ការមិនសរសេរកូដតាមលំដាប់លំដោយ-Illumina
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
● អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
● កោសិកា និងជាលិកាជាក់លាក់
● ដំណាក់កាលជាក់លាក់បង្ហាញ និងបង្ហាញការផ្លាស់ប្តូរកន្សោមថាមវន្ត
● គំរូច្បាស់លាស់នៃពេលវេលា និងកន្សោមលំហ
● ការវិភាគរួមគ្នាជាមួយទិន្នន័យ mRNA ។
● ការផ្តល់លទ្ធផលផ្អែកលើ BMKCloud៖ ការជីកយករ៉ែទិន្នន័យតាមបំណងដែលមាននៅលើវេទិកា។
● សេវាកម្មក្រោយពេលលក់មានសុពលភាពរយៈពេល 3 ខែនៅពេលបញ្ចប់គម្រោង
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
| បណ្ណាល័យ | វេទិកា | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ទិន្នន័យ QC |
| ការថយចុះ rRNA | Illumina PE150 | 10 ជីកាបៃ | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | បរិមាណ (μg) | ភាពបរិសុទ្ធ | សុចរិតភាព |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 មានកំណត់ ឬគ្មានការចម្លងរោគ DNA បង្ហាញនៅលើជែល។ | សម្រាប់រុក្ខជាតិ៖ RIN≥6.5; សម្រាប់សត្វ៖ RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; កម្រិតមូលដ្ឋាន ឬគ្មានការលើកឡើង |
នុយក្លេអូទីត៖
ជាលិកា៖ ទំងន់ (ស្ងួត)៖ ≥1 ក្រាម។
*សម្រាប់ជាលិកាដែលតូចជាង 5mg យើងសូមណែនាំឱ្យផ្ញើគំរូជាលិកាដែលកក (ក្នុងអាសូតរាវ) flash ។
ការផ្អាកកោសិកា៖ ចំនួនកោសិកា = 3 × 107
* យើងសូមផ្តល់អនុសាសន៍ឱ្យដឹកជញ្ជូន lysate កោសិកាទឹកកក។ក្នុងករណីដែលក្រឡានោះតូចជាង 5 × 105, flash បង្កកក្នុងអាសូតរាវត្រូវបានណែនាំ។
គំរូឈាម៖
PA × ហ្សែនBloodRNATube;
6 mLTRIzol និង 2mL ឈាម (TRIzol: ឈាម = 3: 1)
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ: បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ (ក្រដាសសំណប៉ាហាំងមិនត្រូវបានណែនាំទេ)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ ក្រុម + ចម្លងឧទាហរណ៍ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......
ការដឹកជញ្ជូន៖
1.Dry-ice: គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
2.RNAstable tubes: សំណាក RNA អាចត្រូវបានសម្ងួតនៅក្នុងបំពង់ស្ថេរភាព RNA (ឧទាហរណ៍ RNAstable®) និងដឹកជញ្ជូនក្នុងសីតុណ្ហភាពបន្ទប់។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការចែកចាយគំរូ
ការទាញយក RNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
ជីវព័ត៌មានវិទ្យា
1. ចំណាត់ថ្នាក់ LncRNA
LncRNA ព្យាករណ៍ដោយកម្មវិធីទាំងបួនខាងលើត្រូវបានចាត់ថ្នាក់ជា 4 ប្រភេទ៖ lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;អារម្មណ៍-LncRNA ។ការចាត់ថ្នាក់ LncRNA ត្រូវបានបង្ហាញក្នុងអ៊ីស្តូក្រាមខាងក្រោម។
ចំណាត់ថ្នាក់ LncRNA
2.Cis-targeted genes នៃ DE-lncRNA enrichment analysis
