แผนที่ความร้อน
ไฟล์ข้อมูลเมทริกซ์ใช้สำหรับการวาดแผนที่ความร้อน ซึ่งสามารถกรอง ปรับข้อมูลให้เป็นมาตรฐาน และจัดกลุ่มข้อมูลเมทริกซ์ได้ส่วนใหญ่จะใช้สำหรับการวิเคราะห์กลุ่มของระดับการแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่างต่างๆ
คำอธิบายประกอบของยีน
คำอธิบายประกอบฟังก์ชันยีนดำเนินการโดยลำดับการแมปในไฟล์ FASTA กับฐานข้อมูลต่างๆ
คำอธิบายประกอบของยีน
เครื่องมือค้นหาการจัดตำแหน่งท้องถิ่นขั้นพื้นฐาน
CDS_UTR_การคาดการณ์
เครื่องมือนี้ได้รับการออกแบบมาเพื่อทำนายขอบเขตการเข้ารหัส (CDS) และขอบเขตที่ไม่เข้ารหัส (UTR) ในลำดับการถอดเสียงที่กำหนดโดยอิงตามการระเบิดเทียบกับฐานข้อมูลโปรตีนที่รู้จักและการทำนาย ORF
แผนแมนฮัตตัน
โครงเรื่องแมนฮัตตันทำให้สามารถแสดงข้อมูลด้วยจุดข้อมูลจำนวนมากมักใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS)
เซอร์คอส
แผนภาพ CIRCOS ช่วยให้สามารถนำเสนอการกระจาย SNP, InDeL, SV, CNV บนจีโนมได้โดยตรง
GO_การเพิ่มคุณค่า
TopGO เป็นเครื่องมือที่ออกแบบมาเพื่อเพิ่มคุณค่าการใช้งานแพ็คเกจ TopGO-Bioconductor ประกอบด้วยการวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกัน การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่า GO และการแสดงผลลัพธ์เป็นภาพมันจะสร้างโฟลเดอร์ที่มีเอาต์พุตชื่อ "กราฟ" ซึ่งมีผลลัพธ์สำหรับ topGO_BP, topGO_CC และ topGO_MF
WGCNA
WGCNA เป็นวิธีการขุดข้อมูลที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการค้นหาโมดูลการแสดงออกร่วมของยีนสามารถใช้ได้กับชุดข้อมูลการแสดงออกต่างๆ รวมถึงข้อมูล microarray และข้อมูลการแสดงออกของยีนที่มาจากการจัดลำดับรุ่นต่อไป
อินเตอร์โปรสแกน
การวิเคราะห์และการจำแนกลำดับโปรตีนของ InterPro
GO_KEGG_การเพิ่มคุณค่า
เครื่องมือนี้ได้รับการออกแบบเพื่อสร้างฮิสโตแกรมการเพิ่มคุณค่า GO, ฮิสโตแกรมการเพิ่มคุณค่า KEGG และเส้นทางการเพิ่มคุณค่า KEGG ตามชุดยีนที่ให้มาและคำอธิบายประกอบที่เกี่ยวข้อง