-
การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม
การศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS) มีวัตถุประสงค์เพื่อระบุความแปรปรวนทางพันธุกรรม (จีโนไทป์) ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะเฉพาะ (ฟีโนไทป์)การศึกษาของ GWAS จะตรวจสอบเครื่องหมายทางพันธุกรรมข้ามจีโนมทั้งหมดของบุคคลจำนวนมาก และคาดการณ์ความสัมพันธ์ของจีโนไทป์-ฟีโนไทป์โดยการวิเคราะห์ทางสถิติในระดับประชากรมีการนำไปใช้อย่างกว้างขวางในการวิจัยเกี่ยวกับโรคของมนุษย์และการขุดยีนเชิงฟังก์ชันเกี่ยวกับลักษณะที่ซับซ้อนของสัตว์หรือพืช
-
ลำดับ RNA นิวเคลียสเดี่ยว
ความก้าวหน้าในการจับเซลล์เดี่ยวและเทคนิคการสร้างห้องสมุดแต่ละแห่งผสมผสานกับการจัดลำดับที่มีปริมาณงานสูงทำให้สามารถศึกษาการแสดงออกของยีนแบบเซลล์ต่อเซลล์ได้ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ระบบได้ลึกและสมบูรณ์ยิ่งขึ้นเกี่ยวกับประชากรเซลล์ที่ซับซ้อน ซึ่งโดยส่วนใหญ่แล้วจะช่วยหลีกเลี่ยงการปกปิดความแตกต่างด้วยการหาค่าเฉลี่ยของเซลล์ทั้งหมด
อย่างไรก็ตาม บางเซลล์ไม่เหมาะที่จะทำเป็นสารแขวนลอยเซลล์เดียว ดังนั้น วิธีการเตรียมตัวอย่างอื่นๆ – จำเป็นต้องมีการสกัดนิวเคลียสจากเนื้อเยื่อ กล่าวคือ นิวเคลียสถูกสกัดโดยตรงจากเนื้อเยื่อหรือเซลล์ และเตรียมเป็นสารแขวนลอยนิวเคลียสเดี่ยวสำหรับเซลล์เดี่ยว การจัดลำดับเซลล์
BMK ให้บริการจัดลำดับ RNA เซลล์เดียวที่ใช้ Genomics ChromiumTM 10 เท่าบริการนี้มีการใช้กันอย่างแพร่หลายในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับโรค เช่น การแยกเซลล์ภูมิคุ้มกัน ความหลากหลายของเนื้องอก การพัฒนาเนื้อเยื่อ เป็นต้น
ชิปถอดเสียงเชิงพื้นที่: 10 × จีโนมิกส์
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
การจัดลำดับจีโนมทั้งพืช/สัตว์
การจัดลำดับจีโนมใหม่ทั้งหมดหรือที่เรียกว่า WGS ช่วยให้สามารถเปิดเผยการกลายพันธุ์ทั้งที่พบบ่อยและหายากในจีโนมทั้งหมด รวมถึง Single Nucleotide Polymorphism (SNP), การลบการแทรก (InDel), การแปรผันของโครงสร้าง (SV) และการแปรผันของจำนวนสำเนา (CNV) ).SV เป็นสัดส่วนที่ใหญ่กว่าของฐานการเปลี่ยนแปลงมากกว่า SNP และมีผลกระทบต่อจีโนมมากกว่า ซึ่งมีผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญต่อสิ่งมีชีวิตการหาลำดับการอ่านซ้ำแบบยาวทำให้สามารถระบุชิ้นส่วนขนาดใหญ่และการแปรผันที่ซับซ้อนได้แม่นยำมากขึ้น เนื่องจากการอ่านแบบยาวทำให้การข้ามโครโมโซมข้ามบริเวณที่ซับซ้อนได้ง่ายขึ้น เช่น การทำซ้ำตามกัน บริเวณที่มี GC/AT มาก และบริเวณที่มีความแปรผันสูง
แพลตฟอร์ม: อิลลูมินา, PacBio, นาโนพอร์
-
BMKMANU S1000 เครื่องถอดเสียงเชิงพื้นที่
การจัดระเบียบเซลล์เชิงพื้นที่มีบทบาทสำคัญในกระบวนการทางชีวภาพต่างๆ เช่น การแทรกซึมของภูมิคุ้มกัน การพัฒนาของตัวอ่อน ฯลฯ การจัดลำดับการถอดเสียงเชิงพื้นที่ ซึ่งระบุโปรไฟล์การแสดงออกของยีนในขณะที่ยังคงรักษาข้อมูลตำแหน่งเชิงพื้นที่ ได้ให้ข้อมูลเชิงลึกที่ยอดเยี่ยมเกี่ยวกับสถาปัตยกรรมเนื้อเยื่อระดับการถอดเสียงด้วยการพัฒนาเทคโนโลยี จำเป็นต้องมีการศึกษาสัณฐานวิทยาของเนื้อเยื่อที่ชัดเจนเป็นพิเศษและความแตกต่างทางโครงสร้างที่แท้จริงของการแสดงออกทางโมเลกุลเชิงพื้นที่ด้วยความละเอียดสูงกว่าBMKGENE ให้บริการหาลำดับทรานสคริปโตมีมเชิงพื้นที่แบบครบวงจรในที่เดียว ตั้งแต่ตัวอย่างไปจนถึงข้อมูลเชิงลึกทางชีววิทยา
