-
ລຳດັບ mRNA ເຕັມຄວາມຍາວ-Nanopore
ການຈັດລໍາດັບ RNA ໄດ້ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີຄຸນຄ່າສໍາລັບການວິເຄາະການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ສົມບູນແບບ.ບໍ່ຕ້ອງສົງໃສ, ການຈັດລໍາດັບການອ່ານສັ້ນແບບດັ້ງເດີມໄດ້ບັນລຸການພັດທະນາທີ່ສໍາຄັນຈໍານວນຫລາຍຢູ່ທີ່ນີ້.ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ມັນມັກຈະພົບກັບຂໍ້ຈໍາກັດໃນການກໍານົດ isoform ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ, ປະລິມານ, ຄວາມລໍາອຽງ PCR.
ລໍາດັບ Nanopore ແຍກຕົວຂອງມັນເອງຈາກເວທີການຈັດລໍາດັບອື່ນໆ, ໃນນັ້ນ nucleotides ໄດ້ຖືກອ່ານໂດຍກົງໂດຍບໍ່ມີການສັງເຄາະ DNA ແລະສ້າງການອ່ານຍາວຫຼາຍສິບກິໂລຖານ.ນີ້ເຮັດໃຫ້ການອ່ານອອກໂດຍກົງຜ່ານບົດບັນທຶກທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມແລະຮັບມືກັບສິ່ງທ້າທາຍໃນການສຶກສາລະດັບ isoform.
ເວທີ:Nanopor PromethION
ຫ້ອງສະໝຸດ:cDNA-PCR
-
De novo ລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມແບບເຕັມຄວາມຍາວ -PacBio
ເດໂນໂວການຈັດລຳດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມເຕັມຄວາມຍາວ, ເອີ້ນກັນວ່າເດໂນໂວIso-Seq ໃຊ້ຄວາມໄດ້ປຽບຂອງລໍາດັບ PacBio ໃນຄວາມຍາວການອ່ານ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບຂອງໂມເລກຸນ cDNA ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມໂດຍບໍ່ມີການແຕກຫັກໃດໆ.ນີ້ຫລີກລ້ຽງຄວາມຜິດພາດທີ່ເກີດຂື້ນໃນຂັ້ນຕອນການປະກອບການຖອດຂໍ້ຄວາມແລະສ້າງຊຸດ unigene ທີ່ມີຄວາມລະອຽດລະດັບ isoform.ຊຸດ unigene ນີ້ສະຫນອງຂໍ້ມູນພັນທຸກໍາທີ່ມີປະສິດທິພາບເປັນ "genome ອ້າງອີງ" ໃນລະດັບ transcriptome.ນອກຈາກນັ້ນ, ການສົມທົບກັບຂໍ້ມູນການຈັດລໍາດັບລຸ້ນຕໍ່ໄປ, ການບໍລິການນີ້ເຮັດໃຫ້ການກໍານົດປະລິມານທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງການສະແດງອອກໃນລະດັບ isoform.
ເວທີ: PacBio Sequel IIຫໍສະໝຸດ: ຫໍສະໝຸດ SMRT -
Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
ການຈັດລໍາດັບ mRNA ຊ່ວຍໃຫ້ການສ້າງໂປຣໄຟລ໌ຂອງ mRNA ທັງໝົດທີ່ຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກເຊລພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂສະເພາະ.ມັນເປັນເທກໂນໂລຍີທີ່ມີປະສິດທິພາບສໍາລັບການເປີດເຜີຍຂໍ້ມູນການສະແດງອອກຂອງ gene, ໂຄງສ້າງຂອງ gene ແລະກົນໄກໂມເລກຸນຂອງຂະບວນການທາງຊີວະພາບບາງຢ່າງ.ມາຮອດປະຈຸ, ການຈັດລໍາດັບ mRNA ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການຄົ້ນຄວ້າພື້ນຖານ, ການວິນິດໄສທາງດ້ານການຊ່ວຍ, ການພັດທະນາຢາ, ແລະອື່ນໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq 6000
-
ການຈັດລຳດັບ mRNA-Illumina ທີ່ບໍ່ອ້າງອີງ
ການຈັດລຳດັບ mRNA ນຳໃຊ້ເຕັກນິກການຈັດລຳດັບລຸ້ນຕໍ່ໄປ (NGS) ເພື່ອຈັບຕົວສົ່ງສານ RNA (mRNA) ໃນຮູບແບບ Eukaryote ໃນຊ່ວງເວລາສະເພາະທີ່ບາງໜ້າທີ່ພິເສດກຳລັງເປີດໃຊ້ງານ.spliced transcript ທີ່ຍາວທີ່ສຸດໄດ້ຖືກເອີ້ນວ່າ 'Unigene' ແລະຖືກນໍາໃຊ້ເປັນລໍາດັບການອ້າງອິງສໍາລັບການວິເຄາະຕໍ່ໄປ, ຊຶ່ງເປັນວິທີການປະສິດທິພາບໃນການສຶກສາກົນໄກໂມເລກຸນແລະເຄືອຂ່າຍລະບຽບການຂອງຊະນິດໂດຍບໍ່ມີການອ້າງອີງ.
