-
การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม
การศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS) มีวัตถุประสงค์เพื่อระบุความแปรปรวนทางพันธุกรรม (จีโนไทป์) ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะเฉพาะ (ฟีโนไทป์)การศึกษา GWAS ตรวจสอบเครื่องหมายทางพันธุกรรมข้ามจีโนมทั้งหมดของบุคคลจำนวนมาก และทำนายความสัมพันธ์ระหว่างจีโนไทป์กับฟีโนไทป์โดยการวิเคราะห์ทางสถิติในระดับประชากรมีการใช้กันอย่างแพร่หลายในการวิจัยเกี่ยวกับโรคในมนุษย์และการขุดยีนที่ทำหน้าที่เกี่ยวกับลักษณะที่ซับซ้อนของสัตว์หรือพืช
-
ลำดับ RNA นิวเคลียสเดี่ยว
ความก้าวหน้าในการจับภาพเซลล์เดียวและเทคนิคการสร้างไลบรารีแต่ละรายการรวมกับการจัดลำดับความเร็วสูงช่วยให้สามารถศึกษาการแสดงออกของยีนในแต่ละเซลล์ได้ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ระบบที่ลึกและสมบูรณ์มากขึ้นเกี่ยวกับประชากรเซลล์ที่ซับซ้อน ซึ่งส่วนใหญ่หลีกเลี่ยงการปกปิดความแตกต่างของเซลล์โดยการหาค่าเฉลี่ยของเซลล์ทั้งหมด
อย่างไรก็ตาม เซลล์บางเซลล์ไม่เหมาะที่จะทำเป็นสารแขวนลอยเซลล์เดียว ดังนั้น จึงจำเป็นต้องมีวิธีการเตรียมตัวอย่างอื่นๆ เช่น การสกัดนิวเคลียสจากเนื้อเยื่อ กล่าวคือ สกัดนิวเคลียสโดยตรงจากเนื้อเยื่อหรือเซลล์ และเตรียมเป็นสารแขวนลอยนิวเคลียสเดี่ยวสำหรับสารแขวนลอยเซลล์เดียว การจัดลำดับเซลล์
BMK ให้บริการลำดับ RNA เซลล์เดียวแบบ 10x Genomics ChromiumTMบริการนี้ใช้กันอย่างแพร่หลายในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับโรค เช่น ความแตกต่างของเซลล์ภูมิคุ้มกัน ความแตกต่างของเนื้องอก การพัฒนาเนื้อเยื่อ เป็นต้น
ชิปถอดเสียงเชิงพื้นที่: 10 × จีโนมิกส์
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq 6000
-
การจัดลำดับจีโนมทั้งพืช/สัตว์
การจัดลำดับจีโนมใหม่ทั้งหมด หรือที่เรียกว่า WGS ช่วยให้สามารถเปิดเผยการกลายพันธุ์ที่พบได้บ่อยและหายากในจีโนมทั้งหมด รวมถึง Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV) และ Copy Number Variation (CNV) ).SVs ประกอบขึ้นเป็นส่วนใหญ่ของฐานการแปรผันมากกว่า SNP และมีผลกระทบต่อจีโนมมากกว่า ซึ่งมีผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญต่อสิ่งมีชีวิตการอ่านลำดับซ้ำแบบยาวช่วยให้สามารถระบุชิ้นส่วนขนาดใหญ่และรูปแบบที่ซับซ้อนได้แม่นยำยิ่งขึ้น เนื่องจากการอ่านแบบยาวทำให้การข้ามโครโมโซมข้ามบริเวณที่ซับซ้อนได้ง่ายขึ้นมาก เช่น การซ้ำกันซ้ำ บริเวณที่อุดมด้วย GC/AT และบริเวณที่แปรผันมากเกินไป
แพลตฟอร์ม: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 การถอดความเชิงพื้นที่
