-
Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - Nanopore
Az RNS-szekvenálás felbecsülhetetlen eszköze volt az átfogó transzkriptomelemzésnek.Kétségtelenül a hagyományos rövid olvasási szekvenálás számos fontos fejlesztést ért el itt.Mindazonáltal gyakran találkozik korlátokkal a teljes hosszúságú izoforma-azonosításban, a mennyiségi meghatározásban és a PCR torzításában.
A nanopórusos szekvenálás abban különbözik a többi szekvenálási platformtól, hogy a nukleotidokat közvetlenül, DNS-szintézis nélkül olvassák be, és hosszú leolvasást generálnak több tíz kilobázison.Ez lehetővé teszi a közvetlen kiolvasást a teljes hosszúságú átiratok keresztezésére és az izoforma szintű vizsgálatok kihívásainak kezelésére.
Felület:Nanopore PromethION
Könyvtár:cDNS-PCR
-
De novo Teljes hosszúságú transzkriptum szekvenálás - PacBio
De novoteljes hosszúságú transzkriptom szekvenálás, más névenDe novoAz Iso-Seq kihasználja a PacBio szekvenszer előnyeit az olvasási hosszban, amely lehetővé teszi a teljes hosszúságú cDNS-molekulák megszakítás nélküli szekvenálását.Ez teljesen elkerüli az átírás-összeállítás lépései során keletkező hibákat, és unigén halmazokat hoz létre izoforma szintű felbontással.Ezek az unigén készletek erőteljes genetikai információt szolgáltatnak „referenciagenomként” transzkriptom szinten.Ezenkívül a következő generációs szekvenálási adatokkal kombinálva ez a szolgáltatás lehetővé teszi az izoforma szintű kifejezés pontos számszerűsítését.
Platform: PacBio Sequel IIKönyvtár: SMRT harangkönyvtár -
Eukarióta mRNS szekvenálás - Illumina
Az mRNS szekvenálás lehetővé teszi a sejtekből specifikus körülmények között átírt összes mRNS profilozását.Ez egy hatékony technológia bizonyos biológiai folyamatok génexpressziós profiljának, génstruktúráinak és molekuláris mechanizmusainak feltárására.A mai napig az mRNS-szekvenálást széles körben alkalmazták az alapkutatásban, a klinikai diagnosztikában, a gyógyszerfejlesztésben stb.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Nem referencia alapú mRNS szekvenálás - Illumina
Az mRNS-szekvenálás a következő generációs szekvenálási technikát (NGS) alkalmazza az eukarióta hírvivő RNS-ének (mRNS) befogására abban az időszakban, amikor bizonyos speciális funkciók aktiválódnak.A leghosszabb összeillesztett átiratot „Unigene”-nek nevezték, és referenciaszekvenciának használták a későbbi elemzésekhez, amely hatékony eszköz a fajok molekuláris mechanizmusának és szabályozó hálózatának referencia nélküli tanulmányozására.
Transzkriptom adatösszeállítás és unigen funkcionális annotáció után
(1) Előzetesen elkészítik az SNP-analízist, az SSR-elemzést, a CDS-előrejelzést és a génszerkezetet.
(2) Minden mintában el kell végezni az unigén expresszió mennyiségi meghatározását.
(3) A minták (vagy csoportok) közötti, eltérően kifejezett unigéneket az unigén expresszió alapján fedezik fel
(4) El kell végezni a differenciálisan expresszált unigének klaszterezését, funkcionális annotációját és dúsítási analízisét
-
Hosszú, nem kódoló szekvenálás - Illumina
A hosszú nem kódoló RNS-ek (lncRNS-ek) a 200 nt-t meghaladó hosszúságú RNS-molekulák egy fajtája, amelyekre rendkívül alacsony kódoló potenciál jellemző.Az LncRNS, mint a nem kódoló RNS-ek kulcsfontosságú tagja, főként a sejtmagban és a plazmában található.A szekvenálási technológia és a bioinformtika fejlődése számos új lncRNS azonosítását és biológiai funkciókkal való társítását teszi lehetővé.A kumulatív bizonyítékok arra utalnak, hogy az lncRNS széles körben részt vesz az epigenetikai szabályozásban, a transzkripció szabályozásában és a transzkripció utáni szabályozásban.
