ការរៀបលំដាប់ហ្សែនទាំងមូលរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វ
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
ដឺ ណូវ៉ូ
បច្ចេកទេសនេះមានប្រយោជន៍ជាពិសេសជាមួយនឹងហ្សែនដែលប្រឈមនឹងបញ្ហា ដូចជាហ្សែនដែលមានកម្រិតខ្ពស់នៃភាពខុសគ្នានៃហ្សែន តំបន់ដដែលៗ ហ្សែនប៉ូលីប៉ូឡូអ៊ីដ មាតិកា CG មិនប្រក្រតីជាដើម។
ដំណោះស្រាយតែមួយកន្លែងរបស់យើងផ្តល់សេវាស៊ីក្វេនរួមបញ្ចូលគ្នា និងការវិភាគជីវព័ត៌មានដែលផ្តល់នូវហ្សែនដែលបានផ្គុំឡើងវិញដែលមានគុណភាពខ្ពស់។ ការស្ទង់មតិហ្សែនដំបូងជាមួយ Illumina ផ្តល់នូវការប៉ាន់ស្មានទំហំ និងភាពស្មុគស្មាញនៃហ្សែន ហើយព័ត៌មាននេះត្រូវបានប្រើដើម្បីណែនាំជំហានបន្ទាប់នៃស៊ីក្វេនដែលបានអានយូរជាមួយ PacBio HiFi បន្ទាប់មកដោយដឺ ណូវ៉ូការផ្គុំនៃ contigs។ ការប្រើប្រាស់ជាបន្តបន្ទាប់នៃការផ្គុំ HiC អាចឱ្យមានការភ្ជាប់ contigs ទៅនឹងហ្សែន ដោយទទួលបានការផ្គុំកម្រិតក្រូម៉ូសូម។ ជាចុងក្រោយ ហ្សែនត្រូវបានបញ្ជាក់ដោយការទស្សន៍ទាយហ្សែន និងដោយការរៀបលំដាប់ហ្សែនដែលបានបង្ហាញ ដោយងាកទៅរក transcriptomes ជាមួយនឹងការអានខ្លី និងវែង។
-- ការរួមបញ្ចូលសេវាកម្មស៊ីក្វេនច្រើន និងជីវព័ត៌មានក្នុងដំណោះស្រាយតែមួយកន្លែងសេវាកម្មសមស្របសម្រាប់ប្រលោមលោកសាងសង់
-- ហ្សែន ឬការកែលម្អហ្សែនយោងដែលមានស្រាប់សម្រាប់ប្រភេទសត្វដែលចាប់អារម្មណ៍។
ការរៀបលំដាប់ឡើងវិញ
-- ការរៀបចំបណ្ណាល័យអាចជាស្តង់ដារ ឬមិនប្រើ PCR
-- មាននៅក្នុងវេទិកាសម្រាប់ធ្វើលំដាប់ហ្សែនចំនួន ៤៖ Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ឬ PacBio Revio។
-- ការវិភាគជីវព័ត៌មានវិទ្យាផ្តោតលើការហៅវ៉ារ្យ៉ង់៖ SNP, InDel, SV និង CNV
គុណសម្បត្តិសេវាកម្ម
●ជំនាញទូលំទូលាយ និងកំណត់ត្រាបោះពុម្ពផ្សាយ: សម្រាប់ដឺ ណូវ៉ូតាមរយៈសេវាកម្មផ្សេងៗ យើងខ្ញុំបានប្រមូលផ្តុំបទពិសោធន៍យ៉ាងច្រើនក្នុងការផ្គុំហ្សែនដែលមានគុណភាពខ្ពស់នៃប្រភេទសត្វចម្រុះ រួមទាំងហ្សែនឌីប្លូអ៊ីដ និងហ្សែនស្មុគស្មាញខ្ពស់នៃប្រភេទសត្វប៉ូលីប្លូអ៊ីដ និងអាឡូប៉ូលីប្លូអ៊ីដ។ ចាប់តាំងពីឆ្នាំ ២០១៨ យើងខ្ញុំបានចូលរួមចំណែកក្នុងការបោះពុម្ពផ្សាយដែលមានឥទ្ធិពលខ្ពស់ជាង ៣០០ ហើយជាង ២០ ក្នុងចំណោមនោះត្រូវបានបោះពុម្ពផ្សាយនៅក្នុង Nature Genetics។ លើការធ្វើលំដាប់ហ្សែនឡើងវិញ យើងបានប្រមូលផ្តុំប្រភេទសត្វជាង 1000 ប្រភេទ ដែលបណ្តាលឱ្យមានករណីបោះពុម្ពផ្សាយជាង 1000 ករណី ជាមួយនឹងកត្តាផលប៉ះពាល់សរុបជាង 5000។
