-
Te raupapa mRNA roa-katoa-Nanopore
Ko te raupapa RNA he taputapu utu nui mo te tātaritanga tuhinga whanui.Kare e kore, he maha nga whanaketanga nui i tutuki i te raupapa panui-poto tuku iho i konei.Heoi ano, he maha nga wa ka tutakina e ia nga herenga i roto i nga taatai isoform roa-katoa, te inenga, te piro PCR.
Ko te raupapa Nanopore he rerekee mai i etahi atu papahanga raupapa, na te mea ka panui tika nga nucleotides me te kore te whakahiato DNA me te whakaputa panui roa i te tekau kilobasase.Ma tenei ka whakamanahia te panui-a-waho i nga tuhinga roa-katoa me te tarai i nga wero i roto i nga rangahau taumata-isoform.
Paerewa：Nanopore PromethION
Whare Pukapuka:cDNA-PCR
-
De novo Whakaraupapa Whakaraupapa-PacBio
De novote raupapa tuhinga roa-katoa, e mohiotia ana anoDe novoKo te Iso-Seq nga painga o te PacBio sequencer i roto i te roa o te panui, e taea ai te raupapatanga o nga ngota ngota cDNA roa-kaore he pakaru.Ma tenei ka karo i nga hapa i puta mai i nga hikoi whakahiato tuhinga me te hanga i nga huinga unigene me te taumira taumata-isoform.Ko enei huinga unigene e whakarato ana i nga korero ira kaha hei "tohu tohutoro" i te taumata-whakawhiti.I tua atu, ko te whakakotahi me nga raraunga raupapa reanga e whai ake nei, ka whakamanahia e tenei ratonga te inenga tika o te whakaaturanga taumata-isoform.
Paerewa: PacBio Sequel IIWhare Pukapuka: SMRT bell library -
Eukaryotic mRNA raupapa-Illumina
Ko te raupapa mRNA ka taea te whakaatu i nga mRNA katoa i tuhia mai i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake.He hangarau kaha mo te whakaatu i te ahua o te whakaaturanga ira, nga hanganga ira me nga tikanga ngota o etahi tukanga koiora.I tenei wa, kua whakamahia te raupapa mRNA i roto i nga rangahau taketake, nga taatai haumanu, te whanaketanga tarukino, aha atu.
Paerewa: Illumina NovaSeq 6000
-
Kore-Reference based mRNA sequencing-Illumina
Ko te raupapatanga mRNA ka whakamahi i te tikanga raupapa reanga-whakatupuranga (NGS) ki te hopu i te karere RNA(mRNA) te ahua Eukaryote i te waa motuhake e whakahohea ana etahi mahi motuhake.Ko 'Unigene' te ingoa o te tuhinga roa rawa atu i honoa, ka whakamahia hei raupapa tohutoro mo te tātaritanga o muri, he huarahi whai hua ki te ako i te tikanga ngota me te kupenga ture o te momo kaore he tohutoro.
Whai muri i te huihuinga raraunga whakawhiti me te tuhipoka mahi unigene
(1)Ko te tātaritanga SNP, te tātari SSR, te matapae CDS me te hanganga ira ka mahia i mua.
(2) Ka mahia te inenga o nga korero unigene i ia tauira.
(3) Ka kitea nga unigenes rereke i waenga i nga tauira (rōpū ranei) i runga i te korero unigene.
(4) Ka mahia te whakarōpūtanga, te tuhi korero me te whakarangatiratanga o nga unigenes rerekee.
-
Roa-kore-waehere raupapa-Illumina
Ko nga RNA kore-waehere roa (lncRNAs) he momo ngota ngota RNA me te roa neke atu i te 200 nt, e tohuhia ana na te iti rawa o te tohu tohu.Ko te LncRNA, he mema matua i roto i nga RNA kore-waehere, ka kitea te nuinga i roto i te karihi me te plasma.Ko te whakawhanaketanga o te hangarau raupapa me te bioinformtics ka taea te tautuhi i te maha o nga lncRNA hou me te hono i nga mea whai mahi koiora.Ko nga taunakitanga whakahiato e whakaatu ana ko te lncRNA e whai waahi nui ana ki te ture epigenetic, te ture tuhi me te ture i muri i te tuhi.