ຫຼັງຈາກການປະກອບຂໍ້ມູນ transcriptome ແລະ unigene ການປະກອບຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດ
(1) ການວິເຄາະ SNP, ການວິເຄາະ SSR, ການຄາດຄະເນ CDS ແລະໂຄງສ້າງ gene ຈະໄດ້ຮັບການ preformed.
(2) ປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ unigene ໃນແຕ່ລະຕົວຢ່າງຈະຖືກປະຕິບັດ.
(3) unigenes ທີ່ສະແດງຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງຕົວຢ່າງ (ຫຼືກຸ່ມ) ຈະຖືກຄົ້ນພົບໂດຍອີງໃສ່ການສະແດງອອກຂອງ unigene.
(4) ການຈັດກຸ່ມ, ຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະການວິເຄາະການເສີມຂະຫຍາຍຕົວຂອງ unigenes ສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນຈະໄດ້ຮັບການປະຕິບັດ.
-
ລຳດັບການບໍ່ເຂົ້າລະຫັດຍາວ-Illumina
RNAs ທີ່ບໍ່ເຂົ້າລະຫັດຍາວ (lncRNAs) ແມ່ນປະເພດຂອງໂມເລກຸນ RNA ທີ່ມີຄວາມຍາວເກີນ 200 nt, ເຊິ່ງມີລັກສະນະທີ່ມີທ່າແຮງການເຂົ້າລະຫັດຕໍ່າທີ່ສຸດ.LncRNA, ເປັນສະມາຊິກທີ່ສໍາຄັນໃນ RNAs ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ, ສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນພົບເຫັນຢູ່ໃນແກນແລະ plasma.ການພັດທະນາເຕັກໂນໂລຊີການຈັດລໍາດັບແລະ bioinformtics ຊ່ວຍໃຫ້ການກໍານົດຕົວຂອງ lncRNAs ນິຍາຍຈໍານວນຫລາຍແລະເຊື່ອມໂຍງຜູ້ທີ່ມີຫນ້າທີ່ທາງຊີວະພາບ.ຫຼັກຖານສະສົມຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າ lncRNA ມີສ່ວນຮ່ວມຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນລະບຽບການທາງພັນທຸກໍາ, ກົດລະບຽບການຖອດຂໍ້ຄວາມແລະກົດລະບຽບຫລັງການຖອດຂໍ້ຄວາມ.
-
ການຈັດລໍາດັບ RNA ຂະໜາດນ້ອຍ-Illumina
RNA ຂະໜາດນ້ອຍໝາຍເຖິງກຸ່ມຂອງໂມເລກຸນ RNA ທີ່ບໍ່ເຂົ້າລະຫັດ ເຊິ່ງປົກກະຕິແລ້ວມີຄວາມຍາວໜ້ອຍກວ່າ 200nt, ລວມທັງ micro RNA (miRNA), RNA ລົບກວນຂະໜາດນ້ອຍ (siRNA), ແລະ piwi-interacting RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) ແມ່ນຫ້ອງຮຽນຂອງ RNA ຂະຫນາດນ້ອຍ endogenous ທີ່ມີຄວາມຍາວປະມານ 20-24nt, ເຊິ່ງມີບົດບາດຫຼາຍດ້ານກົດລະບຽບທີ່ສໍາຄັນໃນຈຸລັງ.miRNA ມີສ່ວນຮ່ວມໃນຂະບວນການຊີວິດຈໍານວນຫຼາຍທີ່ເປີດເຜີຍເນື້ອເຍື່ອ - ສະເພາະແລະຂັ້ນຕອນ - ການສະແດງອອກສະເພາະແລະການອະນຸລັກສູງໃນຊະນິດຕ່າງໆ.
