page_head_bg

პროდუქტები

მეტაგენომიური თანმიმდევრობა (NGS)

მეტაგენომი გულისხმობს ორგანიზმების შერეული საზოგადოების მთლიანი გენეტიკური მასალის კრებულს, როგორიცაა გარემოს მეტაგენომი, ადამიანის მეტაგენომი და ა.შ. იგი შეიცავს როგორც კულტივირებადი, ასევე დაუმუშავებელი მიკროორგანიზმების გენომებს.მეტაგენომიური თანმიმდევრობა არის მოლეკულური ინსტრუმენტი, რომელიც გამოიყენება გარემოს ნიმუშებიდან ამოღებული შერეული გენომის მასალების გასაანალიზებლად, რომელიც იძლევა დეტალურ ინფორმაციას სახეობების მრავალფეროვნებისა და სიმრავლის, პოპულაციის სტრუქტურის, ფილოგენეტიკური ურთიერთობის, ფუნქციური გენების და გარემო ფაქტორებთან კორელაციის ქსელის შესახებ.

Პლატფორმა:Illumina NovaSeq6000


სერვისის დეტალები

დემო შედეგები

საქმის შესწავლა

სერვისის უპირატესობები

Øიზოლირება და კულტივაციის გარეშე მიკრობული საზოგადოების პროფილირებისთვის

Øმაღალი გარჩევადობა გარემოს ნიმუშებში დაბალი სიმრავლის სახეობების გამოვლენისას

Ø„მეტა-“-ის იდეა აერთიანებს ყველა ბიოლოგიურ მახასიათებელს ფუნქციურ დონეზე, სახეობის დონეზე და გენის დონეზე, რაც ასახავს დინამიურ შეხედულებას, რომელიც უფრო ახლოსაა რეალობასთან.

ØBMK აგროვებს უზარმაზარ გამოცდილებას სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებში 10000-ზე მეტი დამუშავებული ნიმუშით.

სერვისის სპეციფიკაციები

თანმიმდევრობაᲞლატფორმა

ბიბლიოთეკა

რეკომენდებული მონაცემების გამოსავალი

შემობრუნების სავარაუდო დრო

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K ტეგები

30 დღე

ბიოინფორმატიული ანალიზები

üნედლეული მონაცემთა ხარისხის კონტროლი

üმეტაგენომის შეკრება

üარაზედმეტი გენის ნაკრები და ანოტაცია

üსახეობების მრავალფეროვნების ანალიზი

üგენეტიკური ფუნქციების მრავალფეროვნების ანალიზი

üჯგუფთაშორისი ანალიზი

üასოციაციის ანალიზი ექსპერიმენტული ფაქტორების წინააღმდეგ

2

ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება

ნიმუშის მოთხოვნები:

ამისთვისდნმ-ის ექსტრაქტები:

ნიმუშის ტიპი

თანხა

კონცენტრაცია

სიწმინდე

დნმ-ის ექსტრაქტები

> 30 ნგ

> 1 ნგ/მკლ

OD260/280= 1.6-2.5

გარემოს ნიმუშებისთვის:

ნიმუშის ტიპი

რეკომენდირებული ნიმუშის აღების პროცედურა

ნიადაგი

სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;დარჩენილი გამხმარი ნივთიერება უნდა მოიხსნას ზედაპირიდან;გახეხეთ დიდი ნაჭრები და გაიარეთ 2მმ ფილტრით;აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან ციროტუბში დაჯავშნისთვის.

განავალი

სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის.

ნაწლავის შიგთავსი

ნიმუშები უნდა დამუშავდეს ასეპტიკურ პირობებში.გარეცხეთ შეგროვებული ქსოვილი PBS-ით;ცენტრიფუგა PBS და შეაგროვეთ ნალექი EP- მილებში.

შლამი

სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და აკრიფეთ ლამის ნიმუში სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის

წყლის სხეული

მიკრობული მიკროორგანიზმების შეზღუდული რაოდენობის ნიმუშისთვის, როგორიცაა ონკანის წყალი, ჭაბურღილის წყალი და ა.შეინახეთ მემბრანა სტერილურ მილში.