-
Te raupapa RNA iti-Illumina
Ko te RNA iti e tohu ana ki te karaehe ngota ngota ngota RNA kore-waehere he iti iho i te 200nt te roa, tae atu ki te RNA moroiti (miRNA), te RNA pokanoa iti (siRNA), me te RNA tauwhitiwhiti-piwi (piRNA).
Ko te MicroRNA (miRNA) he karaehe o te RNA iti endogenous me te roa o te 20-24nt, e whai ana i nga momo tuunga ture nui i roto i nga pūtau.Ko te miRNA ka uru ki roto i te maha o nga mahi ora e whakaatu ana i te kiko - motuhake me te atamira - te korero motuhake me te tino tiaki i nga momo momo.
-
circRNA raupapa-Illumina
Ko te raupapatanga whakawhiti katoa i hangaia hei whakaatu i nga momo ngota ngota RNA katoa, tae atu ki te whakawaehere (mRNA) me nga RNA kore-waehere (tae atu ki te lncRNA, circRNA me te miRNA) ka tuhia e nga pūtau motuhake i tetahi wa.Ko te raupapa tuhinga katoa, e mohiotia ana ko "te raupapa RNA katoa" e whai ana ki te whakaatu i nga whatunga ture matawhānui i te taumata whakawhiti.Ma te whakamahi i te hangarau NGS, e waatea ana nga raupapa o nga hua whakawhiti katoa mo te tātaritanga ceRNA me te tātaritanga RNA tahi, e whakarato ana i te taahiraa tuatahi ki te tohu mahi.Te whakaatu i te whatunga ture o te circRNA-miRNA-mRNA i runga i te ceRNA.
-
Whakaraupapatanga katoa - Illumina
Ko te raupapatanga whakawhiti katoa i hangaia hei whakaatu i nga momo ngota ngota RNA katoa, tae atu ki te whakawaehere (mRNA) me nga RNA kore-waehere (tae atu ki te lncRNA, circRNA me te miRNA) ka tuhia e nga pūtau motuhake i tetahi wa.Ko te raupapa tuhinga katoa, e mohiotia ana ko "te raupapa RNA katoa" e whai ana ki te whakaatu i nga whatunga ture matawhānui i te taumata whakawhiti.Ma te whakamahi i te hangarau NGS, e waatea ana nga raupapa o nga hua whakawhiti katoa mo te tātaritanga ceRNA me te tātaritanga RNA tahi, e whakarato ana i te taahiraa tuatahi ki te tohu mahi.Te whakaatu i te whatunga ture o te circRNA-miRNA-mRNA i runga i te ceRNA.
-
Te raupapa RNA prokaryotic
Ko te raupapa RNA Prokaryotic e whakamahi ana i te raupapa reanga o muri (NGS) ki te whakaatu i te aroaro me te nui o te RNA i tetahi wa, ma te tātari i te hurihanga o te whakawhitinga waea.Ko te raupapa RNA prokaryotic a to taatau kamupene, e whai ana ki nga prokaryotes me nga tohu tohutoro, e whakarato ana ki a koe he whakaahuatanga whakawhiti, tātari hanganga ira, me etahi atu.
Paerewa: Illumina NovaSeq 6000
-
Whakaraupapa Metatranscriptome
Ko te raupapa metatranscriptome e whakaatu ana i te whakaaturanga ira o nga moroiti (eukaryotes me te prokaryotes) i roto i nga taiao taiao (arā, te oneone, te wai, te moana, te tai, me te whekau.) Inaa, ma enei ratonga ka taea e koe te tiki i nga whakaaturanga whakaaturanga ira katoa o nga hapori microbial uaua, te tātaritanga takoha. o nga momo, tātaritanga whakarangatira mahi o nga ira rerekee te whakaatu, me etahi atu.
Paerewa: Illumina NovaSeq 6000
