-
ការវិភាគនៃសមាគមទូទៅ
ការសិក្សាអំពីសមាគមទូទាំងហ្សែន (GWAS) មានគោលបំណងកំណត់អត្តសញ្ញាណការប្រែប្រួលហ្សែន (ហ្សែន) ដែលទាក់ទងនឹងលក្ខណៈជាក់លាក់ (phenotype) ។ការសិក្សារបស់ GWAS ស៊ើបអង្កេតសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនឆ្លងកាត់ហ្សែនទាំងមូលនៃបុគ្គលមួយចំនួនធំ និងព្យាករណ៍ពីសមាគមហ្សែន - phenotype ដោយការវិភាគស្ថិតិនៅកម្រិតប្រជាជន។វាត្រូវបានអនុវត្តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវលើជំងឺរបស់មនុស្ស និងការរុករកហ្សែនមុខងារលើលក្ខណៈស្មុគស្មាញនៃសត្វ ឬរុក្ខជាតិ។
-
លំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ
ភាពជឿនលឿនក្នុងការចាប់យកកោសិកាតែមួយ និងបច្ចេកទេសសាងសង់បណ្ណាល័យបុគ្គល រួមផ្សំជាមួយនឹងលំដាប់លំដោយខ្ពស់អនុញ្ញាតឱ្យការសិក្សាអំពីការបញ្ចេញហ្សែននៅលើមូលដ្ឋានកោសិកាដោយកោសិកា។វាអនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគប្រព័ន្ធកាន់តែស៊ីជម្រៅ និងពេញលេញលើចំនួនកោសិកាដែលស្មុគស្មាញ ដែលក្នុងនោះភាគច្រើនវាជៀសវាងការបិទបាំងភាពខុសធម្មតារបស់ពួកគេ ដោយយកជាមធ្យមនៃកោសិកាទាំងអស់។
ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ កោសិកាមួយចំនួនមិនសមស្របក្នុងការផលិតទៅជាការព្យួរកោសិកាតែមួយទេ ដូច្នេះវិធីសាស្ត្ររៀបចំគំរូផ្សេងទៀត - ការទាញយកស្នូលចេញពីជាលិកាគឺត្រូវការជាចាំបាច់ ពោលគឺស្នូលត្រូវបានស្រង់ចេញពីជាលិកា ឬកោសិកាដោយផ្ទាល់ ហើយរៀបចំទៅជាការព្យួរស្នូលតែមួយសម្រាប់តែមួយ។ លំដាប់កោសិកា។
BMK ផ្តល់សេវាលំដាប់ RNA កោសិកាតែមួយដែលមានមូលដ្ឋានលើ 10 × Genomics ChromiumTM ។សេវាកម្មនេះត្រូវបានគេប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការសិក្សាលើការសិក្សាទាក់ទងនឹងជំងឺ ដូចជា ភាពខុសគ្នានៃកោសិកាភាពស៊ាំ ភាពខុសគ្នានៃដុំសាច់ ការអភិវឌ្ឍន៍ជាលិកាជាដើម។
បន្ទះឈីបប្រតិចារឹកលំហ៖ 10 × ហ្សែន
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform
-
លំដាប់ហ្សែនរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វទាំងមូល
