page_head_bg

Produk

Pengurutan Metagenomik -NGS

Metagenom mengacu pada kumpulan materi genetik total dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan, metagenom manusia, dll. Metagenom mengandung genom dari mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan yang tidak dapat dikultivasi.Pengurutan metagenomik adalah alat molekuler yang digunakan untuk menganalisis bahan genomik campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan, yang memberikan informasi terperinci dalam keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional, dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan.

Platform:Illumina NovaSeq6000


Detail Layanan

Hasil Demo

Studi kasus

Keunggulan Layanan

● Isolasi dan bebas kultivasi untuk pembuatan profil komunitas mikroba

● Resolusi tinggi dalam mendeteksi spesies dengan kelimpahan rendah dalam sampel lingkungan

● Gagasan “meta-” mengintegrasikan semua fitur biologis pada tingkat fungsional, tingkat spesies, dan tingkat gen, yang mencerminkan pandangan dinamis yang mendekati kenyataan.

● BMK mengumpulkan banyak pengalaman dalam beragam jenis sampel dengan lebih dari 10.000 sampel diproses.

Spesifikasi Layanan

 Platform

Pengurutan

Data yang direkomendasikan

Waktu penyelesaian

Illumina NovaSeq 6000

PE150

6G/10G/20G

45 hari kerja

Analisis bioinformatika

● Kontrol kualitas data mentah

● Rakitan metagenom

● Set dan anotasi gen non-redundan

● Analisis keanekaragaman spesies

● Analisis keragaman fungsi genetik

● Analisis antar kelompok

● Analisis asosiasi terhadap faktor eksperimental

liuchengtu11

Persyaratan Sampel dan Pengiriman

Persyaratan Sampel:

Untukekstrak DNA:

Jenis Sampel

Jumlah

Konsentrasi

Kemurnian

ekstrak DNA

> 100 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Untuk sampel lingkungan:

Jenis sampel

Prosedur pengambilan sampel yang direkomendasikan

Tanah

Jumlah pengambilan sampel: kira-kira.5g;Substansi layu yang tersisa perlu dihilangkan dari permukaan;Giling potongan besar dan lewati filter 2 mm;Sampel aliquot dalam tabung EP steril atau cyrotube untuk reservasi.

Kotoran

Jumlah pengambilan sampel: kira-kira.5g;Kumpulkan dan alikuot sampel dalam tabung EP steril atau cryotube untuk reservasi.

Isi usus

Sampel perlu diproses dalam kondisi aseptik.Cuci jaringan yang terkumpul dengan PBS;Centrifuge PBS dan kumpulkan endapan dalam tabung EP.

Lumpur

Jumlah pengambilan sampel: kira-kira.5g;Kumpulkan dan alikuot sampel lumpur dalam tabung EP steril atau cryotube untuk reservasi

Perairan

Untuk sampel dengan jumlah mikroba terbatas, seperti air ledeng, air sumur, dll., Kumpulkan setidaknya 1 L air dan lewati filter 0,22 μm untuk memperkaya mikroba pada membran.Simpan membran dalam tabung steril.

Kulit

Kikis permukaan kulit dengan hati-hati dengan kapas steril atau pisau bedah dan letakkan di dalam tabung steril.

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang.Diperlukan pengiriman sampel dengan es kering.

Alur Kerja Layanan

logo_02

Pengiriman sampel

logo_04

Konstruksi perpustakaan

logo_05

Pengurutan

logo_06

Analisis data

logo_07

Layanan purna jual


  • Sebelumnya:
  • Berikutnya:

  • 1.Histogram: Distribusi spesies

    3

    2. Gen fungsional yang dianotasi ke jalur metabolisme KEGG

    4

    3. Peta panas: Fungsi diferensial berdasarkan kelimpahan gen relatif54.Circos gen resistensi antibiotik CARD

    6

    Kasus BMK

    Prevalensi gen resistensi antibiotik dan patogen bakteri di sepanjang kontinum akar tanah-bakau

    Diterbitkan:Jurnal Bahan Berbahaya, 2021

    Strategi pengurutan:

    Bahan:Ekstrak DNA dari empat fragmen sampel terkait akar mangrove: tanah yang tidak ditanami, rizosfer, episfer, dan kompartemen endosfer
    Peron: Illumina HiSeq 2500
    Target: Metagenom
    16S rRNA gen wilayah V3-V4

    Hasil kunci

    Sekuensing metagenomik dan profil metabarcoding pada kontinum tanah-akar anakan mangrove diproses untuk mempelajari penyebaran gen resistensi antibiotik (ARG) dari tanah ke tanaman.Data metagenomik mengungkapkan bahwa 91,4% gen resistensi antibiotik umumnya diidentifikasi di keempat kompartemen tanah yang disebutkan di atas, yang menunjukkan mode yang berkelanjutan.Pengurutan amplikon 16S rRNA menghasilkan 29.285 urutan, mewakili 346 spesies.Dikombinasikan dengan profil spesies dengan pengurutan amplikon, penyebaran ini ditemukan tidak bergantung pada mikrobiota yang berasosiasi dengan akar, namun dapat difasilitasi oleh elemen genetik yang bergerak.Studi ini mengidentifikasi aliran ARG dan patogen dari tanah ke tanaman melalui kontinum tanah-akar yang saling berhubungan.

    Referensi

    Wang, C. , Hu, R. , Kuat, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalensi gen resistensi antibiotik dan patogen bakteri di sepanjang kontinum akar tanah-bakau.Jurnal Bahan Berbahaya, 408, 124985.

    dapatkan penawaran

    Tulis pesan Anda di sini dan kirimkan kepada kami

    Kirim pesan Anda kepada kami: