מכלול גנום מבוסס Hi-C
יתרונות השירות
סקירה כללית של Hi-C
(Liberman-Aiden E וחב',מַדָע, 2009)
Øאין צורך בבניית אוכלוסייה גנטית לעיגון קונטיגי
Øצפיפות סמנים גבוהה יותר שמובילה ליחס עיגון עיגון גבוה יותר של מעל 90%;
Øמאפשר הערכה ותיקונים במכלולי גנום קיימים;
Øזמן אחזור קצר יותר עם דיוק גבוה יותר בהרכבת הגנום;
Øניסיון בשפע עם למעלה מ-1000 ספריות Hi-C שנבנו עבור למעלה מ-500 מינים;
Øמעל 100 מקרים מוצלחים עם מקדם השפעה מצטבר של למעלה מ-760;
Øהרכבת גנום מבוסס Hi-C עבור גנום פוליפלואידי, שיעור עיגון של 100% הושג בפרויקט הקודם.
Øפטנטים פנימיים וזכויות יוצרים בתוכנה עבור ניסויי Hi-C וניתוח נתונים
Øתוכנת כוונון נתונים חזותיים שפותחה בעצמה, מאפשרת הזזת בלוק ידני, היפוך, ביטול וביצוע מחדש.
מפרט שירות
| רצףפּלַטפוֹרמָה | סִפְרִיָה | עומק מומלץ | זמן אחזור משוער | הַרכָּבָה |
| אילומינה | 300-350 bp | גנום פשוט ≥ 100 × גנום מורכב ≥ 150 × | 3 חודשים (תלוי במין) | יחס עיגון ≥ 90% (תלוי במין) |
ניתוח ביואינפורמטיקה
üבקרת איכות נתונים גולמיים
üבקרת איכות ספריית Hi-C
üהרכבת גנום מבוסס Hi-C
üהערכה לאחר הרכבה
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
לבעלי חיים:
1. שריר (קפוא): ≥ 2 גרם;
2. דם מלא (לא קפוא): ≥ 2 מ"ל (עבור 3 ספריות)
לצמחים:
1. שתילים (למשל שתילים צעירים שטופחו מזרעים, שתיל תרבית רקמות וכו'): אספו את כל העלים והגבעול הצעיר;
2. צמח בוגר: אסוף את קצה הגבעול ואת 1 או 2 העלים החדשים הראשונים קרוב לקצה הגבעול.
* כמות מומלצת לכל דגימה ≥ 4 גרם.(השימוש התיאורטי לבניית ספרייה הוא 1 גרם לספרייה).
משלוח לדוגמא מומלץ
מיכל: שפופרת צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ נייר כסף)
עבור רוב הדגימות, אנו ממליצים לא לשמר באתנול.
תיוג לדוגמה: דגימות צריכות להיות מסומנות בבירור וזהות לטופס המידע המוגש לדוגמא.
משלוח: קרח יבש: יש לארוז תחילה את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
זרימת עבודה בשירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
ניסוי Hi-C
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
*תוצאות ההדגמה המוצגות כאן הן כולן מגנומים שפורסמו עם Biomarker Technologies
1.Hi-C אינטראקציה מפת חום שלCamptotheca acuminataגנום.כפי שמוצג במפה, עוצמת האינטראקציות נמצאת בקורלציה שלילית עם המרחק הליניארי, מה שמעיד על הרכבה מדויקת מאוד ברמת הכרומוזום.(יחס עיגון: 96.03%)
Kang M וחב',תקשורת טבע, 2021
2.Hi-C הקלה על אימות ההיפוכים ביןGossypium hirsutumL. TM-1 A06 וג' ארבוריוםChr06
יאנג ז וחב',תקשורת טבע, 2019
3.הרכבה והתמיינות ביאללית של גנום הקסאווה SC205.מפת חום Hi-C מוצגת פיצול ברור בכרומוזומים הומולוגיים.
הו ו וחב',צמח מולקולרי, 2021
4. מפת חום Hi-C על מכלול הגנום של שני מיני פיקוס:F.microcarpa(יחס עיגון: 99.3%) וF.hispida (יחס עיגון: 99.7%)
Zhang X וחב',תָא, 2020
תיק BMK
הגנומים של עץ הבניאן והצרעת המאביקה מספקים תובנות לגבי התפתחות משותף של צרעה תאנה
יצא לאור: תָא, 2020
אסטרטגיית רצף:
F. microcarpaגנום: כ.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaגנום: כ.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataגנום: כ.170 X PacBio RSII (65 Gb)
תוצאות מפתח
1. שני גנומים של עץ בניאן וגנום אחד של צרעה מאביקה נבנו באמצעות רצף PacBio, Hi-C ומפת קישור.
(1)F. microcarpaגנום: מכלול של 426 מגה-ביט (97.7% מגודל הגנום המשוער) הוקם עם N50 של 908 קילו-ביט, ציון BUSCO של 95.6%.בסך הכל עוגנו רצפים של 423 Mb ל-13 כרומוזומים על ידי Hi-C.ביאור הגנום הניב 29,416 גנים מקודדי חלבון.
(2)פ היספידהגנום: מכלול של 360 Mb (97.3% מגודל הגנום המשוער) הניבו תפוקה עם N50 של 492 Kb וציון BUSCO של 97.4%.סך של רצפים של 359 מגה-ביט עוגנו על 14 כרומוזומים על-ידי Hi-C וזהים מאוד למפת קישור בצפיפות גבוהה.
(3)Eupristina verticillataגנום: מכלול של 387 מגה-ביט (גודל גנום משוער: 382 מגה-ביט) הוקם עם N50 של 3.1 מגה-ביט וציון BUSCO של 97.7%.
2. ניתוח גנומיקה השוואתי גילה מספר רב של שינויים במבנה בין שנייםפיקוסגנומים, שסיפק משאב גנטי רב ערך למחקרי אבולוציה אדפטיבית.מחקר זה, לראשונה, סיפק תובנות לגבי התפתחות משותף של צרעה תאנים ברמה הגנומית.
 דיאגרמת Circos על תכונות גנומיות של שנייםפיקוסגנומים, כולל כרומוזומים, כפילויות סגמנטליות (SDs), טרנספוזונים (LTR, TEs, DNA TEs), ביטוי גנים וסינטניות |  זיהוי הגן המועמד לקביעת מין כרומוזום Y |
Zhang, X., et al."גנומים של עץ בניאן וצרעה מאביקה מספקים תובנות לגבי התפתחות משותף של צרעה תאנים."תא 183.4(2020).
