-
អន្តរកម្មក្រូម៉ាទីនដែលមានមូលដ្ឋានលើ Hi-C
Hi-C គឺជាវិធីសាស្ត្រមួយដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីចាប់យកការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែនដោយការរួមបញ្ចូលគ្នានូវអន្តរកម្មផ្អែកលើការស៊ើបសួរ និងការធ្វើលំដាប់ហ្សែនដែលមានអត្រាទិន្នផលខ្ពស់។ វិធីសាស្ត្រនេះគឺផ្អែកលើការភ្ជាប់ក្រូម៉ាទីនជាមួយហ្វ័រម៉ាល់ឌីអ៊ីត បន្ទាប់មកដោយការរំលាយ និងការភ្ជាប់ឡើងវិញតាមរបៀបដែលមានតែបំណែកដែលត្រូវបានភ្ជាប់គ្នាជាកូវ៉ាឡង់ប៉ុណ្ណោះដែលនឹងបង្កើតជាផលិតផលចង។ តាមរយៈការធ្វើលំដាប់ហ្សែនផលិតផលចងទាំងនេះ វាអាចធ្វើទៅបានដើម្បីសិក្សាពីការរៀបចំ 3D នៃហ្សែន។ Hi-C អនុញ្ញាតឱ្យសិក្សាពីការចែកចាយផ្នែកនៃហ្សែនដែលខ្ចប់ស្រាល (បន្ទប់ A, euchromatin) និងទំនងជាសកម្មក្នុងការចម្លង និងតំបន់ដែលខ្ចប់យ៉ាងតឹងរ៉ឹង (បន្ទប់ B, Heterochromatin)។ Hi-C ក៏អាចត្រូវបានប្រើដើម្បីចង្អុលបង្ហាញដែនដែលជាប់ទាក់ទងគ្នាខាង Topologically (TADs) តំបន់នៃហ្សែនដែលមានរចនាសម្ព័ន្ធបត់ និងទំនងជាមានលំនាំការបញ្ចេញមតិស្រដៀងគ្នា និងដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណរង្វិលជុំក្រូម៉ាទីន តំបន់ DNA ដែលត្រូវបានចងភ្ជាប់គ្នាដោយប្រូតេអ៊ីន និងដែលជារឿយៗសម្បូរទៅដោយធាតុនិយតកម្ម។ សេវាកម្មលំដាប់ Hi-C របស់ BMKGene ផ្តល់អំណាចដល់អ្នកស្រាវជ្រាវក្នុងការស្វែងយល់ពីវិមាត្រលំហនៃហ្សែន ដោយបើកផ្លូវថ្មីៗសម្រាប់ការយល់ដឹងអំពីបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន និងផលប៉ះពាល់របស់វាទៅលើសុខភាព និងជំងឺ។
-
ការធ្វើលំដាប់លំដោយនៃភាពស៊ាំនឹងក្រូម៉ាទីន (ChIP-seq)
ការព្យាបាលដោយ Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) គឺជាបច្ចេកទេសមួយដែលប្រើប្រាស់អង្គបដិប្រាណដើម្បីបង្កើនគុណភាពប្រូតេអ៊ីនចង DNA និងគោលដៅហ្សែនដែលត្រូវគ្នារបស់វា។ ការរួមបញ្ចូលរបស់វាជាមួយ NGS អាចឱ្យមានការក្រិតតាមហ្សែននៃគោលដៅ DNA ដែលទាក់ទងនឹងការកែប្រែអ៊ីស្តូន កត្តាចម្លង និងប្រូតេអ៊ីនចង DNA ផ្សេងទៀត។ វិធីសាស្រ្តថាមវន្តនេះអាចឱ្យមានការប្រៀបធៀបកន្លែងភ្ជាប់នៅទូទាំងប្រភេទកោសិកា