מפת חום
כלי מפת החום מקבל קובץ נתוני מטריצה כקלט ומאפשר למשתמשים לסנן, לנרמל ולקבץ נתונים. מקרה השימוש העיקרי במפות חום הוא ניתוח אשכולות של רמת ביטוי גנים בין דגימות שונות.
ביאור גנים
כלי ביאור הגנים מבצע ביאור גנים המבוסס על יישור רצף של קבצי FASTA הקלט כנגד מסדי נתונים שונים.
כלי חיפוש יישור מקומי בסיסי (BLAST)
כלי BLAST הוא גרסה משולבת של NCBI BLAST ב-BMKCloud וניתן להשתמש בו כדי לבצע את אותן פונקציות באמצעות נתונים שהועלו לחשבון BMKCloud.
תחזית CDS_UTR
כלי החיזוי CDS_UTR נועד לחזות אזורי קידוד (CDS) ואזורים שאינם מקודדים (UTR) ברצפי תמליל נתונים על סמך תוצאות BLAST כנגד מסדי נתונים ידועים של חלבונים ותוצאות חיזוי ORF.
עלילת מנהטן
כלי Manhattan Plot מאפשר תצוגה של ניסויים עם דגימה גבוהה והוא משמש בדרך כלל במחקרי אסוציאציה כלל-גנומיים (GWAS).
דיאגרמת קרקס
כלי הדיאגרמה של CIRCOS מספק ויזואליזציה יעילה של האופן שבו מאפיינים גנומיים מפוזרים על פני הגנום. מאפיינים נפוצים כוללים לוקוסים כמותיים, SNPs, InDels, וריאנטים מבניים ומספר עותקים.
העשרת אונטולוגיה גנטית (GO)
כלי העשרת GO מספק ניתוח העשרה פונקציונלית. התוכנה העיקרית בכלי זה היא חבילת TopGO-Bioconductor, הכוללת ניתוח ביטוי דיפרנציאלי, ניתוח העשרת GO והדמיה של התוצאות.
ניתוח רשת ביטוי משוקלל של גנים (WGCNA)
WGCNA היא שיטת כריית נתונים נפוצה לגילוי מודולים של ביטוי משותף של גנים. היא ישימה למגוון מערכי נתונים של ביטוי, כולל נתוני ביטוי גנים מסוג microarray ו-NGS.
אינטרפרוסקאן
כלי InterProScan מספק ניתוח וסיווג של רצפי חלבונים של InterPro.
העשרה של GO KEGG
כלי העשרת GO KEGG נועד ליצור היסטוגרמת העשרת GO, היסטוגרמת העשרת KEGG ומסלול העשרת KEGG בהתבסס על סט גנים שסופק והערות תואמות.
