16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
יתרונות השירות
● קריאה ארוכה החושפת רצף באורך מלא של 16S/18S/ITS
● שיחות בסיס מדויקות ביותר עם רצף מצב PacBio CCS
● רזולוציה ברמת המינים בהערת OTU/ASV
● זרימת ניתוח QIIME2 העדכנית ביותר עם ניתוחים מגוונים במונחים של מסד נתונים, הערות, OTU/ASV.
● ישים למחקרי קהילה מגוונים של חיידקים
● ל-BMK ניסיון רב עם למעלה מ-100,000 דגימות בשנה, המכסים אדמה, מים, גז, בוצה, צואה, מעיים, עור, מרק תסיסה, חרקים, צמחים וכו'.
● BMKCloud הקלה על פרשנות הנתונים שהכילה 45 כלי ניתוח מותאמים אישית
מפרט שירות
| רצףפּלַטפוֹרמָה | סִפְרִיָה | נתונים מומלצים | זמן אספקה |
| PacBio Sequel II | פעמון SMRT | 5K/10K/20K תגיות | 44 ימי עבודה |
ניתוח ביואינפורמטיקה
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● מקבץ OTU/De-Noise (ASV)
● הערת OTU
● גיוון אלפא
● גיוון בטא
● ניתוח בין קבוצות
● ניתוח אסוציאציות מול גורמים ניסויים
● חיזוי גנים לתפקוד
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
לתמציות DNA:
| סוג דגימה | כמות | ריכוז | טוֹהַר |
| תמציות DNA | ＞ 1 מיקרוגרם | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
לדגימות סביבתיות:
| סוג דגימה | הליך דגימה מומלץ |
| אדמה | כמות דגימה: כ.5 גרם;חומר קמל שנותר צריך להסיר מעל פני השטח;טוחנים חתיכות גדולות ומעבירים דרך מסנן 2 מ"מ;מנות דגימות בצינור EP סטרילי או cyrotube להזמנה. |
| צוֹאָה | כמות דגימה: כ.5 גרם;אסוף וחלק דגימות בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה. |
| תוכן מעיים | יש לעבד דגימות במצב אספטי.לשטוף רקמות שנאספו עם PBS;צנטריפוגה את PBS ואסוף את המשקע בצינורות EP. |
| רֶפֶשׁ | כמות דגימה: כ.5 גרם;לאסוף ולחלק דגימת בוצה בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה |
| גוף מים | עבור דגימה עם כמות מוגבלת של חיידקים, כגון מי ברז, מי באר וכו', אסוף לפחות 1 ליטר מים ועבור דרך מסנן 0.22 מיקרומטר כדי להעשיר את החיידק על הממברנה.אחסן את הממברנה בצינור סטרילי. |
| עור | גרד בזהירות את משטח העור עם מקלון צמר גפן סטרילי או להב כירורגי והנח אותו בצינור סטרילי. |
משלוח לדוגמא מומלץ
הקפיאו את הדגימות בחנקן נוזלי למשך 3-4 שעות ואחסנו בחנקן נוזלי או -80 מעלות לשמירה לטווח ארוך.נדרש משלוח לדוגמא עם קרח יבש.
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
1. שיעור הערות של פרופיל קהילה מיקרוביאלי מבוסס V3+V4(Illumina) לעומת פרופיל מבוסס פרופיל באורך מלא (PacBio).
(נתונים של 30 פרויקטים שנבחרו באקראי יושמו לסטטיסטיקה)
2. שיעור ביאור של רצף אמפליקונים באורך מלא ברמת המינים בסוגי דגימות שונים
3.הפצת מינים
4.עץ פילוגנטי
תיק BMK
חשיפה לארסן גורמת נזק למחסום המעי וכתוצאה מכך הפעלה של ציר המעי-כבד המוביל לדלקת ולפירופטוזיס של הכבד בברווזים.
יצא לאור:מדע הסביבה הכוללת,2021
אסטרטגיית רצף:
דגימות: קבוצת ביקורת מול 8 מ"ג/ק"ג ל-ATO
תפוקת נתוני רצף: 102,583 רצפי CCS גולמיים בסך הכל
בקרה: 54,518 ± 747 CCS יעיל
חשוף ל-ATO: 45,050 ± 1675 CCS יעיל
תוצאות מפתח
גיוון אלפא:חשיפת ATO שינתה משמעותית את העושר והמגוון של חיידקי המעיים בברווזים.
ניתוח גרורות:
ברמת פילום: 2 פילות חיידקים זוהו רק בקבוצות ביקורת
ברמת הסוג: נמצאו 6 סוגים שונים באופן משמעותי בשפע היחסי
ברמת המינים: 36 מינים זוהו בסך הכל, כאשר 6 מהם שונים באופן מובהק בשפע הרלבבי
התייחסות
Thingholm, LB, et al."אנשים שמנים עם וללא סוכרת סוג 2 מראים יכולת תפקוד והרכב שונה של חיידקים במעיים."מארח סלולרי ומיקרוב26.2 (2019).
