แผนที่ความร้อน
เครื่องมือ Heatmap รับไฟล์ข้อมูลเมทริกซ์เป็นอินพุต และอนุญาตให้ผู้ใช้กรอง ปรับค่าให้เป็นมาตรฐาน และจัดกลุ่มข้อมูล การใช้งานหลักของ Heatmap คือการวิเคราะห์การจัดกลุ่มระดับการแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่างต่างๆ
การระบุยีน
เครื่องมือการระบุคำอธิบายยีนจะทำการระบุคำอธิบายยีนโดยอาศัยการจัดเรียงลำดับของไฟล์ FASTA ที่ป้อนเข้ามาเทียบกับฐานข้อมูลต่างๆ
เครื่องมือค้นหาการจัดเรียงลำดับท้องถิ่นขั้นพื้นฐาน (BLAST)
เครื่องมือ BLAST เป็นเวอร์ชันที่ผสานรวมเข้ากับ BMKCloud ของ NCBI BLAST และสามารถใช้เพื่อดำเนินการฟังก์ชันเดียวกันโดยใช้ข้อมูลที่อัปโหลดไปยังบัญชี BMKCloud ได้
การทำนาย CDS_UTR
เครื่องมือทำนาย CDS_UTR ถูกออกแบบมาเพื่อทำนายบริเวณที่เข้ารหัส (CDS) และบริเวณที่ไม่เข้ารหัส (UTR) ในลำดับของทรานสคริปต์ที่กำหนด โดยอาศัยผลลัพธ์ BLAST จากฐานข้อมูลโปรตีนที่รู้จัก และผลลัพธ์การทำนาย ORF
แผนการแมนฮัตตัน
เครื่องมือ Manhattan Plot ช่วยให้สามารถแสดงผลการทดลองที่มีขนาดตัวอย่างสูง และมักใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS)
แผนภาพเซอร์โคส
เครื่องมือ CIRCOS Diagram ช่วยให้เห็นภาพการกระจายตัวของลักษณะทางพันธุกรรมทั่วทั้งจีโนมได้อย่างมีประสิทธิภาพ ลักษณะทั่วไปได้แก่ ตำแหน่งเชิงปริมาณ (quantitative loci), SNPs, InDels, การเปลี่ยนแปลงโครงสร้าง และการเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนา
การเสริมคุณค่าทางชีววิทยาของยีน (Gene Ontology (GO) Enrichment)
เครื่องมือ GO Enrichment ให้การวิเคราะห์การเสริมคุณค่าเชิงหน้าที่ (Functional Enrichment Analysis) ซอฟต์แวร์หลักในเครื่องมือนี้คือแพ็กเกจ TopGO-Bioconductor ซึ่งประกอบด้วยการวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกัน (Differential Expression Analysis) การวิเคราะห์การเสริมคุณค่า GO และการแสดงผลลัพธ์ด้วยภาพ
การวิเคราะห์เครือข่ายการแสดงออกร่วมของยีนแบบถ่วงน้ำหนัก (WGCNA)
WGCNA เป็นวิธีการทำเหมืองข้อมูลที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการค้นหาโมดูลการแสดงออกร่วมกันของยีน สามารถนำไปใช้กับชุดข้อมูลการแสดงออกต่างๆ รวมถึงข้อมูลการแสดงออกของยีนจากไมโครอาร์เรย์และ NGS ได้
อินเตอร์โปรสแกน
เครื่องมือ InterProScan ให้การวิเคราะห์และจำแนกประเภทลำดับโปรตีน InterPro
การเสริมสร้างความรู้ GO KEGG
เครื่องมือ GO KEGG Enrichment ถูกออกแบบมาเพื่อสร้างฮิสโตแกรมการเสริมคุณค่า GO, ฮิสโตแกรมการเสริมคุณค่า KEGG และวิถีการเสริมคุณค่า KEGG โดยอิงจากชุดยีนที่ให้มาและคำอธิบายประกอบที่เกี่ยวข้อง
