Pengurutan Metagenomik -NGS
Keunggulan Layanan
● Isolasi dan bebas kultivasi untuk pembuatan profil komunitas mikroba
● Resolusi tinggi dalam mendeteksi spesies dengan kelimpahan rendah dalam sampel lingkungan
● Gagasan “meta-” mengintegrasikan semua fitur biologis pada tingkat fungsional, tingkat spesies, dan tingkat gen, yang mencerminkan pandangan dinamis yang mendekati kenyataan.
● BMK mengumpulkan banyak pengalaman dalam beragam jenis sampel dengan lebih dari 10.000 sampel diproses.
Spesifikasi Layanan
| Platform | Pengurutan | Data yang direkomendasikan | Waktu penyelesaian |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6G/10G/20G | 45 hari kerja |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● Rakitan metagenom
● Set dan anotasi gen non-redundan
● Analisis keanekaragaman spesies
● Analisis keragaman fungsi genetik
● Analisis antar kelompok
● Analisis asosiasi terhadap faktor eksperimental
Persyaratan Sampel dan Pengiriman
Persyaratan Sampel:
Untukekstrak DNA:
| Jenis Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kemurnian |
| ekstrak DNA | ＞ 100 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Untuk sampel lingkungan:
| Jenis sampel | Prosedur pengambilan sampel yang direkomendasikan |
| Tanah | Jumlah pengambilan sampel: kira-kira.5g;Substansi layu yang tersisa perlu dihilangkan dari permukaan;Giling potongan besar dan lewati filter 2 mm;Sampel aliquot dalam tabung EP steril atau cyrotube untuk reservasi. |
| Kotoran | Jumlah pengambilan sampel: kira-kira.5g;Kumpulkan dan alikuot sampel dalam tabung EP steril atau cryotube untuk reservasi. |
| Isi usus | Sampel perlu diproses dalam kondisi aseptik.Cuci jaringan yang terkumpul dengan PBS;Centrifuge PBS dan kumpulkan endapan dalam tabung EP. |
| Lumpur | Jumlah pengambilan sampel: kira-kira.5g;Kumpulkan dan alikuot sampel lumpur dalam tabung EP steril atau cryotube untuk reservasi |
| Perairan | Untuk sampel dengan jumlah mikroba terbatas, seperti air ledeng, air sumur, dll., Kumpulkan setidaknya 1 L air dan lewati filter 0,22 μm untuk memperkaya mikroba pada membran.Simpan membran dalam tabung steril. |
| Kulit | Kikis permukaan kulit dengan hati-hati dengan kapas steril atau pisau bedah dan letakkan di dalam tabung steril. |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang.Diperlukan pengiriman sampel dengan es kering.
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
1.Histogram: Distribusi spesies
2. Gen fungsional yang dianotasi ke jalur metabolisme KEGG
3. Peta panas: Fungsi diferensial berdasarkan kelimpahan gen relatif
4.Circos gen resistensi antibiotik CARD
Kasus BMK
Prevalensi gen resistensi antibiotik dan patogen bakteri di sepanjang kontinum akar tanah-bakau
Diterbitkan:Jurnal Bahan Berbahaya, 2021
Strategi pengurutan:
Bahan:Ekstrak DNA dari empat fragmen sampel terkait akar mangrove: tanah yang tidak ditanami, rizosfer, episfer, dan kompartemen endosfer
Peron: Illumina HiSeq 2500
Target: Metagenom
16S rRNA gen wilayah V3-V4
Hasil kunci
Sekuensing metagenomik dan profil metabarcoding pada kontinum tanah-akar anakan mangrove diproses untuk mempelajari penyebaran gen resistensi antibiotik (ARG) dari tanah ke tanaman.Data metagenomik mengungkapkan bahwa 91,4% gen resistensi antibiotik umumnya diidentifikasi di keempat kompartemen tanah yang disebutkan di atas, yang menunjukkan mode yang berkelanjutan.Pengurutan amplikon 16S rRNA menghasilkan 29.285 urutan, mewakili 346 spesies.Dikombinasikan dengan profil spesies dengan pengurutan amplikon, penyebaran ini ditemukan tidak bergantung pada mikrobiota yang berasosiasi dengan akar, namun dapat difasilitasi oleh elemen genetik yang bergerak.Studi ini mengidentifikasi aliran ARG dan patogen dari tanah ke tanaman melalui kontinum tanah-akar yang saling berhubungan.
Referensi
Wang, C. , Hu, R. , Kuat, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalensi gen resistensi antibiotik dan patogen bakteri di sepanjang kontinum akar tanah-bakau.Jurnal Bahan Berbahaya, 408, 124985.
