სითბური რუკა
სითბური რუკის ინსტრუმენტი შეყვანის სახით იღებს მატრიცულ მონაცემთა ფაილს და მომხმარებლებს საშუალებას აძლევს, გაფილტრონ, ნორმალიზდნენ და დააჯგუფონ მონაცემები. სითბური რუკების ძირითადი გამოყენების შემთხვევაა გენის ექსპრესიის დონის კლასტერული ანალიზი სხვადასხვა ნიმუშებს შორის.
გენის ანოტაცია
გენის ანოტაციის ინსტრუმენტი ასრულებს გენის ანოტაციას შეყვანის FASTA ფაილების სხვადასხვა მონაცემთა ბაზასთან თანმიმდევრობის გასწორების საფუძველზე.
ლოკალური გასწორების საძიებო ინსტრუმენტი (BLAST)
BLAST ინსტრუმენტი NCBI BLAST-ის BMKCloud-თან ინტეგრირებული ვერსიაა და მისი გამოყენება შესაძლებელია იგივე ფუნქციების შესასრულებლად BMKCloud ანგარიშზე ატვირთული მონაცემების გამოყენებით.
CDS_UTR პროგნოზირება
CDS_UTR პროგნოზირების ინსტრუმენტი შექმნილია მოცემულ ტრანსკრიპტ თანმიმდევრობებში კოდირების რეგიონების (CDS) და არაკოდირების რეგიონების (UTR) პროგნოზირებისთვის, ცნობილი ცილების მონაცემთა ბაზებთან და ORF პროგნოზირების შედეგებთან შედარებით BLAST შედეგების საფუძველზე.
მანჰეტენის ნაკვეთი
მანჰეტენის გრაფიკის ინსტრუმენტი საშუალებას იძლევა მაღალი ნიმუშის ექსპერიმენტების ჩვენების და ხშირად გამოიყენება გენომის მასშტაბის ასოციაციურ კვლევებში (GWAS).
ცირკის დიაგრამა
CIRCOS დიაგრამის ინსტრუმენტი უზრუნველყოფს გენომური მახასიათებლების გენომში განაწილების ეფექტურ ვიზუალიზაციას. საერთო მახასიათებლებს შორისაა რაოდენობრივი ლოკუსები, SNP-ები, InDels-ები, სტრუქტურული და ასლების რაოდენობის ვარიანტები.
გენის ონტოლოგიის (GO) გამდიდრება
GO Enrichment ინსტრუმენტი უზრუნველყოფს ფუნქციურ გამდიდრების ანალიზს. ამ ინსტრუმენტის ძირითადი პროგრამული უზრუნველყოფაა TopGO-Bioconductor პაკეტი, რომელიც მოიცავს დიფერენციალური ექსპრესიის ანალიზს, GO გამდიდრების ანალიზს და შედეგების ვიზუალიზაციას.
შეწონილი გენის თანაექსპრესიის ქსელის ანალიზი (WGCNA)
WGCNA გენების თანაექსპრესიის მოდულების აღმოსაჩენად ფართოდ გამოყენებული მონაცემთა მოპოვების მეთოდია. ის გამოიყენება სხვადასხვა ექსპრესიის მონაცემთა ნაკრებზე, მათ შორის მიკრომასივებისა და NGS გენის ექსპრესიის მონაცემებზე.
ინტერპროსკანი
InterProScan ინსტრუმენტი უზრუნველყოფს InterPro ცილის თანმიმდევრობის ანალიზსა და კლასიფიკაციას.
GO KEGG გამდიდრება
GO KEGG გამდიდრების ინსტრუმენტი შექმნილია იმისთვის, რომ გენერირება გაუკეთოს GO გამდიდრების ჰისტოგრამას, KEGG გამდიდრების ჰისტოგრამას და KEGG გამდიდრების გზას მოწოდებული გენების ნაკრებისა და შესაბამისი ანოტაციის საფუძველზე.
