การจัดลำดับจีโนมแบบเมตาจีโนมิกส์ - NGS
เมตาจีโนมคือชุดของสารพันธุกรรมทั้งหมดของชุมชนสิ่งมีชีวิตผสม เช่น เมตาจีโนมจากสิ่งแวดล้อมและมนุษย์ มันประกอบด้วยจีโนมของจุลินทรีย์ทั้งที่เพาะเลี้ยงได้และเพาะเลี้ยงไม่ได้ การจัดลำดับเมตาจีโนมแบบช็อตกันด้วยเทคโนโลยี NGS ช่วยให้สามารถศึกษาภูมิทัศน์ทางพันธุกรรมที่ซับซ้อนเหล่านี้ซึ่งฝังอยู่ในตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อมได้ โดยให้ข้อมูลมากกว่าแค่การจำแนกทางอนุกรมวิธาน แต่ยังให้ข้อมูลเชิงลึกที่ละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายของสายพันธุ์ พลวัตของความอุดมสมบูรณ์ และโครงสร้างประชากรที่ซับซ้อน นอกเหนือจากการศึกษาทางอนุกรมวิธานแล้ว เมตาจีโนมแบบช็อตกันยังให้มุมมองด้านจีโนมิกส์เชิงหน้าที่ ทำให้สามารถสำรวจยีนที่เข้ารหัสและบทบาทที่อาจเกิดขึ้นในกระบวนการทางนิเวศวิทยาได้ สุดท้าย การสร้างเครือข่ายความสัมพันธ์ระหว่างองค์ประกอบทางพันธุกรรมและปัจจัยทางสิ่งแวดล้อมมีส่วนช่วยให้เข้าใจอย่างรอบด้านถึงปฏิสัมพันธ์ที่ซับซ้อนระหว่างชุมชนจุลินทรีย์และพื้นหลังทางนิเวศวิทยาของพวกมัน โดยสรุปแล้ว การจัดลำดับจีโนมแบบเมตาจีโนมิกส์ถือเป็นเครื่องมือสำคัญในการไขปริศนาความซับซ้อนทางพันธุกรรมของชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย ซึ่งช่วยให้เข้าใจความสัมพันธ์หลายแง่มุมระหว่างพันธุกรรมและนิเวศวิทยาภายในระบบนิเวศที่ซับซ้อนเหล่านี้ได้ดียิ่งขึ้น
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq และ DNBSEQ-T7
ข้อดีของการบริการ
●วิธีการสร้างโปรไฟล์ชุมชนจุลินทรีย์โดยไม่ต้องแยกและเพาะเลี้ยง: ช่วยให้สามารถถอดรหัสลำดับพันธุกรรมจากสิ่งมีชีวิตที่ไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้
●ความละเอียดสูง: ตรวจจับชนิดพันธุ์ที่มีปริมาณน้อยในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม
●การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุม:มุ่งเน้นไม่เพียงแต่ความหลากหลายทางอนุกรมวิธานเท่านั้น แต่ยังรวมถึงความหลากหลายเชิงหน้าที่ของชุมชนด้วย
●ประสบการณ์มากมาย:ด้วยประวัติความสำเร็จในการปิดโครงการเมตาจีโนมิกส์หลายโครงการในสาขาการวิจัยต่างๆ และการประมวลผลตัวอย่างกว่า 200,000 ตัวอย่าง ทีมงานของเราจึงนำประสบการณ์อันล้ำค่ามาสู่ทุกโครงการ
ข้อกำหนดบริการ
| แพลตฟอร์มการจัดลำดับ | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| Illumina NovaSeq หรือ DNBSEQ-T7 | พีอี150 | 6-20GB | Q30≥85% |
ข้อกำหนดในการให้บริการ
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณรวม (นาโนกรัม) | ปริมาตร (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● ดิน/ตะกอน: 2-3 กรัม
● ปริมาณอาหารในลำไส้ของสัตว์: 0.5-2 กรัม
● ปริมาณแมลงในลำไส้: 0.1-0.25 กรัม
● พื้นผิวพืช (ตะกอนที่อุดมด้วยธาตุอาหาร): 0.5-1 กรัม
● ตะกอนที่อุดมด้วยน้ำหมัก: 0.2-0.5 กรัม
● อุจจาระ (สัตว์ขนาดใหญ่): 0.5-2 กรัม
● อุจจาระ (หนู): 3-5 เกรน
● ของเหลวจากการล้างถุงลมปอด: กระดาษกรอง
● การเก็บตัวอย่างจากช่องคลอด: 5-6 ครั้ง
● การเก็บตัวอย่างจากผิวหนัง/อวัยวะเพศ/น้ำลาย/เนื้อเยื่ออ่อนในช่องปาก/คอหอย/ทวารหนัก: 2-3 ไม้สำลี
● จุลินทรีย์บนพื้นผิว: เก็บตัวอย่างด้วยไม้สำลี 5-6 ครั้ง
● แหล่งน้ำ/อากาศ/ไบโอฟิล์ม: กระดาษกรอง
● จุลินทรีย์ภายในพืช: 2-3 กรัม
● คราบจุลินทรีย์ในฟัน: 0.5-1 กรัม
ขั้นตอนการให้บริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การจัดลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ประกอบด้วยการวิเคราะห์ดังต่อไปนี้:
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลลำดับดีเอ็นเอ
● การประกอบเมตาจีโนมและการทำนายยีน
● การระบุตำแหน่งยีน
● การวิเคราะห์ความหลากหลายอัลฟาทางอนุกรมวิธาน
● การวิเคราะห์การทำงานของชุมชน: หน้าที่ทางชีวภาพ กระบวนการเผาผลาญ และความต้านทานต่อยาปฏิชีวนะ
● การวิเคราะห์ความหลากหลายทั้งด้านการทำงานและด้านอนุกรมวิธาน:
การวิเคราะห์ความหลากหลายเบต้า
การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
การวิเคราะห์ความสัมพันธ์: ระหว่างปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมกับองค์ประกอบและความหลากหลายของ OUT
การวิเคราะห์เชิงหน้าที่: การดื้อยาปฏิชีวนะ CARD
การวิเคราะห์ความแตกต่างของวิถีเมตาบอลิซึม KEGG: แผนภูมิความร้อนของวิถีที่มีนัยสำคัญ
ความหลากหลายอัลฟาของการกระจายทางอนุกรมวิธาน: ดัชนี ACE
ความหลากหลายเบต้าของการกระจายทางอนุกรมวิธาน: PCoA
สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการจัดลำดับจีโนมแบบเมตาจีโนมของ BMKGene ร่วมกับ Illumina ผ่านชุดบทความวิจัยที่คัดสรรมาอย่างดี
Hai, Q. และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์เมตาจีโนมิกและเมตาโบโลมิกของการเปลี่ยนแปลงในเนื้อหาลำไส้ของปลาเทราต์สายรุ้ง (Oncorhynchus mykiss) ที่ติดเชื้อไวรัสโรคเนื้อตายเม็ดเลือดติดเชื้อที่อุณหภูมิน้ำเลี้ยงที่แตกต่างกัน'ขอบเขตในจุลชีววิทยา, 14, หน้า 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. และคณะ (2023) 'ชุมชนจุลินทรีย์ ยีนต้านทาน และความเสี่ยงของรีซิสโตมในทะเลสาบในเมืองที่มีสถานะทางโภชนาการแตกต่างกัน: ความเชื่อมโยงภายในและอิทธิพลภายนอก'วารสารความก้าวหน้าของวัสดุอันตราย, 9, น. 100233. ดอย: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. และคณะ (2022) 'การวิเคราะห์เมตาจีโนมิกส์เผยให้เห็นความแตกต่างในองค์ประกอบและหน้าที่ระหว่างจุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้องกับของเหลวและจุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้องกับของแข็งในกระเพาะรูเมนของแกะ'ขอบเขตในจุลชีววิทยา, 13, หน้า 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. และคณะ (2023) 'จุลินทรีย์ในลำไส้ของหมู Ningxiang ที่อ้วนปรับเปลี่ยนกระบวนการเผาผลาญคาร์นิทีนเพื่อส่งเสริมการสะสมกรดไขมันในกล้ามเนื้อของหมู DLY ที่ผอม'นวัตกรรม, 4(5), น. 100486. ดอย: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. และคณะ (2023) 'ข้อมูลเชิงลึกด้านเมตาจีโนมิกส์เกี่ยวกับความเสี่ยงที่อาจเกิดขึ้นจากพลาสติกที่ย่อยสลายได้/ย่อยสลายไม่ได้ และเศษวัสดุที่ไม่ใช่พลาสติกในบริเวณต้นน้ำและปลายน้ำของปากแม่น้ำไห่เหอ ประเทศจีน'วิทยาศาสตร์แห่งสิ่งแวดล้อมโดยรวม, 887, น. 164026. ดอย: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
