-
ការធ្វើលំដាប់ហ្សែនទាំងមូលរបស់មនុស្ស
ការធ្វើលំដាប់ហ្សែនទាំងមូលរបស់មនុស្ស (hWGS) គឺជាវិធីសាស្ត្រដ៏ទូលំទូលាយ និងមានឥទ្ធិពលខ្ពស់សម្រាប់ការធ្វើលំដាប់ហ្សែនទាំងមូលរបស់បុគ្គលម្នាក់ៗ ជាមួយនឹងសមត្ថភាពក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណការផ្លាស់ប្តូរទាំងនៅក្នុងហ្សែនដែលសរសេរកូដ និងតំបន់ដែលមិនសរសេរកូដ។ កម្មវិធីរបស់វាគ្របដណ្តប់លើការស្រាវជ្រាវជំងឺ ជំងឺមហារីក ការសិក្សាអំពីការវិវត្តន៍ចំនួនប្រជាជន និងច្រើនទៀត ដែលធ្វើឱ្យវាក្លាយជាមូលដ្ឋានគ្រឹះនៃការស្រាវជ្រាវហ្សែនរបស់មនុស្ស។
BMKGENE ផ្តល់ជូននូវសេវាកម្មស្វែងរកលំដាប់ហ្សែនទាំងមូលរបស់មនុស្ស ដោយប្រើប្រាស់វេទិកាស្វែងរកលំដាប់ទំនើបៗជាច្រើន រួមផ្សំជាមួយនឹងដំណោះស្រាយវិភាគដែលត្រូវបានរចនាឡើងសម្រាប់ការស្រាវជ្រាវដុំសាច់ និងជំងឺហ្សែន។
-
ការផ្គុំហ្សែន T2T | ការធ្វើលំដាប់វែងបំផុត
ហ្សែន T2T (Telomere-to-Telomere) គឺជាស្តង់ដារមាសសម្រាប់ការផ្គុំហ្សែនដែលមានគុណភាពខ្ពស់ ដោយសំដៅទៅលើការកសាងឡើងវិញនូវហ្សែនក្នុងទ្រង់ទ្រាយក្រូម៉ូសូមដែលគ្មានគម្លាត ឬគ្មានគម្លាត ដែលលាតសន្ធឹងពីតេឡូមែរមួយទៅតេឡូមែរមួយទៀត និងបំបែកដែនកំណត់នៃការបំបែកហ្សែនធម្មតា។
ដំណើរការដោយបច្ចេកវិទ្យា ONT ស្នូលសម្រាប់ការអានលំដាប់វែងខ្លាំង និងរួមបញ្ចូលជាមួយនឹងការអានលំដាប់ជ្រៅពហុវេទិកា និងបំពង់បង្ហូរជីវព័ត៌មានវិទ្យាដែលបានធ្វើឱ្យប្រសើរឡើង ដំណោះស្រាយហ្សែន BMKGENE T2T ផ្តោតលើ "តំបន់ងងឹត" ហ្សែនដែលពិបាកដោះស្រាយបំផុត - telomeres (ស្មុគស្មាញប្រូតេអ៊ីននុយក្លេអូទីតឯកទេសនៅចុងក្រូម៉ូសូម eukaryotic) សេនត្រូមែរសារពាង្គកាយខ្ពស់ (អារេដដែលៗដ៏ធំ) និងតំបន់ haplotype ដដែលៗ និង heterozygous ស្មុគស្មាញផ្សេងទៀត ដែលមិនអាចដោះស្រាយបានជាយូរមកហើយសម្រាប់ការអានលំដាប់វែងស្តង់ដារ។ មិនដូចការអានវែងធម្មតាដែលបរាជ័យក្នុងការឆ្លងកាត់តំបន់ទាំងនេះ និងបណ្តាលឱ្យមានការដួលរលំនៃលំដាប់ ឬ contigeric ការអានវែងខ្លាំង ONT អាចគ្របដណ្តប់លើចន្លោះប្រហោងដែលមិនអាចផ្គុំបាន និងតំបន់ស្មុគស្មាញ។ BMKGene ប្តេជ្ញាផ្តល់នូវហ្សែន T2T ដែលមានគុណភាពខ្ពស់ គ្មានគម្លាត ឬគ្មានគម្លាតសម្រាប់ប្រភេទសត្វចម្រុះ។
