-
ការវិភាគនៃសមាគមទូទៅ
ការសិក្សាអំពីសមាគមទូទាំងហ្សែន (GWAS) មានគោលបំណងកំណត់អត្តសញ្ញាណការប្រែប្រួលហ្សែន (ហ្សែន) ដែលទាក់ទងនឹងលក្ខណៈជាក់លាក់ (phenotype) ។ការសិក្សារបស់ GWAS ស៊ើបអង្កេតសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនឆ្លងកាត់ហ្សែនទាំងមូលនៃបុគ្គលមួយចំនួនធំ និងព្យាករណ៍ពីសមាគមហ្សែន - phenotype ដោយការវិភាគស្ថិតិនៅកម្រិតប្រជាជន។វាត្រូវបានអនុវត្តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវលើជំងឺរបស់មនុស្ស និងការរុករកហ្សែនមុខងារលើលក្ខណៈស្មុគស្មាញនៃសត្វ ឬរុក្ខជាតិ។
-
លំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ
ភាពជឿនលឿនក្នុងការចាប់យកកោសិកាតែមួយ និងបច្ចេកទេសសាងសង់បណ្ណាល័យបុគ្គល រួមផ្សំជាមួយនឹងលំដាប់លំដោយខ្ពស់អនុញ្ញាតឱ្យការសិក្សាអំពីការបញ្ចេញហ្សែននៅលើមូលដ្ឋានកោសិកាដោយកោសិកា។វាអនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគប្រព័ន្ធកាន់តែស៊ីជម្រៅ និងពេញលេញលើចំនួនកោសិកាដែលស្មុគស្មាញ ដែលក្នុងនោះភាគច្រើនវាជៀសវាងការបិទបាំងភាពខុសធម្មតារបស់ពួកគេ ដោយយកជាមធ្យមនៃកោសិកាទាំងអស់។
ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ កោសិកាមួយចំនួនមិនសមស្របក្នុងការផលិតទៅជាការព្យួរកោសិកាតែមួយទេ ដូច្នេះវិធីសាស្ត្ររៀបចំគំរូផ្សេងទៀត - ការទាញយកស្នូលចេញពីជាលិកាគឺត្រូវការជាចាំបាច់ ពោលគឺស្នូលត្រូវបានស្រង់ចេញពីជាលិកា ឬកោសិកាដោយផ្ទាល់ ហើយរៀបចំទៅជាការព្យួរស្នូលតែមួយសម្រាប់តែមួយ។ លំដាប់កោសិកា។
BMK ផ្តល់សេវាលំដាប់ RNA កោសិកាតែមួយដែលមានមូលដ្ឋានលើ 10 × Genomics ChromiumTM ។សេវាកម្មនេះត្រូវបានគេប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការសិក្សាលើការសិក្សាទាក់ទងនឹងជំងឺ ដូចជា ភាពខុសគ្នានៃកោសិកាភាពស៊ាំ ភាពខុសគ្នានៃដុំសាច់ ការអភិវឌ្ឍន៍ជាលិកាជាដើម។
បន្ទះឈីបប្រតិចារឹកលំហ៖ 10 × ហ្សែន
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq 6000
-
លំដាប់ហ្សែនរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វទាំងមូល
ការរៀបចំឡើងវិញនូវហ្សែនទាំងមូល ដែលត្រូវបានគេស្គាល់ថាជា WGS អនុញ្ញាតឱ្យបង្ហាញនូវការផ្លាស់ប្តូរទាំងធម្មតា និងកម្រនៅលើហ្សែនទាំងមូល រួមមាន Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ការបញ្ចូលការលុប (InDel) បំរែបំរួលរចនាសម្ព័ន្ធ (SV) និងបំរែបំរួលលេខចម្លង (CNV) )SVs បង្កើតបានជាផ្នែកធំនៃមូលដ្ឋានបំរែបំរួលជាង SNPs ហើយមានឥទ្ធិពលកាន់តែខ្លាំងលើហ្សែន ដែលមានឥទ្ធិពលយ៉ាងសំខាន់ទៅលើសារពាង្គកាយមានជីវិត។ការអានបន្តបន្ទាប់គ្នាយូរអនុញ្ញាតឱ្យកំណត់អត្តសញ្ញាណបំណែកធំ ៗ និងបំរែបំរួលដ៏ស្មុគស្មាញ ពីព្រោះការអានយូរធ្វើឱ្យវាកាន់តែងាយស្រួលក្នុងការឆ្លងកាត់ក្រូម៉ូសូមលើតំបន់ស្មុគស្មាញដូចជា ការនិយាយឡើងវិញ tandem តំបន់សម្បូរ GC/AT និងតំបន់ hyper-variable ។
វេទិកា៖ Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
ការរៀបចំលំហនៃកោសិកាដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងដំណើរការជីវសាស្រ្តផ្សេងៗ ដូចជាការជ្រៀតចូលនៃប្រព័ន្ធភាពស៊ាំ ការអភិវឌ្ឍន៍អំប្រ៊ីយ៉ុង។ជាមួយនឹងការអភិវឌ្ឍន៍នៃបច្ចេកវិទ្យា ទម្រង់រូបវិទ្យានៃជាលិកាដែលច្បាស់លាស់បំផុត និងភាពខុសគ្នានៃរចនាសម្ព័ន្ធពិតប្រាកដនៃការបញ្ចេញមតិម៉ូលេគុលលំហ ចាំបាច់ត្រូវសិក្សាជាមួយនឹងគុណភាពបង្ហាញខ្ពស់។BMKGENE ផ្តល់សេវាកម្មធ្វើត្រាប់តាមលំហរលំហរ ដ៏ទូលំទូលាយមួយ ពីសំណាកគំរូ រហូតដល់ការយល់ដឹងអំពីជីវសាស្រ្ត។
បច្ចេកវិទ្យា spatial transcriptomics ផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ទស្សនៈប្រលោមលោកនៅក្នុងសង្វៀនស្រាវជ្រាវចម្រុះដោយការដោះស្រាយទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនជាមួយនឹងមាតិកាលំហនៅក្នុងគំរូផ្សេងៗគ្នា។
បន្ទះឈីបប្រតិចារឹកលំហ៖ BMKMANU S1000
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression គឺជាបច្ចេកវិជ្ជាលំដាប់លំដោយនៃការចម្លងតាមលំហសម្រាប់ចាត់ថ្នាក់ជាលិកាដោយផ្អែកលើ mRNA សរុប។ធ្វើផែនទីប្រតិចារិកទាំងមូលជាមួយនឹងបរិបទ morphological ដើម្បីស្វែងរកការយល់ដឹងប្រលោមលោកចំពោះការអភិវឌ្ឍន៍ធម្មតា រោគសាស្ត្រ និងការស្រាវជ្រាវការបកប្រែគ្លីនិក។BMKGENE ផ្តល់សេវាកម្មធ្វើត្រាប់តាមលំហរ ដ៏ទូលំទូលាយមួយ ពីសំណាកគំរូ រហូតដល់ការយល់ដឹងអំពីជីវសាស្រ្ត។
បច្ចេកវិទ្យា spatial transcriptomics ផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ទស្សនវិស័យប្រលោមលោកនៅក្នុងសង្វៀនស្រាវជ្រាវចម្រុះដោយការដោះស្រាយទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនជាមួយនឹងខ្លឹមសារនៃលំហនៅក្នុងគំរូផ្សេងៗគ្នា.
បន្ទះឈីបប្រតិចារឹកលំហ៖ 10x Genomics Visium
វេទិកា៖Illumina NovaSeq 6000
-
ប្រវែងពេញ mRNA Sequencing-Nanopore
លំដាប់ RNA គឺជាឧបករណ៍ដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបានសម្រាប់ការវិភាគប្រតិចារិកដ៏ទូលំទូលាយ។ដោយមិនសង្ស័យ ការអានខ្លីៗតាមលំដាប់លំដោយ ទទួលបានការអភិវឌ្ឍន៍សំខាន់ៗជាច្រើននៅទីនេះ។ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ ជារឿយៗវាជួបប្រទះនឹងដែនកំណត់ក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណ isoform ប្រវែងពេញលេញ បរិមាណ ភាពលំអៀង PCR ។
Nanopore sequencing សម្គាល់ខ្លួនវាពីវេទិកាលំដាប់ផ្សេងទៀត ដែលក្នុងនោះ nucleotides ត្រូវបានអានដោយផ្ទាល់ដោយគ្មានការសំយោគ DNA និងបង្កើតការអានដ៏វែងនៅរាប់សិបគីឡូបៃ។នេះផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ការអានដោយផ្ទាល់ឆ្លងកាត់ប្រតិចារិកប្រវែងពេញ និងដោះស្រាយបញ្ហាប្រឈមក្នុងការសិក្សាកម្រិត isoform ។
វេទិកា:Nanopor PromethION
បណ្ណាល័យ៖cDNA-PCR
-
លំដាប់ mRNA ប្រវែងពេញ - PacBio
ដឺណូវ៉ូលំដាប់ប្រតិចារិកពេញប្រវែង ត្រូវបានគេស្គាល់ថាជាដឺណូវ៉ូIso-Seq ទាញយកអត្ថប្រយោជន៍នៃលំដាប់លំដោយ PacBio ក្នុងប្រវែងអាន ដែលអាចឱ្យការតម្រៀបនៃម៉ូលេគុល cDNA ប្រវែងពេញដោយមិនមានការបំបែកណាមួយឡើយ។នេះជៀសវាងទាំងស្រុងនូវកំហុសទាំងឡាយដែលបានបង្កើតនៅក្នុងជំហាននៃការដំឡើងប្រតិចារិក និងបង្កើតសំណុំ unigene ជាមួយនឹងដំណោះស្រាយកម្រិត isoform ។សំណុំ unigene នេះផ្តល់នូវព័ត៌មានហ្សែនដ៏មានឥទ្ធិពលជា "ហ្សែនយោង" នៅកម្រិតប្រតិចារិក។លើសពីនេះ ការរួមផ្សំជាមួយនឹងទិន្នន័យលំដាប់លំដោយជំនាន់ក្រោយ សេវាកម្មនេះផ្តល់អំណាចដល់បរិមាណត្រឹមត្រូវនៃការបញ្ចេញមតិកម្រិត isoform ។
វេទិកា៖ PacBio Sequel IIបណ្ណាល័យ៖ បណ្ណាល័យកណ្តឹង SMRT -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
mRNA sequencing អនុញ្ញាតឱ្យមានទម្រង់នៃ mRNAs ទាំងអស់ដែលបានចម្លងពីកោសិកាក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់។វាគឺជាបច្ចេកវិទ្យាដ៏មានអានុភាពសម្រាប់បង្ហាញទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែន រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន និងយន្តការម៉ូលេគុលនៃដំណើរការជីវសាស្ត្រមួយចំនួន។រហូតមកដល់បច្ចុប្បន្ន លំដាប់ mRNA ត្រូវបានប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវជាមូលដ្ឋាន ការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យគ្លីនិក ការអភិវឌ្ឍន៍ថ្នាំ ជាដើម។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq 6000
-
mRNA Sequencing-Illumina ផ្អែកលើមិនយោង
mRNA sequencing ទទួលយកបច្ចេកទេសលំដាប់ជំនាន់ក្រោយ (NGS) ដើម្បីចាប់យក messenger RNA (mRNA) បង្កើតជា Eukaryote នៅអំឡុងពេលជាក់លាក់ដែលមុខងារពិសេសមួយចំនួនកំពុងដំណើរការ។ការបំបែកប្រតិចារឹកវែងបំផុតត្រូវបានគេហៅថា 'Unigene' និងប្រើជាលំដាប់យោងសម្រាប់ការវិភាគជាបន្តបន្ទាប់ ដែលជាមធ្យោបាយដ៏មានប្រសិទ្ធភាពក្នុងការសិក្សាអំពីយន្តការម៉ូលេគុល និងបណ្តាញនិយតកម្មនៃប្រភេទសត្វដោយគ្មានឯកសារយោង។
បន្ទាប់ពីការផ្គុំទិន្នន័យប្រតិចារិក និងចំណារពន្យល់មុខងារ unigene
(1) ការវិភាគ SSR ការព្យាករណ៍ CDS និងរចនាសម្ព័ន្ធហ្សែននឹងត្រូវបានរៀបចំជាមុន។
(2) បរិមាណនៃកន្សោម unigene នៅក្នុងគំរូនីមួយៗនឹងត្រូវបានអនុវត្ត។
(3) unigenes ដែលបានបង្ហាញខុសគ្នារវាងគំរូ (ឬក្រុម) នឹងត្រូវបានរកឃើញដោយផ្អែកលើកន្សោម unigene
(4) ការចង្កោម ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការវិភាគពង្រឹងនៃ unigenes ដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែលនឹងត្រូវបានអនុវត្ត
-
ការមិនសរសេរកូដតាមលំដាប់លំដោយ-Illumina
RNAs ដែលមិនសរសេរកូដវែង (lncRNAs) គឺជាប្រភេទនៃម៉ូលេគុល RNA ដែលមានប្រវែងលើសពី 200 nt ដែលត្រូវបានកំណត់លក្ខណៈដោយសក្តានុពលសរសេរកូដទាបបំផុត។LncRNA ជាសមាជិកសំខាន់នៅក្នុង RNAs ដែលមិនសរសេរកូដ ត្រូវបានរកឃើញជាចម្បងនៅក្នុងស្នូល និងប្លាស្មា។ការអភិវឌ្ឍន៍នៃបច្ចេកវិទ្យាលំដាប់លំដោយ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា អនុញ្ញាតឱ្យកំណត់អត្តសញ្ញាណ LncRNAs ប្រលោមលោកជាច្រើន និងភ្ជាប់អ្នកដែលមានមុខងារជីវសាស្រ្ត។ភ័ស្តុតាងប្រមូលផ្តុំបង្ហាញថា lncRNA ត្រូវបានចូលរួមយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងបទប្បញ្ញត្តិ epigenetic បទបញ្ជាចម្លង និងបទប្បញ្ញត្តិក្រោយការចម្លង។
