លំដាប់ mRNA ប្រវែងពេញ - PacBio
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
● ការអានដោយផ្ទាល់នៃម៉ូលេគុល cDNA ប្រវែងពេញពី 3'- ចុងដល់ 5'- ចុង
● ដំណោះស្រាយកម្រិតទម្រង់ Iso នៅក្នុងរចនាសម្ព័ន្ធលំដាប់
● ប្រតិចារិកដែលមានភាពត្រឹមត្រូវ និងសុចរិតភាពខ្ពស់។
● ឆបគ្នាខ្លាំងទៅនឹងប្រភេទសត្វ vaiours
● សមត្ថភាពលំដាប់លំដោយធំជាមួយនឹងវេទិកាលំដាប់ PacBio Sequel II ចំនួន 4 ត្រូវបានបំពាក់
● មានបទពិសោធន៍ខ្ពស់ជាមួយនឹងគម្រោងលំដាប់ RNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ Pacbio ជាង 700
● ការផ្តល់លទ្ធផលផ្អែកលើ BMKCloud៖ ការជីកយករ៉ែទិន្នន័យតាមបំណងដែលមាននៅលើវេទិកា។
● សេវាកម្មក្រោយពេលលក់មានសុពលភាពរយៈពេល 3 ខែនៅពេលបញ្ចប់គម្រោង
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
វេទិកា៖ PacBio Sequel II
បណ្ណាល័យតាមលំដាប់លំដោយ៖ បណ្ណាល័យ mRNA ដែលសំបូរទៅដោយ Poly A
ទិន្នផលទិន្នន័យដែលបានណែនាំ៖ 20 Gb/sample (អាស្រ័យលើប្រភេទសត្វ)
FLNC (%): ≥75%
* FLNC៖ ប្រៃសណីយ៍ដែលមិនមែនជាភាសាអង់គ្លេសពេញប្រវែង
ការវិភាគជីវវិទ្យា
● ដំណើរការទិន្នន័យឆៅ
● ការកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រតិចារិក
● រចនាសម្ព័ន្ធលំដាប់
● បរិមាណកន្សោម
● កំណត់ចំណាំមុខងារ
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
តម្រូវការគំរូ៖
នុយក្លេអូទីត៖
| Conc.(ng/μl) | បរិមាណ (μg) | ភាពបរិសុទ្ធ | សុចរិតភាព |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 មានកំណត់ ឬគ្មានការចម្លងរោគ DNA បង្ហាញនៅលើជែល។ | សម្រាប់រុក្ខជាតិ៖ RIN≥7.5; សម្រាប់សត្វ៖ RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; កម្រិតមូលដ្ឋាន ឬគ្មានការលើកឡើង |
ជាលិកា៖ ទំងន់ (ស្ងួត)៖≥1 ក្រាម។
*សម្រាប់ជាលិកាដែលតូចជាង 5mg យើងសូមណែនាំឱ្យផ្ញើគំរូជាលិកាដែលកក (ក្នុងអាសូតរាវ) flash ។
ការព្យួរកោសិកា៖ចំនួនក្រឡា = 3 × 106- 1 × 107
* យើងសូមផ្តល់អនុសាសន៍ឱ្យដឹកជញ្ជូន lysate កោសិកាទឹកកក។ក្នុងករណីដែលក្រឡានោះតូចជាង 5 × 105, flash បង្កកក្នុងអាសូតរាវត្រូវបានណែនាំ ដែលល្អសម្រាប់ការទាញយកខ្នាតតូច។
គំរូឈាម៖បរិមាណ≥1 mL
មីក្រូសរីរាង្គ៖ម៉ាស ≥ 1 ក្រាម។
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ៖
បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ (ក្រដាសសំណប៉ាហាំងមិនត្រូវបានណែនាំទេ)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ ក្រុម + ចម្លងឧទាហរណ៍ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......
