მეტაგენომური თანმიმდევრობა -ngs
მეტაგენომი არის ორგანიზმების შერეული საზოგადოების, მაგალითად, გარემოსდაცვითი და ადამიანის მეტამენომების შერეული საზოგადოების მთლიანი გენეტიკური მასალის კოლექცია. იგი შეიცავს როგორც კულტურული, ისე არაკულტურული მიკროორგანიზმების გენომებს. თოფი მეტაგენომიური თანმიმდევრობა NGS– ით საშუალებას იძლევა შეისწავლოს გარემოს ნიმუშებში ჩასმული ამ რთული გენომიური პეიზაჟების შესწავლა, ტაქსონომიური პროფილის უფრო მეტი უზრუნველყოფით, ასევე მარცვლოვანი შეხედულებისამებრ, სახეობების მრავალფეროვნებაში, სიმრავლის დინამიკასა და მოსახლეობის რთულ სტრუქტურებში. ტაქსონომიური კვლევების მიღმა, თოფი მეტაგენომიკა ასევე გთავაზობთ გენომიკის ფუნქციურ პერსპექტივას, რაც საშუალებას იძლევა დაშიფრული გენების და მათი სავარაუდო როლების შესწავლა ეკოლოგიურ პროცესებში. დაბოლოს, გენეტიკურ ელემენტებსა და გარემო ფაქტორებს შორის კორელაციური ქსელების შექმნა ხელს უწყობს მიკრობულ თემებსა და მათ ეკოლოგიურ ფონს შორის რთული ურთიერთქმედების ჰოლისტიკური გაგებას. დასკვნის სახით, მეტაგენომიური თანმიმდევრობა წარმოადგენს მნიშვნელოვან ინსტრუმენტს მრავალფეროვანი მიკრობული თემების გენომიური სირთულეების გამოსავლენად, ამ რთულ ეკოსისტემებში გენეტიკასა და ეკოლოგიას შორის მრავალმხრივი ურთიერთობების გასანათებლად.
პლატფორმები: Illumina novaseq და dnbseq-t7
მომსახურების უპირატესობები
●მიკრობული საზოგადოების პროფილის იზოლაცია და კულტივირების თავისუფალი მეთოდი: გენეტიკური მასალის თანმიმდევრობის ჩართვა არაკულტურული ორგანიზმებისგან.
●მაღალი რეზოლუცია: გარემოს ნიმუშებში დაბალი სიმსუბუქის სახეობების გამოვლენა.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკის ანალიზი:ყურადღება გამახვილდა არა მხოლოდ ტაქსონომიურ მრავალფეროვნებაზე, არამედ საზოგადოების ფუნქციურ მრავალფეროვნებაზე.
●ფართო გამოცდილება:მრავალჯერადი მეტაგენომიკის პროექტების წარმატებით დახურვის ჩანაწერით სხვადასხვა კვლევითი დომენებში და 200 000 -ზე მეტი ნიმუშის დამუშავებისას, ჩვენს გუნდს ყველა პროექტში უამრავი გამოცდილება მოაქვს.
