ការរៀបចំលំដាប់ RNA ប្រូការីយ៉ូត
លក្ខណៈពិសេស
● ដំណើរការគំរូ RNA ពាក់ព័ន្ធនឹងការថយចុះ rRNA បន្ទាប់មកដោយការរៀបចំបណ្ណាល័យ RNA ទិសដៅ។
● ការវិភាគជីវព័ត៌មានដោយផ្អែកលើការតម្រឹមទៅនឹងហ្សែនយោង
● ការវិភាគរួមមានការបញ្ចេញហ្សែន និង DEGs ប៉ុន្តែក៏មានរចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិក និងការវិភាគ sRNA ផងដែរ។
គុណសម្បត្តិសេវាកម្ម
●ការគ្រប់គ្រងគុណភាពយ៉ាងម៉ត់ចត់យើងអនុវត្តចំណុចត្រួតពិនិត្យស្នូលនៅគ្រប់ដំណាក់កាលទាំងអស់ ចាប់ពីការរៀបចំគំរូ និងបណ្ណាល័យ រហូតដល់ការចាត់ថ្នាក់ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា។ ការត្រួតពិនិត្យយ៉ាងល្អិតល្អន់នេះធានានូវការផ្តល់លទ្ធផលដែលមានគុណភាពខ្ពស់ជាប់លាប់។
●ទិន្នន័យលំដាប់ជាក់លាក់នៃខ្សែសង្វាក់ដោយសារតែការរៀបចំបណ្ណាល័យ RNA មានទិសដៅ ដែលអាចឱ្យមានការកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រតិចារិកប្រឆាំងអារម្មណ៍។
●ការវិភាគពេញលេញដែលត្រូវបានរៀបចំឡើងសម្រាប់ប្រតិចារិកប្រូការីយ៉ូតបំពង់បង្ហូរជីវព័ត៌មានមិនត្រឹមតែរួមបញ្ចូលការវិភាគនៃការបញ្ចេញហ្សែនប៉ុណ្ណោះទេ ប៉ុន្តែថែមទាំងការវិភាគនៃរចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិកផងដែរ រួមទាំងការកំណត់អត្តសញ្ញាណអូប៉េរ៉ុង UTR និងប្រូម៉ូទ័រ។ វាក៏រួមបញ្ចូលការវិភាគនៃ sRNA ផងដែរ ពោលគឺការចំណារពន្យល់ និងការព្យាករណ៍នៃរចនាសម្ព័ន្ធបន្ទាប់បន្សំ និងគោលដៅ។
●ការគាំទ្រក្រោយពេលលក់៖ ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងលាតសន្ធឹងលើសពីការបញ្ចប់គម្រោងជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយពេលលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គសំណួរ និងចម្លើយ ដើម្បីដោះស្រាយសំណួរណាមួយដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
| បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្ររៀបលំដាប់ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការគ្រប់គ្រងគុណភាព |
| បណ្ណាល័យទិសដៅដែលថយចុះ rRNA | អ៊ីលមូណា PE150 | ១-២ ជីកាបៃ | Q30≥85% |
តម្រូវការគំរូ៖
| កំហាប់ (ng/μl) | បរិមាណ (μg) | ភាពបរិសុទ្ធ | ភាពស្មោះត្រង់ |
| ≥ ៥០ | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 ការចម្លងរោគប្រូតេអ៊ីន ឬ DNA មានកម្រិត ឬគ្មានការបង្ហាញនៅលើជែល។ | RIN≥6.5 |
ការដឹកជញ្ជូនគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ៖ បំពង់បង្វិលចំណុះ 2 មីលីលីត្រ (មិនណែនាំឱ្យប្រើក្រដាសអាលុយមីញ៉ូមទេ)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ ក្រុម + ចម្លង ឧ. A1, A2, A3; B1, B2, B3។
ការដឹកជញ្ជូន៖
១. ទឹកកកស្ងួត៖ សំណាកត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
២. បំពង់ RNAstable៖ គំរូ RNA អាចត្រូវបានសម្ងួតក្នុងបំពង់ស្ថេរភាព RNA (ឧ. RNAstable®) ហើយដឹកជញ្ជូននៅសីតុណ្ហភាពបន្ទប់។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការដឹកជញ្ជូនគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
ការរៀបចំលំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
លំហូរការងារវិភាគជីវព័ត៌មាន
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោម៖
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
● ការតម្រឹមទៅនឹងហ្សែនយោង
● ការវាយតម្លៃគុណភាពបណ្ណាល័យ៖ ភាពចៃដន្យនៃការបែកខ្ញែក RNA ទំហំនៃការបញ្ចូល និងការតិត្ថិភាពនៃការធ្វើលំដាប់
● ចំណារពន្យល់មុខងារនៃហ្សែនកូដដែលបានព្យាករណ៍
● ការវិភាគការបញ្ចេញមតិ៖ ទំនាក់ទំនង និងការវិភាគសមាសភាគចម្បង (PCA)
● ការបញ្ចេញហ្សែនឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DEGs)
● ការបន្ថែមចំណារពន្យល់មុខងារ និងការបង្កើនប្រសិទ្ធភាពនៃ DEGs
● ការវិភាគ sRNA៖ ការព្យាករណ៍ ចំណារពន្យល់ គោលដៅ និងការព្យាករណ៍រចនាសម្ព័ន្ធបន្ទាប់បន្សំ
● ការវិភាគរចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិក៖ អូប៉េរ៉ុង ទីតាំងចាប់ផ្តើម និងបញ្ចប់ តំបន់ដែលមិនទាន់បកប្រែ (UTS) ប្រូម៉ូទ័រ និងការវិភាគ SNP/InDel
ការតិត្ថិភាពលំដាប់លំដោយ
ការកត់ចំណាំមុខងារនៃហ្សែនដែលសរសេរកូដ
ទំនាក់ទំនងរវាងគំរូ
ការវិភាគហ្សែនបញ្ចេញមតិឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DEGs)
ការវិភាគការបង្កើនប្រសិទ្ធភាពមុខងារ
ចំណារពន្យល់ sRNA
ស្វែងយល់ពីវឌ្ឍនភាពដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មធ្វើលំដាប់ mRNA ប្រវែងពេញ Nanopore របស់ BMKGene នៅក្នុងការបោះពុម្ពផ្សាយពិសេសនេះ។
Guan, CP et al. (2018) 'ការផ្លាស់ប្តូរប្រតិចារិកសកលនៃ Staphylococcus epidermidis ដែលបង្កើតជាជីវហ្វីល ឆ្លើយតបទៅនឹងអាល់កាឡូអ៊ីតសរុបនៃ Sophorea alopecuroides',ទស្សនាវដ្តីមីក្រូជីវសាស្ត្រប៉ូឡូញ, 67(2), ទំ។ 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024 ។
