-
Ipari mRNA ni kikun-Nanopore
Titele RNA ti jẹ ohun elo ti ko niye fun itupalẹ itupale transcriptome.Laisi iyemeji, ilana-kika kukuru ibile ti ṣaṣeyọri ọpọlọpọ idagbasoke pataki ni ibi.Bibẹẹkọ, o ma n ba awọn idiwọn pade ni kikun-ipari awọn idanimọ isoform, iwọn, irẹjẹ PCR.
Ilana Nanopore ṣe iyatọ si ararẹ lati awọn iru ẹrọ ti o tẹle, ni pe a ka awọn nucleotides taara laisi iṣelọpọ DNA ati ṣe ipilẹṣẹ kika gigun ni mewa ti kilobases.Eyi n fun ni agbara kika-jade taara lila awọn iwe afọwọkọ gigun ni kikun ati koju awọn italaya ni awọn ikẹkọ ipele isoform.
Platform:Nanopore PromethION
Ile-ikawe:cDNA-PCR
-
De novo Kikun-ipari Transcriptome lesese -PacBio
De novoIpari-kikun transcriptome lesese, tun mo biDe novoIso-Seq gba awọn anfani ti PacBio sequencer ni ipari kika, eyiti o jẹ ki ṣiṣe ilana ti awọn ohun elo cDNA gigun ni kikun laisi awọn isinmi eyikeyi.Eyi yago fun awọn aṣiṣe eyikeyi ti ipilẹṣẹ ni awọn igbesẹ apejọ tiransikiripiti ati kọ awọn eto unigene pẹlu ipinnu ipele-isoform.Eto unigene yii n pese alaye jiini ti o lagbara bi “jiomeiti itọkasi” ni ipele transcriptome.Ni afikun, apapọ pẹlu data atẹle iran ti nbọ, iṣẹ yii n fun ni agbara iwọn deede ti ikosile ipele isoform.
Platform: PacBio Sequel IILibrary: SMRT agogo ìkàwé -
Eukaryotic mRNA sequencing-Ilumina
Atẹle mRNA ngbanilaaye profaili ti gbogbo awọn mRNA ti a gbasilẹ lati awọn sẹẹli labẹ awọn ipo kan pato.O jẹ imọ-ẹrọ ti o lagbara fun iṣafihan profaili ikosile pupọ, awọn ẹya pupọ ati awọn ọna molikula ti awọn ilana iṣe ti ibi kan.Titi di oni, tito lẹsẹsẹ mRNA ti ni iṣẹ lọpọlọpọ ni iwadii ipilẹ, awọn iwadii ile-iwosan, idagbasoke oogun, ati bẹbẹ lọ.
Syeed: Illumina NovaSeq 6000
-
Ti kii ṣe Itọkasi orisun ilana mRNA-Ilumina
Atẹle mRNA gba ilana ilana atẹle-iran (NGS) lati mu ojiṣẹ RNA (mRNA) ṣe Eukaryote ni akoko kan pato ti awọn iṣẹ pataki kan n mu ṣiṣẹ.Tiransikiripiti pipọ ti o gunjulo ni a pe ni 'Unigene' ati pe a lo bi itọka itọka fun itupalẹ ti o tẹle, eyiti o jẹ ọna ti o munadoko lati ṣe iwadi ẹrọ molikula ati nẹtiwọọki ilana ti ẹda laisi itọkasi.
Lẹhin apejọ data transcriptome ati asọye iṣẹ-ṣiṣe unigene
(1) Itupalẹ SNP, itupalẹ SSR, asọtẹlẹ CDS ati igbekalẹ apilẹṣẹ yoo jẹ tẹlẹ.
(2) Quantification ti unigene ikosile ni kọọkan ayẹwo yoo ṣee ṣe.
(3) Awọn unigenes ti a fihan ni iyatọ laarin awọn ayẹwo (tabi awọn ẹgbẹ) yoo ṣe awari ti o da lori ikosile unigene
(4) Iṣiropọ, asọye iṣẹ-ṣiṣe ati itupalẹ imudara ti awọn unigenes ti a fihan ni iyatọ yoo ṣee ṣe
-
Long ti kii-ifaminsi lesese-Illumina
Awọn RNA ti kii ṣe ifaminsi gigun (lncRNAs) jẹ iru awọn ohun elo RNA pẹlu ipari ti o kọja 200 NT, eyiti o jẹ ijuwe nipasẹ agbara ifaminsi kekere pupọ.LncRNA, gẹgẹbi ọmọ ẹgbẹ bọtini ni awọn RNA ti kii ṣe ifaminsi, ni akọkọ ti a rii ni arin ati pilasima.Idagbasoke ni imọ-ẹrọ titele ati bioinformtics jẹ ki idanimọ ti ọpọlọpọ lncRNAs aramada ati darapọ awọn ti o ni awọn iṣẹ ti ibi.Awọn ẹri ikojọpọ daba pe lncRNA ni ipa pupọ ninu ilana epigenetic, ilana transcription ati ilana ilana ifiweranṣẹ.
