លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូល - អ៊ីលលូណា
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
● ការប៉ាន់ប្រមាណលើគ្រប់ប្រភេទនៃ RNAs ក្នុងន័យនៃការរាប់ កន្សោម និងការបញ្ចេញមតិទាក់ទងផ្អែកលើក្រូម៉ូសូម
● ការកំណត់អត្តសញ្ញាណនៃ RNAs ដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល និងការបញ្ចេញមតិដែលត្រូវគ្នា។
● ការវិភាគហ្សែនរួម
● ការវិភាគបណ្តាញ ceRNA
● ហ្សែនសំខាន់ៗពាក់ព័ន្ធនឹងការវិភាគផ្លូវ
● ការផ្តល់លទ្ធផលផ្អែកលើ BMKCloud៖ ការជីកយករ៉ែទិន្នន័យតាមបំណងដែលមាននៅលើវេទិកា
● សេវាកម្មក្រោយពេលលក់មានសុពលភាពរយៈពេល 3 ខែនៅពេលបញ្ចប់គម្រោង
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
| បណ្ណាល័យ | វេទិកា | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ទិន្នន័យ QC |
| RNA សរុប | Illumina PE150 & SE50 | Circ/lnc/mRNA: 16G;miRNA: 10M អាន | Q30≥85% |
តម្រូវការគំរូ៖
នុយក្លេអូទីត៖
| ភាពបរិសុទ្ធ | សុចរិតភាព | ការចម្លងរោគ | ចំនួនទឹកប្រាក់ |
| OD260/280≥1.7-2.5； OD260/230≥0.5-2.5； | សម្រាប់រុក្ខជាតិ៖ RIN≥6.5;សម្រាប់សត្វ៖ RIN≥7;28S/18S≥1.0;កម្រិតមូលដ្ឋាន ឬគ្មានការលើកឡើង | មានកំណត់ ឬគ្មានការចម្លងរោគ DNA បង្ហាញនៅលើជែល។ | Conc.≥100 ng / μl;បរិមាណ≥ 10 μl;សរុប ≥ 2 μg |
ជាលិកា៖ ទំងន់ (ស្ងួត)៖ ≥1 ក្រាម។
*សម្រាប់ជាលិកាដែលតូចជាង 5mg យើងសូមណែនាំឱ្យផ្ញើគំរូជាលិកាដែលកក (ក្នុងអាសូតរាវ) flash ។
ការផ្អាកកោសិកា៖ ចំនួនកោសិកា = 3 × 107
* យើងសូមផ្តល់អនុសាសន៍ឱ្យដឹកជញ្ជូន lysate កោសិកាទឹកកក។ក្នុងករណីដែលក្រឡាមានទំហំតូចជាង 5 × 105 ការបង្កកពន្លឺក្នុងអាសូតរាវត្រូវបានណែនាំ។
គំរូឈាម៖
PA × ហ្សែនBloodRNATube;
6 mLTRIzol និង 2mL ឈាម (TRIzol: ឈាម = 3: 1)
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ៖
បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ (ក្រដាសសំណប៉ាហាំងមិនត្រូវបានណែនាំទេ)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ ក្រុម + ចម្លងឧទាហរណ៍ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......
