-
អន្តរកម្ម Chromatin ផ្អែកលើ Hi-C
Hi-C គឺជាវិធីសាស្រ្តដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីចាប់យកការកំណត់ហ្សែនដោយរួមបញ្ចូលគ្នានូវអន្តរកម្មដែលមានមូលដ្ឋានលើ probing និងលំដាប់ឆ្លងកាត់កម្រិតខ្ពស់។ វិធីសាស្រ្តគឺផ្អែកលើការភ្ជាប់ក្រូម៉ាទីនឆ្លងជាមួយសារធាតុ formaldehyde បន្តដោយការរំលាយអាហារ និងការភ្ជាប់ឡើងវិញក្នុងវិធីមួយដែលមានតែបំណែកដែលត្រូវបានភ្ជាប់ដោយ covalently នឹងបង្កើតជាផលិតផល ligation ។ តាមរយៈការតម្រៀបផលិតផល ligation ទាំងនេះ វាអាចសិក្សាពីអង្គការ 3D នៃហ្សែន។ Hi-C អនុញ្ញាតឱ្យសិក្សាការចែកចាយនៃផ្នែកនៃហ្សែនដែលខ្ចប់ស្រាល (A compartments, euchromatin) និងទំនងជាសកម្មជាងការចម្លង និងតំបន់ដែលខ្ចប់យ៉ាងតឹងរ៉ឹង (B compartments, Heterochromatin)។ Hi-C ក៏អាចប្រើដើម្បីបញ្ជាក់អំពី Topologically Associated Domains (TADs) តំបន់នៃហ្សែនដែលមានរចនាសម្ព័ន្ធបត់ ហើយទំនងជាមានគំរូកន្សោមស្រដៀងគ្នា និងដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណរង្វិលជុំ chromatin តំបន់ DNA ដែលត្រូវបានបោះយុថ្ការួមគ្នាដោយប្រូតេអ៊ីន ហើយនោះគឺ ជាញឹកញាប់សំបូរទៅដោយធាតុនិយតកម្ម។ សេវាកម្មលំដាប់ Hi-C របស់ BMKGene ផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់អ្នកស្រាវជ្រាវក្នុងការស្វែងយល់ពីទំហំលំហនៃហ្សែន បើកផ្លូវថ្មីសម្រាប់ការយល់ដឹងអំពីបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន និងផលប៉ះពាល់របស់វាចំពោះសុខភាព និងជំងឺ។
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) គឺជាបច្ចេកទេសដែលប្រើអង្គបដិប្រាណដើម្បីជ្រើសរើសបង្កើនប្រូតេអ៊ីនភ្ជាប់ DNA និងគោលដៅហ្សែនដែលត្រូវគ្នារបស់ពួកគេ។ សមាហរណកម្មរបស់វាជាមួយ NGS អនុញ្ញាតឱ្យមានទម្រង់ហ្សែនធំទូលាយនៃគោលដៅ DNA ដែលទាក់ទងនឹងការកែប្រែអ៊ីស្តូន កត្តាចម្លង និងប្រូតេអ៊ីនភ្ជាប់ DNA ផ្សេងទៀត។ វិធីសាស្រ្តថាមវន្តនេះអនុញ្ញាតឱ្យមានការប្រៀបធៀបនៃកន្លែងចងនៅលើប្រភេទកោសិកា ជាលិកា ឬលក្ខខណ្ឌផ្សេងៗ។ កម្មវិធីរបស់ Chip-Seq មានចាប់ពីការសិក្សាបទប្បញ្ញត្តិប្រតិចារិក និងផ្លូវអភិវឌ្ឍន៍ដល់យន្តការជំងឺ ដែលធ្វើឱ្យវាក្លាយជាឧបករណ៍ដែលមិនអាចខ្វះបានសម្រាប់ការយល់ដឹងអំពីទេសភាពបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន និងជំរុញការយល់ដឹងអំពីការព្យាបាល។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq
-
លំដាប់ហ្សែនប៊ីស៊ុលហ្វីតទាំងមូល (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) តំណាងឱ្យវិធីសាស្រ្តស្តង់ដារមាសសម្រាប់ការរុករកស៊ីជម្រៅនៃ DNA methylation ជាពិសេសទីតាំងទីប្រាំនៅក្នុង cytosine (5-mC) ដែលជានិយតករសំខាន់នៃការបញ្ចេញហ្សែន និងសកម្មភាពកោសិកា។ គោលការណ៍ជាមូលដ្ឋាននៃ WGBS ពាក់ព័ន្ធនឹងការព្យាបាល bisulfite ដែលជំរុញឱ្យមានការបំប្លែង cytosines unmethylated ទៅ uracil (C ទៅ U) ខណៈពេលដែលទុកឱ្យ methylated cytosines មិនផ្លាស់ប្តូរ។ បច្ចេកទេសនេះផ្តល់នូវដំណោះស្រាយមូលដ្ឋានតែមួយ ដែលអនុញ្ញាតឱ្យអ្នកស្រាវជ្រាវធ្វើការស៊ើបអង្កេតយ៉ាងទូលំទូលាយអំពីមេទីលឡូម និងរកឃើញគំរូមេទីលមិនប្រក្រតីដែលទាក់ទងនឹងលក្ខខណ្ឌផ្សេងៗ ជាពិសេសមហារីក។ តាមរយៈការប្រើប្រាស់ WGBS អ្នកវិទ្យាសាស្ត្រអាចទទួលបានការយល់ដឹងដែលមិនអាចប្រៀបផ្ទឹមបានទៅលើទេសភាពមេទីលដែលធំទូលាយនៃហ្សែន ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងយ៉ាងច្បាស់លាស់អំពីយន្តការអេពីតូហ្សែនដែលបង្កប់នូវដំណើរការជីវសាស្រ្តចម្រុះ និងជំងឺ។