ClusterProfiler ត្រូវបានគេប្រើក្នុងការវិភាគការពង្រឹង GO លើហ្សែនដែលកំណត់គោលដៅស៊ីស៊ីនៃ lncRNA (DE-lncRNA) ដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែលទាក់ទងនឹងដំណើរការជីវសាស្ត្រ មុខងារម៉ូលេគុល និងសមាសធាតុកោសិកា។ការវិភាគការពង្រឹង GO គឺជាដំណើរការមួយដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណពាក្យ GO ដែលបានពង្រឹងយ៉ាងសំខាន់ដែលដឹកនាំដោយ DEG បើប្រៀបធៀបទៅនឹងហ្សែនទាំងមូល។លក្ខខណ្ឌដែលបានពង្រឹងត្រូវបានបង្ហាញក្នុងអ៊ីស្តូក្រាម គំនូសតាងពពុះ។ល។ ដូចបានបង្ហាញខាងក្រោម។
ហ្សែនគោលដៅ Cis នៃការវិភាគការពង្រឹង DE-lncRNA -តារាងពពុះ
3. ដោយការប្រៀបធៀបប្រវែង លេខ exon ORF និងចំនួនកន្សោមនៃ mRNA និង lncRNA យើងអាចយល់ពីភាពខុសគ្នានៃរចនាសម្ព័ន្ធ លំដាប់ និងផ្សេងៗទៀតរវាងពួកវា ហើយក៏អាចផ្ទៀងផ្ទាត់ថាតើប្រលោមលោក lncRNA ដែលព្យាករណ៍ដោយយើងអនុលោមតាមលក្ខណៈទូទៅដែរឬទេ។
ករណី BMK
ទម្រង់កន្សោម lncRNA ដែលត្រូវបានគ្រប់គ្រងនៅក្នុង adenocarcinomas សួតកណ្ដុរជាមួយនឹងការផ្លាស់ប្តូរ KRAS-G12D និងការគោះ P53
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ទិនានុប្បវត្តិវេជ្ជសាស្ត្រកោសិកានិងម៉ូលេគុល,ឆ្នាំ 2019
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប
អ៊ីលលូណា
ការប្រមូលគំរូ
កោសិកា NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) និងកោសិកាត្រួតពិនិត្យអវិជ្ជមាន (sh-Scr) ត្រូវបានទទួលនៅថ្ងៃទី 6 នៃការឆ្លងមេរោគជាក់លាក់មួយ។
លទ្ធផលសំខាន់
ការសិក្សានេះស៊ើបអង្កេតលើ lncRNAs ដែលត្រូវបានបញ្ចេញដោយមិនត្រឹមត្រូវនៅក្នុង adenocarcinoma សួតកណ្តុរជាមួយនឹងការគោះ P53 និងការផ្លាស់ប្តូរ KrasG12D ។
1.6424 lncRNAs ត្រូវបានបញ្ចេញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល (≥ ការផ្លាស់ប្តូរ 2 ដង P < 0.05) ។
2. ក្នុងចំណោម 210 lncRNAs (FC≥8) ការបញ្ចេញមតិរបស់ lncRNA 11 ត្រូវបានគ្រប់គ្រងដោយ P53, 33 lncRNAs ដោយ KRAS និង 13 lncRNAs ដោយ hypoxia នៅក្នុងកោសិកា KP បឋមរៀងៗខ្លួន។
3.NONMMUT015812 ដែលត្រូវបានគ្រប់គ្រងយ៉ាងខ្លាំងនៅក្នុង adenocarcinoma សួតកណ្ដុរ និងត្រូវបានគ្រប់គ្រងអវិជ្ជមានដោយការបង្ហាញឡើងវិញ P53 ត្រូវបានរកឃើញដើម្បីវិភាគមុខងារកោសិការបស់វា។
4.Knockdown of NONMMUT015812 ដោយ shRNAs កាត់បន្ថយសមត្ថភាពរីកសាយ និងការធ្វើចំណាកស្រុកនៃកោសិកា KP ។NONMMUT015812 គឺជា oncogene សក្តានុពល។
 ការវិភាគផ្លូវ KEGG នៃហ្សែនដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែលនៅក្នុងកោសិកា NONMMUT015812-knockdown KP |  ការវិភាគហ្សែន Ontology នៃហ្សែនដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែលនៅក្នុងកោសិកា NONMMUT015812-knockdown KP |
ឯកសារយោង
ទម្រង់កន្សោម lncRNA ដែលត្រូវបានគ្រប់គ្រងនៅក្នុង adenocarcinomas សួតកណ្ដុរជាមួយនឹងការផ្លាស់ប្តូរ KRAS-G12D និង P53 knockout [J] ។ទិនានុប្បវត្តិនៃឱសថកោសិកា និងម៉ូលេគុល ឆ្នាំ 2019 ទំព័រ 23(10)។DOI: 10.1111/jcmm.14584