მომსახურების სპეციფიკაციები
| თანმიმდევრობის პლატფორმა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| Illumina novaseq ან dnbseq-t7 | PE150 | 6-20 გბ | Q30≥85% |
მომსახურების მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/μl) | მთლიანი თანხა (ნგ) | მოცულობა (μl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● ნიადაგი/ტალახი: 2-3 გ
● ნაწლავის შინაარსი-ცხოველები: 0.5-2 გ
● ნაწლავის შინაარსი-ინსექტი: 0.1-0.25 გ
● მცენარეთა ზედაპირი (გამდიდრებული ნალექი): 0.5-1 გ
● დუღილის ბულიონი გამდიდრებული ნალექი): 0.2-0.5 გ
Faeces (დიდი ცხოველები): 0.5-2 გ
● FAECES (თაგვი): 3-5GRAINS
● ფილტვის ალვეოლარული ლავაჟის სითხე: ფილტრის ქაღალდი
● ვაგინალური ტრიალი: 5-6 ტალღები
● კანის/გენიტალური ტალღის/ნერწყვის/პერორალური რბილი ქსოვილის/ფარინგეალური ტალღის/რექტალური ტალღის: 2-3 ტალღები
● ზედაპირული მიკროორგანიზმი: 5-6 ტალღები
● Waterbody/Air/BioFilm: ფილტრის ქაღალდი
● ენდოფიტები: 2-3 გ
● სტომატოლოგიური დაფა: 0.5-1 გ
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვების შემდეგ
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● მონაცემთა ხარისხის კონტროლის თანმიმდევრობა
● მეტაგენომური ასამბლეის და გენის პროგნოზი
● გენის ანოტაცია
● ტაქსონომიური ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი
● საზოგადოების ფუნქციური ანალიზი: ბიოლოგიური ფუნქცია, მეტაბოლური, ანტიბიოტიკების წინააღმდეგობა
● ანალიზი როგორც ფუნქციური, ასევე ტაქსონომიური მრავალფეროვნების შესახებ:
ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი
ჯგუფური ანალიზი
კორელაციის ანალიზი: გარემო ფაქტორებსა და კომპოზიციასა და მრავალფეროვნებას შორის
ფუნქციური ანალიზი: ბარათის ანტიბიოტიკების წინააღმდეგობა
KEGG მეტაბოლური გზების დიფერენციალური ანალიზი: მნიშვნელოვანი გზების სითბოს რუქა
ტაქსონომიური განაწილების ალფა მრავალფეროვნება: ACE ინდექსი
ტაქსონომიური განაწილების ბეტა მრავალფეროვნება: PCOA
გამოიკვლიეთ Bmkgene– ის მეტაგენომური თანმიმდევრობის სერვისების მიერ Illumina– ს მიერ განხორციელებული წინსვლები, პუბლიკაციების განკურნებული კოლექციის საშუალებით.
ჰაი, Q. et al. (2023) 'მეტაგენომური და მეტაბოლომიური ანალიზი ცისარტყელას კალმახის ნაწლავის შინაარსის ცვლილებების შესახებ (Oncorhynchus mykiss) ინფექციური ჰემატოპოეზის ნეკროზის ვირუსით დაინფიცირებული სხვადასხვა კულტურის წყლის ტემპერატურაზე',საზღვრები მიკრობიოლოგიაში, 14, გვ. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
მაო, C. et al. (2023) 'მიკრობული თემები, წინააღმდეგობის გენები და რეზისტორული რისკები სხვადასხვა ტროფიკული მდგომარეობის ურბანულ ტბებში: შიდა ბმულები და გარე გავლენა',საშიში მასალების წინსვლის ჟურნალი, 9, გვ. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
სუ, მ. Et al. (2022) 'მეტაგენომურმა ანალიზმა გამოავლინა განსხვავებები შემადგენლობაში და ფუნქციონირებაში თხევადი ასოცირებული და მყარი ასოცირებული მიკროორგანიზმები ცხვრის ჭორები',საზღვრები მიკრობიოლოგიაში, 13, გვ. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'სიმსუქნე ningxiang ღორისგან წარმოქმნილი მიკრობიოტა ახდენს კარნიტინის მეტაბოლიზმს კუნთების ცხიმოვანი მჟავების დეპონირების ხელშესაწყობად მჭლე ღორებში',ინოვაცია, 4 (5), გვ. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'მეტაგენომიური შეხედულებები წარმომადგენლობითი ბიო/არა დეგრადირებადი პლასტიკური და არა-პლასტიკური ნამსხვრევების პოტენციურ რისკებზე, ჰაიჰის ესტრის ზედა და ქვედა ნაწილში, ჩინეთი',მთლიანი გარემოს მეცნიერება, 887, გვ. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
