mRNA Sequencing-Illumina ផ្អែកលើមិនយោង
លក្ខណៈពិសេស
● ឯករាជ្យនៃហ្សែនយោងណាមួយ
● ទិន្នន័យអាចត្រូវបានប្រើប្រាស់ដើម្បីវិភាគរចនាសម្ព័ន្ធ និងការបញ្ចេញមតិនៃប្រតិចារិក
● កំណត់ទីតាំងច្រឹបអថេរ
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
● ការផ្តល់លទ្ធផលផ្អែកលើ BMKCloud៖ លទ្ធផលត្រូវបានបញ្ជូនជាឯកសារទិន្នន័យ និងរបាយការណ៍អន្តរកម្មតាមរយៈវេទិកា BMKCloud ដែលអនុញ្ញាតឱ្យអ្នកប្រើប្រាស់អានលទ្ធផលនៃការវិភាគស្មុគ្រស្មាញ និងការរុករកទិន្នន័យតាមតម្រូវការដោយផ្អែកលើការវិភាគជីវព័ត៌មានស្តង់ដារ។
● សេវាកម្មក្រោយពេលលក់៖ សេវាកម្មក្រោយពេលលក់មានសុពលភាពរយៈពេល 3 ខែនៅពេលបញ្ចប់គម្រោង រួមទាំងការតាមដានគម្រោង ការដោះស្រាយបញ្ហា លទ្ធផលសំណួរ និងចម្លើយ។ល។
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
តម្រូវការគំរូ៖
នុយក្លេអូទីត៖
| Conc.(ng/μl) | បរិមាណ (μg) | ភាពបរិសុទ្ធ | សុចរិតភាព |
| ≥ ២០ | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 មានកំណត់ ឬគ្មានការចម្លងរោគ DNA បង្ហាញនៅលើជែល។ | សម្រាប់រុក្ខជាតិ៖ RIN≥6.5; សម្រាប់សត្វ៖ RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; កម្រិតមូលដ្ឋាន ឬគ្មានការលើកឡើង |
ជាលិកា៖ ទំងន់ (ស្ងួត)៖ ≥1 ក្រាម។
*សម្រាប់ជាលិកាដែលតូចជាង 5mg យើងសូមណែនាំឱ្យផ្ញើគំរូជាលិកាដែលកក (ក្នុងអាសូតរាវ) flash ។
ការផ្អាកកោសិកា៖ ចំនួនកោសិកា = 3 × 107
* យើងសូមផ្តល់អនុសាសន៍ឱ្យដឹកជញ្ជូន lysate កោសិកាទឹកកក។ក្នុងករណីដែលក្រឡានោះតូចជាង 5 × 105, flash បង្កកក្នុងអាសូតរាវត្រូវបានណែនាំ។
គំរូឈាម៖
PA × ហ្សែនBloodRNATube;
6 mLTRIzol និង 2mL ឈាម (TRIzol: ឈាម = 3: 1)
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ៖
បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ (ក្រដាសសំណប៉ាហាំងមិនត្រូវបានណែនាំទេ)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ ក្រុម + ចម្លងឧទាហរណ៍ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......
ការដឹកជញ្ជូន៖
1.Dry-ice: គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
2.RNAstable tubes: សំណាក RNA អាចត្រូវបានសម្ងួតនៅក្នុងបំពង់ស្ថេរភាព RNA (ឧទាហរណ៍ RNAstable®) និងដឹកជញ្ជូនក្នុងសីតុណ្ហភាពបន្ទប់។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការចែកចាយគំរូ
ការទាញយក RNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
ជីវព័ត៌មានវិទ្យា
1.mRNA(denovo) គោលការណ៍នៃសភា
តាមព្រះត្រីឯក ការអានត្រូវបានបែងចែកទៅជាបំណែកតូចៗ ដែលត្រូវបានគេស្គាល់ថា K-mer ។K-mers ទាំងនេះបន្ទាប់មកត្រូវបានគេប្រើជាគ្រាប់ពូជដើម្បីពង្រីកចូលទៅក្នុង contigs ហើយបន្ទាប់មកសមាសភាគដោយផ្អែកលើ contig overlaps ។ជាចុងក្រោយ De Bruijn ត្រូវបានអនុវត្តនៅទីនេះ ដើម្បីទទួលស្គាល់ប្រតិចារិកនៅក្នុងសមាសធាតុ។
mRNA (De novo) ទិដ្ឋភាពទូទៅនៃព្រះត្រីឯក
2.mRNA (De novo) ការចែកចាយកម្រិតហ្សែន
RNA-Seq អាចសម្រេចបាននូវការប៉ាន់ស្មានដ៏រសើបខ្លាំងនៃការបញ្ចេញហ្សែន។ជាធម្មតា ជួរដែលអាចរកឃើញនៃការបញ្ចេញមតិ FPKM មានចាប់ពី 10^-2 ដល់ 10^6
mRNA (De novo) ការចែកចាយដង់ស៊ីតេ FPKM ក្នុងគំរូនីមួយៗ
3.mRNA (De novo) GO Enrichment Analysis of DEGs
មូលដ្ឋានទិន្នន័យ GO (Gene Ontology) គឺជាប្រព័ន្ធចំណារពន្យល់ជីវសាស្រ្តដែលមានរចនាសម្ព័ន្ធដែលមានវាក្យសព្ទស្តង់ដារនៃមុខងារហ្សែន និងផលិតផលហ្សែន។វាមានច្រើនកម្រិត ដែលកម្រិតទាបជាងនេះ មុខងារកាន់តែជាក់លាក់។
mRNA (De novo) GO ចាត់ថ្នាក់នៃ DEGs នៅកម្រិតទីពីរ
ករណី BMK
ការវិភាគប្រតិចារិកនៃការរំលាយអាហារ Sucrose អំឡុងពេលហើមអំពូល និងការអភិវឌ្ឍន៍ក្នុងខ្ទឹមបារាំង (Allium cepa L.)
