ការផ្គុំហ្សែនដែលមានមូលដ្ឋានលើ Hi-C
Hi-C គឺជាវិធីសាស្ត្រមួយដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីចាប់យកការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធក្រូម៉ូសូមដោយការរួមបញ្ចូលគ្នានូវការស៊ើបអង្កេតអន្តរកម្មដែលមានមូលដ្ឋានលើភាពជិត និងការធ្វើលំដាប់លំដោយដែលមានអត្រាខ្ពស់។ អាំងតង់ស៊ីតេនៃអន្តរកម្មទាំងនេះត្រូវបានគេជឿថាមានទំនាក់ទំនងអវិជ្ជមានជាមួយនឹងចម្ងាយរូបវន្តនៅលើក្រូម៉ូសូម។ ដូច្នេះ ទិន្នន័យ Hi-C ត្រូវបានប្រើដើម្បីណែនាំការដាក់ជាក្រុម ការរៀបចំ និងការតំរង់ទិសនៃលំដាប់ដែលបានផ្គុំនៅក្នុងហ្សែនព្រាង និងភ្ជាប់ពួកវាទៅនឹងចំនួនក្រូម៉ូសូមជាក់លាក់មួយ។ បច្ចេកវិទ្យានេះផ្តល់អំណាចដល់ការផ្គុំហ្សែនកម្រិតក្រូម៉ូសូមក្នុងករណីដែលគ្មានផែនទីហ្សែនដែលមានមូលដ្ឋានលើចំនួនប្រជាជន។ ហ្សែននីមួយៗត្រូវការ Hi-C។
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
● ការធ្វើលំដាប់លើ Illumina NovaSeq ជាមួយ PE150។
● សេវាកម្មតម្រូវឱ្យមានសំណាកជាលិកា ជំនួសឱ្យអាស៊ីតនុយក្លេអ៊ីកដែលបានស្រង់ចេញ ដើម្បីភ្ជាប់ជាមួយហ្វ័រម៉ាល់ឌីអ៊ីត និងរក្សាអន្តរកម្ម DNA-ប្រូតេអ៊ីន។
● ការពិសោធន៍ Hi-C ពាក់ព័ន្ធនឹងការរឹតបន្តឹង និងការជួសជុលចុងស្អិតជាមួយប៊ីយ៉ូទីន បន្ទាប់មកដោយការធ្វើឱ្យរាងជារង្វង់នៃចុងមូលលទ្ធផល ខណៈពេលដែលរក្សាអន្តរកម្ម។ បន្ទាប់មក DNA ត្រូវបានទាញចុះជាមួយអង្កាំ streptavidin ហើយបន្សុទ្ធសម្រាប់ការរៀបចំបណ្ណាល័យជាបន្តបន្ទាប់។
គុណសម្បត្តិសេវាកម្ម
ទិដ្ឋភាពទូទៅនៃ Hi-C
(លីប៊ើរមែន-អេដិន អ៊ី និងអ្នកដទៃទៀត,វិទ្យាសាស្ត្រ, ២០០៩)
●ការលុបបំបាត់តម្រូវការសម្រាប់ទិន្នន័យចំនួនប្រជាជនហ្សែន៖Hi-C ជំនួសព័ត៌មានសំខាន់ៗដែលត្រូវការសម្រាប់ការតោងជាប់គ្នា។
●ដង់ស៊ីតេសញ្ញាសម្គាល់ខ្ពស់៖នាំឱ្យមានសមាមាត្រយុថ្កាជាប់គ្នាខ្ពស់ជាង 90%។
●ជំនាញទូលំទូលាយ និងកំណត់ត្រាបោះពុម្ពផ្សាយ៖BMKGene មានបទពិសោធន៍យ៉ាងទូលំទូលាយជាមួយនឹងករណីជាង 2000 នៃការផ្គុំហ្សែន Hi-C ពីប្រភេទសត្វផ្សេងៗគ្នាចំនួន 1000 និងប៉ាតង់ផ្សេងៗគ្នា។ ករណីដែលបានបោះពុម្ពផ្សាយជាង 200 មានកត្តាផលប៉ះពាល់កកកុញជាង 2000។
●ក្រុមជីវព័ត៌មានវិទ្យាដែលមានជំនាញខ្ពស់៖ដោយមានប៉ាតង់ផ្ទៃក្នុង និងការរក្សាសិទ្ធិកម្មវិធីសម្រាប់ការពិសោធន៍ Hi-C និងការវិភាគទិន្នន័យ កម្មវិធីទិន្នន័យមើលឃើញដែលបង្កើតឡើងដោយខ្លួនឯងអាចឱ្យមានការផ្លាស់ទីប្លុកដោយដៃ ការបញ្ច្រាស ការដកហូត និងការធ្វើការឡើងវិញ។
●ការគាំទ្រក្រោយពេលលក់៖ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងលាតសន្ធឹងលើសពីការបញ្ចប់គម្រោងជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយពេលលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គសំណួរ និងចម្លើយ ដើម្បីដោះស្រាយសំណួរណាមួយដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
