მეტაგენომიური თანმიმდევრობა (NGS)
სერვისის უპირატესობები
Øიზოლირება და კულტივაციის გარეშე მიკრობული საზოგადოების პროფილირებისთვის
Øმაღალი გარჩევადობა გარემოს ნიმუშებში დაბალი სიმრავლის სახეობების გამოვლენისას
Ø„მეტა-“-ის იდეა აერთიანებს ყველა ბიოლოგიურ მახასიათებელს ფუნქციურ დონეზე, სახეობის დონეზე და გენის დონეზე, რაც ასახავს დინამიურ შეხედულებას, რომელიც უფრო ახლოსაა რეალობასთან.
ØBMK აგროვებს უზარმაზარ გამოცდილებას სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებში 10000-ზე მეტი დამუშავებული ნიმუშით.
სერვისის სპეციფიკაციები
| თანმიმდევრობაᲞლატფორმა | ბიბლიოთეკა | რეკომენდებული მონაცემების გამოსავალი | შემობრუნების სავარაუდო დრო |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K ტეგები | 30 დღე |
ბიოინფორმატიული ანალიზები
üნედლეული მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
üმეტაგენომის შეკრება
üარაზედმეტი გენის ნაკრები და ანოტაცია
üსახეობების მრავალფეროვნების ანალიზი
üგენეტიკური ფუნქციების მრავალფეროვნების ანალიზი
üჯგუფთაშორისი ანალიზი
üასოციაციის ანალიზი ექსპერიმენტული ფაქტორების წინააღმდეგ
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
ამისთვისდნმ-ის ექსტრაქტები:
| ნიმუშის ტიპი | თანხა | კონცენტრაცია | სიწმინდე |
| დნმ-ის ექსტრაქტები | ＞ 30 ნგ | ＞ 1 ნგ/მკლ | OD260/280= 1.6-2.5 |
გარემოს ნიმუშებისთვის:
| ნიმუშის ტიპი | რეკომენდირებული ნიმუშის აღების პროცედურა |
| ნიადაგი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;დარჩენილი გამხმარი ნივთიერება უნდა მოიხსნას ზედაპირიდან;გახეხეთ დიდი ნაჭრები და გაიარეთ 2მმ ფილტრით;აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან ციროტუბში დაჯავშნისთვის. |
| განავალი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის. |
| ნაწლავის შიგთავსი | ნიმუშები უნდა დამუშავდეს ასეპტიკურ პირობებში.გარეცხეთ შეგროვებული ქსოვილი PBS-ით;ცენტრიფუგა PBS და შეაგროვეთ ნალექი EP- მილებში. |
| შლამი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და აკრიფეთ ლამის ნიმუში სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის |
| წყლის სხეული | მიკრობული მიკროორგანიზმების შეზღუდული რაოდენობის ნიმუშისთვის, როგორიცაა ონკანის წყალი, ჭაბურღილის წყალი და ა.შეინახეთ მემბრანა სტერილურ მილში. |
| Კანი | ფრთხილად გახეხეთ კანის ზედაპირი სტერილური ბამბის ტამპონით ან ქირურგიული პირით და მოათავსეთ იგი სტერილურ მილში. |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
ნიმუშები გაყინეთ თხევად აზოტში 3-4 საათის განმავლობაში და შეინახეთ თხევად აზოტში ან -80 გრადუსამდე ხანგრძლივ რეზერვაციამდე.საჭიროა ნიმუშის მიწოდება მშრალი ყინულით.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
1.ჰისტოგრამა: სახეობების გავრცელება
2. KEGG მეტაბოლურ გზებზე ანოტირებული ფუნქციური გენები
3.სითბო რუკა: დიფერენციალური ფუნქციები გენების ფარდობითი სიმრავლის საფუძველზე
4.CARD ანტიბიოტიკების წინააღმდეგობის გენების ცირკები
BMK საქმე
ანტიბიოტიკორეზისტენტობის გენების და ბაქტერიული პათოგენების გავრცელება ნიადაგურ-მანგროს ფესვების კონტინუუმის გასწვრივ
გამოქვეყნებულია:ჟურნალი საშიში მასალების შესახებ, 2021 წ
თანმიმდევრობის სტრატეგია:
მასალები: მანგროს ფესვის ასოცირებული ნიმუშების ოთხი ფრაგმენტის დნმ ექსტრაქტები: დაურგავი ნიადაგი, რიზოსფერო, ეპისფერო და ენდოსფერო ნაწილები
პლატფორმა: Illumina HiSeq 2500
მიზნები: მეტაგენომი
16S rRNA გენი V3-V4 რეგიონი
ძირითადი შედეგები
მანგროს ნერგების ნიადაგ-ფესვის კონტინიუმზე მეტაგენომიური თანმიმდევრობა და მეტაბარკოდირების პროფილირება დამუშავდა, რათა შესწავლილიყო ანტიბიოტიკორეზისტენტული გენების (ARGs) ნიადაგიდან მცენარეებში გავრცელება.მეტაგენომიურმა მონაცემებმა აჩვენა, რომ ანტიბიოტიკებისადმი რეზისტენტობის გენების 91.4% ჩვეულებრივ იდენტიფიცირებული იყო ზემოთ ხსენებულ ნიადაგის ოთხივე განყოფილებაში, რაც აჩვენა უწყვეტი მოდა.16S rRNA ამპლიკონის თანმიმდევრობამ წარმოქმნა 29285 თანმიმდევრობა, რომელიც წარმოადგენს 346 სახეობას.ამპლიკონის თანმიმდევრობით სახეობების პროფილირებასთან ერთად, აღმოჩნდა, რომ ეს გავრცელება დამოუკიდებელი იყო ფესვთან ასოცირებული მიკრობიოტასგან, თუმცა, მას შეიძლება ხელი შეუწყოს გენეტიკური ელემენტების მოძრაობამ.ამ კვლევამ გამოავლინა ARG-ების და პათოგენების ნაკადი ნიადაგიდან მცენარეებში ერთმანეთთან დაკავშირებული ნიადაგი-ფესვის კონტინუუმის მეშვეობით.
მითითება
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).ანტიბიოტიკორეზისტენტობის გენების და ბაქტერიული პათოგენების გავრცელება ნიადაგ-მანგროს ფესვების კონტინუუმის გასწვრივ.ჟურნალი საშიში მასალების შესახებ, 408, 124985.