Კანი

ფრთხილად გახეხეთ კანის ზედაპირი სტერილური ბამბის ტამპონით ან ქირურგიული პირით და მოათავსეთ იგი სტერილურ მილში.

რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება

ნიმუშები გაყინეთ თხევად აზოტში 3-4 საათის განმავლობაში და შეინახეთ თხევად აზოტში ან -80 გრადუსამდე ხანგრძლივ რეზერვაციამდე.საჭიროა ნიმუშის მიწოდება მშრალი ყინულით.

სერვისის სამუშაო ნაკადი

logo_02

ნიმუშის მიწოდება

logo_04

ბიბლიოთეკის მშენებლობა

logo_05

თანმიმდევრობა

logo_06

Მონაცემთა ანალიზი

logo_07

გაყიდვის შემდგომი მომსახურება


  • წინა:
  • შემდეგი:

  • 1.ჰისტოგრამა: სახეობების გავრცელება

    3

    2. KEGG მეტაბოლურ გზებზე ანოტირებული ფუნქციური გენები

    4

    3.სითბო რუკა: დიფერენციალური ფუნქციები გენების ფარდობითი სიმრავლის საფუძველზე54.CARD ანტიბიოტიკების წინააღმდეგობის გენების ცირკები

    6

    BMK საქმე

    ანტიბიოტიკორეზისტენტობის გენების და ბაქტერიული პათოგენების გავრცელება ნიადაგურ-მანგროს ფესვების კონტინუუმის გასწვრივ

    გამოქვეყნებულია:ჟურნალი საშიში მასალების შესახებ, 2021 წ

    თანმიმდევრობის სტრატეგია:

    მასალები: მანგროს ფესვის ასოცირებული ნიმუშების ოთხი ფრაგმენტის დნმ ექსტრაქტები: დაურგავი ნიადაგი, რიზოსფერო, ეპისფერო და ენდოსფერო ნაწილები
    პლატფორმა: Illumina HiSeq 2500
    მიზნები: მეტაგენომი
    16S rRNA გენი V3-V4 რეგიონი

    ძირითადი შედეგები

    მანგროს ნერგების ნიადაგ-ფესვის კონტინიუმზე მეტაგენომიური თანმიმდევრობა და მეტაბარკოდირების პროფილირება დამუშავდა, რათა შესწავლილიყო ანტიბიოტიკორეზისტენტული გენების (ARGs) ნიადაგიდან მცენარეებში გავრცელება.მეტაგენომიურმა მონაცემებმა აჩვენა, რომ ანტიბიოტიკებისადმი რეზისტენტობის გენების 91.4% ჩვეულებრივ იდენტიფიცირებული იყო ზემოთ ხსენებულ ნიადაგის ოთხივე განყოფილებაში, რაც აჩვენა უწყვეტი მოდა.16S rRNA ამპლიკონის თანმიმდევრობამ წარმოქმნა 29285 თანმიმდევრობა, რომელიც წარმოადგენს 346 სახეობას.ამპლიკონის თანმიმდევრობით სახეობების პროფილირებასთან ერთად, აღმოჩნდა, რომ ეს გავრცელება დამოუკიდებელი იყო ფესვთან ასოცირებული მიკრობიოტასგან, თუმცა, მას შეიძლება ხელი შეუწყოს გენეტიკური ელემენტების მოძრაობამ.ამ კვლევამ გამოავლინა ARG-ების და პათოგენების ნაკადი ნიადაგიდან მცენარეებში ერთმანეთთან დაკავშირებული ნიადაგი-ფესვის კონტინუუმის მეშვეობით.

    მითითება

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).ანტიბიოტიკორეზისტენტობის გენების და ბაქტერიული პათოგენების გავრცელება ნიადაგ-მანგროს ფესვების კონტინუუმის გასწვრივ.ჟურნალი საშიში მასალების შესახებ, 408, 124985.

    მიიღეთ ციტატა

    დაწერეთ თქვენი მესიჯი აქ და გამოგვიგზავნეთ

    გამოგვიგზავნეთ თქვენი შეტყობინება: