-
ניתוח אגודות לכל הגנום
מחקר איגוד רחב גנום (GWAS) נועד לזהות וריאנטים גנטיים (גנוטיפ) הקשורים לתכונות ספציפיות (פנוטיפ).מחקר GWAS חוקר סמנים גנטיים חוצים את הגנום השלם של מספר רב של פרטים ומנבא קשרים גנוטיפ-פנוטיפ על ידי ניתוח סטטיסטי ברמת האוכלוסייה.זה יושם באופן נרחב במחקר על מחלות אנושיות וכריית גנים תפקודית על תכונות מורכבות של בעלי חיים או צמחים.
-
רצף RNA חד גרעיני
ההתקדמות בלכידת תא בודד וטכניקת בניית ספרייה בודדת בשילוב עם רצף תפוקה גבוהה מאפשרת מחקרי ביטוי גנים על בסיס תא לתא.הוא מאפשר ניתוח מערכת מעמיק ומלא יותר על אוכלוסיות תאים מורכבות, שבהן הוא נמנע במידה רבה ממיסוך של ההטרוגניות שלהם על ידי לקיחת ממוצע של כל התאים.
עם זאת, תאים מסוימים אינם מתאימים להפוך להשעיה חד-תאית, ולכן יש צורך בשיטות הכנת דגימות אחרות - יש צורך במיצוי גרעין מרקמות, כלומר, גרעין מופק ישירות מרקמות או מתא ומוכן לתרחיף חד-גרעיני עבור יחיד- רצף תאים.
BMK מספקת שירות רצף RNA חד-תא מבוסס 10× Genomics ChromiumTM.שירות זה נמצא בשימוש נרחב במחקרים על מחקרים הקשורים למחלות, כגון התמיינות תאי חיסון, הטרוגניות גידול, התפתחות רקמות וכו'.
שבב תעתיק מרחבי: 10× Genomics
פלטפורמה: פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
רצף גנום שלם של צמח/חיה
ריצוף מחדש של גנום שלם, הידוע גם בשם WGS, מאפשר חשיפת מוטציות נפוצות ונדירות על הגנום כולו, כולל פולימורפיזם נוקלאוטיד בודד (SNP), מחיקת החדרה (InDel), וריאציה של מבנה (SV) ו-Copy Number Variation (CNV) ).SVs מהווים חלק גדול יותר מבסיס הווריאציה מאשר SNPs ויש להם השפעה גדולה יותר על הגנום, שיש לו השפעה משמעותית על אורגניזמים חיים.קריאה מחודשת מאפשרת זיהוי מדויק יותר של שברים גדולים ווריאציות מסובכות מכיוון שקריאה ארוכה מקלה בהרבה על מעבר כרומוזומלי על אזורים מסובכים כגון חזרות טנדם, אזורים עשירים ב-GC/AT ואזורים היפר-משתנים.
פלטפורמה: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Transcriptome מרחבי
ארגון מרחבי של תאים ממלא תפקיד חיוני בתהליכים ביולוגיים שונים, כגון הסתננות חיסונית, התפתחות עוברים וכו'. ריצוף תעתיק מרחבי, המצביע על פרופיל ביטוי גנים תוך שמירה על מידע על מיקום מרחבי, מספק תובנות נהדרות לגבי ארכיטקטורת רקמות ברמת התעתיק.עם התפתחות הטכנולוגיה, יש לחקור את מורפולוגיה של הרקמה האולטרה ברורה וההבדל המבני האמיתי של ביטוי מולקולרי מרחבי ברזולוציה גבוהה יותר.BMKGENE מספקת שירות רצף תעתיק מרחבי מקיף, חד פעמי, מדגימות ועד לתובנות ביולוגיות.
טכנולוגיות תעתיק מרחביות העצימו נקודות מבט חדשות בזירת מחקר מגוונת על ידי פתרון פרופיל ביטוי גנים עם תוכן מרחבי בדגימות הטרוגניות.
שבב תעתיק מרחבי: BMKMANU S1000
פלטפורמה: פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Transcriptome מרחבי
Visium Spatial Gene Expression היא טכנולוגיית רצף תעתיק מרחבית מיינסטרים לסיווג רקמות על סמך mRNA הכולל.מפה את כל התעתיק עם הקשר מורפולוגי כדי לגלות תובנות חדשות לגבי התפתחות נורמלית, פתולוגיה של מחלות ומחקר תרגום קליני.BMKGENE מספקת שירות רצף תעתיק מרחבי מקיף, חד פעמי, מדגימות ועד לתובנות ביולוגיות.
טכנולוגיות תעתיק מרחביות העצימו נקודות מבט חדשות בזירת מחקר מגוונת על ידי פתרון פרופיל ביטוי גנים עם תוכן מרחבי בדגימות הטרוגניות.
שבב תעתיק מרחבי: 10x Genomics Visium
פּלַטפוֹרמָה:פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
רצף mRNA באורך מלא-Nanopore
רצף RNA היה כלי רב ערך לניתוח תעתיק מקיף.ללא ספק, רצף הקריאה הקצרה המסורתי השיג כאן פיתוחים חשובים רבים.עם זאת, הוא נתקל לעתים קרובות במגבלות בזיהוי איזופורמים באורך מלא, כימות, הטיית PCR.