ការកសាងហ្សែន T2T ដោះសោតំបន់ហ្សែនស្មុគស្មាញដែលមិនអាចចូលដំណើរការបានពីមុន បំពេញចន្លោះប្រហោងស្រាវជ្រាវសំខាន់ៗ និងផ្តល់ទិន្នន័យមូលដ្ឋានរឹងមាំ និងមានភាពជាក់លាក់ខ្ពស់សម្រាប់ការសិក្សាស៊ីជម្រៅ រួមទាំងការវិវត្តន៍នៃប្រភេទសត្វ ការជីកយករ៉ែហ្សែនមុខងារ ការបង្កាត់ពូជម៉ូលេគុល វេជ្ជសាស្ត្រជាក់លាក់ និងការស្រាវជ្រាវវិទ្យាសាស្ត្រទំនើបៗផ្សេងទៀត។
-
ប្រូតេអូមិច
ប្រូតេអូមិចផ្តោតលើប្រូតេអ៊ីន—អ្នកប្រតិបត្តិសកម្មភាពជីវិតដែលដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងបទប្បញ្ញត្តិនៃការចម្លងសារពាង្គកាយ។ វាវិភាគសមាសភាព កម្រិតនៃការបញ្ចេញមតិ និងស្ថានភាពកែប្រែនៃប្រូតេអ៊ីនដែលផ្លាស់ប្តូរថាមវន្តទាំងអស់នៅក្នុងជាលិកា ឬកោសិកា ដោយដោះស្រាយផលប៉ះពាល់សំខាន់នៃថាមវន្តភាពសម្បូរបែបនៃប្រូតេអូមលើដំណើរការជីវិតផ្សេងៗ។ ត្រូវបានអនុវត្តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងវេជ្ជសាស្ត្រ កសិកម្ម និងការចិញ្ចឹមសត្វ។ ប្រូតេអូមិចគុណភាពប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យាកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រូតេអ៊ីន HPLC-MS/MS ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណគំរូ រួមទាំងបន្ទះជែល IP និងគំរូ CO-IP/Pull down។ ប្រូតេអូមិចបរិមាណសម្រេចបាននូវការវាស់វែង និងការកំណត់អត្តសញ្ញាណត្រឹមត្រូវនៃប្រូតេអ៊ីនទាំងអស់ដែលបង្ហាញដោយហ្សែន ឬនៅក្នុងប្រព័ន្ធចម្រុះស្មុគស្មាញ។ បច្ចេកវិទ្យាប្រូតេអូមិចបរិមាណបច្ចុប្បន្នត្រូវបានចាត់ថ្នាក់ជាចម្បងទៅជាវិធីសាស្រ្តដែលមានស្លាក (TMT) និងគ្មានស្លាក (Label Free, DIA, PRM)។ BMKGENE ផ្តល់នូវដំណោះស្រាយប្រូតេអូមិចពហុវេទិកា និងពហុបច្ចេកវិទ្យា។
-
មេតាបូឡូមិក
មុខវិជ្ជាមេតាបូឡូមិក ដែលជាមុខវិជ្ជាមួយផ្នែកខាងក្រោមនៃហ្សែន ផ្តោតសំខាន់លើសារធាតុម៉ូលេគុលតូចៗដែលមានទម្ងន់ម៉ូលេគុលតិចជាង 1500 Da។ វាអនុញ្ញាតឱ្យសារធាតុមេតាបូលីតឆ្លុះបញ្ចាំងពីការឆ្លើយតបរបស់សារពាង្គកាយចំពោះការរំញោចខាងក្រៅ និងការផ្លាស់ប្តូរសរីរវិទ្យា/រោគសាស្ត្របានកាន់តែមានភាពរសើប។ ការផ្លាស់ប្តូរកម្រិតមេតាបូលីតដែលបង្កឡើងដោយការប្រែប្រួលហ្សែនក៏ស្ថិតនៅក្នុងវិសាលភាពស្រាវជ្រាវរបស់វាផងដែរ ដែលផ្តល់នូវទស្សនវិស័យស្រាវជ្រាវថ្មីមួយ។
BMKGENE ផ្តល់ជូននូវសេវាកម្មមេតាបូឡូមិចជាច្រើនប្រភេទ រួមទាំងមេតាបូឡូមិចមិនកំណត់គោលដៅ មេតាបូឡូមិចដែលមានគោលដៅយ៉ាងទូលំទូលាយ និងមេតាបូឡូមិចដែលមានគោលដៅ។ ដោយប្រើវិសាលគមមាត្រក្រូម៉ាតូក្រាហ្វីរាវ (LC-MS) ឬវិសាលគមមាត្រក្រូម៉ាតូក្រាហ្វីឧស្ម័ន (GC-MS) ការផ្លាស់ប្តូរថាមវន្តនៅក្នុងសារធាតុរំលាយម៉ូលេគុលតូចៗភាគច្រើននៅក្នុងសារពាង្គកាយមុន និងក្រោយការរំញោចខាងក្រៅអាចត្រូវបានរកឃើញ។ ស្នូលនៃសេវាកម្មទាំងនេះស្ថិតនៅក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណសារធាតុរំលាយដែលមានភាពខុសគ្នាគួរឱ្យកត់សម្គាល់រវាងក្រុមពិសោធន៍ និងក្រុមត្រួតពិនិត្យ និងស្វែងយល់បន្ថែមអំពីទំនាក់ទំនងរបស់ពួកគេជាមួយនឹងការផ្លាស់ប្តូរសរីរវិទ្យា/រោគសាស្ត្រ និងយន្តការមូលដ្ឋាន។
-
ការធ្វើលំដាប់លំដោយ mRNA/LncRNA/CircRNA ដោយប្រើបច្ចេកវិទ្យា Illumina
អ៊ិចសូសូម គឺជាវេស៊ីគុលតូចៗដែលបញ្ចេញដោយកោសិកា ដែលជាធម្មតាមានអង្កត់ផ្ចិតចាប់ពី 30 ទៅ 100 ណាណូម៉ែត្រ។ វេស៊ីគុលទាំងនេះមាន RNA ជាច្រើនប្រភេទ។ អ៊ិចសូសូមត្រូវបានគេជឿថាដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងការទំនាក់ទំនងអន្តរកោសិកា ការឆ្លើយតបនៃប្រព័ន្ធភាពស៊ាំ និងការវិវត្តនៃជំងឺ ហើយអាចសាយភាយទៅកាន់ផ្នែកផ្សេងទៀតនៃរាងកាយតាមរយៈសារធាតុរាវក្នុងរាងកាយដូចជា ប្លាស្មា ទឹកមាត់ និងទឹកនោម។ ពួកវាផ្ទុកជីវម៉ូលេគុលជាក់លាក់ដើម្បីគ្រប់គ្រងមុខងាររបស់កោសិកាអ្នកទទួល ដែលជះឥទ្ធិពលដល់ស្ថានភាពសរីរវិទ្យាកោសិកា។ អ៊ិចសូសូមក៏ត្រូវបានគេចាត់ទុកថាដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងការវិវត្តនៃជំងឺ រួមទាំងជំងឺមហារីក ជំងឺសរសៃប្រសាទ និងស្ថានភាពរលាក។ ការស្រាវជ្រាវលើអ៊ិចសូសូមផ្តល់នូវការយល់ដឹង និងវិធីសាស្ត្រថ្មីៗសម្រាប់ការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យ ការព្យាបាល និងការការពារជំងឺ។
-
ការធ្វើលំដាប់ RNA តូចក្រៅសូសូម-អ៊ីលលូមីណា
អ៊ិចសូសូម គឺជាវេស៊ីគុលតូចៗដែលបញ្ចេញដោយកោសិកា ជាធម្មតាមានអង្កត់ផ្ចិតចាប់ពី 30 ទៅ 100 ណាណូម៉ែត្រ។ វេស៊ីគុលទាំងនេះមានផ្ទុក RNA ជាច្រើន។ ក្នុងចំណោមប្រភេទ RNA នៅក្នុងអ៊ិចសូសូម មីក្រូ RNA (miRNA) ដែលកើតមានជាទូទៅបំផុត និងត្រូវបានសិក្សាយ៉ាងទូលំទូលាយគឺ។ miRNA គឺជាថ្នាក់នៃ RNA តូចៗដែលមិនសរសេរកូដ ដែលមានប្រវែងប្រហែល 18-25 នុយក្លេអូទីត។ ពួកវាសម្របសម្រួលការបិទហ្សែនក្រោយការចម្លងដោយភ្ជាប់ទៅនឹងតំបន់ដែលមិនបានបកប្រែ 3′ (3′ UTR) នៃ mRNA គោលដៅ ដោយហេតុនេះគ្រប់គ្រងការបញ្ចេញហ្សែន។ ឧទាហរណ៍ អ៊ិចសូសូម ដែលបញ្ចេញដោយកោសិកាដុំសាច់មួយចំនួនមានផ្ទុក miRNA ជាក់លាក់ ដូចជា miR-126 និង miR-92a។ miRNA ទាំងនេះអាចមានឥទ្ធិពលលើការបញ្ចេញហ្សែននៅក្នុងកោសិកាអ្នកទទួល និងជំរុញការបង្កើតសរសៃឈាមថ្មី (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012)។
-
BMKMANU S3000_ប្រតិចារិកលំហ
ការចម្លងហ្សែនក្នុងលំហ គឺជាបច្ចេកទេសមួយដែលអនុញ្ញាតឱ្យយើងចាប់យក និងមើលឃើញការបញ្ចេញហ្សែននៅក្នុងជាលិកា។ នេះអាចមានសារៈសំខាន់ណាស់ក្នុងការយល់ដឹងពីរបៀបដែលកោសិកាមានអន្តរកម្ម។
មានវេទិកាផ្សេងៗគ្នាសម្រាប់វិធីសាស្រ្តនេះ។ លើបញ្ហានេះ BMKGene បានបង្កើតបន្ទះឈីប BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip ដែលជាវេទិកាមួយដែលជំរុញប្រសិទ្ធភាពបច្ចេកទេស ដោយឈានដល់គុណភាពបង្ហាញរងកោសិកា និងអាចឱ្យមានការកំណត់គុណភាពបង្ហាញច្រើនកម្រិត។
បន្ទះឈីបនេះរុំព័ទ្ធចំណុចចំនួន 4.2 លានដោយប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យាដែលមានប៉ាតង់នៃមីក្រូវែលដែលដាក់ជាស្រទាប់ៗជាមួយនឹងអង្កាំដែលផ្ទុកដោយឧបករណ៍ស៊ើបអង្កេតដែលមានបាកូដ។ ជាមួយនឹងវិធីសាស្ត្រនេះ បន្ទាប់ពីការចាប់យក និងការពង្រីក យើងទទួលបានបណ្ណាល័យ cDNA ដែលសំបូរទៅដោយគំរូដែលមានបាកូដ ដែលវាឆបគ្នាជាមួយ Illumina។
នៅលើទិន្នន័យ ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃបាកូដលំហ និង UMI ធានានូវភាពត្រឹមត្រូវ និងភាពជាក់លាក់នៃទិន្នន័យដែលបានបង្កើត។ ដោយរួមបញ្ចូលគ្នានូវអ្វីៗទាំងអស់ខាងលើ BMKManu ផ្តល់នូវការកំណត់ទិន្នន័យដែលអាចបត់បែនបានខ្លាំង។
