Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-NGS
Keunggulan Layanan
● Identifikasi komposisi mikroba dalam sampel lingkungan tanpa isolasi dan cepat
● Resolusi tinggi pada komponen dengan kelimpahan rendah dalam sampel lingkungan
● Alur analisis QIIME2 terbaru dengan beragam analisis dalam hal database, anotasi, OTU/ASV.
● Throughput tinggi, akurasi lebih tinggi
● Berlaku untuk studi komunitas mikroba yang beragam
● BMK memiliki pengalaman luas dengan lebih dari 100.000 sampel/tahun, meliputi tanah, air, gas, lumpur, feses, usus, kulit, kaldu fermentasi, serangga, tumbuhan, dll.
● BMKCloud memfasilitasi interpretasi data yang berisi 45 alat analisis yang dipersonalisasi
Spesifikasi Layanan
| PengurutanPlatform | Perpustakaan | Hasil data yang direkomendasikan | Perkiraan waktu penyelesaian |
| Platform Iluminasi NovaSeq | PE250 | Tag 50K/100K/300K | 30 hari |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● Pengelompokan OTU/Penghilangan Kebisingan (ASV)
● Anotasi OTU
● Keanekaragaman alfa
● Keanekaragaman beta
● Analisis antar kelompok
● Analisis asosiasi terhadap faktor eksperimen
● Prediksi gen fungsi
Persyaratan Sampel dan Pengiriman
Persyaratan Sampel:
UntukEkstrak DNA:
| Jenis Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kemurnian |
| Ekstrak DNA | ＞ 30ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Untuk sampel lingkungan:
| Jenis sampel | Prosedur pengambilan sampel yang direkomendasikan |
| Tanah | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Bahan yang tersisa yang layu perlu dihilangkan dari permukaan;Giling potongan besar dan lewati filter 2 mm;Sampel aliquot dalam tabung EP atau cyrotube steril untuk reservasi. |
| Kotoran | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan alikuot sampel dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi. |
| Isi usus | Sampel perlu diproses dalam kondisi aseptik.Cuci jaringan yang dikumpulkan dengan PBS;Sentrifugasi PBS dan kumpulkan endapan dalam tabung EP. |
| Lumpur | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan kumpulkan sampel lumpur dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi |
| badan air | Untuk sampel dengan jumlah mikroba terbatas, seperti air keran, air sumur, dll., Kumpulkan setidaknya 1 L air dan lewati filter 0,22 μm untuk memperkaya mikroba pada membran.Simpan membran dalam tabung steril. |
| Kulit | Kikis permukaan kulit dengan hati-hati menggunakan kapas steril atau pisau bedah dan masukkan ke dalam tabung steril. |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang.Diperlukan pengiriman sampel dengan es kering.
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Pembangunan perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
1. Distribusi spesies
2.Peta panas: Pengelompokan kekayaan spesies
3. Kurva faksi langka
4. Analisis NMDS
5. Analisis kiri
Kasus BMK
Individu yang mengalami obesitas dengan dan tanpa Diabetes Tipe 2 menunjukkan kapasitas dan komposisi fungsional mikroba usus yang berbeda
Diterbitkan:Host Sel & Mikroba, 2019
Strategi pengurutan:
Lean non-diabetes (n=633);Obesitas non-diabetes (n=494);Diabetes Tipe 2 Obesitas (n=153);
Wilayah sasaran: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (pengurutan amplikon berbasis NGS)
Subset ekstrak DNA menjadi sasaran pengurutan metagenomik pada Illumina Hiseq
Hasil utama
Profil mikroba penyakit metabolik ini berhasil dibedakan.
Dengan membandingkan fitur mikroba yang dihasilkan oleh pengurutan 16S, obesitas ditemukan berhubungan dengan perubahan komposisi mikroba, fitur individu, terutama penurunan signifikan pada Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, dll. Selain itu, T2D ditemukan terkait dengan peningkatan Escherichia/shigella .
Referensi
Thingholm, LB, dkk.“Orang yang mengalami obesitas dengan dan tanpa Diabetes Tipe 2 Menunjukkan Kapasitas dan Komposisi Fungsi dan Komposisi Mikroba Usus yang Berbeda.”Host Sel & Mikroba26.2(2019).