-
Kekere RNA sequencing-Ilumina
RNA kekere n tọka si kilasi ti awọn ohun elo RNA ti kii ṣe ifaminsi ti o maa n kere ju 200nt ni gigun, pẹlu micro RNA (miRNA), kikọlu kekere RNA (siRNA), ati piwi-interacting RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) jẹ kilasi ti RNA kekere endogenous pẹlu ipari ti o to 20-24nt, eyiti o ṣe ọpọlọpọ awọn ipa ilana pataki ninu awọn sẹẹli.miRNA ṣe alabapin ninu ọpọlọpọ awọn ilana igbesi aye eyiti o nfi ara han - ni pato ati ipele - ikosile kan pato ati ti fipamọ pupọ ni awọn oriṣiriṣi oriṣiriṣi.
-
circRNA sequencing-Ilumina
Odidi itọsẹ iwe-kikọsilẹ jẹ apẹrẹ lati ṣe profaili gbogbo awọn iru awọn ohun elo RNA, pẹlu ifaminsi (mRNA) ati awọn RNA ti kii ṣe ifaminsi (pẹlu lncRNA, circRNA ati miRNA) eyiti a kọwe nipasẹ awọn sẹẹli kan pato ni akoko kan.Gbogbo itọsẹ transcriptome, ti a tun mọ si “apapọ RNA titele” awọn ifọkansi ni ṣiṣafihan awọn nẹtiwọọki ilana ilana ni ipele transcriptome.Ni anfani ti imọ-ẹrọ NGS, awọn ilana ti gbogbo awọn ọja transcriptome wa fun itupalẹ ceRNA ati itupalẹ RNA apapọ, eyiti o pese igbesẹ akọkọ si isọdi iṣẹ.Iṣafihan nẹtiwọọki ilana ti ceRNA orisun circRNA-miRNA-mRNA.
-
Gbogbo transcriptome lesese – Illumina
Odidi itọsẹ iwe-kikọsilẹ jẹ apẹrẹ lati ṣe profaili gbogbo awọn iru awọn ohun elo RNA, pẹlu ifaminsi (mRNA) ati awọn RNA ti kii ṣe ifaminsi (pẹlu lncRNA, circRNA ati miRNA) eyiti a kọwe nipasẹ awọn sẹẹli kan pato ni akoko kan.Gbogbo itọsẹ transcriptome, ti a tun mọ si “apapọ RNA titele” awọn ifọkansi ni ṣiṣafihan awọn nẹtiwọọki ilana ilana ni ipele transcriptome.Ni anfani ti imọ-ẹrọ NGS, awọn ilana ti gbogbo awọn ọja transcriptome wa fun itupalẹ ceRNA ati itupalẹ RNA apapọ, eyiti o pese igbesẹ akọkọ si isọdi iṣẹ.Iṣafihan nẹtiwọọki ilana ti ceRNA orisun circRNA-miRNA-mRNA.
-
Ilana RNA Prokaryotic
Ilana RNA Prokaryotic nlo ilana iran atẹle (NGS) lati ṣafihan wiwa ati opoiye ti RNA ni akoko ti a fifun, nipa ṣiṣe itupalẹ iyipada transcriptome cellular.Ilana ilana RNA prokaryotic ti ile-iṣẹ wa, ni pataki ni ifọkansi si awọn prokaryotes pẹlu awọn genomes itọkasi, pese fun ọ pẹlu profaili transscriptome, itupalẹ igbekale pupọ, ati bẹbẹ lọ O ti lo jakejado si iwadii imọ-jinlẹ ipilẹ, iwadii oogun ati idagbasoke, ati diẹ sii.
Syeed: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranscriptome Sequencing
Metatranscriptome sequencing ṣe afihan ikosile pupọ ti awọn microbes (mejeeji eukaryotes ati prokaryotes) laarin awọn agbegbe adayeba (ie ile, omi, okun, feces, ati ikun.) Ni pato, awọn iṣẹ yii ngbanilaaye lati gba gbogbo ikosile jiini ti awọn agbegbe microbial eka, itupalẹ taxonomic ti awọn eya, igbekale imudara iṣẹ-ṣiṣe ti awọn Jiini ti o yatọ ti a fihan, ati diẹ sii.
Syeed: Illumina NovaSeq 6000
