mRNA-seq (NGS) עם גנום ייחוס
RNA-seq הוא כלי סטנדרטי במדעי החיים והגידולים, המגשר על הפער בין גנומים לפרוטאומים. כוחו טמון בגילוי תמלילים חדשים וכימות ביטוים במבחן אחד. הוא נמצא בשימוש נרחב למחקרי תמליל השוואתיים, שופך אור על גנים הקשורים לתכונות או פנוטיפים שונים, כמו השוואת מוטנטים לסוגי בר או חשיפת ביטוי גנים בתנאים ספציפיים. אפליקציית BMKCloud mRNA(Reference) משלבת כימות ביטוי, ניתוח ביטוי דיפרנציאלי (DEG) וניתוחי מבנה רצף בצינור הביואינפורמטיקה mRNA-seq(NGS) ומאחדת את נקודות החוזק של תוכנות דומות, תוך הבטחת נוחות וידידותיות למשתמש. משתמשים יכולים להעלות את נתוני ה-RNA-seq שלהם לענן, שם האפליקציה מציעה פתרון מקיף ומרכזי לניתוח ביואינפורמטי. בנוסף, היא נותנת עדיפות לחוויית הלקוח, ומציעה פעולות מותאמות אישית המותאמות לצרכים הספציפיים של המשתמשים. משתמשים יכולים להגדיר פרמטרים ולהגיש את משימת הצינור בעצמם, לבדוק את הדוח האינטראקטיבי, לצפות בנתונים/דיאגרמות ולהשלים את כריית הנתונים, כגון: בחירת גן מטרה, אשכול פונקציונלי, דיאגרמות וכו'.
פּלַטפוֹרמָה:אילומינה, MGI
אִסטרָטֶגִיָה:RNA-Seq
מַעֲרָך: נתונים מזווגים, נקיים.
סוג ספרייה:fr-לא גדילי, fr-גדיל ראשון או fr-גדיל שני
אורך קריאה:150 נקודות בסיס
סוג קובץ:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz או *.fq.gz. המערכת תעשה זאתלזווג אוטומטית את קבצי ה-.fastq לפי שמות הקבצים שלהם,לדוגמה *_1.fastq משולב עם *._2.fastq.
מספר דגימות:אין הגבלות על המספרשל דגימות, אך זמן הניתוח יגדל ככל שמספר ה-הדגימות גדלות.
כמות נתונים מומלצת:6 גרם לכל דגימה
