Masuk ke BMKCloud

Produk

Pengurutan mRNA lengkap - PacBio

Pengurutan mRNA lengkap - Gambar Unggulan PacBio

Meskipun sekuensing mRNA berbasis NGS merupakan alat serbaguna untuk mengukur ekspresi gen, ketergantungannya pada bacaan pendek membatasi penggunaannya dalam analisis transkriptomik yang kompleks. Di sisi lain, sekuensing PacBio (Iso-Seq) menggunakan teknologi bacaan panjang, memungkinkan sekuensing transkrip mRNA lengkap. Pendekatan ini memfasilitasi eksplorasi komprehensif tentang penyambungan alternatif, fusi gen, dan poliadenilasi. Namun, ada pilihan lain untuk kuantifikasi ekspresi gen karena jumlah data yang dibutuhkan sangat besar. Teknologi sekuensing PacBio bergantung pada sekuensing molekul tunggal, waktu nyata (SMRT), memberikan keuntungan yang berbeda dalam menangkap transkrip mRNA lengkap. Pendekatan inovatif ini melibatkan penggunaan pandu gelombang mode nol (ZMW) dan sumur mikrofabrikasi yang memungkinkan pengamatan aktivitas DNA polimerase secara waktu nyata selama sekuensing. Di dalam ZMW ini, DNA polimerase PacBio mensintesis untai DNA komplementer, menghasilkan bacaan panjang yang mencakup keseluruhan transkrip mRNA. Pengoperasian PacBio dalam mode pengurutan Konsensus Sirkular (CCS) meningkatkan akurasi dengan berulang kali mengurutkan molekul yang sama. Bacaan HiFi yang dihasilkan memiliki akurasi yang sebanding dengan NGS, yang selanjutnya berkontribusi pada analisis fitur transkriptomik kompleks yang komprehensif dan andal.

Platform: Sekuel PacBio II; PacBio Revio

Hubungi kami

Rincian Layanan

Bioinformatika

Hasil Demo

Publikasi Unggulan

Fitur

● Sintesis cDNA dari mRNA poli-A diikuti dengan persiapan pustaka.

● Pengurutan dalam mode CCS, menghasilkan pembacaan HiFi

● Pengurutan transkrip lengkap

● Analisis ini tidak memerlukan genom referensi; namun, genom referensi dapat digunakan.

● Analisis bioinformatika memungkinkan analisis transkrip isoform lncRNA, fusi gen, poliadenilasi, dan struktur gen.

Keunggulan Layanan

●Akurasi Tinggi: HiFi membaca dengan akurasi >99,9% (Q30), sebanding dengan NGS

● Analisis Penyambungan Alternatif: pengurutan seluruh transkrip memungkinkan identifikasi dan karakterisasi isoform

●Keahlian yang LuasDengan rekam jejak menyelesaikan lebih dari 1100 proyek transkriptom lengkap PacBio dan memproses lebih dari 2300 sampel, tim kami membawa segudang pengalaman ke setiap proyek.

●Dukungan Purna JualKomitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasilnya.

Persyaratan dan Pengiriman Sampel

Perpustakaan

Strategi pengurutan

Data yang direkomendasikan

Kontrol Kualitas

Pustaka CCS mRNA yang diperkaya PolyA

Sekuel PacBio II

PacBio Revio

20/40 GB

5/10 M CCS

Q30≥85%

Contoh Persyaratan:

Nukleotida:

● Tanaman:

Akar, Batang, atau Kelopak: 450 mg

Daun atau Biji: 300 mg

Buah: 1,2 g

● Hewan:

Jantung atau Usus: 300 mg

Organ Dalam atau Otak: 240 mg

Otot: 450 mg

Tulang, Rambut, atau Kulit: 1g

● Arthropoda:

Serangga: 6g

Krustasea: 300 mg

● Darah utuh: 1 tabung

● Sel: 10⁶sel

Konsentrasi (ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 100

≥ 1,0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Kontaminasi protein atau DNA yang terlihat pada gel terbatas atau tidak ada sama sekali.

Untuk tanaman: RIN≥7,5;

Untuk hewan: RIN≥8,0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

Peningkatan dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Wadah: Tabung sentrifugasi 2 ml (Tidak disarankan menggunakan kertas timah)

Pelabelan sampel: Grup+replika, misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Pengiriman:

1. Es kering: Sampel perlu dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.

2. Tabung RNAstable: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim pada suhu ruangan.

Alur Kerja Layanan

Desain eksperimen

Pengiriman sampel

Ekstraksi RNA

Konstruksi perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Pengurutan mRNA Eukariotik-NGS

Berikutnya: Pengurutan mRNA Panjang Penuh - Nanopore

Termasuk analisis berikut:

● Kontrol kualitas data mentah

● Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

● Analisis transkrip fusi

● Analisis Penyambungan Alternatif

● Analisis Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)

● Analisis transkrip baru: prediksi sekuens pengkodean (CDS) dan anotasi fungsional

● Analisis lncRNA: prediksi lncRNA dan targetnya

● Identifikasi Mikrosatelit (SSR)

Analisis BUSCO

Analisis Penyambungan Alternatif

Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

Anotasi fungsional transkrip baru

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan mRNA lengkap Nanopore dari BMKGene dalam publikasi unggulan ini.

Ma, Y. dkk. (2023) 'Analisis komparatif metode sekuensing RNA PacBio dan ONT untuk identifikasi bisa Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), hlm. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. dkk. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus', Jurnal Bioteknologi Tanaman, 17(1), hlm. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. dkk. (2022) 'Perubahan Dinamis Kandungan Asam Askorbat selama Perkembangan dan Pematangan Buah Actinidia latifolia (Tanaman Buah Kaya Askorbat) dan Mekanisme Molekuler Terkait', Jurnal Internasional Ilmu Molekuler, 23(10), hlm. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Prediksi efektif gen jalur biosintesis yang terlibat dalam polifilin bioaktif pada Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), hlm. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. dkk. (2023) 'Analisis Gabungan PacBio Iso-Seq dan Illumina RNA-Seq dari Transkriptom Tuta absoluta (Meyrick) dan Gen Sitokrom P450', Serangga, 14(4), hlm. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

Wang, Lijun dkk. (2019) 'Survei kompleksitas transkriptom menggunakan analisis real-time molekul tunggal PacBio yang dikombinasikan dengan sekuensing RNA Illumina untuk pemahaman yang lebih baik tentang biosintesis asam risinoleat pada Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), hlm. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.