16S/18S/ITS ამპლიკონური სეკვენირება-NGS
სერვისის მახასიათებლები
● სეკვენირების პლატფორმა: Illumina NovaSeq.
● 16S, 18S და ITS მოკლე რეგიონების ამპლიფიკაცია, სხვა ამპლიფიკაციის სამიზნეებთან ერთად.
● ამპლიკონის მოქნილი არჩევანი.
● წინა პროექტში გამოცდილება მრავალჯერადი ამპლიფიკაციის სამიზნეებთან.
მომსახურების უპირატესობები
●იზოლაციის გარეშე:მიკრობული შემადგენლობის სწრაფი იდენტიფიკაცია გარემოს ნიმუშებში.
●მაღალი გარჩევადობაგარემოს ნიმუშებში მცირე რაოდენობით შემცველ კომპონენტებში.
●ფართოდ გამოყენებადიმიკრობული საზოგადოების მრავალფეროვანი კვლევები.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკური ანალიზიუახლესი QIIME2 პაკეტი (მიკრობული ეკოლოგიის რაოდენობრივი ანალიზი) მონაცემთა ბაზის, ანოტაციის, OTU/ASV-ის თვალსაზრისით მრავალფეროვანი ანალიზით.
●ფართო ექსპერტიზაყოველწლიურად 150 ათასი ამპლიკონის სეკვენირების პროექტით, BMKGENE-ს ათწლეულზე მეტი გამოცდილება, მაღალკვალიფიციური ანალიტიკური გუნდი, ყოვლისმომცველი კონტენტი და შესანიშნავი გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა აქვს.
სერვისის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები |
| ამპლიკონი | ილუმინა PE250 | 50/100/300 ათასი თეგი (წაკითხვის წყვილები) |
მომსახურების მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/µლ) | საერთო რაოდენობა (ნგ) | მოცულობა (µლ) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● ნიადაგი/შლამი: 1-2 გ
● ნაწლავური შიგთავსი - ცხოველი: 0.5-2 გ
● ნაწლავის შიგთავსი - მწერი: 0.1-0.25 გ
● მცენარის ზედაპირი (გამდიდრებული ნალექი): 0.1-0.5 გ
● დუღილის ბულიონით გამდიდრებული ნალექი): 0.1-0.5 გ
● განავალი (დიდი ცხოველები): 0.5-2 გ
● განავალი (თაგვი): 3-5 მარცვალი
● ფილტვის ალვეოლური ლავაჟის სითხე: ფილტრის ქაღალდი
● ვაგინალური ნაცხი: 5-6 ნაცხი
● კანის/სასქესო ორგანოების ნაცხი/ნერწყვის/პირის ღრუს რბილი ქსოვილების/ხახის ნაცხი/სწორი ნაწლავის ნაცხი: 2-3 ნაცხი
● ზედაპირული მიკროორგანიზმები: ფილტრის ქაღალდი
● წყლის სხეული/ჰაერი/ბიოფილმი: ფილტრის ქაღალდი
● ენდოფიტები: 1-2 გ
● კბილის ნადები: 0.5-1 გ
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
- ნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი
- OTU კლასტერიზაცია / ხმაურის დეზინსექცია (ASV)
- OTU ანოტაცია
- ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი: მრავალი ინდექსი, მათ შორის შენონის, სიმპსონის და ACE.
- ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი
- ჯგუფთაშორისი ანალიზი
- კორელაციის ანალიზი: გარემო ფაქტორებსა და OUT-ის შემადგენლობასა და მრავალფეროვნებას შორის
- 16S ფუნქციური გენის პროგნოზირება
ტაქსონომიური განაწილების ჰისტოგრამა
ტაქსონომიური სიმრავლის კლასტერიზაციის სითბური რუკა
ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი: იშვიათობის მრუდი
ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი: NMDS
ჯგუფთაშორისი ანალიზი: LEFSE ბიომარკერის აღმოჩენა
გაეცანით BMKGene-ის ამპლიკონების სეკვენირების სერვისების მიერ Illumina-სთან ერთად მიღწეულ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
დონგი, ს. და სხვ. (2022) „რიზოსფეროს ნიადაგისა და ქერქის მიკრობიოტის ასამბლეა, ძირითადი მიკრობიოტა და ფუნქცია Eucommia ulmoides-ში“, მიკრობიოლოგიის საზღვრები, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
ლი, ი. და სხვ. (2023) „სინთეტიკური ბაქტერიული კონსორციუმების ტრანსპლანტაცია თაგვებში Gardnerella vaginalis-ით გამოწვეული ბაქტერიული ვაგინოზის სამკურნალოდ“, Microbiome, 11(1), გვ. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
იანგი, ჯ., ფუ, ი. და ლიუ, ჰ. (2022) „მიწაზე დაფუძნებული დახურული ბიორეგენერაციული სიცოცხლის შენარჩუნების ექსპერიმენტის „მთვარის სასახლე 365“ დროს შეგროვებული ჰაერის მტვრის მიკრობიომები“, გარემოსდაცვითი მიკრობიომები, 17(1), გვ. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
იინი, ს. და სხვ. (2022) „კომპოსტირების დროს აზოტის ტრანსფორმაციის მიერ კონტროლირებადი აზოტის დანაკარგის ნედლეულზე დამოკიდებული ფუნქციური გენების სიმრავლე“, Bioresource Technology, 361, გვ. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
