การประกอบจีโนมเชื้อราเดอโนโว
BMKGENE นำเสนอโซลูชันที่หลากหลายสำหรับจีโนมของเชื้อรา ตอบสนองความต้องการด้านการวิจัยที่แตกต่างกันและความสมบูรณ์ของจีโนมที่ต้องการ การใช้การจัดลำดับดีเอ็นเอแบบ Illumina ที่มีลำดับสั้นเพียงอย่างเดียวช่วยให้สามารถสร้างจีโนมฉบับร่างได้ การผสมผสานการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบลำดับสั้นและแบบลำดับยาวโดยใช้ Nanopore หรือ Pacbio จะช่วยให้ได้จีโนมของเชื้อราที่ละเอียดขึ้นและมีคอนติ๊กที่ยาวขึ้น
คุณสมบัติของบริการ
โดยมีตัวเลือกสองแบบให้เลือก ขึ้นอยู่กับระดับความสมบูรณ์ของจีโนมที่ต้องการ:
● ตัวเลือกการสร้างจีโนมฉบับร่าง: การจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านสั้นด้วย Illumina NovaSeq PE150
● ตัวเลือกการวิเคราะห์จีโนมละเอียดของเชื้อรา:
การสำรวจจีโนม: Illumina NovaSeq PE150
การประกอบจีโนม: PacBio Revio (HiFi reads) หรือ Nanopore PromethION 48
ข้อดีของการบริการ
●มีกลยุทธ์การจัดลำดับหลายวิธีให้เลือกใช้: สำหรับเป้าหมายการวิจัยที่แตกต่างกันและความต้องการด้านความสมบูรณ์ของจีโนม
●ขั้นตอนการทำงานด้านชีวสารสนเทศอย่างครบถ้วน:ซึ่งรวมถึงการประกอบจีโนมและการทำนายองค์ประกอบทางจีโนมหลายรายการ การระบุหน้าที่ของยีน และการเชื่อมโยงคอนติ๊ก
●ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางด้วยประสบการณ์กว่าทศวรรษในการประกอบจีโนมจุลินทรีย์กว่า 12,000 รายการ เราจึงนำเสนอทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูง เนื้อหาที่ครอบคลุม และบริการหลังการขายที่ยอดเยี่ยม
●บริการหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่การเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และตอบคำถามต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดบริการ
| บริการ | กลยุทธ์การจัดลำดับ | การควบคุมคุณภาพ |
| ร่างจีโนม | อิลลูมิน่า PE150 100x | Q30≥85% |
| จีโนมชั้นดี | การสำรวจจีโนม: Illumina PE150 50 x ชุดประกอบ: PacBio HiFi 30x หรือ Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellular) contig N50 ≥500kb (อื่นๆ) |
ข้อกำหนดในการให้บริการ
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณรวม (ไมโครกรัม) | ปริมาตร (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| แพคไบโอ | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| นาโนพอเร | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| อิลลูมิน่า | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
เชื้อราเซลล์เดียว: ≥3.5x1010 เซลล์
เห็ดขนาดใหญ่: ≥10 กรัม
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
การสำรวจจีโนม:
- การควบคุมคุณภาพข้อมูลลำดับ
- การประมาณจีโนม: ขนาด, ความเป็นเฮเทอโรไซกัส, องค์ประกอบที่ซ้ำกัน
การประกอบจีโนมอย่างละเอียด:
- การควบคุมคุณภาพข้อมูลลำดับ
- เดอ โนโวการประกอบ
- การวิเคราะห์องค์ประกอบจีโนม: การทำนาย CDS และองค์ประกอบจีโนมหลายชนิด
- การระบุหน้าที่การทำงานของยีนโดยใช้ฐานข้อมูลทั่วไปหลายประเภท (GO, KEGG เป็นต้น) และฐานข้อมูลขั้นสูง (CARD, CAZy เป็นต้น)
การสำรวจจีโนม: การกระจายตัวของ k-mer
การประกอบจีโนม: การระบุตำแหน่งยีนที่คล้ายคลึงกัน (ฐานข้อมูล NR)
การประกอบจีโนม: การระบุหน้าที่ของยีน (GO)
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการประกอบจีโนมเชื้อราของ BMKGene ผ่านชุดบทความวิจัยที่คัดสรรมาอย่างดี
Hao, J. และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์ข้อมูลเชิงโอไมซ์แบบบูรณาการของเห็ดสมุนไพร Inonotus obliquus ภายใต้สภาวะจมน้ำ'บีเอ็มซี จีโนมิกส์, 24(1), หน้า 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. และคณะ (2023) 'การจัดลำดับจีโนมเผยให้เห็นวิวัฒนาการและกลไกการก่อโรคของเชื้อก่อโรคจุดตาแหลมในข้าวสาลี Rhizoctonia cerealis'วารสารพืชผล, 11(2), หน้า 405–416. ดอย: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. และคณะ (2023) 'แหล่งข้อมูลจีโนมสำหรับ Clarireedia สี่ชนิดที่ทำให้เกิดโรคจุดดอลลาร์บนหญ้าสนามหลากหลายชนิด'โรคพืช, 107(3), หน้า 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS และคณะ (2023) 'หลักฐานทางพันธุกรรมและโมเลกุลของระบบการผสมพันธุ์แบบสี่ขั้วในเห็ดกินได้ Grifola frondosa'วารสารเชื้อรา, 9(10), หน้า 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