●ចំណារពន្យល់ដ៏ទូលំទូលាយ៖ យើងប្រើប្រាស់មូលដ្ឋានទិន្នន័យច្រើនដើម្បីដាក់ចំណារពន្យល់មុខងារលើហ្សែនជាមួយនឹងបំរែបំរួលដែលបានកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងអនុវត្តការវិភាគបង្កើនប្រសិទ្ធភាពដែលត្រូវគ្នា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងលើគម្រោងស្រាវជ្រាវជាច្រើន។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសសេវាកម្ម
| ការរៀបចំបណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្ររៀបលំដាប់ | លទ្ធផលទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការគ្រប់គ្រងគុណភាព |
| បណ្ណាល័យ Hi-C | អ៊ីលូមីណា NovaSeq PE150 | ១០០ដង | Q30 ≥ 85% |
តម្រូវការគំរូ
| ជាលិកា | ចំនួនទឹកប្រាក់ដែលត្រូវការ |
| សរីរាង្គខាងក្នុងសត្វ | ≥ 2 ក្រាម |
| សាច់ដុំសត្វ | |
| ឈាមថនិកសត្វ | ≥ 2 មីលីលីត្រ |
| ឈាមសត្វស្លាប/ឈាមត្រី | |
| រុក្ខជាតិ - ស្លឹកស្រស់ | ≥ 3 ក្រាម |
| កោសិកាដែលបានដាំដុះ | ≥ 1x107 |
| សត្វល្អិត | ≥ 2 ក្រាម |
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការដឹកជញ្ជូនគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
ការរៀបចំលំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
១) ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
2) គុណភាពបណ្ណាល័យ Hi-C៖ ការប៉ាន់ស្មានអន្តរកម្ម Hi-C ដែលមានសុពលភាព
៣) ការផ្គុំ Hi-C៖ ការដាក់ជាក្រុមនៃ contig ជាក្រុម បន្ទាប់មកដោយការរៀបចំ contig នៅក្នុងក្រុមនីមួយៗ និងកំណត់ទិសដៅ contig។
៤) ការវាយតម្លៃ Hi-C
គុណភាពបណ្ណាល័យ Hi-C – ការប៉ាន់ស្មានគូអន្តរកម្ម Hi-C ដែលមានសុពលភាព
ការផ្គុំ Hi-C – ស្ថិតិ
ការវាយតម្លៃក្រោយការផ្គុំ - ផែនទីកំដៅនៃអាំងតង់ស៊ីតេសញ្ញារវាងធុង
ស្វែងយល់ពីវឌ្ឍនភាពដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មផ្គុំ Hi-C របស់ BMKGene តាមរយៈការប្រមូលផ្ដុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយដែលបានរៀបចំយ៉ាងល្អ។
Tian, T. et al. (2023) 'ការផ្គុំហ្សែន និងការវិភាគហ្សែននៃហ្សែនពោតដែលធន់នឹងគ្រោះរាំងស្ងួតដ៏លេចធ្លោមួយ', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), ទំព័រ 496–506។ doi: 10.1038/s41588-023-01297-y។
Wang, ZL et al. (2020) 'ការផ្គុំមាត្រដ្ឋានក្រូម៉ូសូមនៃហ្សែនឃ្មុំអាស៊ី Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, ទំព័រ 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'បង្ហាញពីការវិវត្តន៍នៃជីវសំយោគអាល់កាឡូអ៊ីតត្រូផេនដោយវិភាគហ្សែនពីរនៅក្នុងគ្រួសារ Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), ទំព័រ 1–18។ doi: 10.1038/s41467-023-37133-4។
Zhang, X. et al. (2020) 'ហ្សែននៃដើមពោធិ៍ និងសត្វឃ្មុំលំអងផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីការវិវត្តន៍រួមគ្នារវាងផ្លែល្វា និងសត្វឃ្មុំ', Cell, 183(4), ទំព័រ 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
