ריצוף גנום שלם של צמחים/בעלי חיים
תכונות השירות
דה נובו
טכניקה זו שימושית במיוחד עם גנומים מאתגרים כגון אלו עם רמה גבוהה של הטרוזיגוטיות, אזורים חוזרים על עצמם, גנומים פוליפולואידים, תוכן CG חריג וכו'.
הפתרון המלא שלנו מספק שירותי ריצוף משולבים וניתוח ביואינפורמטי המספקים גנום מורכב דה נובו באיכות גבוהה. סקר גנום ראשוני עם Illumina מספק הערכות של גודל הגנום ומורכבותו, ומידע זה משמש להנחיית השלב הבא של ריצוף קריאה ארוכה עם PacBio HiFi, ולאחר מכן...דה נובוהרכבת קונטיגים. השימוש לאחר מכן בהרכבת HiC מאפשר עיגון הקונטיגים לגנום, תוך קבלת הרכבה ברמת הכרומוזום. לבסוף, הגנום מוסמך על ידי חיזוי גנים ועל ידי ריצוף גנים מבוטאים, תוך שימוש בטרנסקריפטומים עם קריאות קצרות וארוכות.
-- שילוב של שירותי ריצוף וביואינפורמטיקה מרובים בפתרון מקיףשירות מתאים לבניית רומן
-- גנומים או שיפור גנומים קיימים של מינים מעניינים.
ריצוף מחדש
-- הכנת ספרייה יכולה להיות סטנדרטית או ללא PCR
זמין ב-4 פלטפורמות ריצוף: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 או PacBio Revio.
-- ניתוח ביואינפורמטי המתמקד בקריאות וריאנט: SNP, InDel, SV ו-CNV
יתרונות השירות
●מומחיות נרחבת ורקורד פרסומיםעבורדה נובובשירותינו, צברנו ניסיון רב בהרכבת גנומים איכותית של מינים מגוונים, כולל גנומים דיפלואידיים וגנומים מורכבים ביותר של מינים פוליפלואידיים ואלופוליפלואידיים. מאז 2018, תרמנו ליותר מ-300 פרסומים בעלי השפעה גבוהה, ו-20+ מהם פורסמו ב-Nature Genetics. בריצוף מחדש של הגנום, צברנו למעלה מ-1000 מינים, מה שהוביל ליותר מ-1000 מקרים שפורסמו עם גורם השפעה מצטבר של למעלה מ-5000.
●פתרון אחד: מופעלדה נובוריצוף, הגישה המשולבת שלנו משלבת טכנולוגיות ריצוף מרובות וניתוחים ביואינפורמטיים לתהליך עבודה מגובש, המספק גנום מורכב באיכות גבוהה.
●מותאם לצרכים שלךזרימת העבודה של השירות שלנו ניתנת להתאמה אישית, מה שמאפשר התאמה לגנומים בעלי מאפיינים מגוונים וצרכים מחקריים ספציפיים.
●צוות ביואינפורמטיקה ומעבדה מיומן ביותרבין אם זה בשבילדה נובובין אם מדובר בריצוף או בריצוף מחדש, לצוות שלנו יש סט כלים וידע מיומנים כדי להבטיח את הצלחת הפרויקט. ניתן לאמת זאת על ידי סדרת הפטנטים וזכויות היוצרים של התוכנה שפיתחו.
● תמיכה לאחר המכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
●ניתוח ביואינפורמטיקה מקיףכולל קריאה לווריאציות וביאור פונקציות.
●ביאור מקיף לרצףאנו משתמשים במספר מסדי נתונים כדי לסמן פונקציונלית את הגנים עם וריאציות מזוהות ולבצע את ניתוח ההעשרה המתאים, ולספק תובנות לגבי פרויקטי המחקר שלכם.
