-
Толук узундуктагы мРНК секвенциясы-Нанопур
РНК секвенциясы ар тараптуу транскриптомдук анализ үчүн баа жеткис курал болуп калды.Албетте, салттуу кыска окуу секвенирлөө бул жерде көптөгөн маанилүү өнүгүүлөргө жетишти.Ошого карабастан, ал көп учурда толук узундуктагы изоформа идентификациясында, сандык аныктоодо, ПТР тенденциясына байланыштуу чектөөлөргө туш болот.
Nanopore секвенциясы башка секвенирлөө платформаларынан айырмаланат, мында нуклеотиддер ДНК синтезисиз түз окулат жана ондогон килобазаларда узак окууну жаратат.Бул толук метраждуу стенограммаларды түз окууга жана изоформа деңгээлиндеги изилдөөлөрдөгү кыйынчылыктарды чечүүгө мүмкүнчүлүк берет.
Платформа:Nanopore PromethION
Китепкана:cDNA-PCR
-
De novo Full-length Transscriptome секвенциясы -PacBio
De novoтолук узундуктагы транскриптомдун секвенциясы, ошондой эле белгилүүDe novoIso-Seq окуу узундугу боюнча PacBio секвенсеринин артыкчылыктарын алат, бул толук узундуктагы кДНК молекулаларын эч кандай үзгүлтүксүз секвенирлөө мүмкүнчүлүгүн берет.Бул стенограмманы чогултуу кадамдарында пайда болгон каталардан толугу менен качат жана изоформа деңгээлиндеги резолюция менен униген топтомдорун түзөт.Бул униген топтому транскриптомдун деңгээлинде "маалымат геному" катары күчтүү генетикалык маалыматты берет.Кошумчалай кетсек, кийинки муундун секвенирлөө маалыматтары менен айкалышып, бул кызмат изоформа деңгээлиндеги туюнтумду так сандык аныктоого мүмкүнчүлүк берет.
Платформа: PacBio Sequel IIКитепкана: SMRT коңгуроо китепканасы -
Эукариоттук мРНК секвенирлөө-Илюмина
mRNA секвенциясы белгилүү шарттарда клеткалардан транскрипцияланган бардык мРНКлардын профилин түзүүгө мүмкүндүк берет.Бул ген экспрессия профилин, ген структураларын жана кээ бир биологиялык процесстердин молекулярдык механизмдерин ачуу үчүн күчтүү технология.Бүгүнкү күнгө чейин мРНК секвенциясы фундаменталдык изилдөөдө, клиникалык диагностикада, дарыларды иштеп чыгууда ж.б. кеңири колдонулуп келет.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Шилтеме эмес мРНК секвенциясы-Illumina
mRNA секвенциясы кийинки муундагы секвенирлөө ыкмасын (NGS) кабыл алуу үчүн, кээ бир өзгөчө функциялар активдешип жаткан белгилүү бир мезгилде Эукариоттун кабарчы РНКсын (mRNA) кармап алат.Эң узун транскрипция 'Unigene' деп аталып, кийинки талдоо үчүн шилтеме ырааттуулугу катары колдонулган, бул түрдүн молекулярдык механизмин жана регулятивдик тармагын шилтемесиз изилдөө үчүн эффективдүү каражат болуп саналат.
Транскриптомдук маалыматтарды чогултуу жана унигендик функциялык аннотациядан кийин
(1) SNP анализи, SSR анализи, CDS болжолдоо жана ген структурасы алдын ала түзүлөт.
(2) Ар бир үлгүдөгү унигендин экспрессиясын сандык аныктоо жүргүзүлөт.
(3) Үлгүлөрдүн (же топтордун) ортосундагы дифференциалдуу экспрессияланган унигендер униген экспрессиясынын негизинде ачылат
(4) Кластерлөө, функционалдык аннотациялоо жана дифференциалдуу экспрессияланган унигендерди байытуу анализи жүргүзүлөт
-
Узун коддолбогон секвенирлөө-Illumina
Узун коддолбогон РНКлар (lncRNAs) узундугу 200 нттен ашкан РНК молекулаларынын бир түрү, алар өтө төмөн коддоо потенциалы менен мүнөздөлөт.LncRNA, коддолбогон РНКлардын негизги мүчөсү катары, негизинен ядродо жана плазмада болот.Технологияны жана биоинформатиканы секвенирлөөнүн өнүгүшү көптөгөн жаңы lncRNAларды аныктоого жана аларды биологиялык функциялар менен байланыштырууга мүмкүндүк берет.Топтолгон далилдер lncRNA эпигенетикалык жөнгө салууга, транскрипцияны жөнгө салууга жана транскрипциядан кийинки жөнгө салууга кеңири катышарын көрсөтүп турат.