เทคโนโลยีการถอดเสียงเชิงพื้นที่ช่วยเพิ่มขีดความสามารถในมุมมองใหม่ในขอบเขตการวิจัยที่หลากหลายโดยการแก้ไขโปรไฟล์การแสดงออกของยีนด้วยเนื้อหาเชิงพื้นที่ในกลุ่มตัวอย่างที่ต่างกัน
ชิปถอดเสียงเชิงพื้นที่: BMKMANU S1000
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
10x การถอดเสียงเชิงพื้นที่ของ Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression เป็นเทคโนโลยีการจัดลำดับการถอดรหัสเชิงพื้นที่กระแสหลักสำหรับการจำแนกเนื้อเยื่อตาม mRNA ทั้งหมดจับคู่ทรานสคริปต์โทมทั้งหมดกับบริบททางสัณฐานวิทยาเพื่อค้นหาข้อมูลเชิงลึกใหม่ๆ เกี่ยวกับการพัฒนาตามปกติ พยาธิวิทยาของโรค และการวิจัยเชิงแปลทางคลินิกBMKGENE ให้บริการหาลำดับทรานสคริปโตมีมเชิงพื้นที่แบบครบวงจรในที่เดียว ตั้งแต่ตัวอย่างไปจนถึงข้อมูลเชิงลึกทางชีววิทยา
เทคโนโลยีการถอดเสียงเชิงพื้นที่ช่วยเพิ่มขีดความสามารถในมุมมองใหม่ในเวทีการวิจัยที่หลากหลายโดยการแก้ไขโปรไฟล์การแสดงออกของยีนด้วยเนื้อหาเชิงพื้นที่ในกลุ่มตัวอย่างที่ต่างกัน.
ชิปถอดเสียงเชิงพื้นที่: 10x Genomics Visium
แพลตฟอร์ม:แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
ลำดับ mRNA ความยาวเต็ม-นาโนพอร์
การจัดลำดับ RNA เป็นเครื่องมืออันล้ำค่าสำหรับการวิเคราะห์การถอดเสียงแบบครอบคลุมไม่ต้องสงสัยเลยว่าการจัดลำดับการอ่านสั้นแบบดั้งเดิมประสบความสำเร็จในการพัฒนาที่สำคัญมากมายที่นี่อย่างไรก็ตาม มักพบข้อจำกัดในการระบุไอโซฟอร์มแบบเต็มความยาว การหาปริมาณ และอคติ PCR
การหาลำดับนาโนพอร์มีความโดดเด่นจากแพลตฟอร์มการหาลำดับอื่นๆ ตรงที่ว่านิวคลีโอไทด์จะถูกอ่านโดยตรงโดยไม่ต้องสังเคราะห์ DNA และสร้างการอ่านค่าที่ยาวนานที่ระดับหลายสิบกิโลเบสสิ่งนี้ช่วยให้สามารถอ่านออกเสียงได้โดยตรงโดยข้ามการถอดเสียงฉบับเต็มและจัดการกับความท้าทายในการศึกษาระดับไอโซฟอร์ม
แพลตฟอร์ม：นาโนพอร์ โพรเมธไอออน
ห้องสมุด:cDNA-PCR
-
การหาลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว -PacBio
เดโนโวการจัดลำดับทรานสคริปต์แบบเต็มความยาวหรือที่เรียกว่าเดโนโวIso-Seq ใช้ประโยชน์จาก PacBio sequencer ในด้านความยาวการอ่าน ซึ่งช่วยให้สามารถจัดลำดับโมเลกุล cDNA แบบเต็มความยาวได้โดยไม่มีการหยุดชะงักวิธีนี้จะหลีกเลี่ยงข้อผิดพลาดใดๆ ที่เกิดขึ้นในขั้นตอนการประกอบการถอดเสียงโดยสิ้นเชิง และสร้างชุดยูนิจีนที่มีความละเอียดระดับไอโซฟอร์มชุดยีนเดียวนี้ให้ข้อมูลทางพันธุกรรมที่มีประสิทธิภาพในฐานะ "จีโนมอ้างอิง" ในระดับทรานสคริปต์นอกจากนี้ เมื่อรวมเข้ากับข้อมูลลำดับยุคถัดไป บริการนี้เสริมศักยภาพในการหาปริมาณที่แม่นยำของการแสดงออกระดับไอโซฟอร์ม
แพลตฟอร์ม： PacBio ภาคต่อ IIห้องสมุด: ห้องสมุดระฆัง SMRT -
ลำดับยูคาริโอต mRNA-อิลลูมินา
การจัดลำดับ mRNA ช่วยให้สามารถจัดทำโปรไฟล์ของ mRNA ทั้งหมดที่ถอดความจากเซลล์ภายใต้เงื่อนไขเฉพาะเป็นเทคโนโลยีอันทรงพลังในการเปิดเผยโปรไฟล์การแสดงออกของยีน โครงสร้างยีน และกลไกระดับโมเลกุลของกระบวนการทางชีววิทยาบางอย่างจนถึงปัจจุบัน การจัดลำดับ mRNA ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในการวิจัยพื้นฐาน การวินิจฉัยทางคลินิก การพัฒนายา ฯลฯ
