CircRNA სეკვენირება - Illumina
მახასიათებლები
● rRNA-ს გამოფიტვას მოჰყვება მიმართულებითი ბიბლიოთეკის მომზადება, რაც ჯაჭვ-სპეციფიკური სეკვენირების მონაცემების მიღების საშუალებას იძლევა.
● ბიოინფორმატიული სამუშაო პროცესი საშუალებას იძლევა circRNA-ს პროგნოზირებისა და ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრის.
მომსახურების უპირატესობები
●ფართო ექსპერტიზაჩვენ დავამუშავეთ 20 000-ზე მეტი ნიმუში, რომლებიც მოიცავს სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებს და ყველა პროექტში ვიყენებთ ჩვენი ექსპერტიზის სიმდიდრეს.
●მკაცრი ხარისხის კონტროლიჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო პუნქტებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშის მომზადებიდან ბიბლიოთეკის მომზადებამდე, სეკვენირებამდე და ბიოინფორმატიკამდე. ჩვენი საგულდაგულო მონიტორინგი უზრუნველყოფს მუდმივად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
●უფრო ყოვლისმომცველი რნმ ბიბლიოთეკები:ჩვენს წინასწარ ბიბლიოთეკაში მომზადებაში წრფივი რნმ-ის გამოფიტვის ნაცვლად ვიყენებთ rRNA-ს გამოფიტვის მეთოდს, რაც უზრუნველგვყოფს, რომ სეკვენირების მონაცემები მოიცავდეს არა მხოლოდ circRNA-ს, არამედ mRNA-სა და lncRNA-საც, რაც საშუალებას იძლევა ამ მონაცემთა ნაკრებების ერთობლივი ანალიზის.
●კონკურენტული ენდოგენური რნმ (ceRNA) ქსელების არასავალდებულო ანალიზიუჯრედული მარეგულირებელი მექანიზმების უფრო ღრმა ანალიზის უზრუნველყოფა.
● გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენ გვესმის, რამდენად მნიშვნელოვანია ადგილზე ყოფნა, სწორედ ამიტომ ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | პლატფორმა | რეკომენდებული მონაცემები | მონაცემთა ხარისხის კონტროლი |
| rRNA-ს ამოწურვის მიმართულებითი ბიბლიოთეკა | ილუმინა PE150 | 16-20 გბ | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1.2 გ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავები: 450 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთები: 600 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1.5 გ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 9 გ
კიბოსნაირნი: 450 მგ
● მთლიანი სისხლი:2 მილი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
● შრატი და პლაზმა: 6 მლ
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ., RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
- მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
- გენომის განლაგება
- CircRNA-ს იდენტიფიკაცია
- CircRNA-ს ექსპრესია
- დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი
circRNA-ს პროგნოზირება: ქრომოსომული განაწილება
დიფერენცირებულად გამოხატული circRNAs – ვულკანის დიაგრამა
დიფერენცირებულად გამოხატული circRNAs – იერარქიული კლასტერიზაცია
circRNA-ს მასპინძელი გენების ფუნქციური გამდიდრება
გაეცანით BMKGene-ის circRNA სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილი კვლევის მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ვანგი, X. და სხვ. (2021) „CPSF4 არეგულირებს circRNA-ს ფორმირებას და მიკროRNA-ს მიერ განპირობებულ გენის ჩახშობას ჰეპატოცელულარულ კარცინომაში“,ონკოგენი2021 40:25, 40(25), გვ. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
სია, კ. და სხვ. (2023) „X oo-რეზისტენტული ტრანსკრიპტომი ბრინჯში OsARAB-ის ექსპრესიის რეგულირებით ავლენს წრიული RNA133-ის როლს დაავადებისადმი რეზისტენტობაში“.ფიტოპათოლოგიის კვლევა, 5(1), გვ. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/სურათი/6.
ი, ჰ. და სხვ. (2023) „CPSF3 მოდულირებს წრიული და ხაზოვანი ტრანსკრიპტების ბალანსს ჰეპატოცელულარულ კარცინომაში“. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
ჟანგი, ი. და სხვ. (2023) „ცირკრნმ-ების ყოვლისმომცველი შეფასება ციროზული კარდიომიოპათიის დროს ღვიძლის ტრანსპლანტაციამდე და მის შემდეგ“,საერთაშორისო იმუნოფარმაკოლოგია, 114, გვ. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
