លំដាប់ Prokaryotic RNA
លក្ខណៈពិសេស
● ដំណើរការគំរូ RNA ពាក់ព័ន្ធនឹងការថយចុះ rRNA អមដោយការរៀបចំបណ្ណាល័យ RNA ទិសដៅ។
● ការវិភាគជីវព័ត៌មានផ្អែកលើការតម្រឹមទៅហ្សែនយោង
● ការវិភាគរួមបញ្ចូលកន្សោមហ្សែន និង DEGs ប៉ុន្តែក៏មានរចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិក និងការវិភាគ sRNA ផងដែរ។
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
●ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពយ៉ាងម៉ត់ចត់៖ យើងអនុវត្តចំណុចត្រួតពិនិត្យស្នូលនៅគ្រប់ដំណាក់កាលទាំងអស់ ចាប់ពីការរៀបចំគំរូ និងបណ្ណាល័យ រហូតដល់ការចាត់ថ្នាក់ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា។ ការត្រួតពិនិត្យយ៉ាងម៉ត់ចត់នេះធានាបាននូវលទ្ធផលដែលមានគុណភាពខ្ពស់ជាប់លាប់។
●ទិន្នន័យលំដាប់ជាក់លាក់នៃខ្សែ៖ ដោយសារការរៀបចំបណ្ណាល័យ RNA មានទិសដៅ អនុញ្ញាតឱ្យកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រតិចារិកប្រឆាំងនឹងអារម្មណ៍។
●ការវិភាគពេញលេញតម្រូវតាមប្រតិចារិក Prokaryotic៖ បំពង់បង្ហូរព័ត៌មានជីវសាស្រ្តរួមបញ្ចូលមិនត្រឹមតែការវិភាគនៃកន្សោមហ្សែនប៉ុណ្ណោះទេ ថែមទាំងការវិភាគនៃរចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិក រួមទាំងការកំណត់អត្តសញ្ញាណ operons UTRs និងអ្នកផ្សព្វផ្សាយ។ វាក៏រួមបញ្ចូលផងដែរនូវការវិភាគនៃ sRNAs ដែលជាចំណារពន្យល់ និងការព្យាករណ៍នៃរចនាសម្ព័ន្ធបន្ទាប់បន្សំ និងគោលដៅ។
●ការគាំទ្រក្រោយការលក់៖ ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងលើសពីការបញ្ចប់គម្រោងជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយការលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គ Q&A ដើម្បីដោះស្រាយរាល់សំណួរដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
| បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព |
| rRNA បាត់បង់បណ្ណាល័យទិសដៅ | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
តម្រូវការគំរូ៖
| Conc.(ng/μl) | បរិមាណ (μg) | ភាពបរិសុទ្ធ | សុចរិតភាព |
| ≥ 50 | ≥ ១ | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 មានកំណត់ ឬគ្មានការចម្លងរោគ DNA បង្ហាញនៅលើជែល។ | RIN≥6.5 |
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ: បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ (ក្រដាសសំណប៉ាហាំងមិនត្រូវបានណែនាំទេ)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ ក្រុម + ចម្លងឧទាហរណ៍ A1, A2, A3; B1, B2, B3 ។
ការដឹកជញ្ជូន៖
1. ទឹកកកស្ងួត៖ គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
2. បំពង់ RNAstable: សំណាក RNA អាចត្រូវបានសម្ងួតនៅក្នុងបំពង់ស្ថេរភាព RNA (ឧទាហរណ៍ RNAstable®) និងដឹកជញ្ជូនក្នុងសីតុណ្ហភាពបន្ទប់។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
លំហូរការងារវិភាគជីវព័ត៌មាន
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោមៈ
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
● ការតម្រឹមទៅនឹងហ្សែនយោង
● ការវាយតម្លៃគុណភាពបណ្ណាល័យ៖ ភាពចៃដន្យនៃការបែងចែក RNA បញ្ចូលទំហំ និងការតិត្ថិភាពតាមលំដាប់លំដោយ
● ចំណារពន្យល់មុខងារនៃហ្សែនសរសេរកូដដែលបានព្យាករណ៍
● ការវិភាគការបញ្ចេញមតិ៖ ការជាប់ទាក់ទងគ្នា និងការវិភាគសមាសធាតុចម្បង (PCA)
● ការបង្ហាញហ្សែនឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DEGs)
● ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការពង្រឹង DEGs
● ការវិភាគ sRNA៖ ការព្យាករណ៍ ចំណារពន្យល់ គោលដៅ និងការព្យាករណ៍រចនាសម្ព័ន្ធបន្ទាប់បន្សំ
● ការវិភាគរចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិក៖ ប្រតិបត្តិករ ទីតាំងចាប់ផ្តើម និងបញ្ចប់ តំបន់ដែលមិនបានបកប្រែ (UTS) អ្នកផ្សព្វផ្សាយ និងការវិភាគ SNP/InDel
លំដាប់តិត្ថិភាព
ចំណារពន្យល់មុខងារនៃហ្សែនសរសេរកូដ
ការជាប់ទាក់ទងគ្នារវាងគំរូ
ការវិភាគហ្សែនដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DEGs)
ការវិភាគការបង្កើនមុខងារ
ចំណារពន្យល់ sRNA
ស្វែងរកភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មតម្រៀប mRNA ប្រវែងពេញលេញរបស់ BMKGene នៅក្នុងការបោះពុម្ពផ្សាយពិសេសនេះ។
Guan, CP et al ។ (ឆ្នាំ 2018) 'ការផ្លាស់ប្តូរប្រតិចារិកសកលនៃជីវហ្វីលដែលបង្កើត Staphylococcus epidermidis ឆ្លើយតបទៅនឹងអាល់កាឡូអ៊ីតសរុបនៃ Sophorea alopecuroides',ទិនានុប្បវត្តិមីក្រូជីវវិទ្យាប៉ូឡូញ, 67(2), ទំ។ 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024 ។
