Hi-C დაფუძნებული გენომის ასამბლეა
Hi-C არის მეთოდი, რომელიც შექმნილია ქრომოსომის კონფიგურაციის დასაფიქსირებლად სიახლოვეზე დაფუძნებული ურთიერთქმედებებისა და მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის კომბინაციით. ითვლება, რომ ამ ურთიერთქმედების ინტენსივობა უარყოფითად არის დაკავშირებული ქრომოსომების ფიზიკურ მანძილთან. აქედან გამომდინარე, Hi-C მონაცემები გამოიყენება გენომში აწყობილი თანმიმდევრობების დაჯგუფების, მოწესრიგებისა და ორიენტაციისთვის და ქრომოსომების გარკვეულ რაოდენობაზე მათი დამაგრების მიზნით. ეს ტექნოლოგია აძლიერებს ქრომოსომის დონის გენომის შეკრებას პოპულაციაზე დაფუძნებული გენეტიკური რუქის არარსებობის შემთხვევაში. თითოეულ გენომს სჭირდება Hi-C.
სერვისის მახასიათებლები
● თანმიმდევრობა Illumina NovaSeq-ზე PE150-ით.
● მომსახურეობა მოითხოვს ქსოვილის ნიმუშებს, მოპოვებული ნუკლეინის მჟავების ნაცვლად, ჯვარედინი კავშირს ფორმალდეჰიდთან და შეინარჩუნოს დნმ-პროტეინის ურთიერთქმედება.
● Hi-C ექსპერიმენტი გულისხმობს წებოვანი ბოლოების შეზღუდვას და ბოლოს შეკეთებას ბიოტინით, რასაც მოჰყვება მიღებული ბლაგვი ბოლოების ცირკულაცია, ურთიერთქმედების შენარჩუნებისას. შემდეგ დნმ იშლება სტრეპტავიდინის მარცვლებით და იწმინდება შემდგომი ბიბლიოთეკის მომზადებისთვის.
სერვისის უპირატესობები
Hi-C-ის მიმოხილვა
(ლიბერმან-აიდენ ე და სხვ.,მეცნიერება, 2009)
●გენეტიკური პოპულაციის მონაცემების საჭიროების აღმოფხვრა:Hi-C ანაცვლებს აუცილებელ ინფორმაციას, რომელიც საჭიროა კონტიგირებული დამაგრებისთვის.
●მარკერის მაღალი სიმკვრივე:რაც იწვევს 90%-ზე მაღალი შემაკავებელი შეფარდების კოეფიციენტს.
●ვრცელი ექსპერტიზა და გამოქვეყნების ჩანაწერები:BMKGene-ს აქვს დიდი გამოცდილება Hi-C გენომის ასამბლეის 2000-ზე მეტ შემთხვევაში 1000 სხვადასხვა სახეობიდან და სხვადასხვა პატენტიდან. 200-ზე მეტ გამოქვეყნებულ შემთხვევას აქვს 2000-ზე მეტი ზემოქმედების ფაქტორი.
●მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი:შიდა პატენტებითა და პროგრამული უზრუნველყოფის საავტორო უფლებებით Hi-C ექსპერიმენტებისა და მონაცემთა ანალიზისთვის, თვითგანვითარებული ვიზუალიზაციის მონაცემთა პროგრამული უზრუნველყოფა იძლევა ბლოკის ხელით გადატანას, უკუქცევას, გაუქმებას და ხელახლა გაკეთების საშუალებას.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
●ყოვლისმომცველი ანოტაცია: ჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას გენების გამოვლენილი ვარიაციებით ფუნქციური ანოტაციისთვის და შესაბამისი გამდიდრების ანალიზის ჩასატარებლად, მრავალ კვლევით პროექტზე ინფორმაციის მიწოდებისთვის.
სერვისის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკის მომზადება | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემების გამომავალი | ხარისხის კონტროლი |
| Hi-C ბიბლიოთეკა | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
ნიმუშის მოთხოვნები
| ქსოვილის | საჭირო თანხა |
| ცხოველის შინაგანი ორგანოები | ≥ 2 გ |
| ცხოველის კუნთი | |
| ძუძუმწოვრების სისხლი | ≥ 2 მლ |
| ფრინველის/თევზის სისხლი | |
| მცენარე - ახალი ფოთოლი | ≥ 3 გ |
| კულტივირებული უჯრედები | ≥ 1x107 |
| მწერი | ≥ 2 გ |
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
1) ნედლეული მონაცემების QC
2) Hi-C ბიბლიოთეკის QC: სწორი Hi-C ურთიერთქმედებების შეფასება
3) Hi-C ასამბლეა: კონტიგების დაჯგუფება ჯგუფებად, რასაც მოჰყვება კონტიგური დალაგება თითოეულ ჯგუფში და კონტიგ ორიენტაციის მინიჭება
4) Hi-C შეფასება
Hi-C ბიბლიოთეკის QC – Hi-C მოქმედი ურთიერთქმედების წყვილების შეფასება
Hi-C ასამბლეა – სტატისტიკა
შეკრების შემდგომი შეფასება – ურნებს შორის სიგნალის ინტენსივობის სითბოს რუკა
შეისწავლეთ BMKGene-ის Hi-C ასამბლეის სერვისების მიერ შემუშავებული მიღწევები პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით.
ტიანი, ტ. და სხვ. (2023) 'გენომის შეკრება და გენეტიკური დისექცია გამოჩენილი გვალვაგამძლე სიმინდის ჩანასახის პლაზმის', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), გვ. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL და სხვ. (2020) „აზიური თაფლის ფუტკრის Apis cerana გენომის ქრომოსომული მასშტაბის შეკრება“, საზღვრები გენეტიკაში, 11, გვ. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
ჟანგი, ფ. და სხვ. (2023) 'ტროპანის ალკალოიდების ბიოსინთეზის ევოლუციის გამოვლენა Solanaceae-ს ოჯახში ორი გენომის ანალიზით', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), გვ. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. და სხვ. (2020) 'ბანიანის ხისა და დამტვერავი ვასპის გენომები იძლევა ცნობებს Fig-Wasp Coevolution-ზე', Cell, 183(4), გვ. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