-
បណ្ណាល័យ DNBSEQ ដែលបានបង្កើតជាមុន
DNBSEQ ដែលត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយ MGI គឺជាបច្ចេកវិទ្យា NGS ប្រកបដោយភាពច្នៃប្រឌិតមួយ ដែលអាចកាត់បន្ថយថ្លៃដើមនៃការធ្វើលំដាប់លំដោយ និងបង្កើនទិន្នផល។ ការរៀបចំបណ្ណាល័យ DNBSEQ ពាក់ព័ន្ធនឹងការបំបែក DNA ការរៀបចំ ssDNA និងការពង្រីករង្វង់រំកិល ដើម្បីទទួលបានបាល់ណាណូ DNA (DNB)។ បន្ទាប់មក ទាំងនេះត្រូវបានផ្ទុកទៅលើផ្ទៃរឹង ហើយបន្ទាប់មកត្រូវបានតម្រៀបដោយការសំយោគយុថ្កាស៊ើបអង្កេតរួមបញ្ចូលគ្នា (cPAS)។ បច្ចេកវិទ្យា DNBSEQ រួមបញ្ចូលគ្នានូវគុណសម្បត្តិនៃការមានអត្រាកំហុសពង្រីកទាប ជាមួយនឹងការប្រើប្រាស់លំនាំកំហុសដង់ស៊ីតេខ្ពស់ជាមួយបាល់ណាណូ ដែលបណ្តាលឱ្យមានការតម្រៀបជាមួយនឹងទិន្នផល និងភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ជាង។
សេវាកម្មធ្វើលំដាប់បណ្ណាល័យដែលបានបង្កើតជាមុនរបស់យើងអនុញ្ញាតឱ្យអតិថិជនរៀបចំបណ្ណាល័យធ្វើលំដាប់ Illumina ពីប្រភពចម្រុះ (mRNA, ហ្សែនទាំងមូល, amplicon, បណ្ណាល័យ 10x, ក្នុងចំណោមប្រភពផ្សេងៗទៀត) ដែលត្រូវបានបម្លែងទៅជាបណ្ណាល័យ MGI នៅក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍របស់យើងដើម្បីធ្វើលំដាប់នៅក្នុង DNBSEQ-T7 ដែលអាចឱ្យមានទិន្នន័យច្រើនក្នុងតម្លៃទាប។
-
អន្តរកម្មក្រូម៉ាទីនដែលមានមូលដ្ឋានលើ Hi-C
Hi-C គឺជាវិធីសាស្ត្រមួយដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីចាប់យកការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែនដោយការរួមបញ្ចូលគ្នានូវអន្តរកម្មផ្អែកលើការស៊ើបសួរ និងការធ្វើលំដាប់ហ្សែនដែលមានអត្រាទិន្នផលខ្ពស់។ វិធីសាស្ត្រនេះគឺផ្អែកលើការភ្ជាប់ក្រូម៉ាទីនជាមួយហ្វ័រម៉ាល់ឌីអ៊ីត បន្ទាប់មកដោយការរំលាយ និងការភ្ជាប់ឡើងវិញតាមរបៀបដែលមានតែបំណែកដែលត្រូវបានភ្ជាប់គ្នាជាកូវ៉ាឡង់ប៉ុណ្ណោះដែលនឹងបង្កើតជាផលិតផលចង។ តាមរយៈការធ្វើលំដាប់ហ្សែនផលិតផលចងទាំងនេះ វាអាចធ្វើទៅបានដើម្បីសិក្សាពីការរៀបចំ 3D នៃហ្សែន។ Hi-C អនុញ្ញាតឱ្យសិក្សាពីការចែកចាយផ្នែកនៃហ្សែនដែលខ្ចប់ស្រាល (បន្ទប់ A, euchromatin) និងទំនងជាសកម្មក្នុងការចម្លង