สินค้า

พันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ

ภาพประกอบหลักจากวารสาร Evolutionary Genetics

พันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการเป็นบริการลำดับดีเอ็นเอแบบครบวงจรที่ออกแบบมาเพื่อนำเสนอการตีความเชิงลึกเกี่ยวกับการวิวัฒนาการภายในกลุ่มบุคคลขนาดใหญ่ โดยอาศัยความแปรผันทางพันธุกรรม รวมถึง SNP, InDels, SVs และ CNVs บริการนี้ครอบคลุมการวิเคราะห์ที่จำเป็นทั้งหมดเพื่ออธิบายการเปลี่ยนแปลงเชิงวิวัฒนาการและลักษณะทางพันธุกรรมของประชากร รวมถึงการประเมินโครงสร้างประชากร ความหลากหลายทางพันธุกรรม และความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ นอกจากนี้ยังเจาะลึกไปถึงการศึกษาการไหลของยีน ทำให้สามารถประมาณขนาดประชากรที่มีประสิทธิภาพและเวลาการแยกสายพันธุ์ได้ การศึกษาพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการให้ข้อมูลเชิงลึกที่มีค่าเกี่ยวกับต้นกำเนิดและการปรับตัวของสิ่งมีชีวิต

ที่ BMKGENE เรามีสองแนวทางสำหรับการศึกษาพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการในประชากรขนาดใหญ่ ได้แก่ การใช้การจัดลำดับจีโนมทั้งหมด (WGS) หรือการเลือกใช้วิธีการจัดลำดับจีโนมแบบลดขนาด ซึ่งก็คือ Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) ที่พัฒนาขึ้นภายในองค์กร WGS เหมาะสำหรับจีโนมขนาดเล็ก ในขณะที่ SLAF เป็นทางเลือกที่คุ้มค่าสำหรับการศึกษาประชากรขนาดใหญ่ที่มีจีโนมยาวกว่า ช่วยลดต้นทุนการจัดลำดับได้อย่างมีประสิทธิภาพ

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ชีวสารสนเทศ

ผลลัพธ์การสาธิต

สิ่งพิมพ์เด่น

ข้อดีของการบริการ

ทาคากิและคณะวารสารพืช2013

●การวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศอย่างครอบคลุม:ทำให้สามารถประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรม ซึ่งสะท้อนถึงศักยภาพในการวิวัฒนาการของสายพันธุ์ และเปิดเผยความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการที่น่าเชื่อถือระหว่างสายพันธุ์ โดยลดอิทธิพลของการวิวัฒนาการแบบลู่เข้าและการวิวัฒนาการแบบขนานให้น้อยที่สุด

●การวิเคราะห์แบบกำหนดเอง (ไม่บังคับ)เช่น การประมาณเวลาและอัตราเร็วของการแยกสายวิวัฒนาการโดยพิจารณาจากความแปรผันในระดับนิวคลีโอไทด์และกรดอะมิโน

●มีความเชี่ยวชาญและผลงานตีพิมพ์มากมายBMKGene สั่งสมประสบการณ์มากมายในโครงการพันธุศาสตร์ประชากรและวิวัฒนาการมานานกว่า 15 ปี ครอบคลุมสิ่งมีชีวิตหลายพันชนิด และมีส่วนร่วมในโครงการระดับสูงกว่า 1,000 โครงการที่ตีพิมพ์ในวารสาร Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal เป็นต้น

● ทีมชีวสารสนเทศที่มีทักษะสูงและรอบการวิเคราะห์ที่สั้นด้วยประสบการณ์อันยาวนานในการวิเคราะห์จีโนมขั้นสูง ทีมงานของ BMKGene จึงสามารถนำเสนอการวิเคราะห์ที่ครอบคลุมและรวดเร็ว

● บริการหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราไม่ได้จำกัดอยู่แค่การเสร็จสิ้นโครงการเท่านั้น แต่ยังรวมถึงบริการหลังการขายอีก 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราจะติดตามโครงการ ให้ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และตอบคำถามต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์

ข้อกำหนดและเงื่อนไขการให้บริการ

ประเภทของการจัดลำดับ

ขนาดประชากรที่แนะนำ

กลยุทธ์การจัดลำดับ

ความต้องการนิวคลีโอไทด์

การจัดลำดับจีโนมทั้งหมด

≥ 30 คน โดยมี ≥ 10 คนจากแต่ละกลุ่มย่อย

10x

ความเข้มข้น: ≥ 1 นาโนกรัม/ไมโครลิตร

ปริมาณรวม ≥ 30 นาโนกรัม

การเสื่อมสภาพหรือการปนเปื้อนมีน้อยหรือไม่มีเลย

ชิ้นส่วนที่ขยายด้วยตำแหน่งเฉพาะ (SLAF)

ความลึกของแท็ก:

10x

จำนวนแท็ก:

<400 Mb: แนะนำให้ใช้ WGS

<1GB: 100,000 แท็ก

1GB

>2GB: 300,000 แท็ก

แท็กสูงสุด 500,000 แท็ก

ความเข้มข้น ≥ 5 นาโนกรัม/ไมโครลิตร

ปริมาณรวม ≥ 80 นาโนกรัม

Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5

เจลอะกาโรส: ไม่มีการเสื่อมสภาพหรือปนเปื้อน หรือมีการเสื่อมสภาพหรือปนเปื้อนน้อยมาก