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ ព្រំដែននៃវិទ្យាសាស្ត្ររុក្ខជាតិឆ្នាំ ២០១៦
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប
Illumina HiSeq2500
ការប្រមូលគំរូ
ពូជ Utah Yellow Sweet Spain “Y1351” ត្រូវបានប្រើក្នុងការសិក្សានេះ។ចំនួនសំណាកដែលប្រមូលបានគឺ
ថ្ងៃទី 15 បន្ទាប់ពីការហើម (DAS) នៃអំពូល (អង្កត់ផ្ចិត 2 សង់ទីម៉ែត្រនិងទម្ងន់ 3-4 ក្រាម) DAS ទី 30 (អង្កត់ផ្ចិត 5 សង់ទីម៉ែត្រនិងទម្ងន់ 100-110 ក្រាម) និង∼3 នៅលើ DAS ទី 40 (អង្កត់ផ្ចិត 7 សង់ទីម៉ែត្រនិង 260-300 ក្រាម) ។
លទ្ធផលសំខាន់
1. នៅក្នុងដ្យាក្រាម Venn សរុបចំនួន 146 DEGs ត្រូវបានរកឃើញនៅទូទាំងបីគូនៃដំណាក់កាលអភិវឌ្ឍន៍
2.“ការដឹកជញ្ជូនកាបូអ៊ីដ្រាត និងការរំលាយអាហារ” ត្រូវបានតំណាងដោយតែ 585 unigenes (ពោលគឺ 7% នៃ COG ដែលមានកំណត់ចំណាំ)។
3.Unigenes បានកត់សម្គាល់ដោយជោគជ័យលើមូលដ្ឋានទិន្នន័យ GO ត្រូវបានចាត់ថ្នាក់ជាបីប្រភេទសំខាន់ៗសម្រាប់ដំណាក់កាលបីផ្សេងគ្នានៃការអភិវឌ្ឍន៍អំពូល។ភាគច្រើនតំណាងនៅក្នុង "ដំណើរការជីវសាស្រ្ត" ប្រភេទចម្បងគឺ "ដំណើរការមេតាប៉ូលីស" បន្ទាប់មក "ដំណើរការកោសិកា" ។នៅក្នុងប្រភេទចម្បងនៃ "មុខងារម៉ូលេគុល" ប្រភេទពីរដែលតំណាងភាគច្រើនគឺ "ការចង" និង "សកម្មភាពកាតាលីករ" ។
 អ៊ីស្តូក្រាមនៃការចាត់ថ្នាក់នៃក្រុម orthologous (COG) |  អ៊ីស្តូក្រាមនៃហ្សែន ontology (GO) ចាត់ថ្នាក់សម្រាប់ unigenes ដែលបានមកពីអំពូលនៅក្នុងដំណាក់កាលអភិវឌ្ឍន៍បី |
 ដ្យាក្រាម Venn បង្ហាញពីហ្សែនដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែលនៅក្នុងដំណាក់កាលពីរនៃការអភិវឌ្ឍន៍អំពូលខ្ទឹមបារាំង |
ឯកសារយោង
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al ។ការវិភាគប្រតិចារិកនៃការរំលាយអាហារ Sucrose អំឡុងពេលការហើមអំពូល និងការអភិវឌ្ឍន៍ក្នុងខ្ទឹមបារាំង (Allium cepa L.)[J] ។Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-។DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