การจัดระเบียบเชิงพื้นที่ของเซลล์มีบทบาทสำคัญในกระบวนการทางชีววิทยาต่างๆ เช่น การแทรกซึมของภูมิคุ้มกัน การพัฒนาของเอ็มบริโอ ฯลฯ การจัดลำดับการถอดเสียงเชิงพื้นที่ ซึ่งบ่งชี้การสร้างโปรไฟล์การแสดงออกของยีนในขณะที่รักษาข้อมูลของตำแหน่งเชิงพื้นที่ ได้ให้ข้อมูลเชิงลึกที่ดีเกี่ยวกับสถาปัตยกรรมเนื้อเยื่อระดับการถอดเสียงด้วยการพัฒนาเทคโนโลยี สัณฐานวิทยาของเนื้อเยื่อที่ชัดเจนเป็นพิเศษและความแตกต่างทางโครงสร้างที่แท้จริงของการแสดงออกของโมเลกุลเชิงพื้นที่จำเป็นต้องได้รับการศึกษาด้วยความละเอียดที่สูงขึ้นBMKGENE ให้บริการการหาลำดับทรานสคริปโทมเชิงพื้นที่แบบครบวงจรตั้งแต่ตัวอย่างไปจนถึงข้อมูลเชิงลึกทางชีววิทยา
เทคโนโลยีการถอดเสียงเชิงพื้นที่ช่วยให้เกิดมุมมองใหม่ในเวทีการวิจัยที่หลากหลายโดยการแก้ไขโปรไฟล์การแสดงออกของยีนด้วยเนื้อหาเชิงพื้นที่ในตัวอย่างที่ต่างกัน
ชิปถอดรหัสเชิงพื้นที่: BMKMANU S1000
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression เป็นเทคโนโลยีการหาลำดับทรานสคริปโทมเชิงพื้นที่กระแสหลักสำหรับการจำแนกเนื้อเยื่อตาม mRNA ทั้งหมดทำแผนที่ทรานสคริปโตมทั้งหมดด้วยบริบททางสัณฐานวิทยาเพื่อค้นหาข้อมูลเชิงลึกใหม่เกี่ยวกับพัฒนาการปกติ พยาธิสภาพของโรค และการวิจัยการแปลทางคลินิกBMKGENE ให้บริการการหาลำดับทรานสคริปโทมเชิงพื้นที่แบบครบวงจรตั้งแต่ตัวอย่างไปจนถึงข้อมูลเชิงลึกทางชีววิทยา
เทคโนโลยีการถอดเสียงเชิงพื้นที่ช่วยให้เกิดมุมมองใหม่ในเวทีการวิจัยที่หลากหลายโดยการแก้ไขโปรไฟล์การแสดงออกของยีนด้วยเนื้อหาเชิงพื้นที่ในตัวอย่างที่ต่างกัน.
ชิปถอดเสียงเชิงพื้นที่: 10x Genomics Visium
แพลตฟอร์ม:อิลลูมิน่า โนวาซีค 6000
-
mRNA Sequencing-Nanopore ความยาวเต็ม
การจัดลำดับ RNA เป็นเครื่องมืออันทรงคุณค่าสำหรับการวิเคราะห์การถอดรหัสที่ครอบคลุมไม่ต้องสงสัยเลยว่าการจัดลำดับการอ่านแบบสั้นแบบดั้งเดิมได้บรรลุการพัฒนาที่สำคัญมากมายที่นี่อย่างไรก็ตาม บ่อยครั้งที่พบข้อจำกัดในการระบุไอโซฟอร์มแบบเต็มความยาว การหาปริมาณ อคติ PCR
การจัดลำดับนาโนพอร์ทำให้ตัวเองแตกต่างจากแพลตฟอร์มการหาลำดับอื่นๆ โดยที่นิวคลีโอไทด์จะถูกอ่านโดยตรงโดยไม่ต้องสังเคราะห์ดีเอ็นเอ และสร้างการอ่านที่ยาวนานที่หลายสิบกิโลเบสสิ่งนี้ช่วยให้สามารถอ่านข้ามการถอดเสียงแบบเต็มความยาวได้โดยตรง และจัดการกับความท้าทายในการศึกษาระดับไอโซฟอร์ม
แพลตฟอร์ม：นาโนพอร์โพรเมไอออน
ห้องสมุด:ซีดีเอ็นเอ-พีซีอาร์
-
การหาลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว -PacBio
