Pengurutan Metagenomik - NGS
Metagenom adalah kumpulan total materi genetik dari komunitas organisme campuran, seperti metagenom lingkungan dan manusia. Metagenom mengandung genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan yang tidak dapat dibudidayakan. Pengurutan metagenomik shotgun dengan NGS memungkinkan studi lanskap genomik yang rumit yang tertanam dalam sampel lingkungan dengan memberikan lebih dari sekadar profil taksonomi, tetapi juga memberikan wawasan mendalam tentang keanekaragaman spesies, dinamika kelimpahan, dan struktur populasi yang kompleks. Di luar studi taksonomi, metagenomik shotgun juga menawarkan perspektif genomik fungsional, memungkinkan eksplorasi gen yang dikodekan dan peran potensialnya dalam proses ekologis. Terakhir, pembentukan jaringan korelasi antara elemen genetik dan faktor lingkungan berkontribusi pada pemahaman holistik tentang interaksi rumit antara komunitas mikroba dan latar belakang ekologisnya. Kesimpulannya, pengurutan metagenomik merupakan instrumen penting untuk mengungkap kerumitan genomik dari beragam komunitas mikroba, menerangi hubungan multifaset antara genetika dan ekologi dalam ekosistem kompleks ini.
Platform: Illumina NovaSeq dan DNBSEQ-T7
Keunggulan Layanan
●Metode Bebas Isolasi dan Kultur untuk Pemetaan Komunitas MikrobaMemungkinkan pengurutan materi genetik dari organisme yang tidak dapat dibudidayakan.
●Resolusi Tinggi: Mendeteksi spesies dengan kelimpahan rendah dalam sampel lingkungan.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif:Berfokus tidak hanya pada keanekaragaman taksonomi tetapi juga pada keanekaragaman fungsional komunitas tersebut.
●Pengalaman Luas:Dengan rekam jejak keberhasilan dalam menyelesaikan berbagai proyek metagenomik di berbagai bidang penelitian dan memproses lebih dari 200.000 sampel, tim kami membawa segudang pengalaman ke setiap proyek.
Spesifikasi Layanan
| Platform pengurutan | Strategi Pengurutan | Data yang direkomendasikan | Kontrol kualitas |
| Illumina NovaSeq atau DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Persyaratan Layanan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tanah/lumpur: 2-3g
● Isi usus hewan: 0,5-2g
● Isi usus - serangga: 0,1-0,25 g
● Permukaan tanaman (sedimen yang diperkaya): 0,5-1g
● Kaldu fermentasi yang diperkaya dengan sedimen): 0,2-0,5 g
● Kotoran (hewan besar): 0,5-2g
● Kotoran (tikus): 3-5 butir
● Cairan bilasan alveolus paru: kertas saring
● Usap vagina: 5-6 usap
● Usap kulit/genital/air liur/jaringan lunak mulut/usap faring/usap rektum: 2-3 usap
● Mikroorganisme permukaan: 5-6 usap
● Badan air/udara/biofilm: kertas saring
● Endofit: 2-3g
● Plak Gigi: 0,5-1g
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Termasuk analisis berikut:
● Kontrol kualitas data pengurutan
● Perakitan metagenom dan prediksi gen
● Anotasi gen
● Analisis keanekaragaman alfa taksonomi
● Analisis fungsional komunitas: fungsi biologis, metabolisme, resistensi antibiotik
● Analisis mengenai keanekaragaman fungsional dan taksonomi:
Analisis keanekaragaman beta
Analisis antar kelompok
Analisis korelasi: antara faktor lingkungan dan komposisi serta keanekaragaman OUT
Analisis fungsional: Resistensi antibiotik CARD
Analisis diferensial jalur metabolisme KEGG: peta panas jalur signifikan
Keragaman alfa distribusi taksonomi: indeks ACE
Keanekaragaman beta dari distribusi taksonomi: PCoA
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan metagenom BMKGene dengan Illumina melalui koleksi publikasi pilihan.
Hai, Q. dkk. (2023) 'Analisis metagenomik dan metabolomik perubahan isi usus ikan trout pelangi (Oncorhynchus mykiss) yang terinfeksi virus nekrosis hematopoietik menular pada suhu air budidaya yang berbeda',Batasan dalam Mikrobiologi, 14, hlm. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. dkk. (2023) 'Komunitas mikroba, gen resistensi, dan risiko resistom pada danau perkotaan dengan tingkat trofik berbeda: Hubungan internal dan pengaruh eksternal',Jurnal Kemajuan Bahan Berbahaya, 9, hal. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. dkk. (2022) 'Analisis Metagenomik Mengungkapkan Perbedaan Komposisi dan Fungsi Antara Mikroorganisme yang Berasosiasi dengan Cairan dan Mikroorganisme yang Berasosiasi dengan Padatan di Rumen Domba',Batasan dalam Mikrobiologi, 13, hlm. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. dkk. (2023) 'Mikrobiota yang berasal dari babi Ningxiang obesitas mengatur ulang metabolisme karnitin untuk meningkatkan pengendapan asam lemak otot pada babi DLY kurus',Inovasi, 4(5), hal. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. dkk. (2023) 'Wawasan metagenomik tentang potensi risiko plastik bio/non-degradable dan puing-puing non-plastik di hulu dan hilir Muara Haihe, Tiongkok',Ilmu Lingkungan Total, 887, hal. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