מפרט השירות
| וריאנטים שיש לזהות | אסטרטגיית ריצוף | עומק מומלץ |
| SNP ו-InDel | אילומינה נובה-סיק PE150 או MGI T7 | פי 10 |
| SV ו-CNV (פחות מדויקים) | פי 30 | |
| SV ו-CNV (מדויק יותר) | ננופור פרום P48 | פי 20 |
| SNPs, Indels, SV ו-CNV | PacBio Revio | פי 10 |
דרישות לדוגמה
| חומצות גרעין מרקמות או חומצות גרעין שחולצו | אילומינה/MGI | ננופור | PacBio
| ||
| קרביים של בעלי חיים | 0.5-1 גרם | ≥ 3.5 גרם
| ≥ 3.5 גרם
| ||
| שרירי בעלי חיים | ≥ 5 גרם
| ≥ 5 גרם
| |||
| דם יונקים | 1.5 מ"ל | ≥ 0.5 מ"ל
| ≥ 5 מ"ל
| ||
| דם עופות/דגים | ≥ 0.1 מ"ל
| ≥ 0.5 מ"ל
| |||
| צמח - עלה טרי | 1-2 גרם | ≥ 2 גרם
| ≥ 5 גרם
| ||
| תאים בתרבית |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| רקמות רכות של חרקים/פרט | 0.5-1 גרם | ≥ 1 גרם
| ≥ 3 גרם
| ||
| DNA שחולץ
| ריכוז: ≥ 1 ננוגרם/µL כמות: ≥ 30 ננוגרם פירוק או זיהום מוגבלים או ללא פירוק או זיהום כלל
| ריכוז סְכוּם
OD260/280
OD260/230
פירוק או זיהום מוגבלים או ללא פירוק או זיהום כלל
| ≥ 40 ננוגרם/µL 4 מיקרוגרם/תא זרימה/דגימה
1.7-2.2
≥1.5 | ריכוז סְכוּם
OD260/280
OD260/230
פירוק או זיהום מוגבלים או ללא פירוק או זיהום כלל | ≥ 50 ננוגרם/µL 10 מיקרוגרם/תא זרימה/דגימה
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| הכנת ספרייה ללא PCR: ריכוז ≥ 40 ננוגרם/µL כמות ≥ 500 ננוגרם | |||||
זרימת עבודה של שירות
משלוח לדוגמה
מיצוי DNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
אספקת נתונים
דה נובוצינור ביואינפורמטיקה
אם ברצונכם לראות סקירה כללית של צינורות ההרכבה השונים שלנו:
ניתוח ביואינפורמטי מלא, מחולק ל-4 שלבים:
1. סקר גנום, המבוסס על ניתוח k-mer עם קריאות NGS.זה ייתן לנו מידע על:
- הערכת גודל הגנום
- הערכת הטרוזיגוטיות
- אומדן של אזורים חוזרים
2. הרכבת גנום עם PacBio HiFi.שימוש בקריאות ארוכות ייתן לנו:
- דה נובוהַרכָּבָה
- הערכת הרכבה: כולל ניתוח BUSCO לשלמות הגנום ומיפוי חזרה של קריאות NGS ו-PacBio HiFi
3. הרכבה של Hi-C.ברגע שיהיה לנו את ההרכבה, מידע על מבנה הגנום התלת-ממדי יעמיק את הידע ויעשיר את גנום הייחוס שאנו בונים.
- בקרת איכות של ספריית Hi-C להערכת אינטראקציות Hi-C תקפות.
- הרכבת Hi-C. נבצע את קיבוץ הקונטיגים בקבוצות, ולאחר מכן נבצע סידור של הקונטיגים בתוך כל קבוצה ונקצות את כיוון הקונטיגים.