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
ลำดับ mRNA-Illumina ที่ไม่อ้างอิง
การจัดลำดับ mRNA ใช้เทคนิคการจัดลำดับยุคถัดไป (NGS) เพื่อจับตัวรับสาร RNA (mRNA) ในรูปแบบยูคาริโอตในช่วงเวลาที่กำหนดซึ่งมีการเปิดใช้งานฟังก์ชันพิเศษบางอย่างการต่อเทปที่ยาวที่สุดเรียกว่า 'Unigene' และใช้เป็นลำดับอ้างอิงสำหรับการวิเคราะห์ในภายหลัง ซึ่งเป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพในการศึกษากลไกระดับโมเลกุลและเครือข่ายกฎระเบียบของสปีชีส์โดยไม่ต้องอ้างอิง
หลังจากแอสเซมบลีข้อมูลการถอดเสียงและคำอธิบายประกอบการทำงานของยีนเดียว
(1) การวิเคราะห์ SSR การทำนาย CDS และโครงสร้างยีนจะถูกจัดทำขึ้นล่วงหน้า
(2) จะดำเนินการหาปริมาณของการแสดงออกของยีนในแต่ละตัวอย่าง
(3) ยูนิยีนที่แสดงความแตกต่างระหว่างตัวอย่าง (หรือกลุ่ม) จะถูกค้นพบโดยอิงจากการแสดงออกของยีนเดียว
(4) การทำคลัสเตอร์ คำอธิบายประกอบเชิงฟังก์ชัน และการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของยูนิยีนที่แสดงออกแตกต่างกันจะถูกดำเนินการ
-
ลำดับแบบไม่เข้ารหัสแบบยาว - อิลลูมินา
RNA แบบไม่เข้ารหัสแบบยาว (lncRNAs) เป็นโมเลกุล RNA ชนิดหนึ่งที่มีความยาวเกิน 200 nt ซึ่งมีศักยภาพในการเข้ารหัสต่ำมากLncRNA เป็นสมาชิกสำคัญใน RNA ที่ไม่มีการเข้ารหัส ส่วนใหญ่พบในนิวเคลียสและพลาสมาการพัฒนาเทคโนโลยีการหาลำดับและชีวสารสนเทศช่วยให้สามารถระบุ lncRNA ใหม่ๆ จำนวนมากและเชื่อมโยงกับหน้าที่ทางชีววิทยาหลักฐานสะสมชี้ให้เห็นว่า lncRNA เกี่ยวข้องอย่างกว้างขวางในการควบคุม epigenetic การควบคุมการถอดรหัส และการควบคุมหลังการถอดความ
-
ลำดับ RNA ขนาดเล็ก - อิลลูมินา
RNA ขนาดเล็กหมายถึงคลาสของโมเลกุล RNA ที่ไม่ได้เข้ารหัสซึ่งโดยปกติจะมีความยาวน้อยกว่า 200nt ซึ่งรวมถึง micro RNA (miRNA), RNA การรบกวนขนาดเล็ก (siRNA) และ RNA ที่มีปฏิกิริยาระหว่าง Piwi (piRNA)
MicroRNA (miRNA) เป็นคลาสของ RNA ขนาดเล็กภายนอกที่มีความยาวประมาณ 20-24nt ซึ่งมีบทบาทด้านกฎระเบียบที่สำคัญหลายประการในเซลล์miRNA เกี่ยวข้องกับกระบวนการชีวิตหลายอย่างซึ่งเผยให้เห็นการแสดงออกเฉพาะของเนื้อเยื่อและระยะเฉพาะ และได้รับการอนุรักษ์ไว้อย่างสูงในสายพันธุ์ต่างๆ
-
ลำดับ circRNA-อิลลูมินา
CircRNAs (Circular RNAs) เป็นโมเลกุล RNA ที่ไม่เข้ารหัสประเภทหนึ่งซึ่งสั้นถึงส่วนท้าย 5′ และส่วนท้ายของโพลี (A) 3′CircRNA มีโครงสร้างเป็นวงกลมโดยพันธะโควาเลนต์ซึ่งมีสถานะต่อต้านการย่อย RNA exonucleasecircRNA มีบทบาทสำคัญในการเจริญเติบโตและการพัฒนาของสิ่งมีชีวิตและการต้านทานต่อสภาพแวดล้อมภายนอก
CircRNA มีหน้าที่หลายอย่าง ซึ่งสามารถจับ miRNA ได้อย่างแข่งขันได้ ออกแรงทำหน้าที่ควบคุมของ ceRNA เพื่อควบคุมการแสดงออกของยีนในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา ยังพบว่ามีความเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับการเกิดและการพัฒนาของโรค และมีแนวโน้มการใช้งานที่ดีในทิศทางของเครื่องหมายวินิจฉัยโรคและอื่นๆ
