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Sequencing mRNA full-length-Nanopore
A sequenza di l'RNA hè statu un strumentu inestimabile per l'analisi di transcriptoma cumpleta.Senza dubbitu, a sequenza tradiziunale di lettura corta hà ottenutu numerosi sviluppi impurtanti quì.Tuttavia, spessu scontra limitazioni in l'identificazione di isoforme full-length, quantificazione, bias PCR.
A sequencing Nanopore si distingue da altre piattaforme di sequenza, in chì i nucleotidi sò letti direttamente senza sintesi di DNA è genera una lettura longa à decine di kilobases.Questu permette a lettura diretta incruciate e trascrizioni integrali è affruntà e sfide in studii à livellu isoforme.
Piattaforma:Nanopore PromethION
Biblioteca:cDNA-PCR
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Sequenza di transcriptome de novo in piena lunghezza -PacBio
De novosequenza di transcriptome full-length, canusciutu macari comuDe novoIso-Seq piglia i vantaghji di u sequencer PacBio in a durata di lettura, chì permette a sequenza di molécule d'ADNc di lunghezza completa senza alcuna pausa.Questu evita cumplettamente qualsiasi errore generatu in i passi di l'assemblea di trascrizione è custruisce insemi unigene cù una risoluzione à livellu isoforma.Stu set unigene furnisce una infurmazione genetica putente cum'è "genoma di riferimentu" à u nivellu di transcriptome.Inoltre, cumminendu cù dati di sequenza di a prossima generazione, stu serviziu permette una quantificazione precisa di l'espressione à livellu isoforme.
Piattaforma: PacBio Sequel IIBiblioteca: SMRT bell library -
Sequenziamento di mRNA eucarioti-Illumina
A sequenza di mRNA permette a profilazione di tutti l'ARNm trascritti da e cellule in cundizioni specifiche.Hè una tecnulugia putente per revelà u prufilu di l'espressione genica, strutture genetiche è miccanismi molecolari di certi prucessi biologichi.A data, a sequenza di mRNA hè stata largamente impiegata in a ricerca fundamentale, diagnostichi clinichi, sviluppu di droghe, etc.
Piattaforma: Illumina NovaSeq 6000
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Sequenza di mRNA basata senza riferimentu-Illumina
A sequenza di mRNA adotta a tecnica di sequenza di a prossima generazione (NGS) per catturà l'RNA di messageria (mRNA) forma Eucariota in un periodu specificu chì alcune funzioni speciali sò attivate.A trascrizione più longa spliced hè stata chjamata "Unigene" è usata cum'è a sequenza di riferimentu per l'analisi sussegwente, chì hè un mezzu efficace per studià u mecanismu moleculare è a reta regulatoria di a spezia senza riferimentu.
Dopu l'assemblea di dati di transcriptome è l'annotazione funzionale unigene
(1) L'analisi SNP, l'analisi SSR, a predizione CDS è a struttura di geni seranu preformati.
(2) A quantificazione di l'espressione unigene in ogni mostra serà realizata.
(3) L'unigeni espressi di manera differenziale trà i campioni (o gruppi) seranu scuperti basatu annantu à l'espressione unigene
(4) A clustering, l'annotazione funzionale è l'analisi di arricchimentu di l'unigeni espressi in modu differenziale seranu realizati
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Long non-coding sequencing-Illumina
Long non-coding RNAs (lncRNAs) sò un tipu di molécule di RNA cù una lunghezza di più di 200 nt, chì sò carattarizati da un putenziale di codificazione estremamente bassu.LncRNA, cum'è un membru chjave in RNAs non codificanti, si trova principalmente in u nucleu è u plasma.U sviluppu in a tecnulugia di sequenza è a bioinformatica permette l'identificazione di numerosi lncRNA novi è associà quelli cù funzioni biologiche.L'evidenza cumulativa suggerenu chì lncRNA hè largamente implicatu in a regulazione epigenetica, a regulazione di a trascrizione è a regulazione post-trascrizione.
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Small RNA sequencing-Illumina
Small RNA si riferisce à una classa di molécule di RNA non codificanti chì sò generalmente menu di 200nt in lunghezza, cumpresu micro RNA (miRNA), RNA interferenza chjucu (siRNA) è RNA piwi-interacting (piRNA).
MicroRNA (miRNA) hè una classa di RNA endogenu chjucu cù una lunghezza di circa 20-24nt, chì ghjoca una varietà di roli regulatori impurtanti in e cellule.miRNA implicatu in parechji prucessi di vita chì rivelanu un tissutu - specificu è stage - espressione specifica è altamente cunservatu in diverse spezie.
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circRNA sequencing-Illumina
A sequenza di u transcriptome tutale hè pensatu per prufilu tutti i tipi di molécule di RNA, cumpresi RNA codificanti (mRNA) è non codificanti (inclusi lncRNA, circRNA è miRNA) chì sò trascritti da cellule specifiche à un certu tempu.A sequenza di u transcriptoma tutale, cunnisciuta ancu com'è "sequenziamentu di l'ARN tutale" hà u scopu di revelà e rete regulatori cumplete à u livellu di u transcriptoma.Approfittendu di a tecnulugia NGS, sequenze di i prudutti di transcriptome interi sò dispunibuli per l'analisi di ceRNA è l'analisi di RNA cumuni, chì furnisce u primu passu versu a carattarizazione funzionale.Reveling network regulatori di circRNA-miRNA-mRNA basatu ceRNA.
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Sequenza di transcriptome tutale - Illumina
A sequenza di u transcriptome tutale hè pensatu per prufilu tutti i tipi di molécule di RNA, cumpresi RNA codificanti (mRNA) è non codificanti (inclusi lncRNA, circRNA è miRNA) chì sò trascritti da cellule specifiche à un certu tempu.A sequenza di u transcriptoma tutale, cunnisciuta ancu com'è "sequenziamentu di l'ARN tutale" hà u scopu di revelà e rete regulatori cumplete à u livellu di u transcriptoma.Approfittendu di a tecnulugia NGS, sequenze di i prudutti di transcriptome interi sò dispunibuli per l'analisi di ceRNA è l'analisi di RNA cumuni, chì furnisce u primu passu versu a carattarizazione funzionale.Reveling network regulatori di circRNA-miRNA-mRNA basatu ceRNA.
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Sequenza di RNA procarioti
A sequenza di l'RNA procarioticu usa a sequenza di a prossima generazione (NGS) per revelà a presenza è a quantità di RNA in un mumentu determinatu, analizendu u transcriptoma cellulare cambiante.A sequenza di l'RNA procariotica di a nostra cumpagnia, hà specificamente u scopu di i procarioti cù genomi di riferimentu, chì vi furnisce u prufilu di transcriptome, l'analisi di a struttura di u genu, etc. Hè stata largamente appiicata à a ricerca di a scienza basica, a ricerca è u sviluppu di droghe, è più.
Piattaforma: Illumina NovaSeq 6000
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Sequenza di metatrascriptome
A sequenza di metatranscriptome identifica l'espressione genica di i microbi (eucarioti è procarioti) in l'ambienti naturali (vale à dì terra, acqua, mare, feci, è gut.). In particulare, stu serviziu vi permette di ottene un prufilu di l'espressione genica sana di cumunità microbiche cumplesse, analisi tassonomica. di spezie, analisi di arricchimentu funziunale di geni espressi diversamente, è più.
Piattaforma: Illumina NovaSeq 6000