●ដំណោះស្រាយតែមួយកន្លែង: បើកដឺ ណូវ៉ូក្នុងការធ្វើស៊ីក្វេនហ្សែន វិធីសាស្ត្ររួមបញ្ចូលគ្នារបស់យើងបញ្ចូលគ្នានូវបច្ចេកវិទ្យាស៊ីក្វេនច្រើន និងការវិភាគជីវព័ត៌មានទៅជាលំហូរការងារដ៏ស៊ីសង្វាក់គ្នា ដោយផ្តល់នូវហ្សែនដែលបានផ្គុំឡើងដែលមានគុណភាពខ្ពស់។
●កែសម្រួលតាមតម្រូវការរបស់អ្នក៖ លំហូរការងារសេវាកម្មរបស់យើងអាចប្ដូរតាមបំណងបាន ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការសម្របខ្លួនសម្រាប់ហ្សែនដែលមានលក្ខណៈពិសេសចម្រុះ និងតម្រូវការស្រាវជ្រាវជាក់លាក់។
●ក្រុមជីវព័ត៌មានវិទ្យា និងមន្ទីរពិសោធន៍ដែលមានជំនាញខ្ពស់: ថាតើវាសម្រាប់ដឺ ណូវ៉ូក្នុងការធ្វើលំដាប់ហ្សែន ឬការធ្វើលំដាប់ហ្សែនឡើងវិញ ក្រុមរបស់យើងមានឧបករណ៍ និងចំណេះដឹងដ៏មានជំនាញមួយឈុតដើម្បីធានាបាននូវភាពជោគជ័យនៃគម្រោង។ នេះអាចត្រូវបានបញ្ជាក់ដោយស៊េរីនៃប៉ាតង់ និងការរក្សាសិទ្ធិផ្នែកទន់ដែលពួកគេបានបង្កើត។
● ការគាំទ្រក្រោយពេលលក់៖ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងលាតសន្ធឹងលើសពីការបញ្ចប់គម្រោងជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយពេលលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គសំណួរ និងចម្លើយ ដើម្បីដោះស្រាយសំណួរណាមួយដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
●ការវិភាគជីវព័ត៌មានវិទ្យាដ៏ទូលំទូលាយ៖ រួមទាំងការហៅបំរែបំរួល និងចំណារពន្យល់អនុគមន៍។
●ចំណារពន្យល់ដ៏ទូលំទូលាយសម្រាប់លំដាប់លំដោយយើងប្រើប្រាស់មូលដ្ឋានទិន្នន័យច្រើនដើម្បីដាក់ចំណារពន្យល់មុខងារលើហ្សែនជាមួយនឹងបំរែបំរួលដែលបានកំណត់ និងអនុវត្តការវិភាគបង្កើនប្រសិទ្ធភាពដែលត្រូវគ្នា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីគម្រោងស្រាវជ្រាវរបស់អ្នក។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសសេវាកម្ម
| វ៉ារ្យ៉ង់ដែលត្រូវកំណត់អត្តសញ្ញាណ | យុទ្ធសាស្ត្ររៀបលំដាប់ | ជម្រៅដែលបានណែនាំ |
| SNP និង InDel | អ៊ីលូមីណា NovaSeq PE150 ឬ MGI T7 | ១០ដង |
| SV និង CNV (មិនសូវត្រឹមត្រូវ) | ៣០ដង | |
| SV និង CNV (ត្រឹមត្រូវជាង) | ណាណូប៉ូរ ព្រុម ភី៤៨ | ២០ដង |
| SNPs, Indels, SV និង CNV | PacBio Revio | ១០ដង |
តម្រូវការគំរូ
| អាស៊ីតនុយក្លេអ៊ីក ឬអាស៊ីតដែលស្រង់ចេញពីជាលិកា | អ៊ីលមូណា/អឹមជីអាយ | ណាណូប៉ូរ (បណ្ណាល័យ ៨ គីប) | PacBio (បណ្ណាល័យ 15 Kb)
| ||
| សរីរាង្គខាងក្នុងសត្វ | ≥ 0.2 ក្រាម | ≥ 0.5 ក្រាម | ≥ 1 ក្រាម
| ||
| សាច់ដុំសត្វ | |||||
| ឈាមថនិកសត្វ | ≥ 0.3 មីលីលីត្រ | ≥ 0.5 មីលីលីត្រ
| ≥ 1 មីលីលីត្រ
| ||
| ឈាមសត្វស្លាប/ឈាមត្រី | ≥ 0.05 មីលីលីត្រ | ≥ 0.1 មីលីលីត្រ
| ≥ 0.1 មីលីលីត្រ
| ||
| រុក្ខជាតិ - ស្លឹកស្រស់ | ≥ 0.5 ក្រាម | ≥ 1 ក្រាម
| ≥ 2 ក្រាម
| ||
| កោសិកាដែលបានដាំដុះ | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| ជាលិកាទន់សត្វល្អិត/បុគ្គល | ≥ 0.2 ក្រាម | ≥ 0.3 ក្រាម
| ≥ 1 ក្រាម
| ||
| សារពាង្គកាយក្នុងទឹក - ជាលិកាសាច់ដុំ | ≥ 0.3 ក្រាម | ≥ 1 ក្រាម | ≥ 1.5 ក្រាម | ||
| សារពាង្គកាយក្នុងទឹក - សារាយ | ≥ 0.5 ក្រាម | ≥ 1.5 ក្រាម | ≥ 3 ក្រាម | ||
| ឌីអិនអេដែលបានស្រង់ចេញ
| កំហាប់៖ ≥ 1 ng/µL បរិមាណ៖ ≥ 30 ng មានកម្រិត ឬគ្មានការរិចរិល ឬការបំពុល
| កំហាប់ ចំនួនទឹកប្រាក់
OD260/280
OD260/230
មានកម្រិត ឬគ្មានការរិចរិល ឬការបំពុល
| ≥ ៤០ ណាណូក្រាម/មីក្រូលីត្រ 2 µg/ក្រឡាលំហូរ/គំរូ
១.៧ - ២.២
១.៥ - ៣.០ | កំហាប់ ចំនួនទឹកប្រាក់
OD260/280
OD260/230
មានកម្រិត ឬគ្មានការរិចរិល ឬការបំពុល | ≥ 50 ng/µL ៨ µg/ក្រឡាលំហូរ/គំរូ
១.៧ - ២.២
១.៨ - ២.៥ |
| ការរៀបចំបណ្ណាល័យដោយមិនប្រើ PCR៖ កំហាប់ ≥ 40 ng/µL បរិមាណ ≥ 500 ng | |||||
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការដឹកជញ្ជូនគំរូ
ការស្រង់ចេញ DNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
ការរៀបចំលំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
ការដឹកជញ្ជូនទិន្នន័យ
ដឺ ណូវ៉ូបំពង់បង្ហូរជីវព័ត៌មានវិទ្យា
ប្រសិនបើអ្នកចង់ឃើញទិដ្ឋភាពទូទៅនៃបំពង់ផ្សេងៗគ្នារបស់យើងសម្រាប់ការផ្គុំ៖
ការវិភាគជីវព័ត៌មានពេញលេញ ដែលបែងចែកជា ៤ ជំហាន៖
១. ការស្ទង់មតិហ្សែន ដោយផ្អែកលើការវិភាគ k-mer ជាមួយនឹងការអាន NGS។វានឹងផ្តល់ឱ្យយើងនូវព័ត៌មានអំពី៖
- ការប៉ាន់ស្មានទំហំហ្សែន
- ការប៉ាន់ស្មាននៃភាពមិនដូចគ្នានៃហ្សែន
- ការប៉ាន់ស្មានតំបន់ដដែលៗ
2. ការផ្គុំហ្សែនជាមួយ PacBio HiFi។ការប្រើប្រាស់ការអានវែងៗនឹងផ្តល់ឱ្យយើងនូវ៖
- ដឺ ណូវ៉ូការផ្គុំ
- ការវាយតម្លៃការផ្គុំ៖ រួមទាំងការវិភាគ BUSCO សម្រាប់ភាពពេញលេញនៃហ្សែន និងការគូសផែនទីខាងក្រោយនៃការអាន NGS និង PacBio HiFi
៣. ការផ្គុំ Hi-C ។នៅពេលដែលយើងមានការផ្គុំរួចរាល់ ការមានព័ត៌មានអំពីរចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន 3D នឹងធ្វើឱ្យចំណេះដឹងកាន់តែស៊ីជម្រៅ និងពង្រឹងហ្សែនយោងដែលយើងកំពុងសាងសង់។