និងតំបន់ដែលខ្ចប់យ៉ាងតឹងរ៉ឹង (បន្ទប់ B, Heterochromatin)។ Hi-C ក៏អាចត្រូវបានប្រើដើម្បីចង្អុលបង្ហាញដែនដែលជាប់ទាក់ទងគ្នាខាង Topologically (TADs) តំបន់នៃហ្សែនដែលមានរចនាសម្ព័ន្ធបត់ និងទំនងជាមានលំនាំការបញ្ចេញមតិស្រដៀងគ្នា និងដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណរង្វិលជុំក្រូម៉ាទីន តំបន់ DNA ដែលត្រូវបានចងភ្ជាប់គ្នាដោយប្រូតេអ៊ីន និងដែលជារឿយៗសម្បូរទៅដោយធាតុនិយតកម្ម។ សេវាកម្មលំដាប់ Hi-C របស់ BMKGene ផ្តល់អំណាចដល់អ្នកស្រាវជ្រាវក្នុងការស្វែងយល់ពីវិមាត្រលំហនៃហ្សែន ដោយបើកផ្លូវថ្មីៗសម្រាប់ការយល់ដឹងអំពីបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន និងផលប៉ះពាល់របស់វាទៅលើសុខភាព និងជំងឺ។
-
ដំណោះស្រាយ mRNA ប្រវែងពេញ PacBio 2+3
ខណៈពេលដែលការធ្វើលំដាប់ mRNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ NGS គឺជាឧបករណ៍ដែលអាចប្រើប្រាស់បានច្រើនយ៉ាងសម្រាប់កំណត់បរិមាណការបញ្ចេញហ្សែន ការពឹងផ្អែកលើការអានរយៈពេលខ្លីកំណត់ប្រសិទ្ធភាពរបស់វានៅក្នុងការវិភាគប្រតិចារិកស្មុគស្មាញ។ ម្យ៉ាងវិញទៀត ការធ្វើលំដាប់ PacBio (Iso-Seq) ប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យាអានរយៈពេលវែង ដែលអាចឱ្យមានការធ្វើលំដាប់នៃប្រតិចារិក mRNA ប្រវែងពេញ។ វិធីសាស្រ្តនេះជួយសម្រួលដល់ការរុករកយ៉ាងទូលំទូលាយនៃការបំបែកជំនួស ការលាយហ្សែន និង poly-adenylation ទោះបីជាវាមិនមែនជាជម្រើសចម្បងសម្រាប់ការវាស់បរិមាណការបញ្ចេញហ្សែនក៏ដោយ។ ការរួមបញ្ចូលគ្នា 2+3 ភ្ជាប់គម្លាតរវាង Illumina និង PacBio ដោយពឹងផ្អែកលើការអាន PacBio HiFi ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណសំណុំពេញលេញនៃអ៊ីសូហ្វមប្រតិចារិក និងការធ្វើលំដាប់ NGS ដើម្បីវាស់បរិមាណអ៊ីសូហ្វមដូចគ្នា។
វេទិកា៖ PacBio Revio និង Illumina NovaSeq
-
ការវិភាគសមាគមទូទាំងហ្សែន
គោលបំណងនៃការសិក្សាអំពីសមាគមទូទាំងហ្សែន (GWAS) គឺដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណបំរែបំរួលហ្សែន (ហ្សែនទីប) ដែលភ្ជាប់ទៅនឹងលក្ខណៈជាក់លាក់ (លក្ខណៈហ្សែន)។ តាមរយៈការពិនិត្យពិច័យលើសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែននៅទូទាំងហ្សែនទាំងមូលនៅក្នុងបុគ្គលមួយចំនួនធំ GWAS ពង្រីកទំនាក់ទំនងហ្សែនទីប-លក្ខណៈហ្សែនតាមរយៈការវិភាគស្ថិតិកម្រិតប្រជាជន។ វិធីសាស្រ្តនេះរកឃើញកម្មវិធីយ៉ាងទូលំទូលាយក្នុងការស្រាវជ្រាវជំងឺរបស់មនុស្ស និងការស្វែងយល់ពីហ្សែនមុខងារដែលទាក់ទងនឹងលក្ខណៈស្មុគស្មាញនៅក្នុងសត្វ ឬរុក្ខជាតិ។
នៅ BMKGENE យើងផ្តល់ជូននូវមធ្យោបាយពីរសម្រាប់ធ្វើ GWAS លើចំនួនប្រជាជនច្រើន៖ ការប្រើប្រាស់ Whole-Genome Sequencing (WGS) ឬជ្រើសរើសវិធីសាស្ត្រ reduced representation genome sequencing គឺ Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) ដែលបង្កើតឡើងនៅក្នុងក្រុមហ៊ុន។ ខណៈពេលដែល WGS សាកសមនឹងហ្សែនតូចៗ SLAF លេចចេញជាជម្រើសសន្សំសំចៃសម្រាប់ការសិក្សាអំពីចំនួនប្រជាជនធំៗដែលមានហ្សែនវែងជាង ដោយកាត់បន្ថយការចំណាយលើការ sequencing យ៉ាងមានប្រសិទ្ធភាព ខណៈពេលដែលធានាប្រសិទ្ធភាពរកឃើញសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនខ្ពស់។
-
ការរៀបចំលំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ
ការអភិវឌ្ឍនៃបច្ចេកទេសចាប់យកកោសិកាតែមួយ និងការសាងសង់បណ្ណាល័យផ្ទាល់ខ្លួន រួមផ្សំជាមួយនឹងការធ្វើលំដាប់លំដោយខ្ពស់ បានធ្វើបដិវត្តន៍ការសិក្សាអំពីការបញ្ចេញហ្សែននៅកម្រិតកោសិកា។ របកគំហើញនេះអនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគកាន់តែស៊ីជម្រៅ និងទូលំទូលាយជាងមុននៃចំនួនប្រជាជនកោសិកាស្មុគស្មាញ ដោយយកឈ្នះលើដែនកំណត់ដែលទាក់ទងនឹងការធ្វើមធ្យមភាគនៃការបញ្ចេញហ្សែនលើកោសិកាទាំងអស់ និងរក្សាភាពខុសគ្នាពិតប្រាកដនៅក្នុងចំនួនប្រជាជនទាំងនេះ។ ខណៈពេលដែលការធ្វើលំដាប់លំដោយ RNA កោសិកាតែមួយ (scRNA-seq) មានគុណសម្បត្តិដែលមិនអាចប្រកែកបាន វាជួបប្រទះបញ្ហាប្រឈមនៅក្នុងជាលិកាមួយចំនួនដែលការបង្កើតការព្យួរកោសិកាតែមួយបង្ហាញថាមានការលំបាក និងតម្រូវឱ្យមានគំរូស្រស់ៗ។ នៅ BMKGene យើងដោះស្រាយឧបសគ្គនេះដោយផ្តល់ជូននូវការធ្វើលំដាប់លំដោយ RNA ស្នូលតែមួយ (snRNA-seq) ដោយប្រើបច្ចេកវិទ្យា Chromium Genomics 10X ទំនើប។ វិធីសាស្រ្តនេះពង្រីកវិសាលគមនៃគំរូដែលអាចទទួលយកបានចំពោះការវិភាគ transcriptome នៅកម្រិតកោសិកាតែមួយ។
