רצף ארוך ללא קידוד-אילומינה
יתרונות השירות
● יתרונות השירות
● ספציפי לתאים ולרקמות
● שלב ספציפי מבטא ומציג שינוי ביטוי דינמי
● דפוסים מדויקים של ביטוי זמן ומרחב
● ניתוח משותף עם נתוני mRNA.
● אספקת תוצאות מבוססת BMKCloud: כריית נתונים מותאמת אישית זמינה בפלטפורמה.
● שירותים לאחר המכירה תקפים ל-3 חודשים עם סיום הפרויקט
דרישות לדוגמא ומשלוח
| סִפְרִיָה | פּלַטפוֹרמָה | נתונים מומלצים | נתונים QC |
| דלדול rRNA | Illumina PE150 | 10 ג'יגה-בייט | Q30≥85% |
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | יושרה |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום מוגבל או ללא חלבון או DNA מוצג על ג'ל. | לצמחים: RIN≥6.5; לבעלי חיים: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא |
נוקלאוטידים:
רקמה: משקל (יבש): ≥1 גרם
*עבור רקמה קטנה מ-5 מ"ג, אנו ממליצים לשלוח דגימת רקמה קפואה (בחנקן נוזלי).
תרחיף תאים: ספירת תאים = 3×107
*אנו ממליצים לשלוח lysate תאים קפואים.במקרה שהתא הזה קטן מ-5×105, מומלץ להקפיא בחנקן נוזלי.
דגימות דם:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ו-2mL דם (TRIzol:Blood=3:1)
משלוח לדוגמא מומלץ
מיכל: שפופרת צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ נייר כסף)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפל, למשל A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז דגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. צינורות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA בצינור ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה בשירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
מיצוי RNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
ביואינפורמטיקה
1. סיווג LncRNA
LncRNA שנחזה על ידי ארבע התוכנות לעיל סווגו ל-4 קטגוריות: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.סיווג LncRNA הוצג בהיסטוגרמה למטה.
סיווג LncRNA
2. גנים ממוקדי Cis של ניתוח העשרה של DE-lncRNA
ClusterProfiler הועסק בניתוח העשרה של GO על גנים ממוקדי cis של lncRNA (DE-lncRNA) המובע באופן דיפרנציאלי, במונחים של תהליכים ביולוגיים, פונקציות מולקולריות ורכיבים תאיים.ניתוח העשרה של GO הוא תהליך לזיהוי מונחי GO מועשרים משמעותית בכיוון DEG בהשוואה לגנום שלם.המונחים המועשרים הוצגו בהיסטוגרמה, תרשים בועות וכו' כפי שמוצג להלן.
גנים ממוקדי Cis של ניתוח העשרה של DE-lncRNA - תרשים בועות
3. על ידי השוואת האורך, מספר האקסונים, ה-ORF וכמות הביטוי של mRNA ו-lncRNA, נוכל להבין את ההבדלים במבנה, ברצף וכן הלאה ביניהם, וגם לוודא האם ה-lncRNA החדש שנחזה על ידינו תואם את המאפיינים הכלליים.
תיק BMK
חוסר ויסות של פרופיל ביטוי lncRNA באדנוקרצינומות בריאות של עכבר עם מוטציה KRAS-G12D ונוקאאוט P53
יצא לאור:כתב עת לרפואה סלולרית ומולקולרית,2019
אסטרטגיית רצף
אילומינה
אוסף דוגמאות
ה-NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) תאי הבקרה השליליים (sh-Scr) התקבלו ביום 6 של זיהום ויראלי ספציפי.
תוצאות מפתח
מחקר זה חוקר את ה-lncRNAs שבא לידי ביטוי באופן חריג באדנוקרצינומה של ריאות העכבר עם נוק-אאוט P53 ומוטציית KrasG12D.
1.6424 lncRNAs באו לידי ביטוי דיפרנציאלי (שינוי פי 2, P <0.05).
2. מבין כל 210 lncRNAs (FC≥8), ביטוי של 11 lncRNAs היה מווסת על ידי P53, 33 lncRNAs על ידי KRAS ו-13 lncRNAs על ידי היפוקסיה בתאי KP הראשוניים, בהתאמה.
3.NONMMUT015812, אשר היה מווסת להפליא באדנוקרצינומה של ריאות העכבר ומווסתת לרעה על ידי הביטוי מחדש של P53, זוהה כדי לנתח את תפקודו הסלולרי.
4. נוק-דאון של NONMMUT015812 על ידי shRNAs הפחית את יכולות ההתפשטות והנדידה של תאי KP.NONMMUT015812 היה אונקוגן פוטנציאלי.
 ניתוח מסלול KEGG של הגנים המובעים בצורה דיפרנציאלית בתאי KP NONMMUT015812 |  ניתוח אונטולוגיה גנטית של הגנים המובעים בצורה דיפרנציאלית בתאי ה-KP של NONMMUT015812 |
התייחסות
חוסר ויסות של פרופיל ביטוי lncRNA באדנוקרצינומות בריאות של עכברים עם מוטציה KRAS-G12D ונוקאאוט P53 [J].כתב עת לרפואה סלולרית ומולקולרית, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
