilitate-revealing-of-inversions-ween-genomes

იანგ ზი და სხვ.Nature Communications, 2019 წელი

3. Cassava გენომის აწყობა და ბიალელური დიფერენციაცია SC205.Hi-C სითბოს რუკა ნაჩვენებია მკაფიო გაყოფა ჰომოლოგიურ ქრომოსომებში.

5Hi-C-სითბოს რუკა-ჰომოლოგიური-ქრომოსომების ჩვენება

ჰუ უ და სხვ.,მოლეკულური მცენარე2021 წელი

4.Hi-C სითბოს რუკა Ficus-ის ორი სახეობის გენომის შეკრებაზე:F.microcarpa(დამაგრების კოეფიციენტი: 99.3%) დაF.hispida (დამაგრების კოეფიციენტი: 99.7%)
6Hi-C-heatmap-showing-contig-anchoring-of-ficus-genomes

ჟანგ X და სხვ.უჯრედი2020 წელი

BMK საქმე

ბანიანის ხისა და დამბინძურებელი ვოსპის გენომები გვაწვდის ცნობებს ლეღვისა და ვოსპის თანაევოლუციის შესახებ

გამოქვეყნებულია: უჯრედი2020 წელი

თანმიმდევრობის სტრატეგია:

F. microcarpa გენომი: დაახლ.84 X PacBio RSII (36,87 გბ) + Hi-C (44 გბ)

F. hispidaგენომი: დაახლ.97 X PacBio RSII (36.12 გბ) + Hi-C (60 გბ)

Eupristina verticillataგენომი: დაახლ.170 X PacBio RSII (65 გბ)

ძირითადი შედეგები

1. ორი ბანიანი ხის გენომი და ერთი დამბინძურებელი ვოსპის გენომი აშენდა PacBio თანმიმდევრობის, Hi-C და კავშირის რუქის გამოყენებით.
(1)F. microcarpaგენომი: შეიქმნა 426 Mb (97.7% გენომის სავარაუდო ზომის) შეკრება 908 Kb კონტიგ N50-ით, BUSCO ქულით 95.6%.სულ 423 Mb თანმიმდევრობა დამაგრდა 13 ქრომოსომაზე Hi-C-ით.გენომის ანოტაციამ გამოიღო 29416 ცილის კოდირების გენი.
(2)F. Hispidaგენომი: ასამბლეა 360 Mb (97.3% სავარაუდო გენომის ზომის) იყო მოსავლიანობა contig N50 492 Kb და BUSCO ქულით 97.4%.სულ 359 Mb თანმიმდევრობა დამაგრებული იყო 14 ქრომოსომაზე Hi-C-ით და ძალიან იდენტურია მაღალი სიმკვრივის კავშირის რუკასთან.
(3)Eupristina verticillataგენომი: ასამბლეა 387 Mb (გენომის სავარაუდო ზომა: 382 Mb) შეიქმნა contig N50 3.1 Mb და BUSCO ქულით 97.7%.

2. შედარებითი გენომიკის ანალიზმა გამოავლინა სტრუქტურული ვარიაციების დიდი რაოდენობა ორს შორისფიკუსიგენომები, რომლებიც წარმოადგენდნენ ფასდაუდებელ გენეტიკურ რესურსს ადაპტური ევოლუციის კვლევებისთვის.ამ კვლევამ, პირველად, წარმოადგინა შეხედულებები ლეღვის-wasp-ის კოევოლუციის შესახებ გენომიურ დონეზე.

PB-full-length-RNA-sequencing-case-study

ცირკის დიაგრამა ორის გენომიურ მახასიათებლებზეფიკუსიგენომები, მათ შორის ქრომოსომები, სეგმენტური დუბლირება (SDs), ტრანსპოზიონები (LTR, TEs, დნმ TEs), გენის ექსპრესია და სინტენია