จีโนมเชื้อรา
ข้อดีของการบริการ
● มีกลยุทธ์การจัดลำดับหลายแบบสำหรับเป้าหมายการวิจัยที่แตกต่างกัน
● มีประสบการณ์สูงในการประกอบจีโนมของเชื้อราด้วยการประกอบจีโนมที่สมบูรณ์ของพีนมากกว่า 10,000 ชิ้น
● ทีมสนับสนุนด้านเทคนิคหลังการขายมืออาชีพที่ตอบสนองความต้องการด้านการวิจัยที่เฉพาะเจาะจงมากขึ้น
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| บริการ | กลยุทธ์การจัดลำดับ | รับประกันคุณภาพ | ระยะเวลาดำเนินการโดยประมาณ |
| แผนที่ละเอียดของเชื้อรา | อิลลูมิน่า 50X+นาโนพอร์ 100X | Contig N50≥2Mb | 35 วันทำการ |
| PacBio ไฮไฟ 30X | |||
| แผนที่ที่สมบูรณ์ของเชื้อรา | Illumina 50X+นาโนพอร์ 100X(Pacbio ไฮไฟ 30X)+ไฮ-C 100X | อัตราส่วนการยึดเกาะของโครโมโซม >90% | 45 วันทำการ |
การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
● การประกอบจีโนม
● การวิเคราะห์องค์ประกอบจีโนม
● คำอธิบายประกอบฟังก์ชันยีน
● การวิเคราะห์จีโนมเชิงเปรียบเทียบ
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
ข้อกำหนดตัวอย่าง:
สำหรับสารสกัดจากดีเอ็นเอ:
| ประเภทตัวอย่าง | จำนวน | ความเข้มข้น | ความบริสุทธิ์ |
| สารสกัดจากดีเอ็นเอ | > 1.2 มก | > 20 นาโนกรัม/ไมโครลิตร | โอดี260/280= 1.6-2.5 |
สำหรับตัวอย่างเนื้อเยื่อ:
| ประเภทตัวอย่าง | ตัวอย่างการรักษาที่แนะนำ | การจัดเก็บตัวอย่างและการจัดส่ง |
| เชื้อราเซลล์เดียว | สังเกตยีสต์ด้วยกล้องจุลทรรศน์และรวบรวมยีสต์ในระยะเอ็กซ์โพเนนเชียล ย้ายการเพาะเลี้ยง (ที่มีเซลล์ประมาณ 3-4.5e9) ลงในเอพเพนดอร์ฟขนาด 1.5 หรือ 2 มล.(เก็บบนน้ำแข็ง) ปั่นเหวี่ยงหลอดเป็นเวลา 1 นาทีที่ 14000 กรัมเพื่อรวบรวมแบคทีเรียและกำจัดส่วนที่อยู่เหนือตะกอนออกอย่างระมัดระวัง ปิดท่อและแช่แข็งแบคทีเรียในไนโตรเจนเหลวเป็นเวลาอย่างน้อย 1-3 ชั่วโมงเก็บหลอดไว้ในตู้เย็นที่มีอุณหภูมิ -80 ℃ | แช่แข็งตัวอย่างในไนโตรเจนเหลวเป็นเวลา 3-4 ชั่วโมง และเก็บในไนโตรเจนเหลวหรือ -80 องศา เพื่อสำรองระยะยาวจำเป็นต้องจัดส่งตัวอย่างด้วยน้ำแข็งแห้ง |
| เชื้อรามาโคร | แนะนำให้ใช้เนื้อเยื่อในระยะการเจริญเติบโต ล้างเนื้อเยื่อด้วยน้ำที่ปราศจากเอนโดท็อกซิน จากนั้นจึงเอธานอล 70% บันทึกตัวอย่างในหลอดไครโอ |
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
1. แผนภาพ Circos เกี่ยวกับส่วนประกอบจีโนมของเชื้อรา
2. การวิเคราะห์จีโนมเชิงเปรียบเทียบ: ต้นไม้สายวิวัฒนาการ
