ריצוף אמפליקונים 16S/18S/ITS-NGS
תכונות השירות
● פלטפורמת ריצוף: Illumina NovaSeq.
● הגברה של אזורים קצרים של 16S, 18S ו-ITS, בין היתר מטרות הגברה.
● אפשרויות גמישות של אמפליקון.
● ניסיון קודם בפרויקטים עם מספר מטרות הגברה.
יתרונות השירות
●ללא בידוד:זיהוי מהיר של הרכב מיקרוביאלי בדגימות סביבתיות.
●רזולוציה גבוההברכיבים דלים בדגימות סביבתיות.
●ניתן ליישום נרחבמחקרים מגוונים בקהילות מיקרוביאליות.
●ניתוח ביואינפורמטי מקיףחבילת QIIME2 העדכנית ביותר (תובנה כמותית לאקולוגיה מיקרוביאלית) עם ניתוחים מגוונים מבחינת מסד נתונים, ביאור, OTU/ASV.
●מומחיות נרחבתעם 150 אלף פרויקטים של ריצוף אמפליקונים המבוצעים מדי שנה, BMKGENE מביאה עמה ניסיון של למעלה מעשור, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מעולה לאחר המכירה.
מפרט השירות
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים |
| אמפליקון | אילומינה PE250 | 50/100/300 אלף תגים (זוגות קריאה) |
דרישות השירות
| ריכוז (נגנוגרם/µL) | סכום כולל (נגו) | נפח (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● אדמה/בוצה: 1-2 גרם
● תוכן מעיים - מן החי: 0.5-2 גרם
● תוכן מעיים - חרקים: 0.1-0.25 גרם
● פני השטח של הצמח (משקע מועשר): 0.1-0.5 גרם
● משקע מועשר בציר תסיסה (0.1-0.5 גרם)
● צואה (בעלי חיים גדולים): 0.5-2 גרם
● צואה (עכבר): 3-5 גרגרים
● נוזל שטיפת אלוואולרים ריאתיים: נייר סינון
● מטוש נרתיק: 5-6 מטושים
● דגימה של עור/איברי המין/רוק/רקמות רכות מהפה/לוע/פי הטבעת: 2-3 דגימות
● מיקרואורגניזמים עיליים: נייר סינון
● גוף מים/אוויר/ביופילם: נייר סינון
● אנדופיטים: 1-2 גרם
● רובד דנטלי: 0.5-1 גרם
זרימת עבודה של שירות
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
- בקרת איכות נתונים גולמיים
- אשכולות OTU / הסרת רעשים (ASV)
- ביאור OTU
- ניתוח גיוון אלפא: אינדקסים מרובים, כולל שאנון, סימפסון ו-ACE.
- ניתוח גיוון בטא
- ניתוח בין-קבוצתי
- ניתוח קורלציה: בין גורמים סביבתיים לבין הרכב וגיוון של OUT
- ניבוי גנים פונקציונליים של 16S
היסטוגרמה של התפלגות טקסונומית
מפת חום של אשכולות שפע טקסונומיים
ניתוח גיוון אלפא: עקומת דילול
ניתוח גיוון בטא: NMDS
ניתוח בין-קבוצתי: גילוי סמנים ביולוגיים של LEFSE
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי ריצוף האמפליקונים של BMKGene עם Illumina באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה.
דונג, סי. ואחרים (2022) 'הרכבה, מיקרוביוטה ליבה ותפקוד של מיקרוביוטת הקרקע והקליפה של הריזופירה ב-Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
לי, י. ואחרים (2023) 'השתלת קונסורציום חיידקי סינתטי לטיפול בווגינוזיס חיידקית הנגרמת על ידי גרדנרלה וגינליס בעכברים', מיקרוביום, 11(1), עמ' 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
יאנג, ג'., פו, י'. וליו, ה'. (2022) 'מיקרוביומים של אבק אוויר שנאספו במהלך ניסוי קרקעי סגור של תמיכה בחיים ביולוגית-רגנרטיבית "ארמון הירח 365"', מיקרוביומים סביבתיים, 17(1), עמ' 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
יין, ש. ואחרים (2022) 'שפע של גנים פונקציונליים תלויי-חומרי גלם הקשורים לטרנספורמציה של חנקן, שלטו באובדן חנקן בקומפוסטציה', Bioresource Technology, 361, עמ' 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