เดอโนโวการหาลำดับทรานสคริปต์แบบเต็มความยาวหรือที่เรียกว่าเดอโนโวIso-Seq ใช้ประโยชน์จากซีเควนเซอร์ PacBio ในด้านความยาวที่อ่านได้ ซึ่งช่วยให้สามารถจัดลำดับโมเลกุล cDNA แบบเต็มความยาวได้โดยไม่หยุดพักซึ่งจะช่วยหลีกเลี่ยงข้อผิดพลาดใดๆ ที่เกิดขึ้นในขั้นตอนการประกอบการถอดเสียงได้อย่างสมบูรณ์ และสร้างชุดยูนิจีนที่มีความละเอียดระดับไอโซฟอร์มชุดยูนิยีนนี้ให้ข้อมูลทางพันธุกรรมที่มีประสิทธิภาพในฐานะ "จีโนมอ้างอิง" ที่ระดับทรานสคริปโตมนอกจากนี้ เมื่อรวมเข้ากับข้อมูลการจัดลำดับรุ่นต่อไป บริการนี้ช่วยให้สามารถหาปริมาณนิพจน์ระดับไอโซฟอร์มได้อย่างแม่นยำ
แพลตฟอร์ม： PacBio ภาคต่อ IIห้องสมุด: ห้องสมุดระฆัง SMRT -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
การจัดลำดับ mRNA ช่วยให้สามารถสร้างโปรไฟล์ของ mRNA ทั้งหมดที่ถอดรหัสจากเซลล์ภายใต้เงื่อนไขเฉพาะเป็นเทคโนโลยีที่มีประสิทธิภาพในการเปิดเผยโปรไฟล์การแสดงออกของยีน โครงสร้างยีน และกลไกระดับโมเลกุลของกระบวนการทางชีววิทยาบางอย่างจนถึงปัจจุบัน การหาลำดับ mRNA ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยพื้นฐาน การวินิจฉัยทางคลินิก การพัฒนายา ฯลฯ
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq 6000
-
mRNA Sequencing-Illumina แบบไม่อ้างอิง
การหาลำดับ mRNA ใช้เทคนิคการหาลำดับยุคหน้า (NGS) เพื่อจับ RNA ของผู้ส่งสาร (mRNA) จากยูคาริโอต ณ ช่วงเวลาหนึ่งที่มีการเปิดใช้งานฟังก์ชันพิเศษบางอย่างการตัดต่อถอดเสียงที่ยาวที่สุดเรียกว่า 'ยูนิจีน' และใช้เป็นลำดับอ้างอิงสำหรับการวิเคราะห์ในภายหลัง ซึ่งเป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพในการศึกษากลไกระดับโมเลกุลและเครือข่ายการกำกับดูแลของสปีชีส์โดยไม่มีการอ้างอิง
หลังจากการประกอบข้อมูลทรานสคริปโตมและคำอธิบายประกอบการทำงานแบบ unigene
(1) การวิเคราะห์ SSR การทำนาย CDS และโครงสร้างยีนจะถูกสร้างไว้ล่วงหน้า
(2) การหาปริมาณของการแสดงออกของยูนิยีนในแต่ละตัวอย่างจะดำเนินการ
(3) ยูนิยีนที่แสดงออกต่างกันระหว่างตัวอย่าง (หรือกลุ่ม) จะถูกค้นพบตามการแสดงออกของยูนิยีน
(4) การทำคลัสเตอร์ การทำหมายเหตุประกอบการทำงาน และการวิเคราะห์การเสริมสมรรถนะของยูนิยีนที่แสดงออกแตกต่างกันจะดำเนินการ
-
การจัดลำดับแบบไม่เข้ารหัสแบบยาว-Illumina
Long non-coding RNAs (lncRNAs) คือประเภทของโมเลกุล RNA ที่มีความยาวเกิน 200 nt ซึ่งมีลักษณะเด่นคือมีศักยภาพในการเข้ารหัสต่ำมากLncRNA เป็นสมาชิกหลักใน RNA ที่ไม่ได้เข้ารหัส ส่วนใหญ่พบในนิวเคลียสและพลาสมาการพัฒนาเทคโนโลยีการหาลำดับเบสและชีวสารสนเทศศาสตร์ทำให้สามารถระบุ lncRNAs ใหม่ๆ จำนวนมากและเชื่อมโยงกับหน้าที่ทางชีววิทยาหลักฐานที่สะสมบ่งชี้ว่า lncRNA มีส่วนเกี่ยวข้องอย่างกว้างขวางในการควบคุม epigenetic, การควบคุมการถอดความและการควบคุมหลังการถอดความ
