מכלול גנום מבוסס Hi-C
יתרונות השירות
סקירה כללית של Hi-C
(ליברמן-איידן E וחב',מַדָע, 2009)
● אין צורך בבניית אוכלוסייה גנטית לעיגון קונטיגי;
● צפיפות סמנים גבוהה יותר המובילה ליחס עיגון עיגון גבוה יותר של מעל 90%;
● מאפשר הערכה ותיקונים במכלולי גנום קיימים;
● זמן אחזור קצר יותר עם דיוק גבוה יותר בהרכבת הגנום;
● ניסיון בשפע עם למעלה מ-1000 ספריות Hi-C שנבנו עבור למעלה מ-500 מינים;
● למעלה מ-100 מקרים מוצלחים עם מקדם השפעה מצטבר של למעלה מ-760;
● הרכבת גנום מבוסס Hi-C עבור גנום פוליפלואידי, שיעור עיגון של 100% הושג בפרויקט הקודם;
● פטנטים פנימיים וזכויות יוצרים בתוכנה עבור ניסויי Hi-C וניתוח נתונים;
● תוכנת כוונון נתונים חזותיים בפיתוח עצמי, מאפשרת הזזת בלוק ידני, היפוך, ביטול וביצוע מחדש.
מפרט שירות
|
סוג ספרייה
|
פּלַטפוֹרמָה | אורך קריאה | ממליץ על אסטרטגיה |
| היי-סי | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
ניתוח ביואינפורמטיקה
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● בקרת איכות ספריית Hi-C
● הרכבת גנום מבוסס Hi-C
● הערכה לאחר ההרכבה
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
| בעל חיים | פִּטרִיָה | צמחים
|
| רקמה קפואה: 1-2 גרם לכל ספריה תאים: 1x 10^7 תאים לכל ספריה | רקמה קפואה: 1 גרם לכל ספריה | רקמה קפואה: 1-2 גרם לכל ספריה
|
| *אנו ממליצים בחום לשלוח לפחות 2 מנות (1 גרם כל אחד) לניסוי Hi-C. | ||
משלוח לדוגמא מומלץ
מיכל: שפופרת צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ נייר כסף)
עבור רוב הדגימות, אנו ממליצים לא לשמר באתנול.
תיוג לדוגמה: דגימות צריכות להיות מסומנות בבירור וזהות לטופס המידע המוגש לדוגמא.
משלוח: קרח יבש: יש לארוז תחילה את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
זרימת עבודה בשירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
מיצוי DNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
*תוצאות ההדגמה המוצגות כאן הן כולן מגנומים שפורסמו עם Biomarker Technologies
1.Hi-C אינטראקציה מפת חום שלCamptotheca acuminataגנום.כפי שמוצג במפה, עוצמת האינטראקציות נמצאת בקורלציה שלילית עם המרחק הליניארי, מה שמעיד על הרכבה מדויקת מאוד ברמת הכרומוזום.(יחס עיגון: 96.03%)
Kang M וחב',תקשורת טבע, 2021
2.Hi-C הקלה על אימות ההיפוכים ביןGossypium hirsutumL. TM-1 A06 וג' ארבוריוםChr06
יאנג ז וחב',תקשורת טבע, 2019
3.הרכבה והתמיינות ביאללית של גנום הקסאווה SC205.מפת חום Hi-C מוצגת פיצול ברור בכרומוזומים הומולוגיים.
הו ו וחב',צמח מולקולרי, 2021
4. מפת חום Hi-C על מכלול הגנום של שני מיני פיקוס:F.microcarpa(יחס עיגון: 99.3%) וF.hispida (יחס עיגון: 99.7%)
Zhang X וחב',תָא, 2020
תיק BMK
גנומים של עץ בניאן וצרעה מאביקה מספקים תובנות לגבי התפתחות משותף של צרעה תאנה
יצא לאור: תָא, 2020
אסטרטגיית רצף:
F. microcarpa גנום: כ.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaגנום: כ.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataגנום: כ.170 X PacBio RSII (65 Gb)
תוצאות מפתח
1. שני גנומים של עץ בניאן וגנום אחד של צרעה מאביקה נבנו באמצעות רצף PacBio, Hi-C ומפת קישור.
(1)F. microcarpaגנום: הרכבה של 426 מגה-ביט (97.7% מגודל הגנום המשוער) הוקמה עם N50 של 908 Kb, ציון BUSCO של 95.6%.בסך הכל עוגנו רצפים של 423 Mb ל-13 כרומוזומים על ידי Hi-C.ביאור הגנום הניב 29,416 גנים מקודדי חלבון.
(2)פ היספידהגנום: מכלול של 360 מגה-ביט (97.3% מגודל הגנום המשוער) היה תשואה עם N50 של 492 קילו-ביט וציון BUSCO של 97.4%.סך של רצפים של 359 מגה-ביט עוגנו על 14 כרומוזומים באמצעות Hi-C וזהים מאוד למפת קישור בצפיפות גבוהה.
(3)Eupristina verticillataגנום: מכלול של 387 Mb (גודל גנום משוער: 382 Mb) הוקם עם Contig N50 של 3.1 Mb וציון BUSCO של 97.7%.
2. ניתוח גנומיקה השוואתי גילה מספר רב של שינויים במבנה בין שנייםפיקוסגנומים, שסיפקו משאב גנטי רב ערך למחקרי אבולוציה אדפטיבית.מחקר זה, בפעם הראשונה, סיפק תובנות לגבי התפתחות משותף של צרעה תאנים ברמה הגנומית.
 דיאגרמת Circos על תכונות גנומיות של שנייםפיקוסגנומים, כולל כרומוזומים, כפילויות סגמנטליות (SDs), טרנספוזונים (LTR, TEs, DNA TEs), ביטוי גנים וסינטניות |  זיהוי הגן המועמד לקביעת מין כרומוזום Y |
Zhang, X., et al."גנומים של עץ בניאן וצרעה מאביקה מספקים תובנות לגבי התפתחות משותף של צרעה תאנים."תא 183.4(2020).
