ការធ្វើលំដាប់ mRNA ដែលផ្អែកលើមូលដ្ឋានមិនយោង-NGS
លក្ខណៈពិសេស
● ការចាប់យក poly mRNA មុនពេលរៀបចំបណ្ណាល័យ
● ឯករាជ្យពីហ្សែនយោងណាមួយ៖ ផ្អែកលើការផ្គុំប្រតិចារិកថ្មី ដោយបង្កើតបញ្ជីនៃហ្សែនតែមួយដែលត្រូវបានបញ្ចូលជាមួយមូលដ្ឋានទិន្នន័យច្រើន (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● ការវិភាគជីវព័ត៌មានដ៏ទូលំទូលាយនៃការបញ្ចេញហ្សែន និងរចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិក
គុណសម្បត្តិសេវាកម្ម
●ជំនាញទូលំទូលាយដោយមានកំណត់ត្រានៃការដំណើរការសំណាកជាង ៦០០,០០០ នៅ BMKGENE ដែលគ្របដណ្តប់លើប្រភេទសំណាកចម្រុះដូចជា ការដាំដុះកោសិកា ជាលិកា និងសារធាតុរាវក្នុងរាងកាយ ក្រុមការងាររបស់យើងនាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាច្រើនដល់គម្រោងនីមួយៗ។ យើងបានបិទគម្រោង mRNA-Seq ជាង ១០០,០០០ ដោយជោគជ័យនៅក្នុងវិស័យស្រាវជ្រាវផ្សេងៗ។
●ការគ្រប់គ្រងគុណភាពយ៉ាងម៉ត់ចត់យើងអនុវត្តចំណុចត្រួតពិនិត្យស្នូលនៅគ្រប់ដំណាក់កាលទាំងអស់ ចាប់ពីការរៀបចំគំរូ និងបណ្ណាល័យ រហូតដល់ការចាត់ថ្នាក់ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា។ ការត្រួតពិនិត្យយ៉ាងល្អិតល្អន់នេះធានានូវការផ្តល់លទ្ធផលដែលមានគុណភាពខ្ពស់ជាប់លាប់។
● ចំណារពន្យល់ដ៏ទូលំទូលាយ៖ យើងប្រើប្រាស់មូលដ្ឋានទិន្នន័យច្រើនដើម្បីដាក់ចំណារពន្យល់មុខងារលើហ្សែនដែលបង្ហាញខុសគ្នា (DEGs) និងអនុវត្តការវិភាគបង្កើនប្រសិទ្ធភាពដែលត្រូវគ្នា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីដំណើរការកោសិកា និងម៉ូលេគុលដែលជាមូលដ្ឋាននៃការឆ្លើយតបប្រតិចារិក។
●ការគាំទ្រក្រោយពេលលក់៖ ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងលាតសន្ធឹងលើសពីការបញ្ចប់គម្រោងជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយពេលលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គសំណួរ និងចម្លើយ ដើម្បីដោះស្រាយសំណួរណាមួយដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
| បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្ររៀបលំដាប់ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការគ្រប់គ្រងគុណភាព |
| សម្បូរទៅដោយ Poly A | អ៊ីលមូណា PE150 DNBSEQ-T7 | ៦-១០ ជីកាបៃ | Q30≥85% |
តម្រូវការគំរូ៖
នុយក្លេអូទីត៖
| កំហាប់ (ng/μl) | បរិមាណ (μg) | ភាពបរិសុទ្ធ | ភាពស្មោះត្រង់ |
| ≥ ១០ | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ការចម្លងរោគប្រូតេអ៊ីន ឬ DNA មានកម្រិត ឬគ្មានការបង្ហាញនៅលើជែល។ | សម្រាប់រុក្ខជាតិ៖ RIN≥4.0; សម្រាប់សត្វ៖ RIN≥4.5; ៥.០≥២៨S/១៨S≥១.០; កម្ពស់មូលដ្ឋានមានកំណត់ ឬគ្មាន |
● រុក្ខជាតិ៖
ឫស ដើម ឬ ផ្កា៖ ៤៥០ មីលីក្រាម
ស្លឹក ឬ គ្រាប់៖ ៣០០ មីលីក្រាម
ផ្លែឈើ៖ ១,២ ក្រាម
● សត្វ៖
បេះដូង ឬ ពោះវៀន៖ ៣០០ មីលីក្រាម
សរីរាង្គខាងក្នុង ឬខួរក្បាល៖ ២៤០ មីលីក្រាម
សាច់ដុំ៖ ៤៥០ មីលីក្រាម
ឆ្អឹង សក់ ឬស្បែក៖ ១ក្រាម
● សត្វអសិរពិស៖
សត្វល្អិត៖ ៦ក្រាម
សត្វក្រៀល៖ ៣០០ មីលីក្រាម
● ឈាមសុទ្ធ: បំពង់ចំនួន ១
● កោសិកា៖ 106 កោសិកា
ការដឹកជញ្ជូនគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ៖ បំពង់បង្វិលចំណុះ 2 មីលីលីត្រ (មិនណែនាំឱ្យប្រើក្រដាសអាលុយមីញ៉ូមទេ)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ ក្រុម + ចម្លង ឧ. A1, A2, A3; B1, B2, B3។
ការដឹកជញ្ជូន៖
១. ទឹកកកស្ងួត៖ សំណាកត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
២. បំពង់ RNAstable៖ គំរូ RNA អាចត្រូវបានសម្ងួតក្នុងបំពង់ស្ថេរភាព RNA (ឧ. RNAstable®) ហើយដឹកជញ្ជូននៅសីតុណ្ហភាពបន្ទប់។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការដឹកជញ្ជូនគំរូ
ការស្រង់ចេញ RNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
ការរៀបចំលំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
ជីវព័ត៌មានវិទ្យា
ការផ្គុំប្រតិចារិក និងការជ្រើសរើសហ្សែនតែមួយ
ចំណារពន្យល់ Unigene
ទំនាក់ទំនងគំរូ និងការវាយតម្លៃនៃការចម្លងជីវសាស្រ្ត
ហ្សែនដែលបង្ហាញខុសគ្នា (DEGs)
ចំណារពន្យល់មុខងាររបស់ DEGs
ការបង្កើនមុខងាររបស់ DEGs
ស្វែងយល់ពីវឌ្ឍនភាពដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មលំដាប់ mRNA eukaryotic NGS របស់ BMKGene តាមរយៈការប្រមូលផ្ដុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយដែលបានរៀបចំយ៉ាងល្អ។
Shen, F. et al. (2020) 'ការផ្គុំប្រតិចារិក De novo និងការបញ្ចេញហ្សែនដែលលំអៀងទៅតាមភេទនៅក្នុងក្រពេញភេទរបស់ត្រី Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), ទំព័រ 2603–2614។ doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026។
Zhang, C. et al. (2016) 'ការវិភាគប្រតិចារិកនៃការរំលាយអាហារស្ករសអំឡុងពេលហើមអំពូល និងការអភិវឌ្ឍនៅក្នុងខ្ទឹមបារាំង (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(September), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'ការផ្គុំថ្មី ការកំណត់លក្ខណៈ និងចំណារពន្យល់សម្រាប់ប្រតិចារិកនៃ Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966។
Zou, L. et al. (2021) 'ការវិភាគប្រតិចារិក De novo ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីការអត់ធ្មត់ជាតិប្រៃរបស់ Podocarpus macrophyllus ក្រោមភាពតានតឹងជាតិប្រៃ', BMC Plant Biology, 21(1), ទំព័រ 1–17។ doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9។