- ការគ្រប់គ្រងគុណភាពបណ្ណាល័យ Hi-C ដើម្បីប៉ាន់ស្មានអន្តរកម្ម Hi-C ដែលមានសុពលភាព។
- ការផ្គុំ Hi-C។ យើងនឹងធ្វើការដាក់ជាក្រុមនៃ contig បន្ទាប់មកដោយការរៀបចំ contig នៅក្នុងក្រុមនីមួយៗ និងកំណត់ទិសដៅ contig។
- ការវាយតម្លៃ Hi-C
៤. ចំណារពន្យល់ហ្សែន៖
- ការព្យាករណ៍ RNA ដែលមិនអ៊ិនកូដ
- ការកំណត់អត្តសញ្ញាណលំដាប់ដដែលៗ (transposons និង tandem repeats)
- ការព្យាករណ៍ហ្សែន
- ដឺ ណូវ៉ូក្បួនដោះស្រាយ ab initio
- ផ្អែកលើភាពស្រដៀងគ្នា
- ផ្អែកលើប្រតិចារិក ជាមួយនឹងការអានវែង និងខ្លី៖ ការអានគឺដឺ ណូវ៉ូបានផ្គុំ ឬគូសផែនទីទៅនឹងពង្រាងហ្សែន
- ចំណារពន្យល់នៃហ្សែនដែលបានព្យាករណ៍ជាមួយមូលដ្ឋានទិន្នន័យច្រើន។
ការរៀបលំដាប់ឡើងវិញបំពង់បង្ហូរជីវព័ត៌មានវិទ្យា
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោម៖
- ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
- ស្ថិតិនៃការតម្រឹមទៅនឹងហ្សែនយោង
- ការកំណត់អត្តសញ្ញាណបំរែបំរួល៖ SNP, InDel, SV និង CNV
- ចំណារពន្យល់មុខងារនៃវ៉ារ្យ៉ង់
ស្ថិតិនៃការតម្រឹមទៅនឹងហ្សែនយោង - ការចែកចាយជម្រៅនៃការធ្វើលំដាប់
ការហៅ SNP ក្នុងចំណោមគំរូច្រើន
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ InDel – ស្ថិតិនៃប្រវែង InDel នៅក្នុងតំបន់ CDS និងតំបន់ទូទាំងហ្សែន
ការចែកចាយវ៉ារ្យ៉ង់នៅទូទាំងហ្សែន - គ្រោង Circos
ការកំណត់ចំណាំមុខងារនៃហ្សែនដែលមានវ៉ារ្យ៉ង់ដែលបានកំណត់ – ហ្សែនវិទ្យា
Chai, Q. et al. (2023) 'គ្លូតាធីយ៉ូន S-transferase GhTT19 កំណត់សារធាតុពណ៌ផ្កាតាមរយៈការគ្រប់គ្រងការប្រមូលផ្តុំអាន់តូស៊ីយ៉ានីននៅក្នុងកប្បាស',ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិ, 21(2), ទំ។ 433. doi: 10.1111/PBI.13965 ។
Cheng, H. et al. (2023) 'ហ្សែន Hevea brasiliensis ព្រៃកម្រិតក្រូម៉ូសូមផ្តល់នូវឧបករណ៍ថ្មីសម្រាប់ការបង្កាត់ពូជដែលមានជំនួយពីហ្សែន និងទីតាំងដ៏មានតម្លៃដើម្បីបង្កើនទិន្នផលកៅស៊ូ',ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិ, 21(5), ទំព័រ 1058–1072។ doi: 10.1111/PBI.14018។
Li, C. et al. (2021) 'លំដាប់ហ្សែនបង្ហាញពីផ្លូវរីករាលដាលទូទាំងពិភពលោក និងបង្ហាញពីការសម្របខ្លួនហ្សែនបញ្ចូលគ្នានៅក្នុងការវិវត្តន៍របស់សេះសមុទ្រ',ការទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ, 12(1)។ ដូយ៖ 10.1038/S41467-021-21379-X។