ជាលិកា ឬលក្ខខណ្ឌផ្សេងៗគ្នា។ កម្មវិធីរបស់ ChIP-Seq លាតសន្ធឹងចាប់ពីការសិក្សាអំពីបទប្បញ្ញត្តិចម្លង និងផ្លូវអភិវឌ្ឍន៍ រហូតដល់ការបញ្ជាក់អំពីយន្តការជំងឺ ដែលធ្វើឱ្យវាក្លាយជាឧបករណ៍ដែលមិនអាចខ្វះបានសម្រាប់ការយល់ដឹងអំពីទេសភាពបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន និងជំរុញការយល់ដឹងអំពីការព្យាបាល។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq
-
ការធ្វើលំដាប់ប៊ីស៊ុលហ្វីតហ្សែនទាំងមូល (WGBS)
បច្ចេកទេសនេះ ដែលផ្អែកលើការព្យាបាលដោយប៊ីស៊ុលហ្វីតនៃ DNA ដើម្បីជំរុញការបំប្លែងស៊ីតូស៊ីនដែលមិនមានមេទីលទៅជាអ៊ុយរ៉ាស៊ីល (C ទៅ U) ខណៈពេលដែលទុកស៊ីតូស៊ីនដែលមានមេទីលឱ្យនៅដដែល ឈរជាវិធីសាស្ត្រស្តង់ដារមាសសម្រាប់ការរុករកស៊ីជម្រៅនៃមេទីលនៃ DNA ជាពិសេសទីតាំងទីប្រាំនៅក្នុងស៊ីតូស៊ីន (5-mC) ដែលជានិយតករសំខាន់នៃការបញ្ចេញហ្សែន និងសកម្មភាពកោសិកា។
បច្ចេកទេសនេះផ្តល់នូវគុណភាពបង្ហាញមូលដ្ឋានតែមួយ ដែលអនុញ្ញាតឱ្យអ្នកស្រាវជ្រាវស៊ើបអង្កេតយ៉ាងទូលំទូលាយអំពីមេទីឡូម និងស្វែងរកលំនាំមេទីឡាស្យុងមិនប្រក្រតីនៅក្នុងគំរូ។ តាមរយៈការប្រើប្រាស់ WGBS អ្នកវិទ្យាសាស្ត្រអាចទទួលបានការយល់ដឹងដែលមិនអាចប្រៀបផ្ទឹមបានអំពីទេសភាពមេទីឡាស្យុងទូទាំងហ្សែន ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងលម្អិតអំពីយន្តការអេពីហ្សែនដែលជាមូលដ្ឋានគ្រឹះនៃដំណើរការជីវសាស្រ្ត និងជំងឺចម្រុះ។
-
ការវិភាគសម្រាប់ក្រូម៉ាទីនដែលអាចចូលប្រើបានដោយ Transposase ជាមួយនឹងលំដាប់លំដោយខ្ពស់ (ATAC-seq)
ATAC-seq គឺជាបច្ចេកទេសស៊ីក្វេនដែលមានអត្រាខ្ពស់ដែលប្រើសម្រាប់ការវិភាគភាពងាយស្រួលនៃក្រូម៉ាទីនទូទាំងហ្សែន។ វាផ្តល់នូវការយល់ដឹងកាន់តែស៊ីជម្រៅអំពីយន្តការស្មុគស្មាញនៃការគ្រប់គ្រងអេពីហ្សែនសកលលើការបញ្ចេញហ្សែន។ វិធីសាស្ត្រនេះប្រើ transposase Tn5 ដែលមានសកម្មភាពខ្លាំងដើម្បីបំបែក និងដាក់ស្លាកតំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហក្នុងពេលដំណាលគ្នាដោយបញ្ចូលអាដាប់ទ័រស៊ីក្វេន។ ការពង្រីក PCR ជាបន្តបន្ទាប់នាំឱ្យមានការបង្កើតបណ្ណាល័យស៊ីក្វេន ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការកំណត់អត្តសញ្ញាណយ៉ាងទូលំទូលាយនៃតំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហក្រោមលក្ខខណ្ឌលំហ-ពេលវេលាជាក់លាក់។ ATAC-seq ផ្តល់នូវទិដ្ឋភាពរួមនៃទេសភាពក្រូម៉ាទីនដែលអាចចូលដំណើរការបាន មិនដូចវិធីសាស្ត្រដែលផ្តោតតែលើកន្លែងភ្ជាប់កត្តាចម្លង ឬតំបន់កែប្រែអ៊ីស្តូនជាក់លាក់នោះទេ។ តាមរយៈការធ្វើស៊ីក្វេនតំបន់ក្រូម៉ាទីនបើកចំហទាំងនេះ ATAC-seq បង្ហាញតំបន់ដែលទំនងជាមានលំដាប់និយតកម្មសកម្ម និងកន្លែងភ្ជាប់កត្តាចម្លងដែលមានសក្តានុពល ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងដ៏មានតម្លៃអំពីការកែប្រែថាមវន្តនៃការបញ្ចេញហ្សែននៅទូទាំងហ្សែន។
-
លំដាប់ប៊ីស៊ុលហ្វីតតំណាងដែលកាត់បន្ថយ (RRBS)
ការធ្វើលំដាប់ប៊ីស៊ុលហ្វីតដែលកាត់បន្ថយការតំណាង (RRBS) ពឹងផ្អែកលើការបង្កើនប្រសិទ្ធភាពនៃតំបន់ដែលសម្បូរទៅដោយកោះ CpG ដោយការកាត់ MspI បន្ទាប់មកដោយការជ្រើសរើសទំហំនៃបំណែក 200-500/600 bps។ ជាលទ្ធផល មានតែតំបន់ដែលនៅជិតកោះ CpG ប៉ុណ្ណោះដែលត្រូវបានដាក់លំដាប់ ខណៈដែលតំបន់ដែលមានកោះ CpG ឆ្ងាយត្រូវបានដកចេញពីការវិភាគ។ ដំណើរការនេះ រួមផ្សំជាមួយនឹងការធ្វើលំដាប់ប៊ីស៊ុលហ្វីត អនុញ្ញាតឱ្យមានការរកឃើញមេទីឡាស្យុង DNA ដែលមានគុណភាពបង្ហាញខ្ពស់ ហើយវិធីសាស្រ្តធ្វើលំដាប់ PE150 ផ្តោតជាពិសេសលើចុងនៃការបញ្ចូលជាជាងកណ្តាល ដែលបង្កើនប្រសិទ្ធភាពនៃការវិភាគមេទីឡាស្យុង។
បច្ចេកទេសនេះបានក្លាយជាជម្រើសមួយដែលមានប្រសិទ្ធភាព និងចំណាយតិចជំនួសឲ្យ Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ក្នុងការស្រាវជ្រាវមេទីឡាស្យុង DNA។ ខណៈពេលដែល WGBS ផ្តល់នូវការយល់ដឹងយ៉ាងទូលំទូលាយដោយការពិនិត្យហ្សែនទាំងមូលនៅកម្រិតភាពច្បាស់មូលដ្ឋានតែមួយ តម្លៃខ្ពស់របស់វាអាចជាកត្តាកំណត់ ដែល RRBS កាត់បន្ថយបញ្ហាប្រឈមនេះដោយយុទ្ធសាស្ត្រដោយវិភាគផ្នែកតំណាងនៃហ្សែន។ វិធីសាស្រ្តនេះគឺជាឧបករណ៍ដ៏មានតម្លៃដែលអាចឱ្យមានការស្រាវជ្រាវមេទីឡាស្យុង DNA ដែលមានប្រសិទ្ធភាពចំណាយតិច និងជំរុញចំណេះដឹងអំពីយន្តការអេពីហ្សែន។