ការដឹកជញ្ជូន៖
1. ទឹកកកស្ងួត៖ គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
2. បំពង់ RNAstable: សំណាក RNA អាចត្រូវបានស្ងួតនៅក្នុងបំពង់ស្ថេរភាព RNA (ឧ. RNAstable®) និងដឹកជញ្ជូនក្នុងសីតុណ្ហភាពបន្ទប់។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការចែកចាយគំរូ
ការទាញយក RNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
1.ការចែកចាយប្រវែង FLNC
ប្រវែងនៃការអានដែលមិនមែនជា Chimeric (FLNC) បង្ហាញពីប្រវែងនៃ cDNA ក្នុងការសាងសង់បណ្ណាល័យ។ការចែកចាយប្រវែង FLNC គឺជាសូចនាករសំខាន់ក្នុងការវាយតម្លៃគុណភាពនៃការសាងសង់បណ្ណាល័យ។
ការចែកចាយប្រវែងអាន FLNC
2.ការចែកចាយប្រវែងតំបន់ ORF ពេញលេញ
យើងប្រើ TransDecoder ដើម្បីទស្សន៍ទាយតំបន់សរសេរកូដប្រូតេអ៊ីន និងលំដាប់អាស៊ីតអាមីណូដែលត្រូវគ្នាដើម្បីបង្កើតសំណុំ unigene ដែលមានព័ត៌មានប្រតិចារិកពេញលេញដែលមិនប្រើឡើងវិញនៅក្នុងគំរូទាំងអស់។
ការចែកចាយប្រវែងតំបន់ ORF ពេញលេញ
3.KEGG ការវិភាគពង្រីកផ្លូវ
ប្រតិចារិកដែលបានសម្តែងដោយផ្សេងគ្នា (DETs) អាចត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណដោយការតម្រឹមទិន្នន័យលំដាប់ RNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ NGS នៅលើសំណុំប្រតិចារឹកប្រវែងពេញដែលបង្កើតដោយទិន្នន័យលំដាប់ PacBio ។DETs ទាំងនេះអាចដំណើរការបន្ថែមទៀតសម្រាប់ការវិភាគមុខងារផ្សេងៗ ឧ. KEGG pathway enrichment analysis។
ការពង្រឹងផ្លូវ DET KEGG - គ្រោងចំណុច
ករណី BMK
សក្ដានុពលនៃការអភិវឌ្ឍន៍របស់ដើម Populus ប្រតិចារិក
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិឆ្នាំ 2019
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖
ការប្រមូលគំរូ៖តំបន់ដើម៖ apex, internode ទីមួយ (IN1), internode ទីពីរ (IN2), internode ទីបី (IN3), internode (IN4) និង internode (IN5) ពី Nanlin895
NGS-លំដាប់៖RNA នៃបុគ្គលចំនួន 15 នាក់ត្រូវបានបញ្ចូលជាគំរូជីវសាស្រ្តមួយ។ការចម្លងជីវសាស្រ្តចំនួនបីនៃចំណុចនីមួយៗត្រូវបានដំណើរការសម្រាប់លំដាប់ NGS
លំដាប់ TGS៖តំបន់ដើមត្រូវបានបែងចែកទៅជាបីតំបន់គឺ apex, IN1-IN3 និង IN4-IN5 ។តំបន់នីមួយៗត្រូវបានដំណើរការសម្រាប់លំដាប់ PacBio ជាមួយនឹងបណ្ណាល័យបួនប្រភេទ៖ 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb និង 3-10 kb ។
លទ្ធផលសំខាន់
1. ប្រតិចារិកប្រវែងពេញចំនួន 87150 ត្រូវបានគេកំណត់អត្តសញ្ញាណ ដែលក្នុងនោះ 2081 isoforms ប្រលោមលោក និង 62058 ប្រលោមលោក isoforms spliced ជំនួសត្រូវបានរកឃើញ។
2.1187 lncRNA និង 356 ហ្សែន fusion ត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណ។
3. ពីការលូតលាស់បឋមដល់ការលូតលាស់បន្ទាប់បន្សំ 15838 ប្រតិចារិកដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែលពី 995 ហ្សែនដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែលត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណ។នៅក្នុង DEGs ទាំងអស់ 1216 គឺជាកត្តាចម្លង ដែលភាគច្រើនមិនទាន់ត្រូវបានរាយការណ៍នៅឡើយ។
4.GO ការវិភាគការពង្រឹងបានបង្ហាញពីសារៈសំខាន់នៃការបែងចែកកោសិកា និងដំណើរការកាត់បន្ថយអុកស៊ីតកម្មក្នុងការលូតលាស់បឋម និងបន្ទាប់បន្សំ។
ព្រឹត្តិការណ៍ផ្គូផ្គងជម្មើសជំនួសនិង isoforms ផ្សេងគ្នា
ការវិភាគ WGCNA លើកត្តាចម្លង
ឯកសារយោង
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al ។សក្ដានុពលនៃការអភិវឌ្ឍន៍របស់ដើម Populus ប្រតិចារិក។Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219។doi: 10.1111/pbi.12958