Li, Y. et al. (2023) 'ការផ្លាស់ប្តូរក្រូម៉ូសូមទ្រង់ទ្រាយធំនាំឱ្យមានការផ្លាស់ប្តូរការបញ្ចេញមតិកម្រិតហ្សែន ការសម្របខ្លួនទៅនឹងបរិស្ថាន និងការបង្កើតពូជសាសន៍នៅក្នុងហ្សែន Gayal (Bos frontalis)',ជីវវិទ្យាម៉ូលេគុល និងវិវត្តន៍, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006 ។
Tian, T. et al. (2023) 'ការផ្គុំហ្សែន និងការវិភាគហ្សែននៃហ្សែនពោតដែលធន់នឹងគ្រោះរាំងស្ងួតដ៏លេចធ្លោមួយ',ពន្ធុវិទ្យាធម្មជាតិ ឆ្នាំ២០២៣៥៥:៣, ៥៥(៣), ទំព័រ ៤៩៦–៥០៦។ doi: 10.1038/s41588-023-01297-y ។
Zhang, F. et al. (2023) 'បង្ហាញពីការវិវត្តន៍នៃជីវសំយោគអាល់កាឡូអ៊ីតត្រូផេនដោយវិភាគហ្សែនពីរនៅក្នុងគ្រួសារ Solanaceae',ការទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ2023 14:1, 14(1), ទំព័រ 1–18។ doi: 10.1038/s41467-023-37133-4។
Zeng, T. et al. (2022) 'ការវិភាគអំពីការផ្លាស់ប្តូរហ្សែន និងមេទីឡាស្យុងនៅក្នុងមាន់ជនជាតិដើមភាគតិចចិនតាមពេលវេលាផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីការអភិរក្សប្រភេទសត្វ',ជីវវិទ្យាទំនាក់ទំនង, 5(1), ទំព័រ 1–12។ doi: 10.1038/s42003-022-03907-7។
ករណីសិក្សាដ៏លំបាក៖
ការផ្គុំពីតេឡូមែរទៅតេឡូមែរ៖Fu, A. et al. (2023) 'ការផ្គុំហ្សែន Telomere-to-telomere នៃផ្លែឪឡឹកជូរចត់ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) បង្ហាញពីការអភិវឌ្ឍផ្លែឈើ សមាសភាព និងលក្ខណៈហ្សែនទុំ',ការស្រាវជ្រាវផ្នែកសួនច្បារ, ១០(១). doi: 10.1093/HR/UHAC228។
ការផ្គុំហាប្លូទីប៖Hu, W. et al. (2021) 'ហ្សែនដែលបានកំណត់ដោយអាឡែលបង្ហាញពីភាពខុសគ្នាទ្វេភាគីក្នុងអំឡុងពេលវិវត្តន៍ដំឡូងមី',រុក្ខជាតិម៉ូលេគុល, ១៤(៦), ទំព័រ ៨៥១–៨៥៤។ doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009 ។
ការផ្គុំហ្សែនយក្ស៖Yuan, J. et al. (2022) 'មូលដ្ឋានហ្សែននៃក្រូម៉ូសូម giga និងហ្សែន giga នៃផ្កា peony Paeonia ostii',ការទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ2022 13:1, 13(1), ទំព័រ 1–16។ doi: 10.1038/s41467-022-35063-1។
ការផ្គុំហ្សែនប៉ូលីប្លូអ៊ីត៖Zhang, Q. et al. (2022) 'ការយល់ដឹងអំពីហ្សែនអំពីការកាត់បន្ថយក្រូម៉ូសូមថ្មីៗនៃអំពៅ autopolyploid Saccharum spontaneum',ពន្ធុវិទ្យាធម្មជាតិ ឆ្នាំ២០២២៥៤:៦, ៥៤(៦) ទំព័រ ៨៨៥–៨៩៦។ doi: 10.1038/s41588-022-01084-1 ។