- הערכת Hi-C
4. ביאור גנום:
- חיזוי RNA לא מקודד
- זיהוי רצפים חוזרים (טרנספוזונים וחזרות טנדם)
- ניבוי גנים
- דה נובואלגוריתמים של ab initio
- בהתבסס על הומולוגיה
- בהתבסס על טרנסקריפטום, עם קריאות ארוכות וקצרות: הקריאות הןדה נובומורכב או ממופה לגנום הטיוטה
- ביאור של גנים חזויים עם מספר מסדי נתונים
ריצוף מחדשצינור ביואינפורמטיקה
כולל את הניתוח הבא:
- בקרת איכות נתונים גולמיים
- סטטיסטיקה של יישור לגנום הייחוס
- זיהוי וריאנטים: SNP, InDel, SV ו-CNV
- ביאור פונקציונלי של וריאנטים
סטטיסטיקה של יישור לגנום הייחוס - התפלגות עומק הריצוף
קריאת SNP בין מספר דגימות
זיהוי InDel – סטטיסטיקה של אורך ה-InDel באזור CDS ובאזור הגנום כולו
התפלגות גרסאות על פני הגנום - תרשים Circos
ביאור פונקציונלי של גנים עם וריאנטים מזוהים - אונטולוגיה גנטית
Chai, Q. et al. (2023) 'גלוטתיון S-טרנספראז GhTT19 קובע את פיגמנטציה של עלי כותרת של פרחים באמצעות ויסות הצטברות אנתוציאנין בכותנה',כתב העת לביוטכנולוגיה של הצמח, 21(2), עמ'. 433. דוי: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'גנום בר של Hevea brasiliensis ברמת הכרומוזום מספק כלים חדשים לרבייה בסיוע גנומי ולוקוסים יקרי ערך להעלאת תפוקת הגומי',כתב העת לביוטכנולוגיה של הצמח, 21(5), עמ' 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
לי, סי. ואחרים (2021) 'רצפי גנום חושפים נתיבי פיזור גלובליים ומרמזים על התאמות גנטיות מתכנסות באבולוציה של סוסי ים',תקשורת טבע, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
לי, י. ואחרים (2023) 'שינויים כרומוזומליים בקנה מידה גדול מובילים לשינויים בביטוי ברמת הגנום, הסתגלות סביבתית והתמיינות אצל הגיאל (Bos frontalis)',ביולוגיה מולקולרית ואבולוציה, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
טיאן, ט. ואחרים (2023) 'הרכבת גנום וניתוח גנטי של נבט תירס בולט עמיד לבצורת',גנטיקה של הטבע 202355:3, 55(3), עמ' 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ג'אנג, פ. ואחרים (2023) 'חשיפת האבולוציה של ביוסינתזה של אלקלואידים טרופניים על ידי ניתוח שני גנומים במשפחת הסולניים',תקשורת טבע2023 14:1, 14(1), עמ' 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
זנג, ט. ואחרים (2022) 'ניתוח שינויים בגנום ובמתילציה בתרנגולות ילידיות סיניות לאורך זמן מספק תובנות לגבי שימור מינים',ביולוגיה של תקשורת, 5(1), עמ' 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
מקרי בוחן מאתגרים:
הרכבה מטלומרים לטלומרים:Fu, A. et al. (2023) 'הרכבת גנום מטלומרים לטלומרים של מלון מר (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) חושפת התפתחות, הרכב ומאפיינים גנטיים של הבשלת הפרי',מחקר גננות, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
הרכבת הפלוטיפ:Hu, W. et al. (2021) 'גנום מוגדר על ידי אלל מגלה התמיינות ביאללית במהלך התפתחות הקסאווה',צמח מולקולרי, 14(6), עמ' 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
הרכבת גנום ענק:יואן, ג'. ואחרים (2022) 'הבסיס הגנומי של הגיגה-כרומוזומים והגיגה-גנום של אדמונית העץ Paeonia ostii',תקשורת טבע2022 13:1, 13(1), עמ' 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
הרכבת גנום פוליפלואידי:ג'אנג, ק. ואחרים (2022) 'תובנות גנומיות לגבי צמצום הכרומוזומים האחרון של קנה סוכר אוטופוליפלואידי Saccharum spontaneum',גנטיקה של הטבע 202254:6, 54(6), עמ' 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