ការរៀបចំឡើងវិញនូវហ្សែនទាំងមូល ដែលត្រូវបានគេស្គាល់ថាជា WGS អនុញ្ញាតឱ្យបង្ហាញនូវការផ្លាស់ប្តូរទាំងធម្មតា និងកម្រនៅលើហ្សែនទាំងមូល រួមមាន Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ការបញ្ចូលការលុប (InDel) បំរែបំរួលរចនាសម្ព័ន្ធ (SV) និងបំរែបំរួលលេខចម្លង (CNV) )SVs បង្កើតបានជាផ្នែកធំនៃមូលដ្ឋានបំរែបំរួលជាង SNPs ហើយមានឥទ្ធិពលកាន់តែខ្លាំងលើហ្សែន ដែលមានឥទ្ធិពលយ៉ាងសំខាន់ទៅលើសារពាង្គកាយមានជីវិត។ការអានបន្តបន្ទាប់គ្នាយូរអនុញ្ញាតឱ្យកំណត់អត្តសញ្ញាណបំណែកធំ ៗ និងបំរែបំរួលដ៏ស្មុគស្មាញ ពីព្រោះការអានយូរធ្វើឱ្យវាកាន់តែងាយស្រួលក្នុងការឆ្លងកាត់ក្រូម៉ូសូមលើតំបន់ស្មុគស្មាញដូចជា ការនិយាយឡើងវិញ tandem តំបន់សម្បូរ GC/AT និងតំបន់ hyper-variable ។
វេទិកា៖ Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
ការរៀបចំលំហនៃកោសិកាដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងដំណើរការជីវសាស្រ្តផ្សេងៗ ដូចជាការជ្រៀតចូលនៃប្រព័ន្ធភាពស៊ាំ ការអភិវឌ្ឍន៍អំប្រ៊ីយ៉ុងជាដើម។ជាមួយនឹងការអភិវឌ្ឍន៍នៃបច្ចេកវិទ្យា ទម្រង់រូបវិទ្យានៃជាលិកាដែលច្បាស់លាស់បំផុត និងភាពខុសគ្នានៃរចនាសម្ព័ន្ធពិតប្រាកដនៃការបញ្ចេញមតិម៉ូលេគុលលំហ ចាំបាច់ត្រូវសិក្សាជាមួយនឹងគុណភាពបង្ហាញខ្ពស់។BMKGENE ផ្តល់សេវាកម្មធ្វើត្រាប់តាមលំហរ ដ៏ទូលំទូលាយមួយ ពីសំណាកគំរូ រហូតដល់ការយល់ដឹងអំពីជីវសាស្រ្ត។
បច្ចេកវិទ្យា spatial transcriptomics ផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ទស្សនៈប្រលោមលោកនៅក្នុងសង្វៀនស្រាវជ្រាវចម្រុះដោយការដោះស្រាយទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនជាមួយនឹងមាតិកាលំហនៅក្នុងគំរូផ្សេងៗគ្នា។
បន្ទះឈីបប្រតិចារឹកលំហ៖ BMKMANU S1000
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression គឺជាបច្ចេកវិជ្ជាលំដាប់លំដោយនៃការចម្លងតាមលំហសម្រាប់ចាត់ថ្នាក់ជាលិកាដោយផ្អែកលើ mRNA សរុប។ធ្វើផែនទីប្រតិចារិកទាំងមូលជាមួយនឹងបរិបទ morphological ដើម្បីស្វែងរកការយល់ដឹងប្រលោមលោកចំពោះការអភិវឌ្ឍន៍ធម្មតា រោគសាស្ត្រ និងការស្រាវជ្រាវការបកប្រែគ្លីនិក។BMKGENE ផ្តល់សេវាកម្មធ្វើត្រាប់តាមលំហរ ដ៏ទូលំទូលាយមួយ ពីសំណាកគំរូ រហូតដល់ការយល់ដឹងអំពីជីវសាស្រ្ត។
បច្ចេកវិទ្យា spatial transcriptomics ផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ទស្សនវិស័យប្រលោមលោកនៅក្នុងសង្វៀនស្រាវជ្រាវចម្រុះដោយការដោះស្រាយទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនជាមួយនឹងខ្លឹមសារនៃលំហនៅក្នុងគំរូផ្សេងៗគ្នា.
បន្ទះឈីបប្រតិចារឹកលំហ៖ 10x Genomics Visium
វេទិកា៖វេទិកា Illumina NovaSeq
-
ប្រវែងពេញ mRNA Sequencing-Nanopore
លំដាប់ RNA គឺជាឧបករណ៍ដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបានសម្រាប់ការវិភាគប្រតិចារិកដ៏ទូលំទូលាយ។ដោយមិនសង្ស័យ ការអានខ្លីៗតាមលំដាប់លំដោយ ទទួលបានការអភិវឌ្ឍន៍សំខាន់ៗជាច្រើននៅទីនេះ។ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ ជារឿយៗវាជួបប្រទះនឹងដែនកំណត់ក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណ isoform ប្រវែងពេញលេញ បរិមាណ ភាពលំអៀង PCR ។
Nanopore sequencing សម្គាល់ខ្លួនវាពីវេទិកាលំដាប់ផ្សេងទៀត ដែលក្នុងនោះ nucleotides ត្រូវបានអានដោយផ្ទាល់ដោយគ្មានការសំយោគ DNA និងបង្កើតការអានដ៏វែងនៅរាប់សិបគីឡូបៃ។នេះផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ការអានដោយផ្ទាល់ឆ្លងកាត់ប្រតិចារិកប្រវែងពេញ និងដោះស្រាយបញ្ហាប្រឈមក្នុងការសិក្សាកម្រិត isoform ។
វេទិកា:Nanopor PromethION
បណ្ណាល័យ៖cDNA-PCR
-
លំដាប់ mRNA ប្រវែងពេញ - PacBio
ដឺណូវ៉ូលំដាប់ប្រតិចារិកពេញប្រវែង ត្រូវបានគេស្គាល់ថាជាដឺណូវ៉ូIso-Seq ទាញយកអត្ថប្រយោជន៍នៃលំដាប់លំដោយ PacBio ក្នុងប្រវែងអាន ដែលអាចឱ្យការតម្រៀបនៃម៉ូលេគុល cDNA ប្រវែងពេញដោយមិនមានការបំបែកណាមួយឡើយ។នេះជៀសវាងទាំងស្រុងនូវកំហុសទាំងឡាយដែលបានបង្កើតនៅក្នុងជំហាននៃការដំឡើងប្រតិចារិក និងបង្កើតសំណុំ unigene ជាមួយនឹងដំណោះស្រាយកម្រិត isoform ។សំណុំ unigene នេះផ្តល់នូវព័ត៌មានហ្សែនដ៏មានឥទ្ធិពលជា "ហ្សែនយោង" នៅកម្រិតប្រតិចារិក។លើសពីនេះ ការរួមផ្សំជាមួយនឹងទិន្នន័យលំដាប់លំដោយជំនាន់ក្រោយ សេវាកម្មនេះផ្តល់អំណាចដល់បរិមាណត្រឹមត្រូវនៃការបញ្ចេញមតិកម្រិត isoform ។
វេទិកា៖ PacBio Sequel IIបណ្ណាល័យ៖ បណ្ណាល័យកណ្តឹង SMRT -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
mRNA sequencing អនុញ្ញាតឱ្យមានទម្រង់នៃ mRNAs ទាំងអស់ដែលបានចម្លងពីកោសិកាក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់។វាគឺជាបច្ចេកវិទ្យាដ៏មានអានុភាពសម្រាប់បង្ហាញទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែន រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន និងយន្តការម៉ូលេគុលនៃដំណើរការជីវសាស្រ្តមួយចំនួន។រហូតមកដល់បច្ចុប្បន្ន លំដាប់ mRNA ត្រូវបានប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវជាមូលដ្ឋាន ការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យគ្លីនិក ការអភិវឌ្ឍន៍ថ្នាំ ជាដើម។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq Platform
-
mRNA Sequencing-Illumina ផ្អែកលើមិនយោង
mRNA sequencing ទទួលយកបច្ចេកទេសលំដាប់ជំនាន់ក្រោយ (NGS) ដើម្បីចាប់យក messenger RNA (mRNA) បង្កើតជា Eukaryote នៅអំឡុងពេលជាក់លាក់ដែលមុខងារពិសេសមួយចំនួនកំពុងដំណើរការ។ការបំបែកប្រតិចារឹកវែងបំផុតត្រូវបានគេហៅថា 'Unigene' និងប្រើជាលំដាប់យោងសម្រាប់ការវិភាគជាបន្តបន្ទាប់ ដែលជាមធ្យោបាយដ៏មានប្រសិទ្ធភាពក្នុងការសិក្សាអំពីយន្តការម៉ូលេគុល និងបណ្តាញនិយតកម្មនៃប្រភេទសត្វដោយគ្មានឯកសារយោង។