-
Чакан РНК секвенциясы - Иллюмин
Чакан РНК узундугу 200 нттен ашпаган коддолбогон РНК молекулаларынын классына тиешелүү, анын ичинде микро РНК (miRNA), кичинекей интерференциялык РНК (siRNA) жана piwi-өз ара аракеттенүүчү РНК (piRNA).
МикроРНК (миРНК) клеткаларда ар кандай маанилүү жөнгө салуучу ролду ойногон, узундугу болжол менен 20-24нт болгон эндогендик кичинекей РНКнын классы.miRNA көптөгөн тиричилик процесстерине катышат, алар кыртыштарды - спецификалык жана стадияны - спецификалык экспрессияны ачып берет жана ар кандай түрдө жогорку деңгээлде сакталат.
-
circRNA секвенирлөө-Illumina
Бүткүл транскриптомдук секвенирлөө РНК молекулаларынын бардык түрлөрүн, анын ичинде коддоочу (mRNA) жана коддолбогон РНКларды (анын ичинде lncRNA, circRNA жана miRNA) белгилүү бир убакта белгилүү бир клеткалар аркылуу транскрипциялоо үчүн иштелип чыккан.Бүтүндөй транскриптомдун секвенциясы, ошондой эле "жалпы РНК секвенциясы" деп аталган транскриптомдун деңгээлинде комплекстүү жөнгө салуучу тармактарды ачууга багытталган.NGS технологиясынан пайдаланып, бүт транскриптомдук продуктулардын ырааттуулугу цеРНК анализи жана биргелешкен РНК анализи үчүн жеткиликтүү, бул функциялык мүнөздөмөлөргө карата биринчи кадамды камсыз кылат.circRNA-miRNA-mRNA негизделген ceRNAнын жөнгө салуучу тармагын ачып.
-
Бүтүндөй транскриптомдун секвенциясы - Illumina
Бүткүл транскриптомдук секвенирлөө РНК молекулаларынын бардык түрлөрүн, анын ичинде коддоочу (mRNA) жана коддолбогон РНКларды (анын ичинде lncRNA, circRNA жана miRNA) белгилүү бир убакта белгилүү бир клеткалар аркылуу транскрипциялоо үчүн иштелип чыккан.Бүтүндөй транскриптомдун секвенциясы, ошондой эле "жалпы РНК секвенциясы" деп аталган транскриптомдун деңгээлинде комплекстүү жөнгө салуучу тармактарды ачууга багытталган.NGS технологиясынан пайдаланып, бүт транскриптомдук продуктулардын ырааттуулугу цеРНК анализи жана биргелешкен РНК анализи үчүн жеткиликтүү, бул функциялык мүнөздөмөлөргө карата биринчи кадамды камсыз кылат.circRNA-miRNA-mRNA негизделген ceRNAнын жөнгө салуучу тармагын ачып.
-
Прокариоттук РНКнын тизилиши
Прокариоттук РНК секвенциясы кийинки муундун секвенирлөөсүн (NGS) колдонот, бул учурда өзгөргөн клеткалык транскриптомду талдоо аркылуу РНКнын бар экендигин жана санын ачып берет.Биздин компаниянын прокариоттук РНК секвенциясы, өзгөчө шилтеме геномдору бар прокариотторго багытталган, сизди транскриптомдук профилдештирүү, ген структурасын талдоо ж.б. камсыз кылат. Ал фундаменталдык илимий изилдөөлөргө, дары-дармектерди изилдөөгө жана иштеп чыгууга жана башкаларга кеңири колдонулат.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Метатранскриптомдун ырааттуулугу
Метатранскриптомдун секвенциясы табигый чөйрөдө (мисалы, топурак, суу, деңиз, заң жана ичеги.) ичинде микробдордун ген экспрессиясын (эукариоттордун да, прокариоттордун да) аныктайт. Тактап айтканда, бул кызматтар комплекстүү микробдук жамааттардын ген экспрессиясын, таксономикалык анализин алууга мүмкүндүк берет. түрлөрдүн, ар кандай экспрессияланган гендердин функционалдык байытуу анализи жана башкалар.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
