Produk

Urutan Metagenomik -NGS

Metagenome mengacu pada kumpulan materi genetik total dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan, metagenom manusia, dll. Metagenome berisi genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan tidak dapat dibudidayakan.Urutan metagenomik adalah alat molekuler yang digunakan untuk menganalisis bahan genom campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan, yang memberikan informasi rinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional, dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan.

Platform:Platform Iluminasi NovaSeq

Hubungi kami

Detail Layanan

Hasil Demo

Studi kasus

Keunggulan Layanan

● Bebas isolasi dan budidaya untuk pembuatan profil komunitas mikroba

● Resolusi tinggi dalam mendeteksi spesies dengan kelimpahan rendah dalam sampel lingkungan

● Gagasan “meta-” mengintegrasikan seluruh fitur biologis pada tingkat fungsional, tingkat spesies, dan tingkat gen, yang mencerminkan pandangan dinamis yang mendekati kenyataan.

● BMK mempunyai banyak pengalaman dalam berbagai jenis sampel dengan lebih dari 10.000 sampel yang diproses.

Spesifikasi Layanan

Platform	Pengurutan	Data yang direkomendasikan	Waktu penyelesaian
Platform Iluminasi NovaSeq	PE150	6G/10G/20G	45 hari kerja

Analisis bioinformatika

● Kontrol kualitas data mentah

● Perakitan metagenom

● Kumpulan gen dan anotasi yang tidak berlebihan

● Analisis keanekaragaman spesies

● Analisis keanekaragaman fungsi genetik

● Analisis antar kelompok

● Analisis asosiasi terhadap faktor eksperimen

Persyaratan Sampel dan Pengiriman

Persyaratan Sampel:

UntukEkstrak DNA:

Jenis Sampel	Jumlah	Konsentrasi	Kemurnian
Ekstrak DNA	＞ 30ng	＞ 1 ng/μl	OD260/280= 1,6-2,5

Untuk sampel lingkungan:

Jenis sampel	Prosedur pengambilan sampel yang direkomendasikan
Tanah	Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Bahan yang tersisa yang layu perlu dihilangkan dari permukaan;Giling potongan besar dan lewati filter 2 mm;Sampel aliquot dalam tabung EP atau cyrotube steril untuk reservasi.
Kotoran	Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan alikuot sampel dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi.
Isi usus	Sampel perlu diproses dalam kondisi aseptik.Cuci jaringan yang dikumpulkan dengan PBS;Sentrifugasi PBS dan kumpulkan endapan dalam tabung EP.
Lumpur	Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan kumpulkan sampel lumpur dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi
badan air	Untuk sampel dengan jumlah mikroba terbatas, seperti air keran, air sumur, dll., Kumpulkan setidaknya 1 L air dan lewati filter 0,22 μm untuk memperkaya mikroba pada membran.Simpan membran dalam tabung steril.
Kulit	Kikis permukaan kulit dengan hati-hati menggunakan kapas steril atau pisau bedah dan masukkan ke dalam tabung steril.

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang.Diperlukan pengiriman sampel dengan es kering.

Alur Kerja Layanan

Pengiriman sampel

Pembangunan perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Urutan Metagenomik-Nanopore

Berikutnya: Urutan Imunopresipitasi Kromatin (ChIP-seq)

1.Histogram: Distribusi spesies

2. Gen fungsional yang dijelaskan pada jalur metabolisme KEGG

3.Peta panas: Fungsi diferensial berdasarkan kelimpahan gen relatif4. Sirkus gen resistensi antibiotik CARD

Kasus BMK

Prevalensi gen resistensi antibiotik dan bakteri patogen di sepanjang kontinum akar tanah-mangrove

Diterbitkan:Jurnal Bahan Berbahaya, 2021

Strategi pengurutan:

Bahan: Ekstrak DNA dari empat fragmen sampel terkait akar bakau: tanah yang tidak ditanami, rizosfer, episfer, dan kompartemen endosfer
Peron: Illumina HiSeq 2500
Target: Metagenom
Gen 16S rRNA wilayah V3-V4

Hasil utama

Urutan metagenomik dan profil metabarcoding pada kontinum akar tanah anakan mangrove diproses untuk mempelajari penyebaran gen resistensi antibiotik (ARG) dari tanah ke tanaman.Data metagenomik mengungkapkan bahwa 91,4% gen resistensi antibiotik umumnya teridentifikasi di keempat kompartemen tanah yang disebutkan di atas, yang menunjukkan pola yang berkelanjutan.Urutan amplikon 16S rRNA menghasilkan 29.285 sekuens, mewakili 346 spesies.Dikombinasikan dengan pembuatan profil spesies melalui pengurutan amplikon, penyebaran ini ditemukan tidak bergantung pada mikrobiota yang berasosiasi dengan akar, namun dapat difasilitasi oleh pergerakan elemen genetik.Studi ini mengidentifikasi aliran ARG dan patogen dari tanah ke tanaman melalui kontinum akar-tanah yang saling berhubungan.

Referensi

Wang, C., Hu, R., Kuat, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Prevalensi gen resistensi antibiotik dan bakteri patogen di sepanjang kontinum akar tanah-mangrove.Jurnal Bahan Berbahaya, 408, 124985.