การหาลำดับเมเทจโนมิก -NGS
ข้อดีของการบริการ
● การแยกและปราศจากการเพาะปลูกสำหรับการรวบรวมโปรไฟล์ชุมชนจุลินทรีย์
● ความละเอียดสูงในการตรวจจับสายพันธุ์ที่มีความอุดมสมบูรณ์ต่ำในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม
● แนวคิดเรื่อง "เมตา-" ผสมผสานคุณลักษณะทางชีววิทยาทั้งหมดในระดับการทำงาน ระดับชนิดพันธุ์ และระดับยีน ซึ่งสะท้อนถึงมุมมองแบบไดนามิกที่ใกล้เคียงกับความเป็นจริงมากขึ้น
● BMK สั่งสมประสบการณ์มากมายในประเภทตัวอย่างที่หลากหลายด้วยตัวอย่างที่ประมวลผลมากกว่า 10,000 ตัวอย่าง
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| แพลตฟอร์ม | การเรียงลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | เวลาตอบสนอง |
| แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq | พีอี150 | 6 ก./10 ก./20 ก | 45 วันทำการ |
การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
● การประกอบเมตาจีโนม
● ชุดยีนที่ไม่ซ้ำซ้อนและคำอธิบายประกอบ
● การวิเคราะห์ความหลากหลายของชนิดพันธุ์
● การวิเคราะห์ความหลากหลายของฟังก์ชันทางพันธุกรรม
● การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
● การวิเคราะห์การเชื่อมโยงกับปัจจัยทดลอง
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
ข้อกำหนดตัวอย่าง:
สำหรับสารสกัดจากดีเอ็นเอ:
| ประเภทตัวอย่าง | จำนวน | ความเข้มข้น | ความบริสุทธิ์ |
| สารสกัดจากดีเอ็นเอ | > 30 ง | > 1 นาโนกรัม/ไมโครลิตร | โอดี260/280= 1.6-2.5 |
สำหรับตัวอย่างด้านสิ่งแวดล้อม:
| ประเภทตัวอย่าง | ขั้นตอนการสุ่มตัวอย่างที่แนะนำ |
| ดิน | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;สารที่เหี่ยวเฉาที่เหลืออยู่จะต้องถูกกำจัดออกจากพื้นผิวบดเป็นชิ้นใหญ่แล้วผ่านตัวกรองขนาด 2 มม.แบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือไซโรทูบที่ปลอดเชื้อเพื่อการจอง |
| อุจจาระ | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า |
| เนื้อหาในลำไส้ | ตัวอย่างจะต้องได้รับการประมวลผลภายใต้สภาวะปลอดเชื้อล้างเนื้อเยื่อที่รวบรวมด้วย PBSปั่นแยก PBS และรวบรวมตะกอนในหลอด EP |
| ตะกอน | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างตะกอนในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า |
| แหล่งน้ำ | สำหรับตัวอย่างที่มีจุลินทรีย์ในปริมาณจำกัด เช่น น้ำประปา น้ำบาดาล ฯลฯ ให้รวบรวมน้ำอย่างน้อย 1 ลิตรแล้วผ่านตัวกรองขนาด 0.22 μm เพื่อเพิ่มจุลินทรีย์บนเมมเบรนเก็บเมมเบรนไว้ในหลอดปลอดเชื้อ |
| ผิว | ขูดพื้นผิวอย่างระมัดระวังด้วยสำลีก้านหรือใบมีดผ่าตัด แล้ววางลงในหลอดปลอดเชื้อ |
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
แช่แข็งตัวอย่างในไนโตรเจนเหลวเป็นเวลา 3-4 ชั่วโมง และเก็บในไนโตรเจนเหลวหรือ -80 องศา เพื่อสำรองระยะยาวจำเป็นต้องจัดส่งตัวอย่างด้วยน้ำแข็งแห้ง
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
1.ฮิสโตแกรม: การกระจายพันธุ์
2. ยีนเชิงหน้าที่มีหมายเหตุประกอบอยู่ในวิถีเมแทบอลิซึมของ KEGG
3. แผนที่ความร้อน: ฟังก์ชันดิฟเฟอเรนเชียลขึ้นอยู่กับความอุดมสมบูรณ์ของยีนสัมพัทธ์
4.Circos ของยีนต้านทานยาปฏิชีวนะ CARD
คดีบีเอ็มเค
ความชุกของยีนดื้อยาปฏิชีวนะและแบคทีเรียก่อโรคตามความต่อเนื่องของรากดินและป่าชายเลน
ที่ตีพิมพ์:วารสารวัตถุอันตราย, 2564
กลยุทธ์การจัดลำดับ:
วัสดุ:สารสกัด DNA ของตัวอย่างที่เกี่ยวข้องกับรากป่าชายเลนสี่ชิ้นส่วน: ดินที่ไม่ได้ปลูก ไรโซสเฟียร์ ช่องเอพิสเฟียร์ และเอนโดสเฟียร์
แพลตฟอร์ม: อิลลูมินา HiSeq 2500
เป้าหมาย: เมตาจีโนม
ยีน 16S rRNA บริเวณ V3-V4
ผลลัพธ์ที่สำคัญ
การจัดลำดับเมทาเจโนมิกและการทำโปรไฟล์เมตาบาร์โค้ดบนความต่อเนื่องของรากดิน-รากของต้นอ่อนป่าชายเลนได้รับการประมวลผลเพื่อศึกษาการแพร่กระจายของยีนต้านทานยาปฏิชีวนะ (ARG) จากดินสู่พืชข้อมูลเมตาจีโนมิกเปิดเผยว่า 91.4% ของยีนต้านทานยาปฏิชีวนะมักถูกระบุในช่องดินทั้งสี่ที่กล่าวถึงข้างต้น ซึ่งแสดงให้เห็นรูปแบบที่ต่อเนื่องการจัดลำดับแอมพลิฟายเออร์ 16S rRNA สร้างลำดับ 29,285 ลำดับ คิดเป็น 346 สปีชีส์เมื่อรวมกับการทำโปรไฟล์สปีชีส์โดยการจัดลำดับแอมพลิคอน พบว่าการแพร่กระจายนี้เป็นอิสระจากจุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้องกับราก อย่างไรก็ตาม สามารถอำนวยความสะดวกได้โดยการเคลื่อนที่ขององค์ประกอบทางพันธุกรรมการศึกษาครั้งนี้ระบุการไหลของ ARG และเชื้อโรคจากดินเข้าสู่พืชผ่านทางความต่อเนื่องของรากและดินที่เชื่อมต่อถึงกัน
อ้างอิง
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , จ้วง, W. , & Shu, L. .(2020).ความชุกของยีนดื้อยาปฏิชีวนะและแบคทีเรียก่อโรคตามความต่อเนื่องของรากดิน-ป่าชายเลนวารสารวัสดุอันตราย 408, 124985.
