ריצוף ביסולפיטים ייצוגי מופחת (RRBS)
ריצוף ביסולפיטים בייצוג מופחת (RRBS) מסתמך על העשרת אזורים עשירים באיים של CpG על ידי ביקוע MspI ולאחר מכן בחירת גודל של מקטעים של 200-500/600 bps. כתוצאה מכך, רק אזורים קרובים לאיי CpG מרוצפים, בעוד שאלו עם איי CpG מרוחקים אינם נכללים בניתוח. תהליך זה, בשילוב עם ריצוף ביסולפיטים, מאפשר זיהוי ברזולוציה גבוהה של מתילציה של DNA, וגישת הריצוף, PE150, מתמקדת ספציפית בקצוות של התוספות ולא במרכז, מה שמגביר את יעילות פרופיל המתילציה.
טכניקה זו התפתחה כחלופה חסכונית ויעילה לריצוף ביסולפיטים של הגנום השלם (WGBS) במחקר מתילציה של DNA. בעוד ש-WGBS מספק תובנות מקיפות על ידי בחינת הגנום כולו ברזולוציית בסיס יחיד, העלות הגבוהה שלה יכולה להיות גורם מגביל, ו-RRBS ממתן אסטרטגית אתגר זה על ידי ניתוח סלקטיבי של חלק מייצג של הגנום. מתודולוגיה זו היא כלי רב ערך המאפשר מחקר מתילציה של DNA חסכוני ומקדם את הידע על מנגנונים אפיגנטיים.
תכונות השירות
● ריצוף על גבי Illumina NovaSeq.
● דורש גנום ייחוס.
● DNA למבדה משמש לניטור יעילות המרת ביסולפיט.
● יעילות העיכול של MspI גם מנוטרת.
● עיכול אנזים כפול לדגימות צמחים.
יתרונות השירות
●אלטרנטיבה חסכונית ויעילה ל-WGBSזה מאפשר ביצוע הניתוח בעלות נמוכה יותר ועם דרישות דגימה נמוכות יותר.
●פלטפורמה מלאה:אנו מספקים שירות מעולה מקיף, החל מעיבוד דגימות, בניית ספרייה וריצוף ועד לניתוח ביואינפורמטיקה.
●מומחיות נרחבתיש לנו הצלחה במגוון רחב של מינים. BMKGENE מביאה עמה ניסיון של למעלה מעשור, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מצוינת לאחר המכירה.
מפרט השירות
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | פלט נתונים מומלץ | בקרת איכות |
| ספרייה מעוכלת ומטופלת ב-MspI | אילומינה PE150 | 8 ג'יגה-בייט | Q30 ≥ 85% המרה של ביסולפיט > 99% יעילות חיתוך MspI > 95% |
דרישות לדוגמה
| ריכוז (נגנוגרם/µL) | כמות כוללת (מיקרוגרם) |
| |
| DNA גנומי | ≥ 30 | ≥ 1 | פירוק או זיהום מוגבלים |
זרימת עבודה של שירות
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
ניתוח ה-BI כולל:
● בקרת איכות ריצוף גולמי;
● מיפוי לגנום ייחוס;
● גילוי בסיסים מתילטים ב-5mC וזיהוי מוטיבים;
● ניתוח התפלגות מתילציה והשוואת דגימות;
● ניתוח של אזורים מתילציה דיפרנציאלית (DMRs);
● אנוטציה פונקציונלית של גנים הקשורים ל-DMRs.
בקרת איכות: יעילות עיכול (במיפוי גנום)
בקרת איכות: המרת ביסולפיט (בחילוץ מידע על מתילציה)
מפת מתילציה: תפוצה כלל-גנומית של מתילציה של 5mC
השוואה לדוגמה: ניתוח רכיבים עיקריים
ניתוח אזורים מתילציה דיפרנציאלית (DMRs): מפת חום
גלו את התקדמויות המחקריות שמאפשרות שירותי ריצוף ביסולפיטים של גנום מלא של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה.
לי, ז. ואחרים (2022) 'תכנות מחדש באיכות גבוהה לתאים דמויי ליידיג על ידי הפעלת CRISPR וגורמים פאראקריניים',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
טיאן, ה. ואחרים (2023) 'ניתוח מתילציה כלל-גנומית של דנ"א של הרכב הגוף בתאומים מונוזיגוטים סיניים',כתב העת האירופי לחקירה קלינית, 53(11), עמ'. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
וו, י. ואחרים (2022) 'מתילציה של DNA ויחס מותניים-ירך: מחקר אסוציאציה כלל-אפיגנומית בתאומים מונוזיגוטים סיניים',כתב העת לחקירה אנדוקרינולוגית, 45(12), עמ' 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