ការញែកស្នូលត្រូវបានសម្រេចតាមរយៈបន្ទះឈីប 10X Genomics Chromium ប្រកបដោយភាពច្នៃប្រឌិត ដែលមានប្រព័ន្ធមីក្រូហ្វ្លុយអ៊ីឌីកចំនួនប្រាំបីឆានែលដែលមានច្រកឆ្លងកាត់ពីរ។ នៅក្នុងប្រព័ន្ធនេះ អង្កាំជែលដែលរួមបញ្ចូលបាកូដ ប្រាយមឺរ អង់ស៊ីម និងស្នូលតែមួយត្រូវបានរុំព័ទ្ធក្នុងដំណក់ប្រេងទំហំណាណូលីត្រ បង្កើតបានជាអង្កាំជែលក្នុងអេមុលសិន (GEM)។ បន្ទាប់ពីការបង្កើត GEM ការបំបែកកោសិកា និងការបញ្ចេញបាកូដកើតឡើងនៅក្នុង GEM នីមួយៗ។ បន្ទាប់មក ម៉ូលេគុល mRNA ឆ្លងកាត់ការចម្លងបញ្ច្រាសទៅជា cDNA ដោយរួមបញ្ចូលបាកូដ 10X និងឧបករណ៍កំណត់អត្តសញ្ញាណម៉ូលេគុលតែមួយគត់ (UMIs)។ បន្ទាប់មក cDNA ទាំងនេះត្រូវបានទទួលរងនូវការសាងសង់បណ្ណាល័យលំដាប់ស្តង់ដារ ដែលជួយសម្រួលដល់ការរុករកដ៏រឹងមាំ និងទូលំទូលាយនៃទម្រង់ការបញ្ចេញហ្សែននៅកម្រិតកោសិកាតែមួយ។
វេទិកា៖ វេទិកា 10× Genomics Chromium និង Illumina NovaSeq
-
ការរៀបលំដាប់ហ្សែនទាំងមូលរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វ
ការធ្វើលំដាប់ហ្សែនទាំងមូល (WGS) គឺជាបច្ចេកទេសដែលប្រើសម្រាប់កំណត់លំដាប់ DNA ទាំងស្រុងនៃហ្សែនរបស់សារពាង្គកាយមួយក្នុងពេលតែមួយ។
ជាធម្មតា សេវាកម្មនេះត្រូវបានបែងចែកជាពីរក្រុមផ្សេងគ្នាអាស្រ័យលើអត្ថិភាពនៃហ្សែនយោង៖
- ដឺ ណូវ៉ូការធ្វើលំដាប់ហ្សែនទាំងមូល។ក្នុងស្ថានភាពនេះ ហ្សែនដែលត្រូវដាក់លំដាប់មិនមានហ្សែនយោងដែលអាចប្រើបានទេ ហើយសម្រាប់ហេតុផលនោះ គោលបំណងនៃការដាក់លំដាប់នេះគឺដើម្បីបង្កើតវា (ឬដើម្បីកែលម្អហ្សែនដែលមានស្រាប់)។ បច្ចេកទេសនេះត្រូវប្រើទាំងទិន្នន័យ Illumina និងលំដាប់អានយូរ ដើម្បីបង្កើនការផ្គុំហ្សែនដោយបង្កើតការត្រួតស៊ីគ្នារវាងការអាន។
- ការរៀបចំលំដាប់ឡើងវិញ។វាសំដៅទៅលើការរៀបលំដាប់ហ្សែនទាំងមូលនៃបុគ្គលផ្សេងៗគ្នានៃប្រភេទសត្វដែលមានហ្សែនយោងដែលគេស្គាល់។ ដោយផ្អែកលើមូលដ្ឋាននេះ ភាពខុសគ្នានៃហ្សែនរបស់បុគ្គល ឬចំនួនប្រជាជនអាចត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណបន្ថែមទៀត។