ריצוף Nanopore מבדיל את עצמו מפלטפורמות ריצוף אחרות, בכך שהנוקלאוטידים נקראים ישירות ללא סינתזת DNA ויוצר קריאה ארוכה בעשרות קילו-בסיסים.זה מאפשר קריאה ישירה של תמלילים באורך מלא והתמודדות עם האתגרים במחקרים ברמת איזופורמה.
פּלַטפוֹרמָה:Nanopore PromethION
סִפְרִיָה:cDNA-PCR
-
רצף mRNA באורך מלא -PacBio
דה נובורצף תעתיק באורך מלא, הידוע גם בשםדה נובוIso-Seq לוקח את היתרונות של PacBio sequencer באורך הקריאה, המאפשר ריצוף של מולקולות cDNA באורך מלא ללא הפסקות.זה מונע לחלוטין כל שגיאה שנוצרת בשלבי הרכבת התמלול ובונה ערכות אוניגניות עם רזולוציה ברמת איזופורמה.ערכות אוניגניות אלו מספקות מידע גנטי רב עוצמה כ"גנום התייחסות" ברמת התעתיק.בנוסף, בשילוב עם נתוני רצף מהדור הבא, שירות זה מאפשר כימות מדויק של ביטוי ברמת איזופורמה.
פלטפורמה: PacBio Sequel IIספרייה: ספריית פעמון SMRT -
איקריוטי mRNA Sequencing-Illumina
רצף mRNA מאפשר יצירת פרופילים של כל ה-mRNA המתועתק מתאי בתנאים ספציפיים.זוהי טכנולוגיה רבת עוצמה לחשיפת פרופיל ביטוי גנים, מבני גנים ומנגנונים מולקולריים של תהליכים ביולוגיים מסוימים.עד כה, רצף mRNA היה בשימוש נרחב במחקר בסיסי, אבחון קליני, פיתוח תרופות וכו'.
פלטפורמה: פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
רצף mRNA-Illumina שאינו מבוסס-רפרנס
רצף mRNA מאמץ טכניקת רצף של הדור הבא (NGS) כדי ללכוד את ה-RNA שליח (mRNA) בצורה איקריוט בתקופה ספציפית שכמה פונקציות מיוחדות מופעלות.התמליל הארוך ביותר שחובר נקרא 'Unigene' ושימש כרצף ההתייחסות לניתוח עוקב, שהוא אמצעי יעיל לחקור את המנגנון המולקולרי ואת הרשת הרגולטורית של המין ללא התייחסות.
לאחר הרכבת נתוני תעתיק והערה פונקציונלית אוניגנית
(1) ניתוח SSR, חיזוי CDS ומבנה גנים יבוצעו מראש.
(2) יבוצע כימות של ביטוי אוגנין בכל דגימה.
(3) אוניגנים המבוטאים בצורה דיפרנציאלית בין דגימות (או קבוצות) יתגלו בהתבסס על ביטוי יוניגני
(4) יתבצע אשכולות, ביאור פונקציונלי וניתוח העשרה של יוניגנים בעלי ביטוי דיפרנציאלי
-
רצף ארוך ללא קידוד-אילומינה
RNAs ארוכים שאינם מקודדים (lncRNAs) הם סוג של מולקולות RNA באורך העולה על 200 nt, המתאפיינות בפוטנציאל קידוד נמוך במיוחד.LncRNA, כחבר מפתח ב-RNAs שאינם מקודדים, נמצא בעיקר בגרעין ובפלזמה.הפיתוח בטכנולוגיית רצף וביואינפורמטיקה מאפשרת זיהוי של מספר רב של lncRNAs חדשניים ולשייך את אלה לתפקודים ביולוגיים.עדויות מצטברות מצביעות על כך ש-lncRNA מעורב באופן נרחב בוויסות אפיגנטי, ויסות שעתוק וויסות שלאחר שעתוק.
-
רצף RNA קטן-אילומינה
RNA קטן מתייחס לסוג של מולקולות RNA שאינן מקודדות שאורכן בדרך כלל פחות מ-200nt, כולל מיקרו RNA (miRNA), RNA הפרעות קטן (siRNA) ו-RNA בעל אינטראקציה פיווי (piRNA).
MicroRNA (miRNA) הוא מחלקה של RNA קטן אנדוגני באורך של כ-20-24nt, הממלא מגוון תפקידים רגולטוריים חשובים בתאים.מירנה מעורבת בתהליכי חיים רבים אשר חושפים רקמה – ספציפית ושלבית – ביטוי ספציפי ונשמר מאוד במינים שונים.
-
רצף circRNA-Illumina
CircRNAs (Circular RNAs) הם מחלקה אחת של מולקולות RNA שאינן מקודדות שהן קצרות מקצה 5' וזנב פולי(A) 3'.CircRNAs מבצעים מבנה מעגלי על ידי הקשר הקוולנטי שהוא סטטוס נגד עיכול RNA exonuclease.circRNA ממלא תפקיד חשוב בצמיחה והתפתחות של אורגניזמים ועמידותם לסביבה החיצונית.
ל-CircRNA פונקציות רבות, שיכולות לקשור באופן תחרותי ל-miRNA, להפעיל את הפונקציה הרגולטורית של ceRNA, כדי לווסת את ביטוי הגנים.בשנים האחרונות נמצא גם שהוא קשור בקשר הדוק להתרחשות והתפתחות של מחלות, ויש לו סיכויי יישום גדולים בכיוון של סמני אבחון מחלה וכן הלאה.
