16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
სერვისის უპირატესობები
● მიკრობული შემადგენლობის იზოლირების გარეშე და სწრაფი იდენტიფიცირება გარემოს ნიმუშებში
● მაღალი გარჩევადობა დაბალი სიმრავლის კომპონენტებში გარემოს ნიმუშებში
● უახლესი QIIME2 აანალიზებს ნაკადს მრავალფეროვანი ანალიზით მონაცემთა ბაზის, ანოტაციის, OTU/ASV თვალსაზრისით.
● მაღალი გამტარუნარიანობა, უმაღლესი სიზუსტე
● გამოიყენება სხვადასხვა მიკრობული საზოგადოების კვლევებისთვის
● BMK-ს აქვს დიდი გამოცდილება 100000-ზე მეტი ნიმუშით/წელიწადში, რომელიც ფარავს ნიადაგს, წყალს, გაზს, შლამს, განავალს, ნაწლავებს, კანს, დუღილის ბულიონს, მწერებს, მცენარეებს და ა.შ.
● BMKCloud-მა ხელი შეუწყო მონაცემთა ინტერპრეტაციას, რომელიც შეიცავს 45 პერსონალიზებულ ანალიზის ხელსაწყოს
სერვისის სპეციფიკაციები
| თანმიმდევრობაᲞლატფორმა | ბიბლიოთეკა | რეკომენდებული მონაცემების გამოსავალი | შემობრუნების სავარაუდო დრო |
| Illumina NovaSeq პლატფორმა | PE250 | 50K/100K/300K ტეგები | 30 დღე |
ბიოინფორმატიკის ანალიზები
● ნედლი მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
● OTU კლასტერირება/ხმაურის ამოღება (ASV)
● OTU ანოტაცია
● ალფა მრავალფეროვნება
● ბეტა მრავალფეროვნება
● ჯგუფთაშორისი ანალიზი
● ასოციაციის ანალიზი ექსპერიმენტული ფაქტორების წინააღმდეგ
● ფუნქციის გენის პროგნოზირება
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
ამისთვისდნმ-ის ექსტრაქტები:
| ნიმუშის ტიპი | თანხა | კონცენტრაცია | სიწმინდე |
| დნმ-ის ექსტრაქტები | ＞ 30 ნგ | ＞ 1 ნგ/მკლ | OD260/280= 1.6-2.5 |
გარემოს ნიმუშებისთვის:
| ნიმუშის ტიპი | რეკომენდირებული ნიმუშის აღების პროცედურა |
| ნიადაგი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;დარჩენილი გამხმარი ნივთიერება უნდა მოიხსნას ზედაპირიდან;გახეხეთ დიდი ნაჭრები და გაიარეთ 2მმ ფილტრით;აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან ციროტუბში დაჯავშნისთვის. |
| განავალი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის. |
| ნაწლავის შიგთავსი | ნიმუშები უნდა დამუშავდეს ასეპტიკურ პირობებში.გარეცხეთ შეგროვებული ქსოვილი PBS-ით;ცენტრიფუგა PBS და შეაგროვეთ ნალექი EP- მილებში. |
| შლამი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და შეაგროვეთ ტალახის ნიმუში სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის |
| წყლის სხეული | მიკრობული მიკროორგანიზმების შეზღუდული რაოდენობის ნიმუშისთვის, როგორიცაა ონკანის წყალი, ჭაბურღილის წყალი და ა.შეინახეთ მემბრანა სტერილურ მილში. |
| Კანი | ფრთხილად გახეხეთ კანის ზედაპირი სტერილური ბამბის ტამპონით ან ქირურგიული პირით და მოათავსეთ იგი სტერილურ მილში. |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
ნიმუშები გაყინეთ თხევად აზოტში 3-4 საათის განმავლობაში და შეინახეთ თხევად აზოტში ან -80 გრადუსამდე ხანგრძლივ რეზერვაციამდე.საჭიროა ნიმუშის მიწოდება მშრალი ყინულით.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
1.სახეობების გავრცელება
2.სითბო რუკა: სახეობების სიმდიდრის კლასტერირება
3.იშვიათი ფრაქციის მრუდი
4.NMDS ანალიზი
5.Lefse ანალიზი
BMK საქმე
მსუქანი პირები ტიპი 2 დიაბეტით და მის გარეშე აჩვენებენ სხვადასხვა ნაწლავის მიკრობული ფუნქციონალურ შესაძლებლობებს და შემადგენლობას
გამოქვეყნებულია:Cell Host & Microbe, 2019 წ
თანმიმდევრობის სტრატეგია:
მჭლე არადიაბეტი (n=633);სიმსუქნე არა დიაბეტი (n=494);სიმსუქნე-2 ტიპის დიაბეტი (n=153);
სამიზნე რეგიონი: 16S rDNA V1-V2
პლატფორმა: Illumina Miseq (NGS-ზე დაფუძნებული ამპლიკონის თანმიმდევრობა)
დნმ-ის ექსტრაქტების ქვეჯგუფი დაექვემდებარა მეტაგენომიურ თანმიმდევრობას Illumina Hiseq-ზე
ძირითადი შედეგები
ამ მეტაბოლური დაავადებების მიკრობული პროფილის დიფერენცირება წარმატებით განხორციელდა.
16S თანმიმდევრობით წარმოქმნილი მიკრობული მახასიათებლების შედარებისას, სიმსუქნე დადგინდა, რომ დაკავშირებული იყო მიკრობული შემადგენლობის, ინდივიდუალური მახასიათებლების ცვლილებებთან, განსაკუთრებით მნიშვნელოვანი შემცირება Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes და ა.შ. გარდა ამისა, T2D აღმოჩნდა დაკავშირებული Escherichia/shigella-ს ზრდასთან. .
მითითება
Thingholm, LB, და სხვ.„მსუქანი ადამიანები მე-2 ტიპის შაქრიანი დიაბეტით და მის გარეშე აჩვენებენ ნაწლავის სხვადასხვა მიკრობული ფუნქციონალურ შესაძლებლობებს და შემადგენლობას“.უჯრედის მასპინძელი და მიკრობი26.2 (2019).