-
Kis RNS szekvenálás - Illumina
A kis RNS a nem kódoló RNS-molekulák egy osztályára utal, amelyek általában 200 nt-nál rövidebbek, beleértve a mikro-RNS-t (miRNS), a kis interferencia-RNS-t (siRNS) és a piwi-kölcsönhatásba lépő RNS-t (piRNS).
A mikroRNS (miRNS) a körülbelül 20-24 nt hosszúságú endogén kis RNS osztálya, amely számos fontos szabályozó szerepet játszik a sejtekben.A miRNS számos életfolyamatban vesz részt, amelyek szövet-specifikus és stádium-specifikus expressziót tárnak fel, és különböző fajokban erősen konzerváltak.
-
cirkRNS szekvenálás-Illumina
A teljes transzkriptom szekvenálást úgy tervezték, hogy minden típusú RNS-molekulát profilozzon, beleértve a kódoló (mRNS) és a nem kódoló RNS-eket (beleértve az lncRNS-t, a circRNS-t és a miRNS-t is), amelyeket meghatározott sejtek írnak át egy bizonyos időpontban.A teljes transzkriptom szekvenálás, más néven „teljes RNS szekvenálás” célja átfogó szabályozó hálózatok feltárása transzkriptum szinten.Az NGS technológiát kihasználva teljes transzkriptomtermékek szekvenciái állnak rendelkezésre a ceRNS-analízishez és a közös RNS-elemzéshez, ami az első lépés a funkcionális jellemzés felé.A cirkRNS-miRNS-mRNS alapú ceRNS szabályozó hálózatának feltárása.
-
A teljes transzkriptom szekvenálása – Illumina
A teljes transzkriptom szekvenálást úgy tervezték, hogy minden típusú RNS-molekulát profilozzon, beleértve a kódoló (mRNS) és a nem kódoló RNS-eket (beleértve az lncRNS-t, a circRNS-t és a miRNS-t is), amelyeket meghatározott sejtek írnak át egy bizonyos időpontban.A teljes transzkriptom szekvenálás, más néven „teljes RNS szekvenálás” célja átfogó szabályozó hálózatok feltárása transzkriptum szinten.Az NGS technológiát kihasználva teljes transzkriptomtermékek szekvenciái állnak rendelkezésre a ceRNS-analízishez és a közös RNS-elemzéshez, ami az első lépés a funkcionális jellemzés felé.A cirkRNS-miRNS-mRNS alapú ceRNS szabályozó hálózatának feltárása.
-
Prokarióta RNS szekvenálás
A prokarióta RNS szekvenálás a következő generációs szekvenálást (NGS) alkalmazza, hogy feltárja az RNS jelenlétét és mennyiségét egy adott pillanatban, a változó sejttranszkriptom elemzésével.Cégünk prokarióta RNS szekvenálása kifejezetten a referenciagenomokkal rendelkező prokariótákra irányul, transzkriptom profilalkotást, génszerkezet-elemzést stb. biztosítva. Széles körben alkalmazták alapkutatásban, gyógyszerkutatásban és -fejlesztésben stb.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranszkriptom szekvenálás
A metatranszkriptom szekvenálás azonosítja a mikrobák (eukarióták és prokarióták) génexpresszióját természetes környezetben (pl. talajban, vízben, tengerben, ürülékben és bélben). Ez a szolgáltatás lehetővé teszi a komplex mikrobiális közösségek teljes génexpressziós profiljának megszerzését, taxonómiai elemzést. fajok, eltérően expresszált gének funkcionális dúsítási elemzése és még sok más.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
