רצף גנום שלם של צמח/חיה
1. יתרונות השירות
ניסיון רב בריצוף גנום עבור למעלה מ-1000 מינים.
למעלה מ-800 מקרים שפורסמו עם מקדם השפעה מצטבר של למעלה מ-4000.
ניתוח ביואינפורמטיקה מקיף על קריאות וריאציות וניתוח פונקציות.
2. מפרטי שירות
| פּלַטפוֹרמָה | סִפְרִיָה | עומק המשך מומלץ | |
| אילומינה | PE 150 | עבור SNP, קריאות InDel ≥ פי 10 עבור SV, CNY שיחות ≥ 30x
| |
| ננופור
| 8 קילובייט | עבור SV, CNY שיחות ≥ 20x | |
| פאקביו | CCS | 15 קילובייט | עבור שיחות SNP, InDel, SV, CNY ≥ פי 10 |
3. דרישות לדוגמה
| פּלַטפוֹרמָה | Conc.(ng/μL)
| כמות (ng)
| טוֹהַר
| ג'ל אגרוז
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. להקה ראשית ברורה ללא או מוגבלתהשפלה שנצפה על ג'ל. 2. אין או מוגבל זיהום RNA או חלבון
| ||||
| אילומינה | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| ננופור
| ≥30 | תלוי בתפוקת הנתונים 10 מיקרוגרם/תא | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| פאקביו | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. ניתוח ביואינפורמציה
5. זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
מיצוי DNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
מסירת נתונים
1) סטטיסטיקה של מיפוי הגנום
טבלה 1 סטטיסטיקה של תוצאת מיפוי
איור 1 התפלגות גודל ההוספה וקריאת הכיסוי.
2) זיהוי משתנה
איור 2 סטטיסטיקה וביאור של SNP/INDEL/SV בין הדגימות
איור 3 תפוצה רחבה של הגנום של ותיציות
3) ביאור פונקציונלי של וריאציות
| 2019 | תקשורת בטבע | ריצוף מחדש של גנום שלם חושף את מקור Brassica napus ולוקוסים גנטיים המעורבים בשיפור שלו |
| 2020 | PNAS | המקור האבולוציוני ותולדות הביות של דגי זהב (Carassius auratus) |
| 2021 | יומן ביוטכנולוגיה צמחית | גנום ייחוס של שני מיני היוטה התרבותיים |
| 2021 | יומן ביוטכנולוגיה צמחית | חתימות גנומיות של אלופוליפלואיד Brassicajuncea צמח וזרעי שמן ולוקוסים גנטיים השולטים בהצטברות של גלוקוזינולטים |
| 2019 | צמח מולקולרי | ריצוף מחדש של גנום שלם של אוסף כלל עולמי של כניסות לפתית חושף את הבסיס הגנטי לסטייה האקוטייפ שלהם |
| 2022 | מחקר גננות | ניתוח אסוציאציות רחב הגנום מספק תובנות מולקולריות לגבי השונות הטבעית של גודל זרעי האבטיח |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | מחקר אסוציאציה רחב הגנום מזהה גרסאות של GhSAD1 המעניקות סבילות לקור בכותנה |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | מחקר אסוציאציה רחבה של הגנום והשוואת תעתיקים חושפים QTL חדשניים וגנים מועמדים השולטים בגודל עלי הכותרת בפתית |