បន្ទាប់ពីការផ្គុំទិន្នន័យប្រតិចារិក និងចំណារពន្យល់មុខងារ unigene
(1) ការវិភាគ SSR ការព្យាករណ៍ CDS និងរចនាសម្ព័ន្ធហ្សែននឹងត្រូវបានរៀបចំជាមុន។
(2) បរិមាណនៃកន្សោម unigene នៅក្នុងគំរូនីមួយៗនឹងត្រូវបានអនុវត្ត។
(3) unigenes ដែលបានបង្ហាញខុសគ្នារវាងគំរូ (ឬក្រុម) នឹងត្រូវបានរកឃើញដោយផ្អែកលើកន្សោម unigene
(4) ការចង្កោម ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការវិភាគពង្រឹងនៃ unigenes ដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែលនឹងត្រូវបានអនុវត្ត
-
ការមិនសរសេរកូដតាមលំដាប់លំដោយ-Illumina
RNAs ដែលមិនសរសេរកូដវែង (lncRNAs) គឺជាប្រភេទនៃម៉ូលេគុល RNA ដែលមានប្រវែងលើសពី 200 nt ដែលត្រូវបានកំណត់លក្ខណៈដោយសក្តានុពលសរសេរកូដទាបបំផុត។LncRNA ជាសមាជិកសំខាន់នៅក្នុង RNAs ដែលមិនសរសេរកូដ ត្រូវបានរកឃើញជាចម្បងនៅក្នុងស្នូល និងប្លាស្មា។ការអភិវឌ្ឍន៍នៃបច្ចេកវិទ្យាលំដាប់លំដោយ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា អនុញ្ញាតឱ្យកំណត់អត្តសញ្ញាណ LncRNAs ប្រលោមលោកជាច្រើន និងភ្ជាប់អ្នកដែលមានមុខងារជីវសាស្រ្ត។ភ័ស្តុតាងប្រមូលផ្តុំបង្ហាញថា lncRNA ត្រូវបានចូលរួមយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងបទប្បញ្ញត្តិ epigenetic បទបញ្ជាចម្លង និងបទប្បញ្ញត្តិក្រោយការចម្លង។
-
លំដាប់ RNA តូច-Illumina
RNA តូច សំដៅលើថ្នាក់នៃម៉ូលេគុល RNA ដែលមិនសរសេរកូដ ដែលជាធម្មតាមានប្រវែងតិចជាង 200nt រួមទាំង micro RNA (miRNA) តូច interference RNA (siRNA) និង piwi-interacting RNA (piRNA)។
MicroRNA (miRNA) គឺជាក្រុមនៃ RNA តូច endogenous ដែលមានប្រវែងប្រហែល 20-24nt ដែលដើរតួនាទីនិយតកម្មសំខាន់ៗជាច្រើននៅក្នុងកោសិកា។miRNA ពាក់ព័ន្ធនឹងដំណើរការជីវិតជាច្រើនដែលបង្ហាញជាលិកា - ជាក់លាក់ និងដំណាក់កាល - ការបង្ហាញជាក់លាក់ និងត្រូវបានអភិរក្សយ៉ាងខ្លាំងនៅក្នុងប្រភេទផ្សេងៗគ្នា។
-
លំដាប់ CircRNA-Illumina
CircRNAs (Circular RNAs) គឺជាថ្នាក់មួយនៃម៉ូលេគុល RNA ដែលមិនសរសេរកូដ ដែលខ្លីនៃ 5′ ចុងមួក និង 3′ ចុង poly(A) កន្ទុយ។CircRNAs អនុវត្តរចនាសម្ព័ន្ធរាងជារង្វង់ដោយចំណង covalent ដែលជាស្ថានភាពប្រឆាំងនឹងការរំលាយអាហារ RNA exonuclease ។circRNA ដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងការលូតលាស់ និងការអភិវឌ្ឍនៃសារពាង្គកាយ និងការតស៊ូរបស់ពួកគេចំពោះបរិស្ថានខាងក្រៅ។
CircRNA មានមុខងារជាច្រើន ដែលអាចប្រកួតប្រជែងគ្នាចង miRNA អនុវត្តមុខងារនិយតកម្មនៃ ceRNA ដើម្បីគ្រប់គ្រងការបញ្ចេញហ្សែន។ក្នុងរយៈពេលប៉ុន្មានឆ្នាំចុងក្រោយនេះ វាក៏ត្រូវបានគេរកឃើញថាវាទាក់ទងយ៉ាងជិតស្និទ្ធទៅនឹងការកើតឡើង និងការវិវត្តនៃជំងឺ ហើយមានការរំពឹងទុកនៃការអនុវត្តដ៏អស្ចារ្យក្នុងទិសដៅនៃសញ្ញាសម្គាល់រោគវិនិច្ឆ័យជំងឺជាដើម។
