mRNA-seq (NGS) საცნობარო გენომით
RNA-seq არის სტანდარტული ინსტრუმენტი სიცოცხლისა და მოსავლის მეცნიერებებში, რომელიც ავსებს ხიდს გენომებსა და პროტეომებს შორის. მისი ძლიერი მხარეა ახალი ტრანსკრიპტების აღმოჩენა და მათი ექსპრესიის ერთი ანალიზით რაოდენობრივი განსაზღვრა. ის ფართოდ გამოიყენება შედარებითი ტრანსკრიპტომიული კვლევებისთვის, რომლებიც ნათელს ჰფენენ სხვადასხვა მახასიათებლებთან ან ფენოტიპებთან დაკავშირებულ გენებს, როგორიცაა მუტანტების შედარება ველურ ტიპებთან ან გენის ექსპრესიის გამოვლენა კონკრეტულ პირობებში. BMKCloud mRNA (Reference) აპლიკაცია აერთიანებს ექსპრესიის რაოდენობრივ განსაზღვრას, დიფერენციალური ექსპრესიის ანალიზს (DEG) და თანმიმდევრობის სტრუქტურის ანალიზს mRNA-seq (NGS) ბიოინფორმატიკის მილსადენში და აერთიანებს მსგავსი პროგრამული უზრუნველყოფის ძლიერ მხარეებს, რაც უზრუნველყოფს მოხერხებულობას და მომხმარებლისთვის მოხერხებულობას. მომხმარებლებს შეუძლიათ ატვირთონ თავიანთი RNA-seq მონაცემები ღრუბელში, სადაც აპლიკაცია გთავაზობთ ყოვლისმომცველ, ერთიან ბიოინფორმატიკულ ანალიზის გადაწყვეტას. გარდა ამისა, ის პრიორიტეტს ანიჭებს მომხმარებლის გამოცდილებას, სთავაზობს პერსონალიზებულ ოპერაციებს, რომლებიც მორგებულია მომხმარებლების კონკრეტულ საჭიროებებზე. მომხმარებლებს შეუძლიათ პარამეტრების დაყენება და მილსადენის მისიის დამოუკიდებლად წარდგენა, ინტერაქტიული ანგარიშის შემოწმება, მონაცემების/დიაგრამების ნახვა და მონაცემთა მოპოვების დასრულება, როგორიცაა: სამიზნე გენის შერჩევა, ფუნქციური კლასტერიზაცია, დიაგრამების აგება და ა.შ.
პლატფორმა:ილუმინა, MGI
სტრატეგია:RNA-Seq
განლაგება: დამუშავებული, სუფთა მონაცემებით.
ბიბლიოთეკის ტიპი:fr-დაუჯაჭვავი, fr-პირველი ჯაჭვი ან fr-მეორე ჯაჭვი
წაკითხვის ხანგრძლივობა:150 bp
ფაილის ტიპი:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ან *.fq.gz. სისტემაავტომატურად აწყვილებს .fastq ფაილებს მათი სახელების მიხედვით,მაგ. *_1.fastq დაწყვილებულია *._2.fastq-თან.
ნიმუშების რაოდენობა:რაოდენობაზე შეზღუდვები არ არისნიმუშების რაოდენობა, მაგრამ ანალიზის დრო გაიზრდება მათი რაოდენობის მიხედვითნიმუშები იზრდება.
რეკომენდებული მონაცემების რაოდენობა:6G თითო ნიმუშზე