ការដឹកជញ្ជូន៖
1.Dry-ice: គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
2.RNAstable tubes: សំណាក RNA អាចត្រូវបានសម្ងួតនៅក្នុងបំពង់ស្ថេរភាព RNA (ឧទាហរណ៍ RNAstable®) និងដឹកជញ្ជូនក្នុងសីតុណ្ហភាពបន្ទប់។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការចែកចាយគំរូ
ការទាញយក RNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
ជីវព័ត៌មានវិទ្យា
1.ការប៉ាន់ប្រមាណលើគ្រប់ប្រភេទនៃ RNAs ដែលផ្អែកលើការបញ្ចេញមតិទាក់ទង
Circos លើសារៈសំខាន់នៃភាពខុសគ្នានៅក្នុងកន្សោម RNA
បណ្តាញផ្លូវ KEGG រួមបញ្ចូលគ្នា
បណ្តាញផ្លូវ KEGG រួមបញ្ចូលគ្នា
3.ceRNA ការវិភាគបណ្តាញ
អន្តរកម្ម DE-circRNA-miRNA-mRNA ផ្អែកលើបណ្តាញ ceRNA
ករណី BMK
គំរូនៃការបញ្ចេញមតិ CircRNA និងបណ្តាញ ceRNA និង miRNA-mRNA ពាក់ព័ន្ធនឹងការអភិវឌ្ឍន៍ Anther នៅក្នុងបន្ទាត់ CMS នៃជំរុំ Brassica
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ទិនានុប្បវត្តិអន្តរជាតិនៃវិទ្យាសាស្ត្រម៉ូលេគុល,ឆ្នាំ 2019
កោសិកា NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) និងកោសិកាត្រួតពិនិត្យអវិជ្ជមាន (sh-Scr) ត្រូវបានទទួលនៅថ្ងៃទី 6 នៃការឆ្លងមេរោគជាក់លាក់មួយ។
លទ្ធផលសំខាន់
ការសិក្សានេះបានបង្កើតខ្សែបន្ទាត់ Polima cytoplasm male sterility (CMS) “Bcpol97-05A” និងបន្ទាត់មានជីជាតិ “Bcajh97-01B” នៅក្នុង Brassica campestris L. ssp.chinensis Makino, ស៊ី។B. rapa ssp ។chinensis និងបានអនុវត្តការប្រៀបធៀបទម្រង់នៃការបញ្ចេញមតិ RNA រវាងពន្លកផ្កានៃខ្សែបន្ទាត់មាប់មគ និងបន្ទាត់មានជីជាតិ ដោយការធ្វើត្រាប់តាមលំដាប់លំដោយទាំងមូល។
1. សរុបចំនួន 31 ដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DE) circRNAs, 47 DE miRNAs និង 4779 DE mRNAs ត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណ។
ការវិភាគហ្សែន ontology (GO) បានបង្ហាញថាភាគច្រើននៃហ្សែន DE ត្រូវបានចូលរួមនៅក្នុងការអភិវឌ្ឍជញ្ជាំងលំអង
3. ការវិភាគការពង្រឹងផ្លូវ KEGG នៃ DE mRNAs (រាប់បញ្ចូលទាំង mRNAs ដែលត្រូវបានគ្រប់គ្រងឡើង និងចុះក្រោមនៅក្នុងបន្ទាត់មាប់មគបើប្រៀបធៀបទៅនឹងបន្ទាត់មានជីជាតិ) បានបង្ហាញថា "ម្សៅ និង sucrosemetabolism" "phenylpropanoid biosynthesis" និង "pentose និង glucuronate interconversions ” គឺជាផ្លូវមេតាបូលីសដ៏សំបូរបែបបំផុត។
 ការវិភាគពង្រីកផ្លូវ KEGG នៃ mRNAs ដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល |  ការចាត់ថ្នាក់ហ្សែន ontology (GO) នៃ mRNAs ដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល |  ទិដ្ឋភាពនៃបណ្តាញបីដង DEcircRNA-DEmiRNA-DEmRNA |
ឯកសារយោង
Liang Y, Zhang Y, Xu L, et al ។គំរូនៃការបញ្ចេញមតិ CircRNA និងបណ្តាញ ceRNA និង miRNA-mRNA ពាក់ព័ន្ធនឹងការអភិវឌ្ឍន៍ Anther នៅក្នុងបន្ទាត់ CMS នៃជំរុំ Brassica[J]។ទិនានុប្បវត្តិអន្តរជាតិនៃវិទ្យាសាស្ត្រម៉ូលេគុលឆ្នាំ 2019, 20(19): 4808-។DOI: 10.3390/ijms20194808