-
ការវិភាគសម្រាប់ Transposase-Accessible Chromatin ជាមួយនឹងលំដាប់លំដោយខ្ពស់ (ATAC-seq)
ATAC-seq គឺជាបច្ចេកទេសលំដាប់ខ្ពស់ដែលប្រើសម្រាប់ការវិភាគលទ្ធភាពប្រើប្រាស់ក្រូម៉ាទីនធំទូលាយ។ ការប្រើប្រាស់វាផ្តល់នូវការយល់ដឹងកាន់តែស៊ីជម្រៅអំពីយន្តការស្មុគ្រស្មាញនៃការគ្រប់គ្រងអេពីតូហ្សែនជាសកលលើការបញ្ចេញហ្សែន។ វិធីសាស្រ្តប្រើ Tn5 transposase សកម្មដើម្បីបំបែក និងដាក់ស្លាកតំបន់ក្រូម៉ាទីនដែលបើកចំហក្នុងពេលដំណាលគ្នាដោយបញ្ចូលអាដាប់ទ័រតាមលំដាប់លំដោយ។ ការពង្រីក PCR ជាបន្តបន្ទាប់នាំឱ្យបង្កើតបណ្ណាល័យលំដាប់លំដោយ ដែលអនុញ្ញាតឱ្យកំណត់អត្តសញ្ញាណទូលំទូលាយនៃតំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់នៃពេលវេលាលំហ។ ATAC-seq ផ្តល់នូវទិដ្ឋភាពរួមនៃទេសភាព chromatin ដែលអាចចូលប្រើបាន មិនដូចវិធីសាស្រ្តដែលផ្តោតតែលើគេហទំព័រចងកត្តាចម្លង ឬតំបន់ដែលបានកែប្រែ histone ជាក់លាក់នោះទេ។ តាមរយៈការចាត់ថ្នាក់តំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហទាំងនេះ ATAC-seq បង្ហាញតំបន់ដែលទំនងជាមានលំដាប់បទប្បញ្ញត្តិសកម្ម និងកន្លែងភ្ជាប់កត្តាចម្លងសក្តានុពល ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងដ៏មានតម្លៃទៅក្នុងម៉ូឌុលឌីណាមិកនៃកន្សោមហ្សែននៅទូទាំងហ្សែន។
-
ការកាត់បន្ថយការតំណាង Bisulfite Sequencing (RRBS)
ការកាត់បន្ថយតំណាង Bisulfite Sequencing (RRBS) បានលេចចេញជាជម្រើសដ៏មានប្រសិទ្ធភាព និងសន្សំសំចៃចំពោះ Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) នៅក្នុងការស្រាវជ្រាវ DNA methylation ។ ខណៈពេលដែល WGBS ផ្តល់នូវការយល់ដឹងដ៏ទូលំទូលាយដោយការពិនិត្យមើលហ្សែនទាំងមូលក្នុងដំណោះស្រាយមូលដ្ឋានតែមួយ ការចំណាយខ្ពស់របស់វាអាចជាកត្តាកំណត់។ RRBS ជាយុទ្ធសាស្ត្រកាត់បន្ថយបញ្ហាប្រឈមនេះដោយជ្រើសរើសវិភាគផ្នែកតំណាងនៃហ្សែន។ វិធីសាស្រ្តនេះពឹងផ្អែកលើការពង្រឹងតំបន់ដែលសំបូរទៅដោយកោះ CpG ដោយការបោសសំអាត MspI អមដោយការជ្រើសរើសទំហំនៃបំណែក 200-500/600 bps ។ អាស្រ័យហេតុនេះ មានតែតំបន់ដែលនៅជិតកោះ CpG ប៉ុណ្ណោះដែលត្រូវបានបន្តបន្ទាប់គ្នា ចំណែកតំបន់ដែលមានកោះ CpG ឆ្ងាយមិនត្រូវបានរាប់បញ្ចូលពីការវិភាគ។ ដំណើរការនេះ រួមផ្សំជាមួយនឹងការបន្តបន្ទាប់គ្នា bisulfite អនុញ្ញាតឱ្យមានការរកឃើញនូវដំណោះស្រាយខ្ពស់នៃ DNA methylation ហើយវិធីសាស្រ្តបន្តបន្ទាប់គ្នា PE150 ផ្តោតជាពិសេសទៅលើផ្នែកចុងនៃសិលាចារឹកជាជាងផ្នែកកណ្តាល បង្កើនប្រសិទ្ធភាពនៃទម្រង់ methylation ។ RRBS គឺជាឧបករណ៍ដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបាន ដែលអាចឱ្យការស្រាវជ្រាវ DNA methylation ប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាព និងជំរុញចំណេះដឹងអំពីយន្តការអេពីដេហ្សែន។
