แผนที่ความร้อน
เครื่องมือ Heatmap รับไฟล์ข้อมูลเมทริกซ์เป็นอินพุต และอนุญาตให้ผู้ใช้กรอง ปรับมาตรฐาน และจัดกลุ่มข้อมูล การใช้งานหลักของ Heatmap คือการวิเคราะห์กลุ่มของระดับการแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่างต่างๆ
คำอธิบายยีน
เครื่องมือ Gene Annotation ทำการอธิบายยีนโดยอิงจากการจัดเรียงลำดับของไฟล์ FASTA อินพุตกับฐานข้อมูลต่างๆ
เครื่องมือค้นหาการจัดตำแหน่งพื้นฐานในพื้นที่ (BLAST)
เครื่องมือ BLAST เป็น NCBI BLAST เวอร์ชันรวม BMKCloud และสามารถใช้เพื่อดำเนินการฟังก์ชันเดียวกันโดยใช้ข้อมูลที่อัปโหลดไปยังบัญชี BMKCloud
การทำนาย CDS_UTR
เครื่องมือทำนาย CDS_UTR ได้รับการออกแบบมาเพื่อทำนายบริเวณการเข้ารหัส (CDS) และบริเวณที่ไม่เข้ารหัส (UTR) ในลำดับทรานสคริปต์ที่กำหนดโดยอิงจากผล BLAST เทียบกับฐานข้อมูลโปรตีนที่ทราบและผลลัพธ์การทำนาย ORF
พล็อตแมนฮัตตัน
เครื่องมือ Manhattan Plot ช่วยให้สามารถแสดงการทดลองตัวอย่างจำนวนมากได้ และมักใช้ในงานศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS)
แผนภาพวงเวียน
เครื่องมือ CIRCOS Diagram ช่วยให้เห็นภาพการกระจายตัวของลักษณะเฉพาะจีโนมทั่วทั้งจีโนมได้อย่างมีประสิทธิภาพ ลักษณะเฉพาะทั่วไป ได้แก่ ตำแหน่งเชิงปริมาณ, SNP, InDels, โครงสร้างและจำนวนสำเนา
การเสริมประสิทธิภาพยีนออนโทโลยี (GO)
เครื่องมือ GO Enrichment นำเสนอการวิเคราะห์การเสริมสมรรถนะเชิงฟังก์ชัน ซอฟต์แวร์หลักในเครื่องมือนี้คือชุด TopGO-Bioconductor ซึ่งประกอบด้วยการวิเคราะห์การแสดงออกเชิงอนุพันธ์ การวิเคราะห์การเสริมสมรรถนะ GO และการแสดงภาพผลลัพธ์
การวิเคราะห์เครือข่ายการแสดงออกร่วมของยีนที่มีน้ำหนัก (WGCNA)
WGCNA เป็นวิธีการขุดข้อมูลที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการค้นหาโมดูลการแสดงออกร่วมของยีน สามารถนำไปประยุกต์ใช้กับชุดข้อมูลการแสดงออกต่างๆ รวมถึงข้อมูลการแสดงออกของยีนไมโครอาร์เรย์และ NGS
อินเตอร์โปรสแกน
เครื่องมือ InterProScan ช่วยวิเคราะห์และจำแนกลำดับโปรตีนของ InterPro
โกเค็ก เอ็นริชเมนต์
เครื่องมือเสริมประสิทธิภาพ GO KEGG ออกแบบมาเพื่อสร้างฮิสโทแกรมเสริมประสิทธิภาพ GO, ฮิสโทแกรมเสริมประสิทธิภาพ KEGG และเส้นทางเสริมประสิทธิภาพ KEGG โดยอิงจากชุดยีนที่กำหนดให้และคำอธิบายประกอบที่สอดคล้องกัน