circRNA თანმიმდევრობა-Illumina
მახასიათებლები
● rRNA-ს დაქვეითება, რასაც მოჰყვება მიმართულების ბიბლიოთეკის მომზადება, რაც საშუალებას აძლევს მონაცემთა თანმიმდევრობის დადგენას, რომელიც სპეციფიკურია ჯაჭვისთვის.
● ბიოინფორმატიული სამუშაო ნაკადი იძლევა circRNA პროგნოზირებისა და გამოხატვის რაოდენობრივ განსაზღვრას
სერვისის უპირატესობები
●უფრო სრულყოფილი რნმ ბიბლიოთეკები:ჩვენ ვიყენებთ rRNA-ს დაქვეითებას ხაზოვანი რნმ-ის დაქვეითების ნაცვლად ჩვენს ბიბლიოთეკამდელ მომზადებაში, რაც უზრუნველყოფს, რომ თანმიმდევრობის მონაცემები მოიცავს არა მხოლოდ circRNA, არამედ mRNA და lncRNA, რაც შესაძლებელს ხდის ერთობლივ ანალიზს ამ მონაცემთა ნაკრებებზე.
●კონკურენტული ენდოგენური რნმ (ceRNA) ქსელების არჩევითი ანალიზი: უზრუნველყოფს უჯრედული მარეგულირებელი მექანიზმების უფრო ღრმა შეხედულებებს
●ვრცელი ექსპერტიზა: BMK-ში 20000-ზე მეტი ნიმუშის დამუშავების გამოცდილება, რომელიც მოიცავს სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებს და lncRNA პროექტებს, ჩვენს გუნდს მოაქვს მდიდარი გამოცდილება ყველა პროექტში.
●მკაცრი ხარისხის კონტროლი: ჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო წერტილებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშისა და ბიბლიოთეკის მომზადებიდან დაწყებული თანმიმდევრობით და ბიოინფორმატიკით დამთავრებული.ეს ზედმიწევნითი მონიტორინგი უზრუნველყოფს თანმიმდევრულად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
● გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა: ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით.ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | Პლატფორმა | რეკომენდებული მონაცემები | მონაცემთა QC |
| პოლი A გამდიდრებული | ილუმინა PE150 | 16-20 გბ | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონს.(ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა. | მცენარეებისთვის: RIN≥6.5; ცხოველებისთვის: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე |
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1,2გრ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავი: 450 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთი: 600 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1,5გრ
● ართროპოდები:
მწერები: 9 გ
კიბოსნაირნი: 450 მგ
● მთლიანი სისხლი:2 მილი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
● შრატი და პლაზმა: 6 მლ
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: ჯგუფი+რეპლიკა, მაგ. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა იყოს შეფუთული ჩანთებში და დამარხული მშრალ ყინულში.
2. რნმ სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშები შეიძლება გაშრეს რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და გაიგზავნოს ოთახის ტემპერატურაზე.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
circRNA პროგნოზირება: ქრომოსომული განაწილება
დიფერენციალურად გამოხატული circRNAs - ვულკანის ნაკვეთი
დიფერენციალურად გამოხატული circRNA - იერარქიული კლასტერირება
circRNA-ს მასპინძელი გენების ფუნქციური გამდიდრება
გამოიკვლიეთ კვლევის წინსვლა, რომელსაც ხელი შეუწყო BMKGene-ის circRNA თანმიმდევრობის სერვისებით, პუბლიკაციების კურირებული კოლექციით.
Wang, X. და სხვ.(2021) 'CPSF4 არეგულირებს ცირკნმ-ის ფორმირებას და მიკრორნმ-ის შუამავლობით გამოწვეული გენის გაჩუმებას ჰეპატოცელულურ კარცინომაში', Oncogene 2021 40:25, 40(25), გვ. 4338-4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. და სხვ.(2023) 'X oo-ზე პასუხისმგებელი ტრანსკრიპტომი ავლენს წრიული რნმ133-ის როლს დაავადების რეზისტენტობაში OsARAB-ის ექსპრესიის რეგულირებით ბრინჯში', Phytopathology Research, 5(1), გვ. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/ფიგურები/6.
Y, H. და სხვ.(2023) 'CPSF3 მოდულირებს ცირკულარული და ხაზოვანი ტრანსკრიპტების ბალანსს ჰეპატოცელულურ კარცინომაში'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. და სხვ.(2023) „ცირკნმების ყოვლისმომცველი შეფასება ციროზულ კარდიომიოპათიაში ღვიძლის ტრანსპლანტაციამდე და მის შემდეგ“, საერთაშორისო იმუნოფარმაკოლოგია, 114, გვ.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
