Masuk ke BMKCloud

Produk

Pengurutan Amplikon 16S/18S/ITS-NGS

Pengurutan amplikon dengan teknologi Illumina, khususnya yang menargetkan penanda genetik 16S, 18S, dan ITS, adalah metode ampuh untuk mengungkap filogeni, taksonomi, dan kelimpahan spesies dalam komunitas mikroba. Pendekatan ini melibatkan pengurutan wilayah hipervariabel dari penanda genetik pengatur rumah tangga. Awalnya diperkenalkan sebagai sidik jari molekuler olehWoeses dkk.Pada tahun 1977, teknik ini telah merevolusi profil mikrobioma dengan memungkinkan analisis tanpa isolasi. Melalui pengurutan 16S (bakteri), 18S (jamur), dan Internal Transcribed Spacer (ITS, jamur), para peneliti dapat mengidentifikasi tidak hanya spesies yang melimpah tetapi juga spesies langka dan yang belum teridentifikasi. Diadopsi secara luas sebagai alat penting, pengurutan amplikon telah menjadi instrumen penting dalam membedakan komposisi mikroba yang berbeda di berbagai lingkungan, termasuk mulut manusia, usus, tinja, dan lainnya.

Hubungi kami

Rincian Layanan

Bioinformatika

Hasil Demo

Publikasi Unggulan

Fitur Layanan

● Platform sekuensing: Illumina NovaSeq.

● Amplifikasi wilayah pendek 16S, 18S dan ITS, di antara target amplifikasi lainnya.

● Pilihan amplikon yang fleksibel.

● Pengalaman proyek sebelumnya dengan beberapa target amplifikasi.

Keunggulan Layanan

●Bebas isolasi:Identifikasi cepat komposisi mikroba dalam sampel lingkungan.

●Resolusi Tinggi: Pada komponen dengan kelimpahan rendah dalam sampel lingkungan.

●Dapat Diterapkan Secara Luas: Studi komunitas mikroba yang beragam.

●Analisis Bioinformatika Komprehensif: Paket QIIME2 terbaru (wawasan kuantitatif tentang ekologi mikroba) dengan beragam analisis dalam hal basis data, anotasi, OTU/ASV.

●Keahlian yang LuasDengan 150 ribu proyek pengurutan amplikon yang dilakukan setiap tahun, BMKGENE menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten yang komprehensif, dan dukungan purna jual yang sangat baik.

Spesifikasi Layanan

Perpustakaan	Strategi Pengurutan	Data yang direkomendasikan
Amplikon	Illumina PE250	Tag 50/100/300 ribu (Pasangan Baca)

Persyaratan Layanan

Konsentrasi (ng/µL)	Jumlah total (ng)	Volume (µL)
≥1	≥200	≥20

● Tanah/lumpur: 1-2g
● Isi usus hewan: 0,5-2g
● Isi usus - serangga: 0,1-0,25 g
● Permukaan tanaman (sedimen yang diperkaya): 0,1-0,5g
● Kaldu fermentasi yang diperkaya dengan sedimen): 0,1-0,5g
● Kotoran (hewan besar): 0,5-2g
● Kotoran (tikus): 3-5 butir
● Cairan bilasan alveolus paru: kertas saring
● Usap vagina: 5-6 usap
● Usap kulit/genital/air liur/jaringan lunak mulut/usap faring/usap rektum: 2-3 usap
● Mikroorganisme permukaan: kertas saring
● Badan air/udara/biofilm: kertas saring
● Endofit: 1-2g
● Plak Gigi: 0,5-1g

Alur Kerja Layanan

Pengiriman sampel

Konstruksi perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Pengurutan Ulang Seluruh Genom Bakteri dan Jamur

Berikutnya: Pengurutan Amplikon 16S/18S/ITS - PacBio

Termasuk analisis berikut:

Kontrol kualitas data mentah
Pengelompokan OTU / Penghilangan noise (ASV)
Anotasi OTU
Analisis keanekaragaman alfa: beberapa indeks, termasuk Shannon, Simpson, dan ACE.
Analisis keanekaragaman beta
Analisis antar kelompok
Analisis korelasi: antara faktor lingkungan dan komposisi serta keanekaragaman OUT
prediksi gen fungsional 16S

Histogram distribusi taksonomi

peta panas pengelompokan kelimpahan taksonomi

Analisis keanekaragaman alfa: kurva rarefaksi

Analisis keanekaragaman beta: NMDS

Analisis antar kelompok: Penemuan biomarker LEFSE

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan amplikon BMKGene dengan Illumina melalui koleksi publikasi pilihan.

Dong, C. dkk. (2022) 'Pembentukan, Mikrobiota Inti, dan Fungsi Mikrobiota Tanah dan Kulit Kayu Rizosfer pada Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.

Li, Y. dkk. (2023) 'Transplantasi konsorsium bakteri sintetis untuk pengobatan vaginosis bakteri yang disebabkan oleh Gardnerella vaginalis pada tikus', Mikrobioma, 11(1), hlm. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y

Yang, J., Fu, Y. dan Liu, H. (2022) 'Mikrobioma debu udara yang dikumpulkan selama eksperimen pendukung kehidupan bioregeneratif tertutup berbasis darat “Lunar Palace 365”', Mikrobioma Lingkungan, 17(1), hlm. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.

Yin, S. dkk. (2022) 'Kelimpahan gen fungsional yang bergantung pada bahan baku terkait dengan transformasi nitrogen yang mengendalikan kehilangan nitrogen dalam pengomposan', Bioresource Technology, 361, hlm. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.