Sequencing metagenomik -NGS
Metagenome adalah kumpulan bahan genetik total dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan dan manusia. Ini mengandung genom dari mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan tak terolah. Sequencing metagenomik senapan dengan NG memungkinkan studi tentang lanskap genomik rumit yang tertanam dalam sampel lingkungan dengan memberikan lebih dari sekadar profil taksonomi, memberikan juga wawasan granular tentang keragaman spesies, dinamika kelimpahan, dan struktur populasi yang kompleks. Di luar studi taksonomi, metagenomik senapan juga menawarkan perspektif genomik fungsional, memungkinkan eksplorasi gen yang dikodekan dan peran diduga dalam proses ekologis. Akhirnya, pembentukan jaringan korelasi antara elemen genetik dan faktor lingkungan berkontribusi pada pemahaman holistik tentang interaksi yang rumit antara komunitas mikroba dan latar belakang ekologisnya. Sebagai kesimpulan, sekuensing metagenomik berdiri sebagai instrumen penting untuk mengungkap seluk -beluk genom dari berbagai komunitas mikroba, menerangi hubungan multifaset antara genetika dan ekologi dalam ekosistem yang kompleks ini.
Platform: Illumina Novaseq dan DNBSEQ-T7
Keuntungan Layanan
●Metode isolasi dan bebas budidaya untuk profil komunitas mikroba: Mengaktifkan pengurutan bahan genetik dari organisme yang tidak dapat dikembangkan.
●Resolusi tinggi: Mendeteksi spesies rendah-besarnya dalam sampel lingkungan.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif:Fokus tidak hanya pada keragaman taksonomi tetapi juga pada keragaman fungsional masyarakat.
●Pengalaman yang luas:Dengan rekam jejak yang berhasil menutup beberapa proyek metagenomik di berbagai domain penelitian dan memproses lebih dari 200.000 sampel, tim kami membawa banyak pengalaman untuk setiap proyek.
Spesifikasi layanan
| Platform Sequencing | Strategi Sequencing | Data direkomendasikan | Kontrol kualitas |
| Illumina novaseq atau dnbseq-t7 | PE150 | 6-20GB | Q30 ≥85% |
Persyaratan layanan
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah Total (NG) | Volume (μl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tanah/lumpur: 2-3g
● Konten usus-hewan: 0,5-2g
● Isi usus-serangga: 0.1-0.25g
● Permukaan tanaman (sedimen yang diperkaya): 0,5-1g
● Sedimen yang diperkaya kaldu fermentasi): 0.2-0.5g
● Feses (hewan besar): 0,5-2g
● Feses (mouse): 3-5 tahun
● Cairan lavage alveolar paru: kertas filter
● Sapu vagina: 5-6 swab
● Sapu kulit/genital/saliva/jaringan lunak oral/swab faring/swab dubur: 2-3 swab
● Mikroorganisme permukaan: 5-6 usap
● Waterbody/Air/Biofilm: Paper Filter
● Endofit: 2-3g
● Plak gigi: 0,5-1g
Aliran kerja layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi Perpustakaan
Sekuensing
Analisis Data
Layanan setelah penjualan
Termasuk analisis berikut:
● Kontrol kualitas data sekuensing
● Prediksi perakitan dan gen metagenome
● Anotasi gen
● Analisis keragaman alfa taksonomi
● Analisis fungsional komunitas: fungsi biologis, metabolisme, resistensi antibiotik
● Analisis tentang keragaman fungsional dan taksonomi:
Analisis Keragaman Beta
Analisis antar kelompok
Analisis Korelasi: Antara Faktor Lingkungan dan Komposisi dan Keragaman
Analisis Fungsional: Resistensi Antibiotik Kartu
Analisis Diferensial Jalur Metabolik KEGG: Pemanasan Panas dari Jalur yang signifikan
Keragaman alfa distribusi taksonomi: indeks ACE
Keragaman beta distribusi taksonomi: PCOA
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan sekuensing metagenom BMKGENE dengan Illumina melalui koleksi publikasi yang dikuratori.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analisis metagenomik dan metabolomik perubahan dalam isi usus trout pelangi (Oncorhynchus mykiss) yang terinfeksi dengan virus nekrosis hematopoietik infeksius pada suhu air kultur yang berbeda',Perbatasan dalam mikrobiologi, 14, hlm. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Komunitas mikroba, gen resistensi, dan risiko resistom di danau perkotaan dari berbagai keadaan trofik: hubungan internal dan pengaruh eksternal',Jurnal Kemajuan Bahan Berbahaya, 9, hlm. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Analisis metagenomik mengungkapkan perbedaan dalam komposisi dan fungsi antara mikroorganisme domba yang berhubungan dengan cairan dan terkait-solid dari rumen domba',Perbatasan dalam mikrobiologi, 13, hlm. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobiota yang diturunkan dari Ningxiang Rewires Metabolisme Carnitine untuk mempromosikan deposisi asam lemak otot pada babi tanpa lemak',Inovasi, 4 (5), hlm. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Wawasan metagenomik tentang potensi risiko bio/puing plastik yang tidak terdegradasi dan tidak terdegradasi di bagian atas dan bawah dari muara haiHe, Cina',Ilmu Total Lingkungan, 887, hlm. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
