-
Sekuensing mRNA panjang penuh-Nanopori
Pengurutan RNA telah menjadi alat yang sangat berharga untuk analisis transkriptom yang komprehensif.Tidak diragukan lagi, pengurutan baca pendek tradisional mencapai banyak perkembangan penting di sini.Namun demikian, sering menemui keterbatasan dalam identifikasi isoform panjang penuh, kuantifikasi, bias PCR.
Sekuensing nanopore membedakan dirinya dari platform sekuensing lainnya, karena nukleotida dibaca langsung tanpa sintesis DNA dan menghasilkan pembacaan panjang pada puluhan kilobase.Ini memberdayakan pembacaan langsung melintasi transkrip panjang penuh dan mengatasi tantangan dalam studi tingkat isoform.
PlatformkanNanopori PromethION
Perpustakaan:cDNA-PCR
-
De novo Pengurutan Transkriptome panjang penuh -PacBio
De novopengurutan transkriptom panjang penuh, juga dikenal sebagaiDe novoIso-Seq mengambil keuntungan dari sequencer PacBio dalam panjang baca, yang memungkinkan pengurutan molekul cDNA full-length tanpa jeda.Ini sepenuhnya menghindari kesalahan yang dihasilkan dalam langkah perakitan transkrip dan membangun set unigen dengan resolusi tingkat isoform.Kumpulan unigen ini memberikan informasi genetik yang kuat sebagai "genom referensi" pada tingkat transkriptom.Selain itu, menggabungkan dengan data pengurutan generasi berikutnya, layanan ini memberdayakan kuantifikasi ekspresi tingkat isoform yang akurat.
Platform： PacBio Sekuel IIPerpustakaan: perpustakaan lonceng SMRT -
Urutan mRNA eukariotik-Illumina
sekuensing mRNA memungkinkan pembuatan profil semua mRNA yang ditranskripsi dari sel dalam kondisi tertentu.Ini adalah teknologi yang kuat untuk mengungkapkan profil ekspresi gen, struktur gen dan mekanisme molekuler dari proses biologis tertentu.Sampai saat ini, pengurutan mRNA telah banyak digunakan dalam penelitian mendasar, diagnostik klinis, pengembangan obat, dll.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Urutan mRNA berbasis non-Referensi-Illumina
sekuensing mRNA mengadopsi teknik sekuensing generasi berikutnya (NGS) untuk menangkap RNA pembawa pesan (mRNA) dari Eukariota pada periode tertentu yang mengaktifkan beberapa fungsi khusus.Transkrip terpanjang yang disambung disebut 'Unigene' dan digunakan sebagai urutan referensi untuk analisis selanjutnya, yang merupakan cara efektif untuk mempelajari mekanisme molekuler dan jaringan regulasi spesies tanpa referensi.
Setelah perakitan data transkriptom dan anotasi fungsional unigene
(1) Analisis SNP, analisis SSR, prediksi CDS dan struktur gen akan dibentuk sebelumnya.
(2) Kuantifikasi ekspresi unigen di setiap sampel akan dilakukan.
(3) Unigen yang diekspresikan secara berbeda antara sampel (atau kelompok) akan ditemukan berdasarkan ekspresi unigen
(4) Pengelompokan, anotasi fungsional, dan analisis pengayaan dari unigen yang diekspresikan secara berbeda akan dilakukan
-
Urutan non-coding panjang-Illumina
RNA non-coding panjang (lncRNAs) adalah jenis molekul RNA dengan panjang melebihi 200 nt, yang dicirikan oleh potensi pengkodean yang sangat rendah.LncRNA, sebagai anggota kunci dalam RNA non-coding, terutama ditemukan di nukleus dan plasma.Perkembangan teknologi sekuensing dan bioinformatika memungkinkan identifikasi banyak lncRNA baru dan mengaitkannya dengan fungsi biologis.Bukti akumulatif menunjukkan bahwa lncRNA secara luas terlibat dalam regulasi epigenetik, regulasi transkripsi dan regulasi pasca-transkripsi.
-
Urutan RNA kecil-Illumina
RNA kecil mengacu pada kelas molekul RNA non-coding yang biasanya panjangnya kurang dari 200nt, termasuk RNA mikro (miRNA), RNA interferensi kecil (siRNA), dan RNA yang berinteraksi dengan piwi (piRNA).
MicroRNA (miRNA) adalah kelas RNA kecil endogen dengan panjang sekitar 20-24nt, yang memainkan berbagai peran pengaturan penting dalam sel.miRNA terlibat dalam banyak proses kehidupan yang mengungkapkan jaringan – spesifik dan tahap – ekspresi spesifik dan sangat lestari pada spesies yang berbeda.
-
sekuensing circRNA-Illumina
Sekuensing transkriptom keseluruhan dirancang untuk membuat profil semua jenis molekul RNA, termasuk coding (mRNA) dan RNA non-coding (termasuk lncRNA, circRNA dan miRNA) yang ditranskripsi oleh sel tertentu pada waktu tertentu.Pengurutan transkriptom keseluruhan, juga dikenal sebagai "pengurutan RNA total" bertujuan untuk mengungkapkan jaringan regulasi yang komprehensif pada tingkat transkriptom.Memanfaatkan teknologi NGS, sekuens seluruh produk transkriptom tersedia untuk analisis ceRNA dan analisis RNA gabungan, yang memberikan langkah pertama menuju karakterisasi fungsional.Mengungkap jaringan regulasi ceRNA berbasis circRNA-miRNA-mRNA.
-
Seluruh urutan transkriptom – Illumina
Sekuensing transkriptom keseluruhan dirancang untuk membuat profil semua jenis molekul RNA, termasuk coding (mRNA) dan RNA non-coding (termasuk lncRNA, circRNA dan miRNA) yang ditranskripsi oleh sel tertentu pada waktu tertentu.Pengurutan transkriptom keseluruhan, juga dikenal sebagai "pengurutan RNA total" bertujuan untuk mengungkapkan jaringan regulasi yang komprehensif pada tingkat transkriptom.Memanfaatkan teknologi NGS, sekuens seluruh produk transkriptom tersedia untuk analisis ceRNA dan analisis RNA gabungan, yang memberikan langkah pertama menuju karakterisasi fungsional.Mengungkap jaringan regulasi ceRNA berbasis circRNA-miRNA-mRNA.
-
Urutan RNA prokariotik
Pengurutan RNA prokariotik menggunakan pengurutan generasi berikutnya (NGS) untuk mengungkapkan keberadaan dan jumlah RNA pada saat tertentu, dengan menganalisis transkriptom seluler yang berubah.Pengurutan RNA prokariotik perusahaan kami, secara khusus ditujukan untuk prokariota dengan genom referensi, memberi Anda profil transkriptom, analisis struktur gen, dll. Ini telah diterapkan secara luas pada penelitian sains dasar, penelitian dan pengembangan obat, dan banyak lagi.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Urutan Metatranskriptom
Pengurutan metatranskriptom mengidentifikasi ekspresi gen mikroba (baik eukariota maupun prokariota) dalam lingkungan alami (yaitu tanah, air, laut, kotoran, dan usus). Secara khusus, layanan ini memungkinkan Anda memperoleh profil ekspresi gen keseluruhan dari komunitas mikroba kompleks, analisis taksonomi spesies, analisis pengayaan fungsional dari gen yang diekspresikan secara berbeda, dan banyak lagi.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
