Masuk ke BMKCloud

Produk

Pengurutan mRNA Panjang Penuh - Nanopore

Gambar Unggulan Pengurutan mRNA Lengkap - Nanopore

Meskipun sekuensing mRNA berbasis NGS merupakan alat serbaguna untuk mengukur ekspresi gen, ketergantungannya pada bacaan pendek membatasi efektivitasnya dalam analisis transkriptomik yang kompleks. Di sisi lain, sekuensing nanopore menggunakan teknologi bacaan panjang, memungkinkan sekuensing transkrip mRNA lengkap. Pendekatan ini memfasilitasi eksplorasi komprehensif tentang penyambungan alternatif, fusi gen, poliadenilasi, dan kuantifikasi isoform mRNA.

Pengurutan nanopore, sebuah metode yang mengandalkan sinyal listrik molekul tunggal secara real-time dari nanopore, memberikan hasil secara real-time. Dipandu oleh protein motor, DNA untai ganda berikatan dengan protein nanopore yang tertanam dalam biofilm, kemudian terurai saat melewati saluran nanopore di bawah perbedaan tegangan. Sinyal listrik khas yang dihasilkan oleh basa yang berbeda pada untai DNA dideteksi dan diklasifikasikan secara real-time, sehingga memfasilitasi pengurutan nukleotida yang akurat dan berkelanjutan. Pendekatan inovatif ini mengatasi keterbatasan pembacaan pendek dan menyediakan platform dinamis untuk analisis genomik yang rumit, termasuk studi transkriptomik kompleks, dengan hasil yang langsung terlihat.

Platform: Nanopore PromethION 48

Hubungi kami

Rincian Layanan

Bioinformatika

Hasil Demo

Publikasi Unggulan

Fitur

● Pengambilan mRNA poli-A diikuti dengan sintesis cDNA dan persiapan pustaka.

● Pengurutan transkrip lengkap

● Analisis bioinformatika berdasarkan penyelarasan dengan genom referensi

● Analisis bioinformatika tidak hanya mencakup ekspresi pada tingkat gen dan isoform, tetapi juga analisis lncRNA, fusi gen, poliadenilasi, dan struktur gen.

Keunggulan Layanan

●Kuantifikasi ekspresi pada tingkat isoform: memungkinkan analisis ekspresi yang detail dan akurat, mengungkap perubahan yang mungkin tersembunyi saat menganalisis ekspresi gen secara keseluruhan

●Pengurangan Kebutuhan Data:Dibandingkan dengan Next-Generation Sequencing (NGS), sequencing Nanopore menunjukkan kebutuhan data yang lebih rendah, memungkinkan tingkat saturasi kuantifikasi ekspresi gen yang setara dengan data yang lebih kecil.

●Akurasi kuantifikasi ekspresi yang lebih tinggibaik pada tingkat gen maupun isoform

●Identifikasi informasi transkriptomik tambahan: poliadenilasi alternatif, gen fusi dan lcnRNA serta gen targetnya

●Keahlian yang LuasTim kami membawa segudang pengalaman ke setiap proyek, setelah menyelesaikan lebih dari 850 proyek transkriptom lengkap Nanopore dan memproses lebih dari 8.000 sampel.

●Dukungan Purna JualKomitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasilnya.

Persyaratan dan Pengiriman Sampel

Perpustakaan	Strategi pengurutan	Data yang direkomendasikan	Kontrol Kualitas
Diperkaya dengan Poli A	Nanopore PromethION 48	6/12 GB	Skor kualitas rata-rata: Q10

Contoh Persyaratan:

Nukleotida:

Konsentrasi (ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 100

≥ 1,0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Kontaminasi protein atau DNA yang terlihat pada gel terbatas atau tidak ada sama sekali.

Untuk tanaman: RIN≥7,0;

Untuk hewan: RIN≥7,5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

Peningkatan dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali

● Tanaman:

Akar, Batang, atau Kelopak: 450 mg

Daun atau Biji: 300 mg

Buah: 1,2 g

● Hewan:

Jantung atau Usus: 300 mg

Organ Dalam atau Otak: 240 mg

Otot: 450 mg

Tulang, Rambut, atau Kulit: 1g

● Arthropoda:

Serangga: 6g

Krustasea: 300 mg

● Darah utuh: 1 tabung

● Sel: 10⁶sel

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Wadah: Tabung sentrifugasi 2 ml (Tidak disarankan menggunakan kertas timah)

Pelabelan sampel: Grup+replika, misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Pengiriman:

1. Es kering: Sampel perlu dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.

2. Tabung RNAstable: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim pada suhu ruangan.

Alur Kerja Layanan

Nukleotida:

Pengiriman sampel

Konstruksi perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Alur Kerja Layanan

Jaringan:

Desain eksperimen

Pengiriman sampel

Ekstraksi RNA

Konstruksi perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Pengurutan mRNA lengkap - PacBio

Berikutnya: Pengurutan Seluruh Genom Tumbuhan/Hewan

● Pemrosesan data mentah

● Identifikasi transkrip

● Penyambungan alternatif

● Kuantifikasi ekspresi pada tingkat gen dan tingkat isoform

● Analisis ekspresi diferensial

● Anotasi dan pengayaan fungsi (DEG dan DET)

Analisis penyambungan alternatif Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

prediksi lncRNA

Anotasi gen baru

Pengelompokan DET

Jaringan Protein-Protein pada Gen yang Diekspresi Berbeda

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan mRNA lengkap Nanopore dari BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.

Gong, B. dkk. (2023) 'Aktivasi epigenetik dan transkripsional kinase sekretori FAM20C sebagai onkogen pada glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), hlm. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

He, Z. dkk. (2023) 'Pengurutan transkriptom lengkap limfosit yang merespons IFN-γ mengungkapkan respons imun yang condong ke Th1 pada ikan flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, hlm. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

Ma, Y. dkk. (2023) 'Analisis komparatif metode sekuensing RNA PacBio dan ONT untuk identifikasi bisa Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), hlm. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Yu, D. dkk. (2023) 'Analisis Nano-seq mengungkapkan kecenderungan fungsional yang berbeda antara eksosom dan mikrovesikel yang berasal dari hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), hlm. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.