ขั้นตอนการให้บริการ

การออกแบบการทดลอง

การจัดส่งตัวอย่าง

การก่อสร้างห้องสมุด

การจัดลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

บริการหลังการขาย

ก่อนหน้า: การวิเคราะห์การแยกกลุ่มแบบรวม

ต่อไป: เมตาโบโลมิกส์

บริการนี้ครอบคลุมการวิเคราะห์โครงสร้างประชากร (แผนภูมิวิวัฒนาการ, PCA, แผนภูมิการแบ่งชั้นประชากร), ความหลากหลายของประชากร และการคัดเลือกประชากร (ภาวะไม่สมดุลของการเชื่อมโยงยีน, การคัดเลือกโดยธรรมชาติของตำแหน่งที่ได้เปรียบ) นอกจากนี้ยังสามารถรวมการวิเคราะห์แบบกำหนดเองได้ (เช่น เวลาการแยกสายพันธุ์, การไหลของยีน)

*ผลลัพธ์การสาธิตที่แสดงในที่นี้ทั้งหมดมาจากจีโนมที่เผยแพร่ด้วย BMKGENE

1. การวิเคราะห์วิวัฒนาการประกอบด้วยการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ โครงสร้างประชากร และการวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA) โดยอิงจากความแปรผันทางพันธุกรรม

แผนภูมิวิวัฒนาการแสดงถึงความสัมพันธ์ทางอนุกรมวิธานและวิวัฒนาการระหว่างสายพันธุ์ที่มีบรรพบุรุษร่วมกัน
PCA มีเป้าหมายเพื่อแสดงให้เห็นถึงความใกล้ชิดระหว่างกลุ่มย่อยต่างๆ
โครงสร้างประชากรแสดงให้เห็นถึงการมีอยู่ของประชากรย่อยที่มีความแตกต่างทางพันธุกรรมในแง่ของความถี่ของอัลลีล

3-1แผนภูมิวิวัฒนาการ 3-2PCA 3-3โครงสร้างประชากร

เฉิน และคณะพีเอ็นเอเอส2020

2. การกวาดแบบเลือกเฉพาะจุด

การกวาดล้างแบบเลือกสรร หมายถึงกระบวนการที่เลือกพื้นที่ที่ได้เปรียบ และเพิ่มความถี่ของพื้นที่ที่เป็นกลางที่เชื่อมโยงกัน และลดความถี่ของพื้นที่ที่ไม่เชื่อมโยงกัน ส่งผลให้พื้นที่ในระดับภูมิภาคลดลง

การตรวจจับทั่วทั้งจีโนมในบริเวณที่มีการคัดเลือกอย่างเข้มข้นจะดำเนินการโดยการคำนวณดัชนีทางพันธุกรรมของประชากร (π, Fst, Tajima's D) ของ SNP ทั้งหมดภายในหน้าต่างเลื่อน (100 Kb) ในขั้นตอนที่กำหนด (10 Kb)

ความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์ (π)
4นิวคลีโอไทด์-ความหลากหลาย (π)

ทาจิมะ ดี
5Tajima's-D

ดัชนีการตรึง (Fst)

6ดัชนีการตรึง (Fst)

หวู และคณะพืชโมเลกุล2018

3. การไหลของยีน

7Gene-flow

หวู และคณะพืชโมเลกุล2018

4.ประวัติทางประชากรศาสตร์

8ประวัติประชากร

จาง และคณะธรรมชาติ นิเวศวิทยา และวิวัฒนาการ2021

5. เวลาการเบี่ยงเบน

9เวลาแยกตัว

จาง และคณะธรรมชาติ นิเวศวิทยา และวิวัฒนาการ2021

สำรวจความก้าวหน้าต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากบริการพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการของ BMKGene ผ่านชุดบทความตีพิมพ์ที่คัดสรรมาอย่างดี:

Hassanyar, AK และคณะ (2023) 'การค้นพบเครื่องหมายโมเลกุล SNP และยีนที่เกี่ยวข้องกับความต้านทานต่อไวรัส Sacbrood ในตัวอ่อนผึ้ง Apis cerana cerana โดยการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดใหม่'วารสารนานาชาติวิทยาศาสตร์โมเลกุล, 24(7). ดอย: 10.3390/IJMS24076238.

Chai, J. และคณะ (2022) 'การค้นพบซาลาแมนเดอร์ยักษ์จีนสายพันธุ์ป่าที่มีพันธุกรรมบริสุทธิ์สร้างโอกาสใหม่ในการอนุรักษ์'การวิจัยทางสัตววิทยา, 2022, Vol. 43, Issue 3, Pages: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.

Han, M. และคณะ (2022) 'รูปแบบทางภูมิศาสตร์พันธุกรรมและประวัติวิวัฒนาการของประชากร Elymus sibiricus L. พื้นเมืองบนที่ราบสูงชิงไห่-ทิเบต'ขอบเขตในวิทยาศาสตร์พืช, 13, หน้า 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.

Wang, J. et al. (2022) 'ข้อมูลเชิงลึกทางจีโนมเกี่ยวกับการวิวัฒนาการของลำไยจากการประกอบจีโนมระดับโครโมโซมและจีโนมิกส์ประชากรของสายพันธุ์ลำไย'การวิจัยด้านพืชสวน9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.