ריצוף אמפליקונים 16S/18S/ITS - PacBio
תכונות השירות
● פלטפורמת ריצוף: PacBio Revio
● מצב ריצוף: CCS (קריאת HiFi)
● הגברה של אזור המטרה ולאחר מכן קישור טנדם של אמפליקונים לפני הכנת ספריית פעמוני HiFi SMRT
יתרונות השירות
●רזולוציה טקסונומית גבוהה יותר: Tריצוף אמפליקונים קצרים של האן,המאפשר שיעורי סיווג OTU גבוהים יותר ברמת המין.
●קריאת בסיס מדויקת ביותרריצוף מצב CCS של PacBio (קריאות HiFi).
●ללא בידודזיהוי מהיר של הרכב מיקרוביאלי בדגימות סביבתיות.
●ניתן ליישום נרחבמחקרים מגוונים בקהילות מיקרוביאליות.
●ניתוח ביואינפורמטי מקיףחבילת QIIME2 העדכנית ביותר (תובנה כמותית לאקולוגיה מיקרוביאלית) עם ניתוחים מגוונים מבחינת מסד נתונים, ביאור, OTU/ASV.
●מומחיות נרחבתעם אלפי פרויקטים של ריצוף אמפליקונים המבוצעים מדי שנה, BMKGENE מביאה עמה ניסיון של למעלה מעשור, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מעולה לאחר המכירה.
מפרט השירות
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים |
| אמפליקון | PacBio Revio | 10/30/50 אלף תגים (CCS) |
דרישות לדוגמה
| ריכוז (נגנוגרם/µL) | כמות כוללת (מיקרוגרם) | נפח (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
משלוח דוגמיות מומלץ
יש להקפיא את הדגימות בחנקן נוזלי למשך 3-4 שעות ולאחסן אותן בחנקן נוזלי או בטמפרטורה של -80 מעלות צלזיוס עד לטווח ארוך. יש לשלוח את הדגימות עם קרח יבש.
זרימת עבודה של שירות
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● אשכולות/הסרת רעשים של OTU (ASV)
● ביאור OTU
● ניתוח גיוון אלפא: אינדקסים מרובים, כולל שאנון, סימפסון ו-ACE.
● ניתוח גיוון בטא
● ניתוח בין-קבוצתי
● ניתוח קורלציה: בין גורמים סביבתיים לבין הרכב וגיוון של OUT
● ניבוי גנים פונקציונליים של 16S
היסטוגרמה של התפלגות טקסונומית
עץ פילוגנטי של תפוצה קהילתית
ניתוח גיוון אלפא: ACE
מַדָד
ניתוח גיוון בטא: PCoA
ניתוח בין-קבוצתי: ANOVA
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי ריצוף האמפליקונים של BMKGene עם PacBio באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה.
Gao, X. and Wang, H. (2023) 'ניתוח השוואתי של פרופילים ותפקודים של חיידקי כרס במהלך הסתגלות לפנולוגיה שונה (ירוק מחדש לעומת עשבוני) בכבש מרינו אלפיני עם שני שלבי גידול באחו אלפיני', Fermentation, 9(1), עמ' 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
לי, ש. ואחרים (2023) 'לכידת החומר האפל המיקרוביאלי בקרקעות מדבריות באמצעות מטאגנומיקה מבוססת קולטורומיקה וניתוח ברזולוציה גבוהה', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), עמ' 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'השפעות מלחי חומצות שומן על מאפייני התסיסה, גיוון חיידקי ויציבות אירובית של תחמיץ מעורב שהוכן עם אספסת, קש אורז וסובין חיטה', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), עמ' 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
יאנג, ג'. ואחרים (2023) 'האינטראקציה בין סמנים ביולוגיים של עקה חמצונית למיקרוביוטה של המעיים בהשפעות נוגדות החמצון של תמציות מ- Sonchus brachyotus DC. בעקה חמצונית במעי המושרה על ידי אוקסאזולון בדגי זברה בוגרים', נוגדי חמצון 2023, כרך 12, עמוד 192, 12(1), עמ' 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
