-
Analisis Asosiasi Seluruh Genom
Studi asosiasi genome-wide (GWAS) bertujuan untuk mengidentifikasi varian genetik (genotipe) yang berhubungan dengan sifat-sifat tertentu (fenotipe).Studi GWAS menyelidiki penanda genetik melintasi seluruh genom sejumlah besar individu dan memprediksi hubungan genotipe-fenotip melalui analisis statistik pada tingkat populasi.Ini telah diterapkan secara luas dalam penelitian penyakit manusia dan penambangan gen fungsional pada sifat-sifat kompleks hewan atau tumbuhan.
-
Urutan RNA inti tunggal
Kemajuan dalam penangkapan sel tunggal dan teknik konstruksi perpustakaan individual yang digabungkan dengan pengurutan throughput tinggi memungkinkan studi ekspresi gen berdasarkan sel demi sel.Hal ini memungkinkan analisis sistem yang lebih dalam dan lengkap pada populasi sel yang kompleks, yang menghindari penyembunyian heterogenitas dengan mengambil rata-rata semua sel.
Namun, beberapa sel tidak cocok untuk dibuat menjadi suspensi sel tunggal, sehingga diperlukan metode preparasi sampel lainnya – ekstraksi inti dari jaringan, yaitu inti diekstraksi langsung dari jaringan atau sel dan disiapkan menjadi suspensi inti tunggal untuk suspensi sel tunggal. pengurutan sel.
BMK menyediakan layanan pengurutan RNA sel tunggal berbasis 10× Genomics Chromium™.Layanan ini telah banyak digunakan dalam penelitian terkait penyakit, seperti diferensiasi sel imun, heterogenitas tumor, perkembangan jaringan, dan lain-lain.
Chip transkriptome spasial: 10× Genomik
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Pengurutan Genom Utuh Tumbuhan/Hewan
Pengurutan ulang seluruh genom, juga dikenal sebagai WGS, memungkinkan pengungkapan mutasi umum dan langka pada keseluruhan genom termasuk Polimorfisme Nukleotida Tunggal (SNP), Penghapusan Penyisipan (InDel), Variasi Struktur (SV), dan Variasi Nomor Salinan (CNV) ).SV memiliki porsi basis variasi yang lebih besar dibandingkan SNP dan memiliki dampak yang lebih besar pada genom, sehingga berdampak signifikan pada organisme hidup.Pengurutan ulang pembacaan panjang memungkinkan identifikasi yang lebih tepat atas fragmen besar dan variasi rumit karena pembacaan panjang mempermudah persilangan kromosom pada wilayah rumit seperti pengulangan tandem, wilayah kaya GC/AT, dan wilayah hiper-variabel.
Peron: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transkriptome Spasial BMKMANU S1000
Organisasi spasial sel memainkan peran penting dalam berbagai proses biologis, seperti infiltrasi kekebalan tubuh, perkembangan embrio, dll. Pengurutan transkriptome spasial, yang menunjukkan profil ekspresi gen sambil mempertahankan informasi posisi spasial, telah memberikan wawasan luas tentang arsitektur jaringan tingkat transkriptome.Dengan perkembangan teknologi, morfologi jaringan yang sangat jernih dan perbedaan struktural nyata dari ekspresi molekul spasial perlu dipelajari dengan resolusi yang lebih tinggi.BMKGENE menyediakan layanan pengurutan transkriptom spasial terpadu yang komprehensif mulai dari sampel hingga wawasan biologis.
Teknologi transkriptomik spasial memberdayakan perspektif baru dalam beragam arena penelitian dengan menyelesaikan profil ekspresi gen dengan konten spasial dalam sampel heterogen.
Chip transkriptome spasial: BMKMANU S1000
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
10x Transkriptome Spasial Visium Genomik
Visium Spatial Gene Expression adalah teknologi pengurutan transkriptome spasial utama untuk mengklasifikasikan jaringan berdasarkan total mRNA.Memetakan seluruh transkriptom dengan konteks morfologi untuk menemukan wawasan baru tentang perkembangan normal, patologi penyakit, dan penelitian translasi klinis.BMKGENE menyediakan layanan pengurutan transkriptom spasial terpadu yang komprehensif mulai dari sampel hingga wawasan biologis.
Teknologi transkriptomik spasial memberdayakan perspektif baru dalam beragam arena penelitian dengan menyelesaikan profil ekspresi gen dengan konten spasial dalam sampel heterogen.
Chip transkriptome spasial: 10x Genomics Visium
Platform:Platform Iluminasi NovaSeq
-
Sequencing mRNA Panjang Penuh-Nanopore
Urutan RNA telah menjadi alat yang sangat berharga untuk analisis transkriptome yang komprehensif.Tidak diragukan lagi, pengurutan bacaan pendek tradisional mencapai banyak perkembangan penting di sini.Namun demikian, sering kali terdapat keterbatasan dalam identifikasi isoform full-length, kuantifikasi, dan bias PCR.
Pengurutan nanopori membedakan dirinya dari platform pengurutan lainnya, karena nukleotida dibaca secara langsung tanpa sintesis DNA dan menghasilkan pembacaan panjang pada puluhan kilobase.Hal ini memberdayakan pembacaan langsung melintasi transkrip lengkap dan mengatasi tantangan dalam studi tingkat isoform.
Platform：Prometion Nanopore
Perpustakaan:cDNA-PCR
-
Urutan mRNA berdurasi penuh -PacBio
Baru-baru inipengurutan transkriptom full-length, juga dikenal sebagaiBaru-baru iniIso-Seq memanfaatkan sequencer PacBio dalam panjang baca, yang memungkinkan pengurutan molekul cDNA full-length tanpa jeda.Hal ini sepenuhnya menghindari kesalahan apa pun yang dihasilkan dalam langkah-langkah perakitan transkrip dan membuat kumpulan unigene dengan resolusi tingkat isoform.Kumpulan unigene ini memberikan informasi genetik yang kuat sebagai “genom referensi” pada tingkat transkriptome.Selain itu, dengan menggabungkan data pengurutan generasi berikutnya, layanan ini memberdayakan kuantifikasi ekspresi tingkat isoform yang akurat.
Platform： Sekuel PacBio IIPerpustakaan: perpustakaan bel SMRT -
Urutan mRNA eukariotik-Illumina
Urutan mRNA memungkinkan pembuatan profil semua mRNA yang ditranskrip dari sel dalam kondisi tertentu.Ini adalah teknologi canggih untuk mengungkap profil ekspresi gen, struktur gen, dan mekanisme molekuler dari proses biologis tertentu.Hingga saat ini, pengurutan mRNA telah banyak digunakan dalam penelitian fundamental, diagnostik klinis, pengembangan obat, dan lain-lain.
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Sequencing-Illumina mRNA berbasis non-Referensi
Pengurutan mRNA mengadopsi teknik pengurutan generasi berikutnya (NGS) untuk menangkap RNA pembawa pesan (mRNA) dari Eukariota pada periode tertentu ketika beberapa fungsi khusus diaktifkan.Transkrip terpanjang yang disambung disebut 'Unigene' dan digunakan sebagai urutan referensi untuk analisis selanjutnya, yang merupakan cara efektif untuk mempelajari mekanisme molekuler dan jaringan pengatur spesies tanpa referensi.
Setelah perakitan data transkriptome dan anotasi fungsional unigene
(1) Analisis SSR, prediksi CDS, dan struktur gen akan dilakukan sebelumnya.
(2) Kuantifikasi ekspresi unigene di setiap sampel akan dilakukan.
(3) Unigen yang diekspresikan secara berbeda antar sampel (atau kelompok) akan ditemukan berdasarkan ekspresi unigene
(4) Pengelompokan, anotasi fungsional, dan analisis pengayaan unigenes yang diekspresikan secara berbeda akan dilakukan
-
Urutan non-coding yang panjang-Illumina
RNA non-coding panjang (lncRNAs) adalah jenis molekul RNA dengan panjang melebihi 200 nt, yang dicirikan oleh potensi pengkodean yang sangat rendah.LncRNA, sebagai anggota kunci dalam RNA non-coding, terutama ditemukan dalam nukleus dan plasma.Perkembangan teknologi pengurutan dan bioinformtik memungkinkan identifikasi sejumlah lncRNA baru dan mengaitkannya dengan fungsi biologis.Bukti akumulatif menunjukkan bahwa lncRNA terlibat secara luas dalam regulasi epigenetik, regulasi transkripsi, dan regulasi pasca transkripsi.
-
Urutan RNA kecil-Illumina
RNA kecil mengacu pada kelas molekul RNA non-coding yang biasanya panjangnya kurang dari 200nt, termasuk RNA mikro (miRNA), RNA interferensi kecil (siRNA), dan RNA yang berinteraksi dengan piwi (piRNA).
MicroRNA (miRNA) adalah kelas RNA kecil endogen dengan panjang sekitar 20-24nt, yang memainkan berbagai peran pengaturan penting dalam sel.miRNA terlibat dalam banyak proses kehidupan yang mengungkapkan ekspresi jaringan – spesifik dan tahap – spesifik dan sangat dilestarikan pada spesies yang berbeda.
-
sequencing circRNA-Illumina
CircRNA (Circular RNAs) adalah salah satu kelas molekul RNA non-coding yang memiliki tutup ujung 5′ dan ekor poli(A) ujung 3′.CircRNA melakukan struktur melingkar melalui ikatan kovalen yang berstatus melawan pencernaan eksonuklease RNA.circRNA memainkan peran penting dalam pertumbuhan dan perkembangan organisme serta ketahanannya terhadap lingkungan luar.
CircRNA memiliki banyak fungsi, yang dapat mengikat miRNA secara kompetitif, menggunakan fungsi pengaturan ceRNA, dan mengatur ekspresi gen.Dalam beberapa tahun terakhir, juga ditemukan bahwa hal ini berkaitan erat dengan kemunculan dan perkembangan penyakit, dan memiliki prospek penerapan yang besar dalam penanda diagnosis penyakit dan sebagainya.
