הרכבת גנום מבוססת Hi-C
Hi-C היא שיטה שנועדה ללכוד את תצורת הכרומוזומים על ידי שילוב של אינטראקציות מבוססות קרבה וריצוף תפוקה גבוהה. ההערכה היא שעוצמת האינטראקציות הללו קשורה באופן שלילי למרחק הפיזי על הכרומוזומים. לכן, נתוני Hi-C משמשים להנחיית האשכול, הסדר והכיוון של רצפים מורכבים בגנום טיוטה ועיגון אלה למספר מסוים של כרומוזומים. טכנולוגיה זו מאפשרת הרכבה של גנום ברמת הכרומוזום בהיעדר מפה גנטית מבוססת אוכלוסייה. כל גנום זקוק ל-Hi-C.
תכונות השירות
● ריצוף על גבי Illumina NovaSeq עם PE150.
● השירות דורש דגימות רקמה, במקום חומצות גרעין שחולצו, כדי ליצור קשר צולב עם פורמלדהיד ולשמר את האינטראקציות בין DNA לחלבון.
● ניסוי ה-Hi-C כולל ריסטריקציה ותיקון קצוות של הקצוות הדביקים באמצעות ביוטין, ולאחר מכן מעגליזציה של הקצוות הקהים המתקבלים תוך שמירה על האינטראקציות. לאחר מכן, ה-DNA נמשך למטה באמצעות חרוזי סטרפטבידין ומטוהר להכנת ספרייה לאחר מכן.
יתרונות השירות
סקירה כללית של Hi-C
(ליברמן-איידן א. ואחרים,מַדָע, 2009)
●ביטול הצורך בנתוני אוכלוסייה גנטיים:Hi-C מחליף את המידע החיוני הנדרש לעיגון קונטיג.
●צפיפות סמנים גבוהה:מה שמוביל ליחס עיגון contig גבוה מעל 90%.
●מומחיות נרחבת ורקורד פרסומים:ל-BMKGene ניסיון רב עם יותר מ-2000 מקרים של הרכבת גנום Hi-C מ-1000 מינים שונים ופטנטים שונים. למעלה מ-200 מקרים שפורסמו בעלי גורם השפעה מצטבר של מעל 2000.
●צוות ביואינפורמטיקה מיומן ביותר:עם פטנטים פנימיים וזכויות יוצרים על תוכנה עבור ניסויי Hi-C וניתוח נתונים, תוכנת נתוני ויזואליזציה שפותחה באופן עצמאי מאפשרת הזזה, היפוך, ביטול וביצוע מחדש של בלוקים באופן ידני.
●תמיכה לאחר המכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
●ביאור מקיףאנו משתמשים במספר מסדי נתונים כדי לסמן פונקציונלית את הגנים עם וריאציות מזוהות ולבצע את ניתוח ההעשרה המתאים, ובכך לספק תובנות על פרויקטים מחקריים מרובים.
מפרט השירות
| הכנת הספרייה | אסטרטגיית ריצוף | פלט נתונים מומלץ | בקרת איכות |
| ספריית Hi-C | אילומינה נובה-סיק PE150 | פי 100 | Q30 ≥ 85% |
דרישות לדוגמה
| רִקמָה | סכום נדרש |
| קרביים של בעלי חיים | ≥ 1 גרם |
| שרירי בעלי חיים | |
| דם יונקים | ≥ 2 מ"ל |
| דם עופות/דגים | |
| צמח - עלה טרי | ≥ 2 גרם |
| תאים בתרבית | ≥ 1x107 |
| חֶרֶק | ≥ 1 גרם |
| אורגניזם מימי - רקמת שריר | ≥ 1 גרם |
| אורגניזם מימי - אצות | ≥ 2 גרם |
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
1) בקרת איכות של נתונים גולמיים
2) בקרת איכות של ספריית Hi-C: הערכת אינטראקציות Hi-C תקפות
3) הרכבת Hi-C: קיבוץ של קונטיגים בקבוצות, ולאחר מכן סידור קונטיגים בתוך כל קבוצה והקצאת אוריינטציה של קונטיגים
4) הערכת רמת צלזיוס גבוהה
בקרת איכות של ספריית Hi-C – הערכה של זוגות אינטראקציה תקפים של Hi-C
הרכבת Hi-C – סטטיסטיקה
הערכה לאחר הרכבה - מפת חום של עוצמת האות בין תאים
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי הרכבת Hi-C של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחר.
טיאן, ט. ואחרים (2023) 'הרכבת גנום וניתוח גנטי של נבט תירס עמיד לבצורת', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), עמ' 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL ואחרים (2020) 'הרכבה בקנה מידה כרומוזומי של גנום דבורת הדבש האסייתית Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, עמ' 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
ג'אנג, פ. ואחרים (2023) 'חשיפת האבולוציה של ביוסינתזה של אלקלואידים טרופניים על ידי ניתוח שני גנומים במשפחת הסולניים', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), עמ' 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ג'אנג, ש. ואחרים (2020) 'גנומים של עץ הבניאן והצרעה המאביקה מספקים תובנות לגבי קואבולוציה של תאנה וצרעה', Cell, 183(4), עמ' 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