-
circRNA sequencing-Illumina
ການຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດຖືກອອກແບບມາເພື່ອສະແດງຂໍ້ມູນໂມເລກຸນ RNA ທຸກປະເພດ, ລວມທັງການເຂົ້າລະຫັດ (mRNA) ແລະ RNAs ທີ່ບໍ່ແມ່ນການເຂົ້າລະຫັດ (ລວມທັງ lncRNA, circRNA ແລະ miRNA) ເຊິ່ງຖືກຖ່າຍທອດໂດຍຈຸລັງສະເພາະໃນເວລາໃດໜຶ່ງ.ການຈັດລຳດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດ, ເຊິ່ງເອີ້ນກັນວ່າ "ການຈັດລຳດັບ RNA ທັງໝົດ" ມີຈຸດປະສົງເພື່ອເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນເຄືອຂ່າຍລະບຽບການທີ່ສົມບູນແບບໃນລະດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມ.ການນໍາໃຊ້ປະໂຫຍດຈາກເຕັກໂນໂລຢີ NGS, ລໍາດັບຂອງຜະລິດຕະພັນການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງຫມົດແມ່ນມີຢູ່ສໍາລັບການວິເຄາະ ceRNA ແລະການວິເຄາະ RNA ຮ່ວມກັນ, ເຊິ່ງສະຫນອງຂັ້ນຕອນທໍາອິດໄປສູ່ລັກສະນະທີ່ເປັນປະໂຫຍດ.ເປີດເຜີຍເຄືອຂ່າຍກົດລະບຽບຂອງ circRNA-miRNA-mRNA ທີ່ອີງໃສ່ ceRNA.
-
ການຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດ – Illumina
ການຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດຖືກອອກແບບມາເພື່ອສະແດງຂໍ້ມູນໂມເລກຸນ RNA ທຸກປະເພດ, ລວມທັງການເຂົ້າລະຫັດ (mRNA) ແລະ RNAs ທີ່ບໍ່ແມ່ນການເຂົ້າລະຫັດ (ລວມທັງ lncRNA, circRNA ແລະ miRNA) ເຊິ່ງຖືກຖ່າຍທອດໂດຍຈຸລັງສະເພາະໃນເວລາໃດໜຶ່ງ.ການຈັດລຳດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດ, ເຊິ່ງເອີ້ນກັນວ່າ "ການຈັດລຳດັບ RNA ທັງໝົດ" ມີຈຸດປະສົງເພື່ອເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນເຄືອຂ່າຍລະບຽບການທີ່ສົມບູນແບບໃນລະດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມ.ການນໍາໃຊ້ປະໂຫຍດຈາກເຕັກໂນໂລຢີ NGS, ລໍາດັບຂອງຜະລິດຕະພັນການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງຫມົດແມ່ນມີຢູ່ສໍາລັບການວິເຄາະ ceRNA ແລະການວິເຄາະ RNA ຮ່ວມກັນ, ເຊິ່ງສະຫນອງຂັ້ນຕອນທໍາອິດໄປສູ່ລັກສະນະທີ່ເປັນປະໂຫຍດ.ເປີດເຜີຍເຄືອຂ່າຍກົດລະບຽບຂອງ circRNA-miRNA-mRNA ທີ່ອີງໃສ່ ceRNA.
-
ການຈັດລໍາດັບ RNA Prokaryotic
ການຈັດລໍາດັບ RNA ຂອງ Prokaryotic ໃຊ້ລໍາດັບການຜະລິດຕໍ່ໄປ (NGS) ເພື່ອເປີດເຜີຍການປະກົດຕົວແລະປະລິມານຂອງ RNA ໃນເວລານີ້, ໂດຍການວິເຄາະການຖອດຂໍ້ຄວາມຂອງຈຸລັງທີ່ມີການປ່ຽນແປງ.ການຈັດລໍາດັບ RNA ຂອງ prokaryotic ຂອງບໍລິສັດຂອງພວກເຮົາ, ໂດຍສະເພາະແນໃສ່ prokaryotes ທີ່ມີ genomes ອ້າງອິງ, ໃຫ້ທ່ານມີ transcriptome profiling, ການວິເຄາະໂຄງສ້າງຂອງ gene, ແລະອື່ນໆ. ມັນໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງກັບການຄົ້ນຄວ້າວິທະຍາສາດພື້ນຖານ, ການຄົ້ນຄວ້າແລະການພັດທະນາຢາ, ແລະອື່ນໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq 6000
-
ການຈັດລໍາດັບ Metatranscriptome
ການຈັດລໍາດັບ Metatranscriptome ລະບຸການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອຈຸລິນຊີ (ທັງ eukaryotes ແລະ prokaryotes) ພາຍໃນສະພາບແວດລ້ອມທໍາມະຊາດ (ເຊັ່ນດິນ, ນ້ໍາ, ທະເລ, ອາຈົມ, ແລະລໍາໄສ້). ຂອງຊະນິດພັນ, ການວິເຄາະຄວາມອຸດົມສົມບູນທີ່ເປັນປະໂຫຍດຂອງພັນທຸກໍາທີ່ສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ແລະອື່ນໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq 6000
